ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C6 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.002, 0.013, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.015
O2 A 0, -0.006, 0.027, 0.059, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.032
N4 A 0, -0.005, 0.034, 0.074, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.034 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.031, 0.091, 0.151, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.091 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.023, 0.100, 0.176, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.100 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.055, 0.136, 0.218, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.136 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.074, 0.184, 0.294, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.184 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.034, 0.157, 0.280, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.157 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.110, 0.256, 0.402, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.256 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.122, 0.273, 0.424, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.273 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.111, 0.269, 0.428, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.269 std_dev=0.159
C5 B 0, 0.138, 0.317, 0.496, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.317 std_dev=0.179
C8 B 0, 0.130, 0.312, 0.494, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.312 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.144, 0.332, 0.521, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.332 std_dev=0.188
N9 B 0, 0.140, 0.336, 0.533, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.336 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.135, 0.333, 0.532, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.333 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.137, 0.344, 0.550, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.344 std_dev=0.207
O5' A 0, 0.131, 0.340, 0.548, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.340 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.159, 0.379, 0.600, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.379 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.150, 0.391, 0.632, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.391 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.141, 0.392, 0.642, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.392 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.163, 0.435, 0.707, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.435 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.163, 0.448, 0.734, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.448 std_dev=0.285
P A 0, 0.174, 0.463, 0.751, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.463 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.196, 0.488, 0.780, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.488 std_dev=0.292
O6 B 0, 0.129, 0.428, 0.726, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.428 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.150, 0.453, 0.756, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.453 std_dev=0.303
O3' B 0, 0.163, 0.467, 0.771, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.467 std_dev=0.304
N2 B 0, 0.172, 0.499, 0.826, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.499 std_dev=0.327
OP1 A 0, 0.206, 0.548, 0.890, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.548 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.173, 0.526, 0.879, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.526 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.181, 0.540, 0.899, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.540 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.202, 0.662, 1.123, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.662 std_dev=0.461
O5' B 0, 0.244, 0.771, 1.298, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.771 std_dev=0.527
OP2 B 0, 0.234, 0.787, 1.341, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.787 std_dev=0.554
P B 0, 0.230, 0.854, 1.478, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.854 std_dev=0.624
OP1 B 0, 0.247, 1.028, 1.809, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.028 std_dev=0.781

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.13 0.15 0.07 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.11 0.12 0.11 0.11
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.11 0.13 0.15 0.13
C5' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.11 0.12 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.11 0.06 0.08
N3 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.12 0.14 0.08 0.11
N4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.11 0.12 0.13 0.12
