ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49542

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 15, 9, 6, 5, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.003, 0.027, 0.051, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N4 A 0, -0.004, 0.031, 0.067, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.031 std_dev=0.036
C2' A 0, -0.014, 0.111, 0.237, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.111 std_dev=0.125
O4' A 0, -0.027, 0.110, 0.247, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.110 std_dev=0.137
C3' A 0, -0.036, 0.125, 0.286, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.125 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.092, 0.270, 0.448, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.270 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.089, 0.270, 0.452, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.270 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.093, 0.278, 0.462, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.278 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.085, 0.271, 0.457, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.271 std_dev=0.186
C4' A 0, -0.018, 0.170, 0.359, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.170 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.087, 0.278, 0.469, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.278 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.073, 0.268, 0.463, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.268 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.107, 0.305, 0.504, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.305 std_dev=0.198
O2' A 0, -0.019, 0.186, 0.391, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.186 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.106, 0.319, 0.533, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.319 std_dev=0.214
N2 B 0, 0.098, 0.312, 0.526, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.312 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.117, 0.333, 0.550, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.333 std_dev=0.216
O6 B 0, 0.098, 0.315, 0.533, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.315 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.113, 0.341, 0.569, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.341 std_dev=0.228
O3' A 0, -0.092, 0.146, 0.384, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.146 std_dev=0.238
O4' B 0, 0.084, 0.330, 0.577, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.330 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.154, 0.416, 0.677, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.416 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.085, 0.363, 0.640, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.363 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.093, 0.390, 0.686, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.390 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.168, 0.498, 0.828, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.498 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.046, 0.445, 0.843, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.445 std_dev=0.398
C5' A 0, -0.113, 0.317, 0.747, 2.812 max_d=2.812 avg_d=0.317 std_dev=0.430
O5' B 0, -0.171, 0.417, 1.006, 3.894 max_d=3.894 avg_d=0.417 std_dev=0.589
O3' B 0, -0.087, 0.510, 1.107, 4.018 max_d=4.018 avg_d=0.510 std_dev=0.597
P B 0, -0.397, 0.366, 1.129, 5.156 max_d=5.156 avg_d=0.366 std_dev=0.763
O5' A 0, -0.394, 0.411, 1.216, 5.442 max_d=5.442 avg_d=0.411 std_dev=0.805
OP2 B 0, -0.418, 0.482, 1.381, 6.072 max_d=6.072 avg_d=0.482 std_dev=0.900
OP1 B 0, -0.527, 0.488, 1.503, 6.823 max_d=6.823 avg_d=0.488 std_dev=1.015
P A 0, -0.591, 0.555, 1.700, 7.790 max_d=7.790 avg_d=0.555 std_dev=1.146
OP1 A 0, -0.582, 0.597, 1.776, 8.026 max_d=8.026 avg_d=0.597 std_dev=1.179
OP2 A 0, -0.643, 0.579, 1.800, 8.319 max_d=8.319 avg_d=0.579 std_dev=1.222

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.16 0.14 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.04 0.15 0.17 0.18 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.03 0.01 0.24 0.35 0.36 0.32
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.12 0.27 0.22 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.24 0.20 0.19 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.29 0.22 0.18 0.22
C5' 0.03 0.05 0.07 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.12 0.07 0.07 0.11 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.28 0.21 0.17 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.18 0.18 0.16 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03 0.18 0.18 0.19 0.16
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.25 0.20 0.20 0.21
O2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.18 0.06 0.10 0.16 0.19 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.10 0.07 0.18 0.00 0.04 0.03 0.17 0.33 0.42 0.30
O3' 0.09 0.14 0.03 0.01 0.09 0.03 0.05 0.11 0.04 0.09 0.13 0.09 0.18 0.04 0.00 0.05 0.06 0.15 0.17 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.00 0.04 0.06 0.16 0.07
