ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
O4' A 0, 0.000, 0.279, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.279 std_dev=0.279
N4 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.000, 0.436, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C3' A 0, 0.000, 0.506, 1.013, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.506 std_dev=0.506
N3 B 0, 0.000, 0.515, 1.029, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.515 std_dev=0.515
C4' A 0, 0.000, 0.567, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.567 std_dev=0.567
C5 B 0, 0.000, 0.650, 1.300, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.650 std_dev=0.650
O3' A 0, 0.000, 0.684, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.684 std_dev=0.684
C2 B 0, 0.000, 0.837, 1.673, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.837 std_dev=0.837
C5' A 0, 0.000, 0.899, 1.799, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.899 std_dev=0.899
O2 B 0, 0.000, 0.918, 1.836, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.918 std_dev=0.918
C6 B 0, 0.000, 0.988, 1.977, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.988 std_dev=0.988
O5' A 0, 0.000, 1.062, 2.124, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.062 std_dev=1.062
N1 B 0, 0.000, 1.109, 2.219, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.109 std_dev=1.109
P A 0, 0.000, 1.490, 2.980, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.490 std_dev=1.490
OP2 A 0, 0.000, 1.513, 3.027, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.513 std_dev=1.513
C1' B 0, 0.000, 1.559, 3.118, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.559 std_dev=1.559
C2' B 0, 0.000, 1.686, 3.371, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.686 std_dev=1.686
O4' B 0, 0.000, 1.762, 3.523, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.762 std_dev=1.762
OP1 A 0, 0.000, 1.884, 3.769, 3.769 max_d=3.769 avg_d=1.884 std_dev=1.884
C3' B 0, 0.000, 2.004, 4.008, 4.008 max_d=4.008 avg_d=2.004 std_dev=2.004
C4' B 0, 0.000, 2.043, 4.085, 4.085 max_d=4.085 avg_d=2.043 std_dev=2.043
O5' B 0, 0.000, 2.075, 4.150, 4.150 max_d=4.150 avg_d=2.075 std_dev=2.075
OP2 B 0, 0.000, 2.115, 4.230, 4.230 max_d=4.230 avg_d=2.115 std_dev=2.115
C5' B 0, 0.000, 2.188, 4.376, 4.376 max_d=4.376 avg_d=2.188 std_dev=2.188
P B 0, 0.000, 2.256, 4.512, 4.512 max_d=4.512 avg_d=2.256 std_dev=2.256
O2' B 0, 0.000, 2.343, 4.685, 4.685 max_d=4.685 avg_d=2.343 std_dev=2.343
O3' B 0, 0.000, 2.449, 4.899, 4.899 max_d=4.899 avg_d=2.449 std_dev=2.449
OP1 B 0, 0.000, 2.681, 5.362, 5.362 max_d=5.362 avg_d=2.681 std_dev=2.681

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.31 0.20
C2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.34 0.03 0.22 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.21 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.21 0.11 0.13 0.23 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.21 0.00 0.21 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.05 0.44 0.15 0.03 0.14
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.21 0.00 0.20 0.00 0.15 0.11 0.17 0.23 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.09
C5 0.00 0.00 0.08 0.24 0.00 0.20 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.04 0.36 0.11 0.02 0.06
C5' 0.03 0.21 0.01 0.01 0.36 0.00 0.33 0.00 0.25 0.18 0.31 0.41 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.21 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.02 0.27 0.05 0.13 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.24 0.01 0.22 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.44 0.11 0.05 0.11
N4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.23 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.06 0.50 0.21 0.14 0.22
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.29 0.05 0.40 0.11
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.20 0.14
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.21 0.10 0.15 0.27 0.04 0.05 0.00 0.00 0.03 0.22 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.06 0.06 0.35 0.23
