ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 14, 10, 13, 12, 4, 7, 1, 1, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.015, 0.021, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.028, 0.040, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.025, 0.038, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.027, 0.040, 0.053, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.027, 0.041, 0.054, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.074, 0.108, 0.142, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.108 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.091, 0.138, 0.185, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.138 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.051, 0.190, 0.328, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.190 std_dev=0.138
C2' A 0, 0.029, 0.198, 0.366, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.198 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.161, 0.356, 0.551, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.356 std_dev=0.195
N3 B 0, 0.193, 0.400, 0.606, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.400 std_dev=0.206
N2 B 0, 0.169, 0.377, 0.585, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.377 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.143, 0.360, 0.577, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.360 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.168, 0.390, 0.612, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.390 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.162, 0.402, 0.642, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.402 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.119, 0.362, 0.604, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.362 std_dev=0.243
C6 B 0, 0.131, 0.379, 0.627, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.379 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.170, 0.447, 0.725, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.447 std_dev=0.277
N9 B 0, 0.170, 0.452, 0.734, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.452 std_dev=0.282
C4' A 0, 0.064, 0.359, 0.653, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.359 std_dev=0.294
O6 B 0, 0.155, 0.477, 0.799, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.477 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.163, 0.545, 0.927, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.545 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.087, 0.470, 0.854, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.470 std_dev=0.383
C3' A 0, 0.014, 0.432, 0.851, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.432 std_dev=0.418
C2' B 0, 0.208, 0.650, 1.091, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.650 std_dev=0.442
C3' B 0, 0.150, 0.673, 1.195, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.673 std_dev=0.523
O2' A 0, -0.141, 0.386, 0.913, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.386 std_dev=0.527
C4' B 0, 0.025, 0.746, 1.466, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.746 std_dev=0.721
O4' B 0, -0.010, 0.716, 1.442, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.716 std_dev=0.726
O3' B 0, 0.095, 0.860, 1.626, 3.098 max_d=3.098 avg_d=0.860 std_dev=0.766
O5' A 0, -0.093, 0.678, 1.448, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.678 std_dev=0.771
OP2 A 0, 0.078, 0.902, 1.726, 3.214 max_d=3.214 avg_d=0.902 std_dev=0.824
O3' A 0, -0.092, 0.736, 1.564, 2.969 max_d=2.969 avg_d=0.736 std_dev=0.828
P A 0, -0.107, 0.807, 1.722, 3.842 max_d=3.842 avg_d=0.807 std_dev=0.914
O2' B 0, 0.042, 1.109, 2.176, 3.932 max_d=3.932 avg_d=1.109 std_dev=1.067
C5' B 0, -0.296, 1.086, 2.467, 4.301 max_d=4.301 avg_d=1.086 std_dev=1.381
OP1 A 0, -0.358, 1.212, 2.782, 4.534 max_d=4.534 avg_d=1.212 std_dev=1.570