O5' 0.11 0.15 0.24 0.12 0.24 0.01 0.29 0.01 0.28 0.18 0.18 0.25 0.10 0.17 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.17 0.35 0.27 0.20 0.12 0.22 0.07 0.21 0.18 0.18 0.20 0.16 0.33 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.18 0.36 0.22 0.19 0.08 0.18 0.11 0.17 0.16 0.19 0.20 0.19 0.42 0.17 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.14 0.32 0.21 0.19 0.04 0.22 0.01 0.21 0.15 0.16 0.21 0.12 0.30 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.09 0.09 0.16 0.11 0.17 0.18 0.18 0.16 0.18 0.17 0.16 0.17 0.15 0.18 0.19 0.08 0.12 0.19 0.36 0.21 0.26
C2 0.10 0.10 0.10 0.14 0.08 0.16 0.12 0.25 0.15 0.12 0.13 0.12 0.07 0.14 0.09 0.12 0.12 0.14 0.26 0.18 0.13 0.17 0.08
C2' 0.17 0.17 0.11 0.09 0.18 0.08 0.21 0.11 0.21 0.21 0.19 0.16 0.16 0.23 0.18 0.19 0.17 0.11 0.13 0.23 0.45 0.42 0.38
C3' 0.16 0.16 0.10 0.14 0.17 0.14 0.18 0.17 0.18 0.19 0.16 0.17 0.17 0.20 0.17 0.20 0.22 0.15 0.33 0.20 0.72 0.66 0.64
C4 0.13 0.12 0.13 0.14 0.11 0.18 0.14 0.25 0.17 0.13 0.15 0.13 0.10 0.15 0.12 0.16 0.19 0.17 0.23 0.20 0.20 0.15 0.07
C4' 0.16 0.18 0.13 0.07 0.16 0.09 0.15 0.14 0.15 0.14 0.17 0.20 0.18 0.14 0.15 0.29 0.16 0.11 0.20 0.15 0.63 0.43 0.48
C5 0.12 0.15 0.13 0.15 0.12 0.17 0.15 0.22 0.18 0.13 0.18 0.17 0.12 0.14 0.12 0.20 0.27 0.17 0.15 0.20 0.34 0.08 0.16
C5' 0.25 0.20 0.28 0.14 0.19 0.15 0.18 0.15 0.17 0.19 0.18 0.22 0.21 0.18 0.21 0.48 0.10 0.18 0.17 0.17 0.68 0.47 0.49
C6 0.12 0.17 0.13 0.14 0.13 0.16 0.16 0.21 0.18 0.13 0.19 0.19 0.14 0.15 0.12 0.21 0.28 0.15 0.13 0.19 0.40 0.14 0.23
N1 0.10 0.15 0.09 0.11 0.12 0.14 0.15 0.21 0.17 0.13 0.17 0.15 0.12 0.15 0.10 0.16 0.19 0.11 0.15 0.19 0.29 0.10 0.16
N3 0.12 0.09 0.12 0.16 0.10 0.18 0.13 0.26 0.15 0.14 0.13 0.12 0.09 0.15 0.12 0.13 0.14 0.16 0.29 0.18 0.12 0.23 0.10
N4 0.15 0.14 0.15 0.16 0.14 0.19 0.16 0.26 0.18 0.15 0.17 0.16 0.14 0.17 0.14 0.17 0.20 0.18 0.26 0.21 0.17 0.20 0.07
O2 0.14 0.11 0.13 0.20 0.10 0.19 0.12 0.27 0.14 0.13 0.13 0.13 0.10 0.14 0.12 0.13 0.13 0.15 0.33 0.17 0.12 0.26 0.17
O2' 0.21 0.19 0.15 0.11 0.22 0.10 0.26 0.10 0.26 0.28 0.22 0.17 0.19 0.30 0.23 0.21 0.12 0.18 0.07 0.29 0.23 0.34 0.22
O3' 0.26 0.23 0.23 0.26 0.27 0.27 0.30 0.28 0.29 0.32 0.25 0.21 0.23 0.33 0.28 0.15 0.28 0.29 0.48 0.31 0.68 0.76 0.73
O4' 0.14 0.18 0.12 0.11 0.15 0.14 0.15 0.19 0.16 0.14 0.17 0.19 0.17 0.15 0.14 0.24 0.22 0.13 0.15 0.16 0.50 0.26 0.34
O5' 0.47 0.24 0.58 0.42 0.31 0.36 0.26 0.29 0.22 0.34 0.21 0.23 0.29 0.29 0.37 0.82 0.32 0.33 0.11 0.21 0.50 0.36 0.34
OP1 0.43 0.32 0.57 0.35 0.33 0.24 0.27 0.15 0.25 0.30 0.27 0.34 0.36 0.26 0.35 0.89 0.31 0.23 0.25 0.22 0.83 0.73 0.65
OP2 0.53 0.48 0.63 0.41 0.45 0.29 0.36 0.21 0.34 0.36 0.39 0.53 0.53 0.32 0.45 0.91 0.33 0.31 0.18 0.30 0.70 0.63 0.56
P 0.55 0.39 0.69 0.46 0.43 0.35 0.36 0.24 0.32 0.40 0.34 0.39 0.45 0.35 0.46 0.98 0.39 0.34 0.12 0.29 0.64 0.53 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.14 0.17 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.10 0.18 0.01 0.16 0.24 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.16 0.12 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.09 0.15 0.05 0.05 0.03 0.15 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.19 0.14 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.05 0.22 0.01 0.11 0.29 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.10 0.02 0.00 0.01 0.07 0.17 0.07 0.11
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.03 0.30 0.01 0.17 0.40 0.21
C5' 0.05 0.14 0.09 0.02 0.13 0.00 0.16 0.00 0.17 0.15 0.16 0.14 0.12 0.16 0.11 0.06 0.09 0.01 0.00 0.18 0.10 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.05 0.30 0.00 0.15 0.41 0.20
C8 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.05 0.35 0.01 0.27 0.44 0.28
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.08 0.24 0.00 0.11 0.32 0.12
N2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.12 0.14 0.01 0.24 0.20 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.09 0.16 0.01 0.17 0.21 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.03 0.37 0.01 0.29 0.50 0.31
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.24 0.01 0.13 0.29 0.14
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.09 0.10 0.10 0.06 0.11 0.12 0.13 0.17 0.14 0.12 0.06 0.00 0.03 0.06 0.13 0.11 0.18 0.13 0.08
O3' 0.10 0.16 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.09 0.05 0.12 0.10 0.22 0.16 0.11 0.05 0.03 0.00 0.08 0.12 0.06 0.22 0.16 0.11
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.12 0.09 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.10 0.04 0.16 0.16 0.12
O5' 0.13 0.18 0.11 0.12 0.22 0.01 0.30 0.00 0.30 0.35 0.24 0.14 0.16 0.37 0.24 0.13 0.12 0.10 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.04 0.33 0.00 0.21 0.47 0.25
OP1 0.14 0.16 0.16 0.19 0.11 0.17 0.17 0.10 0.15 0.27 0.11 0.24 0.17 0.29 0.13 0.18 0.22 0.16 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.24 0.12 0.14 0.29 0.07 0.40 0.07 0.41 0.44 0.32 0.20 0.21 0.50 0.29 0.13 0.16 0.16 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.09 0.06 0.09 0.12 0.11 0.21 0.01 0.20 0.28 0.12 0.13 0.09 0.31 0.14 0.08 0.11 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00