ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49560

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.007, 0.037, 0.066, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.037 std_dev=0.030
C5 B 0, 0.096, 0.336, 0.576, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.336 std_dev=0.240
O4' A 0, 0.031, 0.281, 0.532, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.281 std_dev=0.250
N7 B 0, 0.100, 0.355, 0.610, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.355 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.132, 0.399, 0.666, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.399 std_dev=0.267
C2' A 0, 0.001, 0.288, 0.575, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.288 std_dev=0.287
P A 0, 0.102, 0.417, 0.732, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.417 std_dev=0.315
O6 B 0, 0.117, 0.464, 0.812, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.464 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.149, 0.500, 0.851, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.500 std_dev=0.351
OP1 A 0, 0.160, 0.517, 0.875, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.517 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.079, 0.439, 0.799, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.439 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.169, 0.544, 0.919, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.544 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.134, 0.512, 0.891, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.512 std_dev=0.379
C8 B 0, -0.016, 0.367, 0.750, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.367 std_dev=0.383
OP2 A 0, 0.185, 0.573, 0.960, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.573 std_dev=0.387
C4' A 0, 0.161, 0.554, 0.947, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.554 std_dev=0.393
N9 B 0, 0.019, 0.446, 0.873, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.446 std_dev=0.427
P B 0, 0.123, 0.577, 1.032, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.577 std_dev=0.454
C2 B 0, 0.193, 0.661, 1.129, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.661 std_dev=0.468
N3 B 0, 0.173, 0.642, 1.112, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.642 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.092, 0.567, 1.042, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.567 std_dev=0.475
O5' B 0, 0.214, 0.709, 1.203, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.709 std_dev=0.494
O2' A 0, 0.008, 0.505, 1.001, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.505 std_dev=0.497
O5' A 0, 0.171, 0.677, 1.183, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.677 std_dev=0.506
O3' A 0, 0.124, 0.630, 1.136, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.630 std_dev=0.506
C1' B 0, 0.078, 0.593, 1.108, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.593 std_dev=0.515
C4' B 0, 0.201, 0.737, 1.272, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.737 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.229, 0.764, 1.299, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.764 std_dev=0.535
OP1 B 0, 0.141, 0.718, 1.296, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.718 std_dev=0.577
C2' B 0, 0.202, 0.805, 1.408, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.805 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.235, 0.866, 1.497, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.866 std_dev=0.631
N2 B 0, 0.277, 0.935, 1.593, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.935 std_dev=0.658
O2' B 0, 0.276, 0.986, 1.695, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.986 std_dev=0.710
C5' A 0, 0.290, 1.071, 1.853, 1.825 max_d=1.825 avg_d=1.071 std_dev=0.781
O3' B 0, 0.276, 1.062, 1.849, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.062 std_dev=0.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.30 0.14 0.31 0.19
