ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49547

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 2, 3, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N9 B 0, 0.127, 0.263, 0.398, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.263 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.122, 0.259, 0.397, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.259 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.134, 0.291, 0.447, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.291 std_dev=0.156
N7 B 0, 0.105, 0.274, 0.442, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.274 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.154, 0.326, 0.498, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.326 std_dev=0.172
C8 B 0, 0.106, 0.279, 0.452, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.279 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.163, 0.354, 0.544, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.354 std_dev=0.191
O6 B 0, 0.185, 0.403, 0.620, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.403 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.171, 0.434, 0.697, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.434 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.207, 0.479, 0.751, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.479 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.202, 0.522, 0.842, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.522 std_dev=0.320
N2 B 0, 0.281, 0.716, 1.151, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.716 std_dev=0.435
C2' B 0, -0.123, 1.001, 2.126, 3.261 max_d=3.261 avg_d=1.001 std_dev=1.124
O4' B 0, -0.146, 0.980, 2.106, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.980 std_dev=1.126
O4' A 0, -0.391, 0.755, 1.901, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.755 std_dev=1.146
C2' A 0, -0.399, 0.801, 2.001, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.801 std_dev=1.200
O2' B 0, -0.059, 1.153, 2.366, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.153 std_dev=1.212
O2' A 0, -0.420, 0.940, 2.299, 3.268 max_d=3.268 avg_d=0.940 std_dev=1.360
C4' B 0, -0.319, 1.286, 2.891, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.286 std_dev=1.605
C4' A 0, -0.559, 1.107, 2.774, 4.070 max_d=4.070 avg_d=1.107 std_dev=1.667
C3' B 0, -0.401, 1.418, 3.236, 4.955 max_d=4.955 avg_d=1.418 std_dev=1.819
C3' A 0, -0.621, 1.246, 3.112, 4.412 max_d=4.412 avg_d=1.246 std_dev=1.866
O3' B 0, -0.611, 1.861, 4.333, 6.648 max_d=6.648 avg_d=1.861 std_dev=2.472
O3' A 0, -0.843, 1.743, 4.328, 6.142 max_d=6.142 avg_d=1.743 std_dev=2.585
C5' B 0, -0.842, 2.049, 4.941, 7.190 max_d=7.190 avg_d=2.049 std_dev=2.891
C5' A 0, -0.998, 1.927, 4.852, 6.924 max_d=6.924 avg_d=1.927 std_dev=2.925
O5' B 0, -1.057, 2.296, 5.649, 8.157 max_d=8.157 avg_d=2.296 std_dev=3.353
O5' A 0, -1.127, 2.228, 5.584, 8.095 max_d=8.095 avg_d=2.228 std_dev=3.355
P A 0, -1.522, 3.070, 7.661, 10.883 max_d=10.883 avg_d=3.070 std_dev=4.592
P B 0, -1.575, 3.043, 7.662, 10.990 max_d=10.990 avg_d=3.043 std_dev=4.618
OP2 A 0, -1.603, 3.501, 8.606, 12.153 max_d=12.153 avg_d=3.501 std_dev=5.105
OP1 B 0, -1.698, 3.450, 8.599, 12.217 max_d=12.217 avg_d=3.450 std_dev=5.148
OP2 B 0, -1.819, 3.379, 8.577, 12.281 max_d=12.281 avg_d=3.379 std_dev=5.198
OP1 A 0, -1.668, 3.569, 8.805, 12.704 max_d=12.704 avg_d=3.569 std_dev=5.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.20 0.27 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.30 0.01 0.41 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.36 0.74 1.13 0.18 0.70
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.11 0.12
