ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 10, 5, 2, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.016, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.041, 0.068, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.022, 0.058, 0.095, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.058 std_dev=0.037
N1 B 0, 0.334, 0.565, 0.795, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.565 std_dev=0.231
O6 B 0, 0.329, 0.565, 0.802, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.565 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.280, 0.518, 0.756, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.518 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.357, 0.596, 0.836, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.596 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.345, 0.586, 0.827, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.586 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.193, 0.449, 0.706, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.449 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.173, 0.437, 0.701, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.437 std_dev=0.264
C1' B 0, 0.597, 0.866, 1.135, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.866 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.481, 0.763, 1.045, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.763 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.174, 0.464, 0.753, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.464 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.502, 0.800, 1.098, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.800 std_dev=0.298
N2 B 0, 0.620, 0.974, 1.328, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.974 std_dev=0.354
O4' A 0, 0.326, 0.794, 1.261, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.794 std_dev=0.467
C2' A 0, 0.410, 0.891, 1.371, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.891 std_dev=0.480
C2' B 0, 1.006, 1.537, 2.069, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.537 std_dev=0.531
O2' A 0, 0.642, 1.188, 1.734, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.188 std_dev=0.546
C4' A 0, 0.514, 1.152, 1.789, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.152 std_dev=0.637
C3' A 0, 0.641, 1.376, 2.110, 4.139 max_d=4.139 avg_d=1.376 std_dev=0.734
O3' B 0, 1.614, 2.408, 3.203, 3.162 max_d=3.162 avg_d=2.408 std_dev=0.794
C3' B 0, 1.501, 2.384, 3.267, 3.164 max_d=3.164 avg_d=2.384 std_dev=0.883
O3' A 0, 0.937, 1.946, 2.955, 5.582 max_d=5.582 avg_d=1.946 std_dev=1.009
O2' B 0, 1.546, 2.594, 3.642, 3.315 max_d=3.315 avg_d=2.594 std_dev=1.048
C5' A 0, 1.051, 2.162, 3.274, 6.630 max_d=6.630 avg_d=2.162 std_dev=1.112
O4' B 0, 1.534, 2.680, 3.826, 3.675 max_d=3.675 avg_d=2.680 std_dev=1.146
O5' A 0, 0.430, 1.700, 2.971, 7.962 max_d=7.962 avg_d=1.700 std_dev=1.271
C4' B 0, 1.825, 3.141, 4.458, 4.219 max_d=4.219 avg_d=3.141 std_dev=1.317
P A 0, 1.201, 2.898, 4.594, 10.869 max_d=10.869 avg_d=2.898 std_dev=1.696
OP1 A 0, 0.981, 2.835, 4.689, 11.840 max_d=11.840 avg_d=2.835 std_dev=1.854
OP2 A 0, 2.215, 4.070, 5.924, 11.144 max_d=11.144 avg_d=4.070 std_dev=1.854
C5' B 0, 2.807, 5.319, 7.831, 7.071 max_d=7.071 avg_d=5.319 std_dev=2.512
O5' B 0, 3.105, 5.784, 8.462, 8.333 max_d=8.333 avg_d=5.784 std_dev=2.679
OP1 B 0, 4.820, 8.631, 12.441, 12.844 max_d=12.844 avg_d=8.631 std_dev=3.810
P B 0, 4.302, 8.130, 11.959, 10.965 max_d=10.965 avg_d=8.130 std_dev=3.829
OP2 B 0, 4.869, 9.467, 14.065, 12.456 max_d=12.456 avg_d=9.467 std_dev=4.598

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.23 0.36 0.18 0.18
