ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49554

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.024, 0.134, 0.244, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.134 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.068, 0.221, 0.374, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.221 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.135, 0.288, 0.442, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.288 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.072, 0.232, 0.392, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.232 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.056, 0.223, 0.389, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.223 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.220, 0.456, 0.692, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.456 std_dev=0.236
N9 B 0, 0.231, 0.469, 0.708, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.469 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.227, 0.469, 0.710, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.469 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.269, 0.518, 0.768, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.518 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.098, 0.348, 0.598, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.348 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.128, 0.383, 0.637, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.383 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.275, 0.531, 0.787, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.531 std_dev=0.256
N7 B 0, 0.257, 0.513, 0.768, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.513 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.299, 0.569, 0.839, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.569 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.310, 0.583, 0.857, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.583 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.328, 0.615, 0.902, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.615 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.326, 0.617, 0.908, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.617 std_dev=0.291
O6 B 0, 0.330, 0.622, 0.913, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.622 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.210, 0.509, 0.808, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.509 std_dev=0.299
N2 B 0, 0.356, 0.690, 1.024, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.690 std_dev=0.334
C5' B 0, 0.234, 0.594, 0.954, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.594 std_dev=0.360
C5' A 0, 0.178, 0.576, 0.975, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.576 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.298, 0.705, 1.111, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.705 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.273, 0.722, 1.171, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.722 std_dev=0.449
O5' B 0, 0.275, 0.729, 1.183, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.729 std_dev=0.454
O2' B 0, 0.330, 0.808, 1.287, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.808 std_dev=0.479
OP1 B 0, 0.310, 0.799, 1.288, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.799 std_dev=0.489
P B 0, 0.231, 0.757, 1.282, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.757 std_dev=0.525
O5' A 0, 0.209, 0.776, 1.344, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.776 std_dev=0.567
OP2 B 0, 0.203, 0.801, 1.400, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.801 std_dev=0.599
O3' B 0, 0.342, 0.946, 1.550, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.946 std_dev=0.604
OP2 A 0, 0.288, 0.966, 1.643, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.966 std_dev=0.677
P A 0, 0.276, 0.968, 1.659, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.968 std_dev=0.692
OP1 A 0, 0.306, 1.165, 2.023, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.165 std_dev=0.859

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.14 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.20 0.11
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.19 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.11 0.15 0.21 0.16
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.03 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.17 0.21 0.25 0.21
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.15 0.06 0.06 0.10 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.16 0.18 0.21 0.18
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.08 0.16 0.10
N4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.12 0.17 0.24 0.18
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.11 0.08 0.08 0.15 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.05 0.14 0.24 0.14
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.19 0.08
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02
O5' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.11 0.01 0.17 0.00 0.16 0.07 0.06 0.12 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.06 0.11 0.09 0.15 0.02 0.21 0.02 0.18 0.09 0.08 0.17 0.08 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.14 0.20 0.19 0.21 0.11 0.25 0.03 0.21 0.15 0.16 0.24 0.15 0.24 0.19 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.11 0.10 0.16 0.04 0.21 0.01 0.18 0.09 0.10 0.18 0.09 0.14 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.11 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.18 0.11 0.05 0.12 0.08 0.37 0.36 0.28
C2 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.15 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.04 0.12 0.07 0.06 0.08 0.10 0.24 0.12 0.12
C2' 0.06 0.12 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.14 0.11 0.08 0.06 0.14 0.08 0.07 0.12 0.09 0.42 0.43 0.32
C3' 0.05 0.09 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.09 0.09 0.08 0.34 0.41 0.27
C4 0.12 0.10 0.12 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.18 0.08 0.07 0.08 0.11 0.19 0.12 0.11
C4' 0.06 0.08 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.09 0.06 0.11 0.07 0.09 0.06 0.12 0.06 0.13 0.05 0.07 0.22 0.34 0.19
C5 0.16 0.14 0.19 0.12 0.13 0.08 0.13 0.07 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.13 0.14 0.26 0.14 0.07 0.08 0.13 0.25 0.21 0.17
C5' 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.13 0.08 0.14 0.07 0.12 0.07 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.18 0.06 0.07 0.16 0.31 0.14
C6 0.15 0.14 0.20 0.13 0.12 0.09 0.11 0.06 0.11 0.12 0.12 0.15 0.14 0.11 0.12 0.27 0.16 0.07 0.10 0.11 0.30 0.28 0.22
N1 0.10 0.10 0.12 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.19 0.09 0.05 0.08 0.09 0.31 0.25 0.21
N3 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.16 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.12 0.08 0.07 0.11 0.11 0.18 0.09 0.09
N4 0.12 0.11 0.13 0.10 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.15 0.12 0.17 0.09 0.08 0.10 0.13 0.15 0.09 0.09
O2 0.06 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.21 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.13 0.08 0.13 0.11 0.24 0.10 0.10
O2' 0.07 0.14 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.13 0.17 0.12 0.08 0.06 0.15 0.11 0.05 0.20 0.10 0.55 0.48 0.41
O3' 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.06 0.15 0.11 0.08 0.12 0.09 0.37 0.41 0.30
O4' 0.06 0.09 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06 0.17 0.08 0.10 0.07 0.07 0.24 0.31 0.20
O5' 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.15 0.09 0.15 0.08 0.13 0.09 0.13 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.18 0.08 0.08 0.12 0.30 0.10
OP1 0.11 0.14 0.08 0.10 0.10 0.14 0.10 0.14 0.11 0.12 0.13 0.19 0.12 0.11 0.10 0.08 0.08 0.17 0.08 0.11 0.10 0.29 0.09
OP2 0.11 0.19 0.10 0.09 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.12 0.19 0.23 0.16 0.13 0.12 0.10 0.07 0.17 0.11 0.16 0.16 0.27 0.12
P 0.10 0.15 0.07 0.07 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.11 0.14 0.19 0.12 0.10 0.10 0.07 0.04 0.17 0.06 0.11 0.13 0.29 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.00 0.06 0.13 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.18 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.10 0.07 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.03
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.12 0.07
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.05 0.02 0.02 0.12 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.10 0.07 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.09
C8 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.02 0.14 0.01 0.08 0.09 0.10
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.04
N2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.01 0.03 0.01 0.08 0.18 0.08
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.00 0.08 0.16 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.13 0.12 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.29 0.12
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.11 0.07 0.14 0.10 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.13 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.19 0.16 0.12
O5' 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.14 0.06 0.03 0.02 0.15 0.06 0.04 0.06 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.13 0.00 0.15 0.11 0.13
OP1 0.12 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.13 0.05 0.10 0.13 0.19 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.13 0.18 0.09 0.09 0.12 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.18 0.16 0.12 0.08 0.29 0.11 0.16 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.08 0.00 0.09 0.10 0.04 0.08 0.07 0.14 0.03 0.12 0.07 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00