ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49549

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 1, 1, 0, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.007, 0.031, 0.056, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N1 B 0, 0.120, 0.437, 0.753, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.437 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.140, 0.460, 0.781, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.460 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.125, 0.457, 0.789, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.457 std_dev=0.332
O4' A 0, -0.086, 0.258, 0.602, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.258 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.123, 0.471, 0.818, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.471 std_dev=0.347
C5 B 0, 0.132, 0.495, 0.858, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.495 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.121, 0.484, 0.848, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.484 std_dev=0.364
O6 B 0, 0.160, 0.527, 0.893, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.527 std_dev=0.367
C2' A 0, -0.097, 0.288, 0.673, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.288 std_dev=0.385
N2 B 0, 0.135, 0.557, 0.980, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.557 std_dev=0.423
N9 B 0, 0.137, 0.600, 1.063, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.600 std_dev=0.463
N7 B 0, 0.134, 0.615, 1.097, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.615 std_dev=0.482
C4' A 0, -0.111, 0.389, 0.889, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.389 std_dev=0.500
C3' A 0, -0.102, 0.417, 0.937, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.417 std_dev=0.519
C8 B 0, 0.135, 0.666, 1.197, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.666 std_dev=0.531
C1' B 0, 0.149, 0.690, 1.231, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.690 std_dev=0.541
O2' A 0, -0.193, 0.393, 0.980, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.393 std_dev=0.586
O4' B 0, 0.110, 0.744, 1.379, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.744 std_dev=0.635
P A 0, -0.013, 0.653, 1.320, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.653 std_dev=0.666
O3' A 0, -0.092, 0.609, 1.310, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.609 std_dev=0.701
C3' B 0, 0.092, 0.814, 1.536, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.814 std_dev=0.722
C2' B 0, 0.116, 0.841, 1.566, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.841 std_dev=0.725
C4' B 0, 0.051, 0.807, 1.563, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.807 std_dev=0.756
O5' A 0, -0.075, 0.702, 1.479, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.702 std_dev=0.777
O3' B 0, 0.174, 0.952, 1.729, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.952 std_dev=0.778
C5' A 0, -0.111, 0.686, 1.483, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.686 std_dev=0.797
OP2 B 0, 0.019, 0.919, 1.820, 3.804 max_d=3.804 avg_d=0.919 std_dev=0.901
C5' B 0, -0.044, 0.897, 1.838, 3.585 max_d=3.585 avg_d=0.897 std_dev=0.941
O2' B 0, 0.075, 1.023, 1.972, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.023 std_dev=0.949
OP2 A 0, -0.042, 0.946, 1.934, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.946 std_dev=0.988
P B 0, -0.023, 0.971, 1.965, 4.086 max_d=4.086 avg_d=0.971 std_dev=0.994
O5' B 0, -0.063, 0.942, 1.947, 4.183 max_d=4.183 avg_d=0.942 std_dev=1.005
OP1 A 0, -0.035, 1.013, 2.060, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.013 std_dev=1.048