C2 0.01 0.00 0.11 0.15 0.02 0.19 0.03 0.34 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.14 0.15 0.39 0.53 0.60 0.44
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.03 0.11 0.02 0.07 0.04 0.21 0.00 0.01 0.01 0.28 0.38 0.17 0.18
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.22 0.02 0.25 0.05 0.11 0.08 0.32 0.02 0.01 0.02 0.33 0.33 0.22 0.18
C4 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.11 0.01 0.58 0.43 1.14 0.74
C4' 0.00 0.19 0.01 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.22 0.04 0.15 0.07 0.37 0.06 0.02 0.00 0.01 0.31 0.32 0.15
C5 0.01 0.03 0.10 0.22 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.25 0.12 0.78 0.56 1.35 0.95
C5' 0.06 0.34 0.03 0.02 0.20 0.00 0.31 0.00 0.34 0.13 0.32 0.22 0.61 0.05 0.05 0.02 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.22 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.25 0.17 0.76 0.48 1.07 0.82
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.42 0.26 0.58 0.42
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.11 0.11 0.45 0.54 0.84 0.56
N4 0.01 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.12 0.02 0.61 0.53 1.30 0.82
O2 0.02 0.01 0.21 0.32 0.04 0.37 0.03 0.61 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.23 0.32 0.29 0.52 0.89 0.62 0.62
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.03 0.06 0.09 0.05 0.11 0.02 0.09 0.03 0.23 0.00 0.05 0.03 0.12 0.57 0.33 0.25
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.11 0.02 0.25 0.05 0.25 0.05 0.11 0.12 0.32 0.05 0.00 0.04 0.23 0.36 0.44 0.18
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.02 0.17 0.01 0.11 0.02 0.29 0.03 0.04 0.00 0.11 0.35 0.10 0.13
O5' 0.23 0.39 0.28 0.33 0.58 0.01 0.78 0.01 0.76 0.42 0.45 0.61 0.52 0.12 0.23 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.36 0.53 0.38 0.33 0.43 0.31 0.56 0.26 0.48 0.26 0.54 0.53 0.89 0.57 0.36 0.35 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.60 0.17 0.22 1.14 0.32 1.35 0.31 1.07 0.58 0.84 1.30 0.62 0.33 0.44 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.44 0.18 0.18 0.74 0.15 0.95 0.02 0.82 0.42 0.56 0.82 0.62 0.25 0.18 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.16 0.69 0.26 0.16 0.95 0.15 1.54 0.14 0.18 0.13 0.19 0.19 0.20 0.17 1.03 0.45 1.08 1.23 0.17 1.17 1.69 1.30
C2 0.27 0.24 0.51 0.32 0.22 0.67 0.18 1.09 0.17 0.21 0.18 0.26 0.26 0.23 0.22 0.61 0.41 0.87 0.78 0.19 0.82 1.05 0.79
C2' 0.44 0.31 0.73 0.41 0.35 1.03 0.30 1.63 0.25 0.39 0.26 0.31 0.35 0.33 0.40 1.12 0.57 1.21 1.39 0.22 1.29 1.88 1.46
C3' 0.30 0.24 1.02 0.64 0.31 0.65 0.36 1.18 0.32 0.47 0.26 0.21 0.25 0.46 0.36 1.42 0.91 0.89 1.07 0.34 0.99 1.57 1.20
C4 0.28 0.24 0.40 0.53 0.19 0.29 0.11 0.35 0.13 0.10 0.14 0.30 0.28 0.17 0.18 0.26 0.52 0.59 0.52 0.22 1.10 0.42 0.63
C4' 0.28 0.17 1.17 0.63 0.22 0.57 0.27 1.05 0.25 0.34 0.19 0.17 0.20 0.36 0.26 1.67 0.95 0.71 0.88 0.30 0.84 1.49 1.03
C5 0.31 0.19 0.50 0.65 0.14 0.28 0.10 0.27 0.14 0.11 0.11 0.25 0.25 0.18 0.16 0.33 0.65 0.66 0.58 0.22 1.25 0.49 0.79
C5' 0.54 0.28 1.49 1.10 0.34 0.36 0.35 0.38 0.32 0.44 0.24 0.31 0.35 0.46 0.41 1.97 1.48 0.42 0.36 0.40 0.54 0.92 0.61
C6 0.27 0.16 0.64 0.57 0.12 0.49 0.11 0.62 0.12 0.13 0.10 0.21 0.20 0.18 0.14 0.61 0.66 0.89 0.34 0.19 0.71 0.28 0.33
N1 0.25 0.18 0.63 0.37 0.16 0.72 0.13 1.10 0.13 0.16 0.13 0.22 0.21 0.19 0.17 0.76 0.50 0.98 0.74 0.17 0.70 0.99 0.70
N3 0.27 0.26 0.42 0.39 0.22 0.47 0.17 0.72 0.16 0.17 0.18 0.29 0.28 0.22 0.21 0.39 0.42 0.70 0.48 0.20 0.72 0.51 0.41
N4 0.28 0.28 0.30 0.56 0.20 0.20 0.12 0.25 0.15 0.11 0.16 0.34 0.31 0.17 0.19 0.18 0.51 0.41 0.82 0.28 1.55 0.91 1.05
O2 0.28 0.26 0.50 0.25 0.25 0.81 0.23 1.39 0.21 0.27 0.22 0.28 0.27 0.27 0.26 0.70 0.33 0.90 1.13 0.21 1.26 1.62 1.29