O5' 0.08 0.34 0.04 0.01 0.44 0.00 0.36 0.00 0.27 0.24 0.44 0.50 0.29 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.03 0.05 0.12 0.15 0.09 0.11 0.11 0.05 0.01 0.11 0.21 0.05 0.07 0.22 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.22 0.21 0.11 0.03 0.14 0.02 0.02 0.13 0.22 0.05 0.14 0.40 0.20 0.02 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.02 0.13 0.06 0.14 0.09 0.06 0.01 0.04 0.09 0.11 0.22 0.11 0.14 0.02 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.03 0.08 0.17 0.12 0.16 0.13 0.14 0.11 0.14 0.20 0.05 0.14 0.31 0.12 0.13 0.09 0.04 0.06
C2 0.13 0.10 0.16 0.10 0.16 0.13 0.18 0.12 0.17 0.14 0.12 0.17 0.05 0.37 0.31 0.12 0.12 0.06 0.02 0.04
C2' 0.04 0.11 0.01 0.04 0.22 0.09 0.19 0.10 0.14 0.10 0.18 0.27 0.05 0.03 0.27 0.08 0.11 0.06 0.03 0.04
C3' 0.13 0.21 0.10 0.12 0.36 0.16 0.34 0.17 0.27 0.21 0.31 0.44 0.13 0.15 0.33 0.16 0.20 0.14 0.13 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.04 0.03 0.16 0.08 0.27 0.11 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
C4' 0.12 0.18 0.09 0.11 0.32 0.15 0.31 0.16 0.25 0.19 0.26 0.39 0.10 0.18 0.33 0.15 0.19 0.14 0.13 0.13
C5 0.05 0.03 0.05 0.10 0.12 0.03 0.11 0.00 0.05 0.01 0.05 0.19 0.12 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03
C5' 0.25 0.30 0.25 0.24 0.47 0.26 0.47 0.28 0.40 0.32 0.39 0.54 0.20 0.37 0.44 0.26 0.32 0.26 0.26 0.25
C6 0.01 0.04 0.04 0.04 0.15 0.03 0.13 0.06 0.09 0.04 0.11 0.20 0.04 0.07 0.15 0.04 0.07 0.04 0.00 0.02
N1 0.08 0.09 0.06 0.06 0.17 0.10 0.16 0.11 0.14 0.10 0.13 0.19 0.03 0.21 0.27 0.10 0.11 0.07 0.03 0.05
N3 0.10 0.06 0.16 0.05 0.13 0.08 0.16 0.07 0.15 0.11 0.07 0.14 0.00 0.40 0.23 0.07 0.08 0.01 0.02 0.00
N4 0.03 0.08 0.05 0.12 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.02 0.06 0.10 0.13 0.29 0.00 0.07 0.05 0.10 0.12 0.11
O2 0.19 0.14 0.23 0.17 0.17 0.18 0.20 0.16 0.20 0.18 0.13 0.16 0.09 0.46 0.41 0.17 0.16 0.09 0.05 0.07
O2' 0.09 0.01 0.16 0.07 0.13 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.09 0.19 0.04 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04
O3' 0.07 0.20 0.04 0.07 0.39 0.11 0.36 0.13 0.26 0.18 0.32 0.48 0.10 0.04 0.26 0.11 0.17 0.11 0.12 0.11
O4' 0.09 0.11 0.06 0.09 0.18 0.13 0.18 0.13 0.15 0.12 0.14 0.21 0.05 0.19 0.32 0.12 0.14 0.09 0.05 0.07
O5' 0.33 0.36 0.33 0.32 0.52 0.34 0.53 0.35 0.47 0.39 0.44 0.59 0.26 0.47 0.53 0.34 0.40 0.34 0.35 0.34
OP1 0.07 0.08 0.04 0.03 0.21 0.09 0.21 0.12 0.16 0.11 0.14 0.26 0.01 0.21 0.23 0.10 0.14 0.11 0.08 0.10
OP2 0.04 0.04 0.02 0.08 0.13 0.04 0.15 0.00 0.09 0.01 0.03 0.21 0.14 0.16 0.09 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.03 0.00 0.20 0.04 0.22 0.07 0.16 0.08 0.11 0.28 0.06 0.20 0.20 0.05 0.11 0.07 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.10 0.10 0.08
C2 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.09 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.24 0.25 0.33 0.26
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.20 0.11 0.12 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.11 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.10 0.01 0.04 0.04 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.09 0.21 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.19 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05
C5' 0.04 0.05 0.10 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.09 0.07 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.20 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.17 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03
N4 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.01 0.06 0.08 0.15 0.09
O2 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.09 0.09 0.02 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.26 0.16 0.29 0.07 0.24 0.14 0.18 0.29 0.01 0.00 0.07 0.10 0.15 0.14 0.34 0.19
O3' 0.11 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.19 0.11 0.17 0.01 0.00 0.12 0.17 0.07 0.00 0.06 0.15 0.10 0.15 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00
O5' 0.10 0.05 0.24 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.15 0.15 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.10 0.05 0.25 0.11 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.09 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.00 0.33 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.06 0.15 0.02 0.34 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.02 0.26 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.19 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00