O5' B 0, -0.480, 1.346, 3.172, 5.486 max_d=5.486 avg_d=1.346 std_dev=1.826
P B 0, -0.733, 1.706, 4.145, 8.428 max_d=8.428 avg_d=1.706 std_dev=2.439
OP1 B 0, -0.876, 1.975, 4.825, 9.626 max_d=9.626 avg_d=1.975 std_dev=2.850
OP2 B 0, -1.015, 2.165, 5.345, 10.192 max_d=10.192 avg_d=2.165 std_dev=3.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.00 0.13 0.53 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.17 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.17 0.02 0.28 0.97 0.33 0.27
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.13 0.08 0.02 0.06 0.04 0.16 0.00 0.02 0.02 0.33 0.38 0.46 0.31
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.27 0.01 0.28 0.02 0.25 0.16 0.22 0.29 0.14 0.01 0.01 0.02 0.25 0.28 0.07 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.09 0.02 0.40 1.36 0.38 0.45
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.13 0.07 0.09 0.13 0.05 0.23 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.14 0.04 0.39 1.38 0.39 0.44
C5' 0.03 0.09 0.13 0.02 0.18 0.00 0.20 0.00 0.16 0.08 0.14 0.20 0.07 0.09 0.16 0.01 0.01 0.21 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.04 0.31 1.13 0.35 0.32
N1 0.00 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.01 0.24 0.89 0.31 0.22
N3 0.01 0.00 0.06 0.22 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.11 0.01 0.36 1.19 0.36 0.38
N4 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.11 0.02 0.44 1.47 0.39 0.51
O2 0.02 0.00 0.16 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.31 0.04 0.24 0.82 0.32 0.22
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.31 0.23 0.26 0.09 0.19 0.18 0.32 0.34 0.25 0.00 0.04 0.16 0.18 0.24 0.41 0.22
O3' 0.25 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.14 0.16 0.12 0.11 0.11 0.11 0.31 0.04 0.00 0.16 0.30 0.17 0.29 0.26
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.16 0.00 0.06 0.42 0.25 0.10
O5' 0.13 0.28 0.33 0.25 0.40 0.01 0.39 0.01 0.31 0.24 0.36 0.44 0.24 0.18 0.30 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.53 0.97 0.38 0.28 1.36 0.15 1.38 0.21 1.13 0.89 1.19 1.47 0.82 0.24 0.17 0.42 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.33 0.46 0.07 0.38 0.20 0.39 0.32 0.35 0.31 0.36 0.39 0.32 0.41 0.29 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.27 0.31 0.17 0.45 0.03 0.44 0.01 0.32 0.22 0.38 0.51 0.22 0.22 0.26 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.18 0.19 0.33 0.23 0.28 0.19 0.66 0.16 0.27 0.16 0.18 0.22 0.21 0.28 0.18 0.50 0.46 0.46 0.16 1.29 0.85 0.69
C2 0.22 0.18 0.16 0.38 0.17 0.23 0.12 0.49 0.12 0.18 0.14 0.20 0.19 0.15 0.19 0.16 0.42 0.31 0.30 0.16 0.75 1.00 0.34
C2' 0.37 0.18 0.19 0.34 0.22 0.25 0.18 0.64 0.16 0.28 0.15 0.19 0.23 0.22 0.29 0.22 0.57 0.51 0.50 0.20 1.51 0.91 0.81
C3' 0.51 0.14 0.28 0.44 0.28 0.25 0.25 0.53 0.16 0.50 0.14 0.15 0.20 0.38 0.43 0.45 0.74 0.61 0.51 0.17 1.44 0.97 0.82
C4 0.20 0.10 0.26 0.45 0.14 0.43 0.15 0.77 0.18 0.17 0.12 0.14 0.15 0.18 0.17 0.39 0.45 0.42 0.40 0.26 0.57 0.97 0.38
C4' 0.60 0.21 0.33 0.42 0.36 0.29 0.32 0.68 0.22 0.54 0.19 0.18 0.29 0.41 0.50 0.58 0.75 0.69 0.60 0.20 1.64 0.88 0.94
C5 0.26 0.12 0.30 0.49 0.17 0.50 0.15 0.88 0.16 0.19 0.13 0.15 0.19 0.17 0.21 0.53 0.54 0.48 0.47 0.21 0.79 0.76 0.46
C5' 0.60 0.18 0.48 0.56 0.31 0.16 0.26 0.69 0.17 0.49 0.16 0.17 0.25 0.36 0.47 0.85 0.95 0.57 0.59 0.16 1.66 0.72 0.91
C6 0.32 0.15 0.26 0.47 0.20 0.43 0.14 0.80 0.12 0.22 0.11 0.16 0.22 0.17 0.26 0.47 0.57 0.46 0.30 0.16 0.92 0.44 0.31
N1 0.29 0.17 0.18 0.40 0.20 0.29 0.14 0.62 0.12 0.22 0.13 0.18 0.21 0.16 0.24 0.25 0.49 0.38 0.20 0.15 0.94 0.68 0.32
N3 0.19 0.14 0.20 0.41 0.13 0.31 0.13 0.58 0.14 0.16 0.10 0.18 0.16 0.17 0.16 0.23 0.41 0.33 0.30 0.23 0.52 1.04 0.27