OP1 B 0, 0.002, 1.105, 2.208, 4.452 max_d=4.452 avg_d=1.105 std_dev=1.103

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.17 0.00 0.16 0.38 0.61 0.23
C2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.07 0.30 0.53 0.49 0.16
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.14 0.12 0.17 0.04 0.11 0.07 0.28 0.00 0.05 0.01 0.31 0.48 0.70 0.47
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.21 0.13 0.20 0.22 0.23 0.02 0.01 0.02 0.36 0.33 0.36 0.34
C4 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.15 0.03 0.43 0.64 0.50 0.15
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.05 0.07 0.08 0.08 0.16 0.02 0.00 0.01 0.09 0.41 0.10
C5 0.00 0.00 0.14 0.22 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.22 0.08 0.46 0.61 0.50 0.13
C5' 0.05 0.16 0.12 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.13 0.10 0.19 0.20 0.18 0.06 0.13 0.01 0.00 0.22 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.21 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.10 0.42 0.51 0.51 0.12
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.31 0.47 0.52 0.16
N3 0.02 0.00 0.11 0.20 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.05 0.36 0.61 0.49 0.16
N4 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.19 0.03 0.45 0.69 0.54 0.16
O2 0.04 0.00 0.28 0.23 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.20 0.12 0.24 0.48 0.49 0.18
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.21 0.16 0.28 0.06 0.27 0.11 0.11 0.22 0.19 0.00 0.14 0.10 0.21 0.53 0.76 0.46
O3' 0.17 0.09 0.05 0.01 0.15 0.02 0.22 0.13 0.19 0.07 0.09 0.19 0.20 0.14 0.00 0.12 0.36 0.54 0.31 0.40
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.12 0.10 0.12 0.00 0.19 0.40 0.61 0.25
O5' 0.16 0.30 0.31 0.36 0.43 0.01 0.46 0.00 0.42 0.31 0.36 0.45 0.24 0.21 0.36 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.38 0.53 0.48 0.33 0.64 0.09 0.61 0.22 0.51 0.47 0.61 0.69 0.48 0.53 0.54 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 0.49 0.70 0.36 0.50 0.41 0.50 0.34 0.51 0.52 0.49 0.54 0.49 0.76 0.31 0.61 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.16 0.47 0.34 0.15 0.10 0.13 0.01 0.12 0.16 0.16 0.16 0.18 0.46 0.40 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.16 0.33 0.27 0.16 0.38 0.21 0.52 0.24 0.25 0.20 0.31 0.15 0.27 0.21 0.50 0.40 0.42 0.35 0.31 0.35 0.40 0.34
C2 0.26 0.13 0.32 0.28 0.17 0.40 0.22 0.54 0.20 0.30 0.10 0.28 0.16 0.31 0.24 0.42 0.40 0.41 0.35 0.28 0.36 0.42 0.35
C2' 0.43 0.16 0.57 0.46 0.21 0.44 0.18 0.49 0.21 0.28 0.16 0.28 0.24 0.25 0.30 0.78 0.53 0.44 0.41 0.32 0.41 0.37 0.37
C3' 0.38 0.16 0.45 0.41 0.19 0.51 0.19 0.60 0.22 0.29 0.22 0.25 0.17 0.24 0.29 0.62 0.55 0.51 0.45 0.29 0.45 0.42 0.42
C4 0.26 0.23 0.29 0.24 0.21 0.33 0.24 0.45 0.20 0.30 0.13 0.32 0.24 0.33 0.25 0.36 0.31 0.34 0.30 0.30 0.30 0.34 0.29
C4' 0.34 0.31 0.27 0.35 0.31 0.54 0.34 0.65 0.37 0.35 0.37 0.34 0.28 0.36 0.34 0.35 0.57 0.58 0.46 0.41 0.47 0.51 0.46
C5 0.24 0.22 0.27 0.23 0.20 0.32 0.23 0.44 0.23 0.27 0.14 0.35 0.23 0.31 0.23 0.34 0.30 0.34 0.29 0.34 0.29 0.32 0.27
C5' 0.41 0.43 0.27 0.39 0.40 0.59 0.43 0.69 0.47 0.44 0.47 0.46 0.39 0.44 0.42 0.30 0.61 0.64 0.47 0.50 0.49 0.56 0.49
C6 0.24 0.18 0.29 0.25 0.18 0.35 0.23 0.48 0.24 0.27 0.15 0.32 0.20 0.30 0.23 0.38 0.34 0.38 0.30 0.34 0.31 0.34 0.29
N1 0.25 0.13 0.31 0.26 0.16 0.38 0.22 0.52 0.23 0.27 0.14 0.29 0.16 0.29 0.23 0.42 0.38 0.41 0.33 0.31 0.34 0.39 0.33
N3 0.28 0.18 0.32 0.27 0.20 0.37 0.24 0.51 0.19 0.32 0.09 0.28 0.22 0.34 0.26 0.39 0.36 0.37 0.32 0.27 0.33 0.39 0.32
N4 0.28 0.28 0.30 0.23 0.24 0.31 0.26 0.42 0.22 0.31 0.23 0.34 0.27 0.35 0.27 0.39 0.28 0.31 0.31 0.29 0.30 0.34 0.29
