ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49561

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.025, 0.047, 0.068, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.047 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.024, 0.045, 0.067, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.045 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.023, 0.045, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.029, 0.061, 0.094, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.032
C5 A 0, 0.004, 0.039, 0.075, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.018, 0.063, 0.108, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.063 std_dev=0.045
N4 A 0, 0.037, 0.127, 0.217, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.127 std_dev=0.090
N1 B 0, 0.189, 0.483, 0.776, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.483 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.229, 0.565, 0.900, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.565 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.227, 0.564, 0.901, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.564 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.210, 0.584, 0.958, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.584 std_dev=0.374
C4 B 0, 0.094, 0.491, 0.887, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.491 std_dev=0.397
N3 B 0, 0.188, 0.617, 1.046, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.617 std_dev=0.429
C8 B 0, 0.407, 0.842, 1.277, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.842 std_dev=0.435
C2' A 0, 0.294, 0.732, 1.169, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.732 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.400, 0.838, 1.277, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.838 std_dev=0.438
N9 B 0, 0.223, 0.664, 1.106, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.664 std_dev=0.441
N2 B 0, 0.430, 0.883, 1.336, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.883 std_dev=0.453
O4' A 0, 0.228, 0.703, 1.178, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.703 std_dev=0.475
O6 B 0, 0.307, 0.816, 1.324, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.816 std_dev=0.508
O2' A 0, 0.388, 0.897, 1.406, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.897 std_dev=0.509
C1' B 0, 0.379, 0.978, 1.577, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.978 std_dev=0.599
C2' B 0, 0.667, 1.317, 1.966, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.317 std_dev=0.650
C3' A 0, 0.449, 1.219, 1.988, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.219 std_dev=0.769
C4' A 0, 0.457, 1.297, 2.138, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.297 std_dev=0.840
O3' A 0, 0.601, 1.544, 2.488, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.544 std_dev=0.943
C3' B 0, 1.004, 2.020, 3.036, 3.049 max_d=3.049 avg_d=2.020 std_dev=1.016
O2' B 0, 1.304, 2.485, 3.666, 3.686 max_d=3.686 avg_d=2.485 std_dev=1.181
O4' B 0, 0.895, 2.256, 3.618, 3.785 max_d=3.785 avg_d=2.256 std_dev=1.362
O5' A 0, 1.524, 2.927, 4.329, 3.981 max_d=3.981 avg_d=2.927 std_dev=1.402
OP2 A 0, 1.172, 2.605, 4.038, 4.591 max_d=4.591 avg_d=2.605 std_dev=1.433
O3' B 0, 0.070, 1.517, 2.964, 4.215 max_d=4.215 avg_d=1.517 std_dev=1.447
C5' A 0, 0.808, 2.307, 3.807, 3.643 max_d=3.643 avg_d=2.307 std_dev=1.500
C4' B 0, 1.243, 2.768, 4.293, 4.322 max_d=4.322 avg_d=2.768 std_dev=1.525
P A 0, 2.062, 3.865, 5.668, 5.174 max_d=5.174 avg_d=3.865 std_dev=1.803
C5' B 0, 2.272, 4.608, 6.944, 6.541 max_d=6.541 avg_d=4.608 std_dev=2.336
OP1 A 0, 3.110, 5.705, 8.300, 7.505 max_d=7.505 avg_d=5.705 std_dev=2.595
O5' B 0, 2.206, 5.335, 8.464, 7.998 max_d=7.998 avg_d=5.335 std_dev=3.129