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.16 0.00 0.48 0.01 0.54 0.12 0.19 0.16 0.69 0.01 0.00 0.01 0.21 0.22 0.22 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.02 0.29 0.28 1.15 0.38
C4' 0.00 0.41 0.01 0.00 0.12 0.00 0.49 0.00 0.57 0.08 0.28 0.12 0.88 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.21 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.48 0.00 0.49 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.48 0.28 1.00 0.78 2.00 1.26
C5' 0.04 0.57 0.02 0.01 0.26 0.00 0.83 0.00 0.90 0.17 0.41 0.27 1.29 0.04 0.02 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.54 0.01 0.57 0.00 0.90 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.49 0.37 1.08 0.84 1.78 1.25
N1 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.21 0.22 0.66 0.25
N3 0.01 0.00 0.03 0.19 0.00 0.28 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.26 0.57 1.06 0.21 0.54
N4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.02 0.29 0.30 1.28 0.40
O2 0.01 0.01 0.07 0.69 0.01 0.88 0.01 1.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.60 0.68 1.61 2.02 1.15 1.64
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.04 0.17 0.04 0.19 0.03 0.10 0.05 0.30 0.00 0.05 0.05 0.05 0.13 0.18 0.05
O3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.19 0.02 0.48 0.02 0.49 0.11 0.15 0.20 0.60 0.05 0.00 0.01 0.19 0.28 0.49 0.24
O4' 0.00 0.36 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.02 0.37 0.01 0.26 0.02 0.68 0.05 0.01 0.00 0.08 0.18 0.22 0.14
O5' 0.10 0.74 0.15 0.21 0.29 0.01 1.00 0.01 1.08 0.21 0.57 0.29 1.61 0.05 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 1.13 0.19 0.22 0.28 0.12 0.78 0.15 0.84 0.22 1.06 0.30 2.02 0.13 0.28 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.18 0.11 0.22 1.15 0.21 2.00 0.31 1.78 0.66 0.21 1.28 1.15 0.18 0.49 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.70 0.12 0.19 0.38 0.01 1.26 0.01 1.25 0.25 0.54 0.40 1.64 0.05 0.24 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 1.01 0.52 0.10 0.50 0.11 1.13 0.15 0.17 0.19 0.23 0.15 0.14 0.08 1.21 0.88 0.85 1.13 0.16 0.87 1.89 1.52
C2 0.12 0.18 0.77 0.48 0.08 0.25 0.09 0.63 0.15 0.21 0.19 0.22 0.13 0.17 0.10 0.84 0.72 0.52 0.64 0.16 0.21 1.50 0.94
C2' 0.92 0.72 0.07 0.51 0.79 1.60 0.69 2.28 0.61 0.81 0.64 0.71 0.79 0.67 0.87 0.30 0.12 1.90 2.24 0.51 1.83 2.80 2.51
C3' 0.52 0.44 0.46 0.11 0.61 1.10 0.76 1.90 0.70 0.93 0.55 0.34 0.45 0.95 0.68 0.82 0.51 1.39 2.12 0.76 1.92 3.07 2.63
C4 0.13 0.23 0.71 0.89 0.08 0.34 0.07 0.34 0.13 0.20 0.23 0.29 0.16 0.17 0.12 0.53 1.08 0.14 0.58 0.14 1.59 0.21 0.60
C4' 0.50 0.17 1.55 1.02 0.13 0.06 0.21 0.91 0.29 0.16 0.15 0.25 0.27 0.36 0.20 2.00 1.59 0.40 1.18 0.46 1.37 2.37 1.88
C5 0.12 0.25 0.90 1.18 0.09 0.46 0.09 0.50 0.15 0.20 0.23 0.32 0.18 0.16 0.12 0.64 1.42 0.16 0.81 0.15 1.79 0.44 0.88
C5' 1.06 0.55 2.15 1.78 0.44 0.81 0.13 0.06 0.24 0.09 0.19 0.73 0.74 0.39 0.54 2.67 2.51 0.35 0.49 0.56 0.84 1.96 1.27
C6 0.12 0.23 1.06 1.11 0.10 0.22 0.10 0.13 0.15 0.20 0.21 0.29 0.17 0.16 0.11 0.90 1.42 0.39 0.27 0.15 0.98 0.29 0.22
N1 0.10 0.20 0.98 0.72 0.08 0.19 0.10 0.59 0.15 0.20 0.20 0.24 0.15 0.16 0.09 1.00 1.01 0.59 0.52 0.15 0.18 1.21 0.76
N3 0.13 0.20 0.66 0.59 0.09 0.10 0.09 0.21 0.14 0.20 0.20 0.24 0.14 0.18 0.12 0.63 0.78 0.30 0.16 0.15 0.75 0.86 0.31
N4 0.14 0.25 0.58 0.90 0.11 0.51 0.09 0.67 0.12 0.18 0.24 0.32 0.18 0.16 0.14 0.35 1.06 0.16 0.98 0.12 2.20 0.66 1.13
O2 0.13 0.17 0.68 0.23 0.10 0.49 0.11 1.04 0.15 0.20 0.18 0.20 0.12 0.18 0.12 0.89 0.44 0.64 1.17 0.17 0.80 2.28 1.65
O2' 1.06 0.79 0.22 0.84 0.79 2.01 0.58 2.79 0.51 0.64 0.63 0.85 0.89 0.46 0.86 0.20 0.47 2.17 2.59 0.36 2.44 3.03 2.91
