ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49559

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.087, 0.189, 0.291, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.189 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.103, 0.215, 0.326, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.215 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.072, 0.184, 0.295, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.184 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.155, 0.316, 0.477, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.316 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.141, 0.305, 0.468, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.305 std_dev=0.163
O3' A 0, 0.209, 0.419, 0.629, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.419 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.268, 0.548, 0.827, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.548 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.278, 0.559, 0.840, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.559 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.297, 0.578, 0.860, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.578 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.249, 0.552, 0.854, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.552 std_dev=0.302
N9 B 0, 0.260, 0.562, 0.865, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.562 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.237, 0.555, 0.872, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.555 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.310, 0.669, 1.029, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.669 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.222, 0.583, 0.943, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.583 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.260, 0.623, 0.986, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.623 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.351, 0.721, 1.090, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.721 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.194, 0.612, 1.030, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.612 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.383, 0.810, 1.238, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.810 std_dev=0.428
C2 B 0, 0.208, 0.636, 1.064, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.636 std_dev=0.428
O6 B 0, 0.205, 0.641, 1.078, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.641 std_dev=0.437
O2' B 0, 0.401, 0.843, 1.284, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.843 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.355, 0.806, 1.257, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.806 std_dev=0.451
C4' B 0, 0.399, 0.902, 1.404, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.902 std_dev=0.502
N2 B 0, 0.180, 0.733, 1.287, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.733 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.387, 0.953, 1.520, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.953 std_dev=0.566
C5' B 0, 0.387, 0.994, 1.601, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.994 std_dev=0.607
O5' B 0, 0.466, 1.111, 1.756, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.111 std_dev=0.645
O5' A 0, 0.236, 0.945, 1.654, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.945 std_dev=0.709
P B 0, 0.481, 1.229, 1.977, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.229 std_dev=0.748
P A 0, 0.233, 1.051, 1.869, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.051 std_dev=0.818
OP2 A 0, 0.463, 1.333, 2.202, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.333 std_dev=0.870
OP2 B 0, 0.497, 1.552, 2.607, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.552 std_dev=1.055
OP1 A 0, 0.224, 1.467, 2.709, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.467 std_dev=1.243
OP1 B 0, 0.547, 1.827, 3.106, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.827 std_dev=1.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.39 0.22 0.25
C2 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.03 0.40 0.55 0.27 0.32
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.14 0.17 0.14 0.09
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.07 0.05 0.11 0.09 0.14 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.16 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.53 0.70 0.40 0.44
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.58 0.71 0.44 0.49
C5' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.20 0.13 0.16 0.22 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.18 0.30 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.06 0.55 0.63 0.39 0.44
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.43 0.53 0.29 0.34
N3 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.46 0.64 0.33 0.38