O2' 0.50 0.35 0.62 0.40 0.37 1.28 0.29 2.03 0.24 0.36 0.28 0.37 0.40 0.28 0.41 1.11 0.46 1.33 1.81 0.20 1.91 2.52 2.02
O3' 0.41 0.30 1.01 0.68 0.39 0.81 0.43 1.40 0.37 0.56 0.32 0.27 0.32 0.54 0.45 1.47 0.95 0.99 1.34 0.38 1.38 1.93 1.57
O4' 0.37 0.20 1.10 0.58 0.25 0.82 0.26 1.29 0.23 0.35 0.19 0.20 0.24 0.33 0.31 1.50 0.80 0.87 0.99 0.27 0.90 1.49 1.05
O5' 0.85 0.87 1.68 1.42 0.82 0.67 0.76 0.38 0.78 0.68 0.82 0.91 0.89 0.70 0.78 1.91 1.72 0.51 0.42 0.77 0.81 0.42 0.58
OP1 0.80 0.89 1.54 1.46 0.72 0.89 0.67 0.75 0.76 0.51 0.81 1.00 0.89 0.64 0.64 1.89 2.00 0.52 0.84 0.84 1.09 0.71 0.96
OP2 1.47 1.92 2.21 2.31 1.65 1.52 1.51 1.53 1.61 1.20 1.80 2.05 1.88 1.27 1.46 2.26 2.56 1.10 1.77 1.55 2.36 1.43 2.06
P 1.22 1.34 2.01 1.98 1.20 1.20 1.07 1.04 1.11 0.89 1.23 1.43 1.36 0.92 1.11 2.20 2.40 0.82 1.13 1.07 1.49 0.74 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.23 0.03 0.26 0.27 0.14
C2 0.04 0.00 0.15 0.55 0.01 0.72 0.01 1.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.60 0.29 0.57 1.68 0.01 1.92 2.08 1.83
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.20 0.08 0.05 0.12 0.17 0.14 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.36 0.07 0.48 0.45 0.37
C3' 0.01 0.55 0.00 0.00 0.33 0.00 0.26 0.01 0.35 0.18 0.48 0.64 0.51 0.17 0.13 0.02 0.02 0.02 0.17 0.32 0.36 0.28 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.31 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.15 0.28 0.77 0.01 0.77 0.78 0.68
C4' 0.01 0.72 0.02 0.00 0.31 0.00 0.11 0.00 0.25 0.41 0.53 0.92 0.69 0.27 0.05 0.23 0.02 0.00 0.01 0.17 0.20 0.21 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.16 0.09 0.54 0.01 0.58 0.48 0.38
C5' 0.11 1.13 0.20 0.01 0.36 0.00 0.09 0.00 0.30 0.81 0.79 1.54 1.02 0.62 0.20 0.06 0.19 0.01 0.01 0.16 0.32 0.17 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.25 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.21 0.20 0.81 0.00 0.95 0.90 0.75
C8 0.00 0.01 0.05 0.18 0.01 0.41 0.01 0.81 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.17 0.33 0.81 0.02 0.97 0.91 0.89
N1 0.03 0.00 0.12 0.48 0.01 0.53 0.00 0.79 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.52 0.27 0.41 1.33 0.01 1.60 1.66 1.44
N2 0.05 0.00 0.17 0.64 0.01 0.92 0.01 1.54 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.70 0.35 0.69 2.13 0.02 2.53 2.87 2.48
N3 0.04 0.00 0.14 0.51 0.01 0.69 0.00 1.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.55 0.24 0.59 1.50 0.01 1.53 1.68 1.51
N7 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.27 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.16 0.20 0.62 0.02 0.80 0.70 0.67
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.08 0.03 0.35 0.02 0.37 0.30 0.21
O2' 0.02 0.60 0.00 0.02 0.35 0.23 0.27 0.06 0.38 0.13 0.52 0.70 0.55 0.11 0.12 0.00 0.08 0.14 0.26 0.34 0.45 0.41 0.32
O3' 0.16 0.29 0.05 0.02 0.15 0.02 0.16 0.19 0.21 0.17 0.27 0.35 0.24 0.16 0.08 0.08 0.00 0.15 0.15 0.22 0.47 0.24 0.32
O4' 0.00 0.57 0.01 0.02 0.28 0.00 0.09 0.01 0.20 0.33 0.41 0.69 0.59 0.20 0.03 0.14 0.15 0.00 0.21 0.13 0.09 0.29 0.16
O5' 0.23 1.68 0.36 0.17 0.77 0.01 0.54 0.01 0.81 0.81 1.33 2.13 1.50 0.62 0.35 0.26 0.15 0.21 0.00 0.69 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.07 0.32 0.01 0.17 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.22 0.13 0.69 0.00 0.84 0.72 0.59
OP1 0.26 1.92 0.48 0.36 0.77 0.20 0.58 0.32 0.95 0.97 1.60 2.53 1.53 0.80 0.37 0.45 0.47 0.09 0.01 0.84 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 2.08 0.45 0.28 0.78 0.21 0.48 0.17 0.90 0.91 1.66 2.87 1.68 0.70 0.30 0.41 0.24 0.29 0.01 0.72 0.01 0.00 0.00
P 0.14 1.83 0.37 0.19 0.68 0.03 0.38 0.03 0.75 0.89 1.44 2.48 1.51 0.67 0.21 0.32 0.32 0.16 0.00 0.59 0.01 0.00 0.00