O3' 0.90 0.63 0.09 0.64 0.86 1.68 0.97 2.64 0.86 1.24 0.71 0.50 0.68 1.19 1.00 0.40 0.17 1.83 2.86 0.89 2.97 3.79 3.54
O4' 0.90 0.33 1.94 1.39 0.45 0.38 0.25 0.41 0.15 0.48 0.19 0.35 0.48 0.23 0.64 2.28 1.81 0.07 0.60 0.19 0.66 1.66 1.21
O5' 1.09 0.58 2.15 2.00 0.41 1.11 0.28 0.40 0.42 0.24 0.18 0.82 0.79 0.68 0.48 2.55 2.76 0.56 0.12 0.83 0.27 1.66 0.78
OP1 1.53 0.73 2.55 2.70 0.53 2.05 0.37 1.51 0.63 0.19 0.20 1.08 1.06 0.81 0.68 3.11 3.80 1.27 0.85 1.26 0.60 0.68 0.27
OP2 1.67 1.72 2.44 2.59 1.22 1.94 0.46 1.46 0.43 0.20 1.09 2.15 1.87 0.28 1.07 2.68 3.24 1.41 1.03 0.21 0.82 0.71 0.44
P 1.59 1.05 2.55 2.68 0.77 1.97 0.13 1.38 0.27 0.09 0.40 1.40 1.32 0.61 0.83 2.95 3.62 1.30 0.77 0.83 0.52 0.91 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.19 0.17 0.07
C2 0.02 0.00 0.16 0.48 0.00 0.80 0.00 1.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.48 0.39 0.70 1.67 0.01 2.47 1.75 1.88
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.14 0.18 0.14 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.24 0.18 0.08
C3' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.18 0.00 0.04 0.01 0.12 0.39 0.33 0.63 0.47 0.29 0.08 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.16 0.11 0.13
C4 0.01 0.00 0.09 0.18 0.00 0.33 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.12 0.35 0.61 0.01 1.13 0.32 0.59
C4' 0.01 0.80 0.01 0.00 0.33 0.00 0.09 0.00 0.26 0.48 0.57 1.03 0.77 0.32 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.15 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.13 0.19 0.01 0.79 0.38 0.18
C5' 0.01 1.35 0.01 0.01 0.50 0.00 0.15 0.00 0.44 0.76 0.98 1.80 1.23 0.54 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.26 0.37 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.26 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.08 0.27 0.54 0.00 1.33 0.25 0.56
C8 0.00 0.00 0.04 0.39 0.00 0.48 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.32 0.37 0.97 0.01 0.54 1.52 1.11
N1 0.02 0.00 0.14 0.33 0.00 0.57 0.00 0.98 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.26 0.52 1.21 0.00 2.12 1.14 1.38
N2 0.03 0.00 0.18 0.63 0.00 1.03 0.00 1.80 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.61 0.55 0.84 2.21 0.01 3.15 2.67 2.61
N3 0.02 0.00 0.14 0.47 0.00 0.77 0.00 1.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.44 0.37 0.71 1.50 0.01 2.02 1.41 1.56
N7 0.00 0.00 0.03 0.29 0.00 0.32 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.27 0.20 0.72 0.01 0.27 1.43 0.91
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.15 0.01 0.31 0.46 0.21
O2' 0.02 0.48 0.00 0.01 0.20 0.04 0.09 0.04 0.19 0.25 0.36 0.61 0.44 0.15 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.14 0.11 0.09 0.08
O3' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.12 0.02 0.06 0.02 0.08 0.32 0.26 0.55 0.37 0.27 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09 0.21
O4' 0.00 0.70 0.00 0.01 0.35 0.00 0.13 0.01 0.27 0.37 0.52 0.84 0.71 0.20 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.19 0.06 0.06 0.07
O5' 0.04 1.67 0.04 0.05 0.61 0.01 0.19 0.01 0.54 0.97 1.21 2.21 1.50 0.72 0.15 0.03 0.07 0.04 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.15 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.19 0.32 0.00 1.13 0.32 0.32
OP1 0.19 2.47 0.24 0.16 1.13 0.15 0.79 0.37 1.33 0.54 2.12 3.15 2.02 0.27 0.31 0.11 0.09 0.06 0.01 1.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 1.75 0.18 0.11 0.32 0.12 0.38 0.28 0.25 1.52 1.14 2.67 1.41 1.43 0.46 0.09 0.09 0.06 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00
P 0.07 1.88 0.08 0.13 0.59 0.02 0.18 0.01 0.56 1.11 1.38 2.61 1.56 0.91 0.21 0.08 0.21 0.07 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00