N4 0.19 0.12 0.30 0.45 0.16 0.50 0.20 0.86 0.25 0.18 0.20 0.13 0.14 0.21 0.17 0.43 0.44 0.47 0.56 0.33 0.58 1.20 0.61
O2 0.22 0.21 0.17 0.34 0.19 0.17 0.16 0.37 0.17 0.19 0.19 0.23 0.21 0.17 0.19 0.16 0.38 0.29 0.52 0.19 0.88 1.28 0.62
O2' 0.22 0.27 0.45 0.43 0.22 0.43 0.22 0.89 0.24 0.27 0.26 0.30 0.24 0.26 0.22 0.35 0.63 0.48 0.67 0.25 1.85 1.04 1.09
O3' 0.79 0.45 0.39 0.54 0.65 0.52 0.69 0.60 0.57 0.93 0.47 0.37 0.53 0.86 0.79 0.57 0.83 0.89 0.84 0.56 1.50 1.46 1.14
O4' 0.47 0.23 0.26 0.38 0.32 0.26 0.28 0.75 0.21 0.41 0.20 0.20 0.28 0.32 0.42 0.42 0.60 0.52 0.51 0.19 1.43 0.69 0.78
O5' 0.62 0.16 0.90 1.02 0.28 0.36 0.21 0.71 0.15 0.45 0.16 0.18 0.23 0.30 0.45 1.24 1.44 0.24 0.53 0.17 1.40 0.40 0.65
OP1 0.30 1.10 0.68 0.93 0.70 0.62 0.74 0.92 0.97 0.34 1.13 1.24 0.89 0.51 0.42 1.03 1.40 0.51 0.91 1.00 1.31 0.67 0.84
OP2 0.59 0.68 0.93 1.34 0.62 1.06 0.57 1.52 0.58 0.52 0.63 0.71 0.68 0.52 0.58 1.11 1.65 0.52 1.58 0.54 2.13 1.40 1.59
P 0.61 0.34 1.01 1.22 0.33 0.68 0.27 0.96 0.28 0.42 0.34 0.39 0.33 0.30 0.45 1.40 1.69 0.23 0.96 0.29 1.49 0.74 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.30 0.02 0.25 0.45 0.15
C2 0.04 0.00 0.39 0.39 0.01 0.42 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.19 0.45 0.72 0.01 0.49 1.46 0.86
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.21 0.01 0.11 0.22 0.19 0.18 0.31 0.46 0.38 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.17 0.15 0.47 0.29 0.42
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.32 0.00 0.35 0.02 0.40 0.23 0.42 0.40 0.34 0.31 0.21 0.02 0.01 0.01 0.11 0.42 0.27 0.32 0.32
C4 0.02 0.01 0.21 0.32 0.00 0.20 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.23 0.58 0.01 0.28 1.14 0.54
C4' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.20 0.00 0.14 0.01 0.19 0.27 0.32 0.54 0.40 0.21 0.08 0.25 0.03 0.00 0.02 0.17 0.13 0.13 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.11 0.09 0.80 0.01 0.57 1.47 0.78
C5' 0.08 0.75 0.22 0.02 0.32 0.01 0.19 0.00 0.33 0.36 0.57 0.96 0.67 0.27 0.06 0.05 0.18 0.01 0.01 0.27 0.24 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01 0.19 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.18 0.79 0.00 0.51 1.61 0.83
C8 0.01 0.01 0.18 0.23 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.09 0.25 1.05 0.02 0.90 1.46 0.96
N1 0.03 0.00 0.31 0.42 0.01 0.32 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.34 0.73 0.01 0.40 1.55 0.82
N2 0.05 0.00 0.46 0.40 0.01 0.54 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.24 0.55 0.89 0.01 0.81 1.70 1.13
N3 0.04 0.00 0.38 0.34 0.00 0.40 0.00 0.67 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.21 0.45 0.61 0.01 0.38 1.21 0.70
N7 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.12 0.14 1.06 0.02 0.93 1.71 1.06
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.13 0.01 0.62 0.02 0.44 0.96 0.49
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.14 0.25 0.21 0.05 0.18 0.44 0.23 0.49 0.35 0.40 0.17 0.00 0.07 0.19 0.06 0.23 0.31 0.26 0.35
O3' 0.32 0.19 0.04 0.01 0.13 0.03 0.11 0.18 0.15 0.09 0.16 0.24 0.21 0.12 0.13 0.07 0.00 0.23 0.18 0.17 0.38 0.36 0.23
O4' 0.00 0.45 0.02 0.01 0.23 0.00 0.09 0.01 0.18 0.25 0.34 0.55 0.45 0.14 0.01 0.19 0.23 0.00 0.33 0.12 0.14 0.54 0.26
O5' 0.30 0.72 0.17 0.11 0.58 0.02 0.80 0.01 0.79 1.05 0.73 0.89 0.61 1.06 0.62 0.06 0.18 0.33 0.00 0.89 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.17 0.12 0.89 0.00 0.68 1.80 0.97
OP1 0.25 0.49 0.47 0.27 0.28 0.13 0.57 0.24 0.51 0.90 0.40 0.81 0.38 0.93 0.44 0.31 0.38 0.14 0.01 0.68 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 1.46 0.29 0.32 1.14 0.13 1.47 0.19 1.61 1.46 1.55 1.70 1.21 1.71 0.96 0.26 0.36 0.54 0.02 1.80 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.86 0.42 0.32 0.54 0.09 0.78 0.01 0.83 0.96 0.82 1.13 0.70 1.06 0.49 0.35 0.23 0.26 0.00 0.97 0.01 0.01 0.00