N4 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.55 0.75 0.45 0.46
O2 0.01 0.00 0.15 0.14 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.06 0.32 0.48 0.21 0.26
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.16 0.05
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.11 0.09 0.16 0.01 0.00 0.01 0.26 0.28 0.31 0.25
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.29 0.42 0.27 0.26
O5' 0.30 0.40 0.14 0.04 0.53 0.00 0.58 0.00 0.55 0.43 0.46 0.55 0.32 0.04 0.26 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.39 0.55 0.17 0.07 0.70 0.15 0.71 0.18 0.63 0.53 0.64 0.75 0.48 0.09 0.28 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.27 0.14 0.16 0.40 0.20 0.44 0.30 0.39 0.29 0.33 0.45 0.21 0.16 0.31 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.32 0.09 0.03 0.44 0.03 0.49 0.01 0.44 0.34 0.38 0.46 0.26 0.05 0.25 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.21 0.23 0.12 0.19 0.07 0.18 0.08 0.05 0.11 0.17 0.17 0.05 0.11 0.21 0.28 0.14 0.15 0.11 0.23 0.18 0.14
C2 0.17 0.19 0.21 0.21 0.14 0.18 0.09 0.17 0.12 0.09 0.09 0.24 0.20 0.10 0.13 0.23 0.24 0.17 0.16 0.21 0.21 0.23 0.17
C2' 0.14 0.16 0.19 0.21 0.13 0.17 0.09 0.17 0.10 0.06 0.13 0.18 0.16 0.06 0.11 0.19 0.26 0.13 0.14 0.08 0.24 0.18 0.14
C3' 0.09 0.14 0.14 0.20 0.08 0.14 0.08 0.15 0.08 0.13 0.11 0.18 0.12 0.13 0.08 0.15 0.27 0.09 0.11 0.08 0.20 0.15 0.10
C4 0.17 0.09 0.24 0.23 0.07 0.18 0.12 0.15 0.23 0.08 0.22 0.12 0.09 0.12 0.10 0.29 0.29 0.14 0.11 0.32 0.38 0.36 0.10
C4' 0.10 0.13 0.20 0.26 0.07 0.17 0.12 0.18 0.10 0.18 0.08 0.18 0.12 0.22 0.08 0.21 0.35 0.09 0.11 0.14 0.25 0.19 0.09
C5 0.13 0.26 0.21 0.23 0.11 0.20 0.17 0.23 0.27 0.07 0.33 0.32 0.16 0.13 0.07 0.27 0.30 0.14 0.21 0.32 0.30 0.47 0.23
C5' 0.07 0.24 0.17 0.31 0.09 0.19 0.15 0.24 0.12 0.30 0.17 0.33 0.19 0.30 0.13 0.15 0.43 0.06 0.14 0.15 0.20 0.20 0.12
C6 0.15 0.27 0.21 0.26 0.14 0.23 0.16 0.26 0.24 0.07 0.29 0.30 0.21 0.11 0.10 0.24 0.32 0.17 0.24 0.27 0.23 0.34 0.24
N1 0.13 0.13 0.19 0.21 0.08 0.17 0.08 0.16 0.14 0.04 0.13 0.16 0.14 0.08 0.08 0.21 0.26 0.13 0.13 0.21 0.14 0.18 0.12
N3 0.20 0.16 0.25 0.25 0.13 0.22 0.11 0.20 0.16 0.11 0.10 0.24 0.20 0.12 0.15 0.27 0.28 0.19 0.17 0.27 0.36 0.24 0.16
N4 0.19 0.09 0.28 0.26 0.08 0.20 0.14 0.15 0.25 0.09 0.24 0.10 0.10 0.13 0.11 0.32 0.33 0.16 0.11 0.34 0.53 0.47 0.10
O2 0.20 0.32 0.21 0.22 0.21 0.22 0.16 0.23 0.18 0.13 0.27 0.36 0.29 0.13 0.18 0.21 0.23 0.22 0.25 0.18 0.24 0.38 0.29
O2' 0.20 0.21 0.26 0.27 0.19 0.22 0.16 0.21 0.17 0.14 0.20 0.23 0.21 0.12 0.18 0.26 0.31 0.19 0.19 0.16 0.38 0.25 0.19
O3' 0.09 0.14 0.16 0.22 0.09 0.15 0.10 0.16 0.09 0.12 0.11 0.17 0.13 0.14 0.08 0.16 0.30 0.09 0.11 0.11 0.26 0.18 0.11
O4' 0.12 0.11 0.21 0.24 0.08 0.17 0.10 0.17 0.11 0.11 0.08 0.14 0.13 0.16 0.08 0.22 0.30 0.11 0.12 0.15 0.23 0.18 0.11
O5' 0.40 0.40 0.34 0.31 0.44 0.34 0.43 0.35 0.40 0.44 0.39 0.37 0.42 0.44 0.44 0.28 0.22 0.39 0.37 0.38 0.35 0.46 0.41
OP1 0.87 0.72 0.88 0.87 0.77 0.87 0.70 0.87 0.64 0.76 0.66 0.71 0.78 0.69 0.82 0.87 0.82 0.87 0.87 0.58 0.86 0.89 0.87
OP2 0.61 0.26 0.52 0.40 0.45 0.47 0.46 0.40 0.35 0.67 0.25 0.22 0.35 0.60 0.58 0.61 0.36 0.56 0.46 0.34 0.45 0.45 0.45
P 0.53 0.33 0.49 0.42 0.45 0.45 0.43 0.42 0.35 0.53 0.31 0.29 0.40 0.48 0.51 0.52 0.35 0.50 0.45 0.33 0.46 0.45 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.28 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.07 0.00 0.17 0.10 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.09 0.08 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.16 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.25 0.24 0.02
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.36 0.37 0.04
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.29 0.27 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04 0.00 0.27 0.30 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.54 0.51 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.05 0.00 0.13 0.12 0.04
N2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.03 0.09 0.00 0.39 0.31 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.06 0.00 0.11 0.07 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.53 0.52 0.06
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.37 0.35 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03
O3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.12 0.14 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.33 0.30 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.28 0.04
O5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04 0.00 0.32 0.36 0.04
OP1 0.29 0.17 0.07 0.17 0.25 0.05 0.36 0.29 0.27 0.54 0.13 0.39 0.11 0.53 0.37 0.09 0.33 0.28 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.10 0.07 0.16 0.24 0.04 0.37 0.27 0.30 0.51 0.12 0.31 0.07 0.52 0.35 0.09 0.30 0.28 0.01 0.36 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00