O2 0.29 0.15 0.35 0.32 0.17 0.44 0.23 0.59 0.20 0.32 0.15 0.29 0.15 0.31 0.26 0.48 0.45 0.45 0.41 0.26 0.41 0.48 0.41
O2' 0.50 0.23 0.67 0.54 0.24 0.47 0.20 0.51 0.22 0.31 0.14 0.39 0.32 0.29 0.33 0.94 0.61 0.46 0.44 0.36 0.45 0.41 0.40
O3' 0.49 0.24 0.52 0.59 0.31 0.75 0.31 0.85 0.31 0.41 0.29 0.27 0.27 0.37 0.40 0.68 0.81 0.71 0.66 0.37 0.66 0.64 0.63
O4' 0.34 0.31 0.21 0.33 0.34 0.54 0.38 0.67 0.39 0.39 0.37 0.31 0.29 0.41 0.36 0.26 0.53 0.60 0.45 0.43 0.47 0.54 0.47
O5' 0.17 0.36 0.25 0.22 0.27 0.32 0.34 0.42 0.44 0.25 0.45 0.39 0.27 0.32 0.22 0.32 0.40 0.36 0.22 0.52 0.23 0.27 0.22
OP1 0.72 0.65 0.78 0.79 0.69 0.81 0.71 0.89 0.69 0.74 0.66 0.64 0.67 0.74 0.72 0.81 0.90 0.81 0.72 0.71 0.73 0.80 0.74
OP2 0.73 0.65 0.67 0.68 0.70 0.85 0.72 0.93 0.72 0.73 0.66 0.64 0.68 0.75 0.72 0.77 0.85 0.89 0.73 0.78 0.76 0.80 0.75
P 0.36 0.28 0.35 0.36 0.32 0.51 0.35 0.61 0.37 0.36 0.33 0.26 0.30 0.37 0.35 0.43 0.55 0.55 0.36 0.44 0.37 0.42 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.16 0.01 0.11 0.29 0.07
C2 0.02 0.00 0.23 0.19 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.12 0.35 0.00 0.30 0.24 0.27
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.12 0.09 0.13 0.17 0.28 0.22 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.07 0.30 0.56 0.30
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.02 0.22 0.19 0.21 0.20 0.17 0.22 0.13 0.01 0.01 0.02 0.21 0.24 0.30 0.37 0.25
C4 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.06 0.39 0.01 0.30 0.20 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.04 0.07 0.05 0.12 0.05 0.16 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.29 0.07
C5 0.01 0.00 0.05 0.20 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.09 0.03 0.52 0.01 0.42 0.30 0.40
C5' 0.05 0.09 0.12 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.13 0.06 0.05 0.12 0.01 0.01 0.11 0.19 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05 0.53 0.00 0.46 0.37 0.44
C8 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.14 0.08 0.55 0.01 0.38 0.18 0.36
N1 0.01 0.00 0.17 0.21 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.09 0.45 0.00 0.40 0.32 0.37
N2 0.03 0.00 0.28 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.14 0.29 0.01 0.27 0.24 0.24
N3 0.02 0.00 0.22 0.17 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.12 0.30 0.00 0.24 0.20 0.21
N7 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.16 0.04 0.61 0.01 0.47 0.34 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.37 0.01 0.25 0.15 0.22
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.16 0.16 0.05 0.13 0.26 0.07 0.21 0.13 0.26 0.12 0.00 0.03 0.10 0.05 0.17 0.27 0.62 0.27
O3' 0.16 0.14 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.20 0.15 0.16 0.05 0.03 0.00 0.11 0.21 0.15 0.34 0.27 0.23
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.14 0.12 0.04 0.01 0.10 0.11 0.00 0.17 0.04 0.13 0.25 0.12
O5' 0.16 0.35 0.15 0.21 0.39 0.02 0.52 0.01 0.53 0.55 0.45 0.29 0.30 0.61 0.37 0.05 0.21 0.17 0.00 0.60 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.07 0.24 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.04 0.60 0.00 0.53 0.47 0.52
OP1 0.11 0.30 0.30 0.30 0.30 0.10 0.42 0.19 0.46 0.38 0.40 0.27 0.24 0.47 0.25 0.27 0.34 0.13 0.01 0.53 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.24 0.56 0.37 0.20 0.29 0.30 0.28 0.37 0.18 0.32 0.24 0.20 0.34 0.15 0.62 0.27 0.25 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.27 0.30 0.25 0.27 0.07 0.40 0.01 0.44 0.36 0.37 0.24 0.21 0.47 0.22 0.27 0.23 0.12 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00