C2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.02 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.16 0.21 0.09 0.34 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.18 0.15 0.03 0.05 0.04 0.14 0.00 0.02 0.03 0.34 0.26 0.21 0.21
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.15 0.05 0.04 0.10 0.06 0.03 0.01 0.01 0.21 0.29 0.34 0.26
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.18 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.21 0.07 0.33 0.10
C4' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.18 0.00 0.19 0.01 0.17 0.09 0.15 0.20 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.31 0.06
C5 0.02 0.02 0.12 0.14 0.01 0.19 0.00 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.12 0.06 0.24 0.08 0.32 0.11
C5' 0.14 0.40 0.18 0.02 0.59 0.01 0.60 0.00 0.52 0.38 0.51 0.65 0.30 0.12 0.11 0.04 0.01 0.31 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.15 0.01 0.17 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.10 0.27 0.09 0.34 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.27 0.11 0.34 0.17
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.15 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.05 0.14 0.19 0.08 0.34 0.13
N4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.20 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.08 0.19 0.07 0.31 0.09
O2 0.02 0.01 0.14 0.06 0.02 0.09 0.03 0.30 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.32 0.11 0.24 0.20 0.11 0.34 0.17
O2' 0.01 0.19 0.00 0.03 0.09 0.04 0.17 0.12 0.21 0.05 0.17 0.09 0.32 0.00 0.06 0.01 0.31 0.37 0.27 0.27
O3' 0.07 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.12 0.11 0.14 0.06 0.05 0.05 0.11 0.06 0.00 0.13 0.16 0.34 0.37 0.27
O4' 0.00 0.16 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.10 0.04 0.14 0.08 0.24 0.01 0.13 0.00 0.38 0.35 0.51 0.40
O5' 0.30 0.21 0.34 0.21 0.21 0.02 0.24 0.01 0.27 0.27 0.19 0.19 0.20 0.31 0.16 0.38 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.14 0.09 0.26 0.29 0.07 0.05 0.08 0.31 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.37 0.34 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.34 0.21 0.34 0.33 0.31 0.32 0.36 0.34 0.34 0.34 0.31 0.34 0.27 0.37 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.16 0.21 0.26 0.10 0.06 0.11 0.02 0.14 0.17 0.13 0.09 0.17 0.27 0.27 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.21 0.09 0.06 0.11 0.10 0.11 0.09 0.16 0.10 0.21 0.27 0.15 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.18 0.09 0.11 0.09
C2 0.12 0.19 0.14 0.14 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.17 0.23 0.16 0.15 0.13 0.12 0.14 0.15 0.17 0.13 0.14 0.15 0.13
C2' 0.09 0.21 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.08 0.21 0.09 0.24 0.26 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.24 0.08 0.08 0.08
C3' 0.18 0.29 0.18 0.17 0.21 0.17 0.21 0.13 0.25 0.17 0.30 0.35 0.23 0.18 0.18 0.17 0.17 0.20 0.14 0.26 0.13 0.14 0.13
C4 0.05 0.07 0.06 0.10 0.02 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.05 0.12 0.05 0.15 0.06 0.04 0.10 0.10 0.14 0.12 0.16 0.19 0.15
C4' 0.28 0.37 0.26 0.25 0.30 0.27 0.29 0.22 0.32 0.25 0.38 0.44 0.32 0.26 0.27 0.26 0.25 0.31 0.21 0.31 0.19 0.19 0.18
C5 0.11 0.09 0.07 0.05 0.10 0.05 0.15 0.02 0.17 0.16 0.12 0.10 0.08 0.20 0.12 0.09 0.05 0.13 0.03 0.22 0.08 0.11 0.08
C5' 0.74 0.68 0.71 0.70 0.73 0.71 0.74 0.64 0.71 0.74 0.68 0.66 0.68 0.75 0.73 0.71 0.71 0.75 0.62 0.71 0.58 0.57 0.57
C6 0.08 0.11 0.07 0.04 0.07 0.04 0.14 0.02 0.18 0.15 0.15 0.13 0.06 0.18 0.09 0.08 0.04 0.10 0.04 0.25 0.09 0.11 0.09
N1 0.05 0.16 0.08 0.06 0.09 0.09 0.12 0.08 0.16 0.12 0.17 0.21 0.11 0.14 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.19 0.09 0.11 0.09
N3 0.13 0.14 0.15 0.17 0.13 0.19 0.13 0.19 0.10 0.16 0.10 0.17 0.13 0.16 0.14 0.13 0.17 0.16 0.21 0.09 0.19 0.19 0.17