O2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.17 0.21 0.11 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.02 0.11 0.05 0.09 0.04 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.07 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04
O5' 0.05 0.13 0.01 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.09 0.12 0.11 0.17 0.04 0.09 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.15 0.04 0.02 0.12 0.03 0.13 0.02 0.12 0.11 0.14 0.12 0.21 0.01 0.09 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.07 0.02 0.03 0.11 0.01 0.15 0.01 0.13 0.06 0.08 0.13 0.11 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.01 0.03 0.11 0.02 0.13 0.02 0.12 0.08 0.11 0.12 0.16 0.04 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.20 0.02 0.02 0.14 0.03 0.17 0.04 0.21 0.10 0.22 0.20 0.15 0.13 0.10 0.07 0.05 0.07 0.07 0.23 0.05 0.12 0.07
C2 0.17 0.13 0.11 0.11 0.13 0.16 0.14 0.19 0.17 0.15 0.15 0.12 0.12 0.14 0.15 0.13 0.11 0.19 0.22 0.19 0.24 0.27 0.25
C2' 0.07 0.22 0.01 0.03 0.13 0.02 0.15 0.03 0.21 0.08 0.24 0.24 0.16 0.10 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06 0.23 0.02 0.11 0.05
C3' 0.06 0.21 0.02 0.04 0.11 0.03 0.12 0.03 0.17 0.06 0.21 0.24 0.15 0.07 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.18 0.05 0.09 0.02
C4 0.13 0.06 0.13 0.12 0.06 0.13 0.06 0.17 0.11 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.10 0.15 0.12 0.13 0.17 0.16 0.22 0.29 0.23
C4' 0.08 0.20 0.06 0.07 0.14 0.06 0.15 0.06 0.18 0.09 0.20 0.21 0.17 0.11 0.10 0.04 0.07 0.07 0.09 0.18 0.08 0.08 0.06
C5 0.13 0.11 0.15 0.14 0.08 0.13 0.10 0.13 0.17 0.06 0.15 0.11 0.10 0.04 0.10 0.17 0.15 0.11 0.11 0.22 0.16 0.24 0.16
C5' 0.06 0.16 0.05 0.07 0.11 0.06 0.11 0.07 0.13 0.07 0.15 0.18 0.14 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10
C6 0.10 0.14 0.13 0.12 0.06 0.10 0.12 0.10 0.20 0.03 0.19 0.14 0.08 0.07 0.04 0.16 0.14 0.09 0.08 0.23 0.12 0.20 0.12
N1 0.10 0.15 0.08 0.06 0.10 0.08 0.15 0.10 0.20 0.09 0.19 0.14 0.10 0.12 0.08 0.13 0.09 0.10 0.11 0.22 0.12 0.19 0.14
N3 0.16 0.08 0.11 0.12 0.09 0.16 0.10 0.21 0.12 0.15 0.11 0.07 0.08 0.11 0.13 0.13 0.12 0.19 0.24 0.15 0.28 0.32 0.29
N4 0.13 0.07 0.14 0.12 0.09 0.14 0.06 0.19 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.05 0.12 0.15 0.13 0.14 0.19 0.11 0.26 0.32 0.26
O2 0.24 0.16 0.15 0.17 0.17 0.22 0.17 0.25 0.17 0.20 0.17 0.15 0.16 0.17 0.20 0.15 0.15 0.27 0.29 0.18 0.31 0.31 0.32
O2' 0.07 0.22 0.05 0.07 0.14 0.05 0.16 0.04 0.21 0.10 0.24 0.25 0.17 0.12 0.09 0.01 0.09 0.06 0.06 0.23 0.03 0.09 0.02
O3' 0.05 0.21 0.05 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.16 0.05 0.21 0.26 0.15 0.06 0.06 0.03 0.11 0.04 0.09 0.16 0.10 0.10 0.07
O4' 0.09 0.21 0.04 0.04 0.18 0.04 0.19 0.04 0.22 0.13 0.23 0.20 0.19 0.16 0.13 0.05 0.05 0.07 0.07 0.23 0.04 0.07 0.04
O5' 0.11 0.10 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.14 0.02 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06
OP1 0.06 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.13 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.14 0.00 0.01 0.12 0.03 0.24 0.20 0.20
OP2 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05 0.12 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.17 0.04 0.24 0.23 0.22
P 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.10 0.00 0.01 0.09 0.04 0.17 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.15 0.06
C2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.00 0.21 0.25 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.14 0.24 0.14
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.10 0.09 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.03
C5 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.12 0.00 0.21 0.29 0.20
C5' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.19 0.11 0.18 0.14 0.11 0.15 0.08 0.04 0.05 0.01 0.02 0.21 0.04 0.04 0.02
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.14 0.00 0.27 0.33 0.23
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.14 0.23 0.15
N1 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.12 0.00 0.25 0.29 0.21
N2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.01 0.22 0.24 0.17
N3 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.15 0.23 0.14
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.13 0.00 0.21 0.29 0.21
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.20 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.09 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.10 0.08 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.06
O5' 0.02 0.09 0.02 0.04 0.07 0.01 0.12 0.02 0.14 0.10 0.12 0.09 0.06 0.13 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.17 0.00 0.32 0.36 0.27
OP1 0.03 0.21 0.02 0.05 0.14 0.03 0.21 0.04 0.27 0.14 0.25 0.22 0.15 0.21 0.09 0.05 0.10 0.02 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.25 0.12 0.08 0.24 0.07 0.29 0.04 0.33 0.23 0.29 0.24 0.23 0.29 0.20 0.09 0.08 0.13 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.17 0.04 0.05 0.14 0.03 0.20 0.02 0.23 0.15 0.21 0.17 0.14 0.21 0.11 0.03 0.09 0.06 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00