N4 0.07 0.15 0.08 0.14 0.04 0.11 0.05 0.14 0.04 0.13 0.09 0.20 0.13 0.14 0.05 0.07 0.14 0.11 0.21 0.08 0.25 0.29 0.24
O2 0.18 0.26 0.20 0.19 0.20 0.21 0.18 0.20 0.16 0.17 0.22 0.32 0.24 0.17 0.18 0.18 0.19 0.20 0.20 0.13 0.15 0.15 0.14
O2' 0.07 0.17 0.13 0.08 0.13 0.04 0.17 0.05 0.21 0.15 0.20 0.20 0.13 0.18 0.12 0.10 0.08 0.03 0.07 0.24 0.09 0.12 0.08
O3' 0.14 0.28 0.16 0.14 0.18 0.13 0.17 0.09 0.21 0.12 0.27 0.36 0.22 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.10 0.20 0.08 0.10 0.08
O4' 0.13 0.34 0.13 0.08 0.18 0.13 0.12 0.08 0.20 0.06 0.34 0.43 0.26 0.07 0.10 0.14 0.08 0.17 0.07 0.17 0.14 0.18 0.13
O5' 0.15 0.28 0.24 0.21 0.18 0.19 0.17 0.25 0.22 0.12 0.28 0.34 0.23 0.12 0.15 0.24 0.22 0.12 0.26 0.22 0.27 0.28 0.27
OP1 0.14 0.23 0.15 0.18 0.10 0.14 0.11 0.17 0.15 0.18 0.24 0.33 0.15 0.17 0.14 0.16 0.17 0.15 0.19 0.17 0.26 0.25 0.24
OP2 0.31 0.26 0.24 0.27 0.28 0.29 0.29 0.29 0.27 0.33 0.26 0.27 0.27 0.32 0.31 0.23 0.25 0.35 0.30 0.27 0.28 0.31 0.30
P 0.13 0.23 0.14 0.15 0.11 0.12 0.12 0.15 0.17 0.15 0.24 0.32 0.17 0.14 0.12 0.16 0.13 0.14 0.17 0.18 0.19 0.20 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.15 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.21 0.15 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.17 0.12 0.09
C2 0.15 0.00 0.09 0.16 0.03 0.25 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.13 0.28 0.19 0.02 0.25 0.18 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.11 0.04 0.16 0.10 0.11 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.21 0.10 0.10
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.14 0.08 0.26 0.17 0.14 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.20 0.10 0.11
C4 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.01 0.17 0.14 0.11
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.18 0.16 0.37 0.25 0.15 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.07 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.14 0.01 0.13 0.16 0.13
C5' 0.02 0.24 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.07 0.26 0.14 0.38 0.23 0.24 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.10 0.11 0.00 0.13 0.17 0.13
C8 0.06 0.02 0.11 0.14 0.01 0.18 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.12 0.32 0.03 0.16 0.18 0.19
N1 0.10 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.20 0.10 0.01 0.16 0.13 0.11
N2 0.21 0.00 0.16 0.26 0.04 0.37 0.01 0.38 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.18 0.22 0.37 0.30 0.04 0.33 0.22 0.27
N3 0.15 0.01 0.10 0.17 0.01 0.25 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.13 0.27 0.18 0.02 0.28 0.20 0.21
N7 0.04 0.01 0.11 0.14 0.01 0.15 0.00 0.24 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.07 0.30 0.03 0.20 0.25 0.24
N9 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.01 0.16 0.14 0.10
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.10 0.04 0.18 0.10 0.10 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.21 0.10 0.10
O3' 0.04 0.13 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.06 0.12 0.07 0.22 0.13 0.13 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.27 0.14 0.16
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.02 0.10 0.12 0.20 0.37 0.27 0.07 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.06 0.13 0.12 0.09
O5' 0.05 0.19 0.08 0.04 0.05 0.01 0.14 0.01 0.11 0.32 0.10 0.30 0.18 0.30 0.11 0.04 0.01 0.05 0.00 0.16 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.09 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.10 0.06 0.16 0.00 0.18 0.24 0.20
OP1 0.17 0.25 0.21 0.20 0.17 0.12 0.13 0.02 0.13 0.16 0.16 0.33 0.28 0.20 0.16 0.21 0.27 0.13 0.02 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.18 0.10 0.10 0.14 0.07 0.16 0.02 0.17 0.18 0.13 0.22 0.20 0.25 0.14 0.10 0.14 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.10 0.11 0.11 0.07 0.13 0.02 0.13 0.19 0.11 0.27 0.21 0.24 0.10 0.10 0.16 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00