P B 0, 3.259, 7.353, 11.447, 10.758 max_d=10.758 avg_d=7.353 std_dev=4.094
OP1 B 0, 3.772, 8.007, 12.242, 11.443 max_d=11.443 avg_d=8.007 std_dev=4.235
OP2 B 0, 3.184, 7.822, 12.459, 11.789 max_d=11.789 avg_d=7.822 std_dev=4.638

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.10 0.12 0.17 0.11
C2 0.05 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.14 0.12 0.21 0.36 0.37 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.05 0.20 0.00 0.04 0.01 0.19 0.31 0.11 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.26 0.01 0.27 0.02 0.22 0.16 0.22 0.27 0.14 0.02 0.01 0.01 0.27 0.56 0.15 0.23
C4 0.03 0.01 0.05 0.26 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.25 0.06 0.26 0.63 0.60 0.41
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.28 0.08 0.05 0.16 0.20 0.15 0.03 0.01 0.02 0.19 0.41 0.07
C5 0.07 0.01 0.07 0.27 0.01 0.28 0.00 0.49 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.19 0.26 0.18 0.34 0.70 0.62 0.47
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.31 0.01 0.49 0.00 0.46 0.17 0.14 0.34 0.21 0.14 0.03 0.02 0.02 0.35 0.32 0.03
C6 0.07 0.02 0.09 0.22 0.01 0.28 0.01 0.46 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.21 0.21 0.31 0.55 0.49 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.08 0.03 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.12 0.02 0.20 0.35 0.34 0.27
N3 0.03 0.01 0.10 0.22 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.12 0.20 0.08 0.22 0.48 0.49 0.35
N4 0.03 0.04 0.05 0.27 0.01 0.16 0.02 0.34 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.19 0.27 0.05 0.27 0.70 0.67 0.44
O2 0.09 0.01 0.20 0.14 0.02 0.20 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.10 0.09 0.25 0.27 0.28 0.30 0.29
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.17 0.15 0.19 0.14 0.16 0.09 0.12 0.19 0.10 0.00 0.06 0.15 0.12 0.12 0.59 0.23
O3' 0.06 0.14 0.04 0.01 0.25 0.03 0.26 0.03 0.21 0.12 0.20 0.27 0.09 0.06 0.00 0.04 0.21 0.66 0.49 0.20
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.21 0.02 0.08 0.05 0.25 0.15 0.04 0.00 0.08 0.10 0.22 0.10
O5' 0.10 0.21 0.19 0.27 0.26 0.02 0.34 0.02 0.31 0.20 0.22 0.27 0.27 0.12 0.21 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.36 0.31 0.56 0.63 0.19 0.70 0.35 0.55 0.35 0.48 0.70 0.28 0.12 0.66 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.37 0.11 0.15 0.60 0.41 0.62 0.32 0.49 0.34 0.49 0.67 0.30 0.59 0.49 0.22 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.29 0.14 0.23 0.41 0.07 0.47 0.03 0.40 0.27 0.35 0.44 0.29 0.23 0.20 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.20 0.68 0.41 0.19 0.22 0.15 0.64 0.15 0.22 0.18 0.22 0.20 0.19 0.21 1.11 0.49 0.34 0.45 0.16 0.54 1.47 0.89
C2 0.15 0.14 0.49 0.35 0.07 0.33 0.13 0.45 0.18 0.15 0.14 0.18 0.13 0.20 0.11 0.61 0.25 0.43 0.26 0.25 0.17 0.98 0.45
C2' 0.10 0.19 0.51 0.20 0.15 0.58 0.16 1.10 0.17 0.14 0.19 0.20 0.17 0.16 0.12 1.08 0.36 0.70 0.99 0.17 1.22 2.19 1.56
C3' 0.24 0.28 0.69 0.42 0.23 0.45 0.22 1.06 0.23 0.22 0.24 0.33 0.29 0.28 0.20 1.35 0.70 0.59 1.03 0.29 1.32 2.21 1.57
C4 0.30 0.19 0.43 0.36 0.18 0.47 0.26 0.47 0.33 0.28 0.32 0.21 0.09 0.29 0.24 0.35 0.37 0.58 0.43 0.38 0.44 0.70 0.43
C4' 0.47 0.24 0.89 0.68 0.21 0.15 0.22 0.66 0.34 0.12 0.26 0.27 0.28 0.25 0.27 1.55 1.02 0.18 0.59 0.53 0.80 1.57 1.00
C5 0.27 0.28 0.51 0.34 0.21 0.52 0.30 0.58 0.32 0.35 0.33 0.31 0.16 0.34 0.26 0.57 0.24 0.69 0.46 0.33 0.43 1.00 0.67
C5' 0.66 0.30 1.06 0.92 0.27 0.33 0.32 0.52 0.45 0.16 0.31 0.36 0.38 0.46 0.33 1.80 1.39 0.10 0.53 0.71 0.75 1.33 0.84
C6 0.08 0.23 0.61 0.34 0.14 0.44 0.22 0.67 0.25 0.26 0.25 0.27 0.17 0.29 0.11 0.86 0.23 0.61 0.50 0.26 0.49 1.30 0.85
N1 0.11 0.17 0.58 0.35 0.10 0.33 0.14 0.58 0.18 0.14 0.18 0.20 0.14 0.19 0.08 0.85 0.28 0.46 0.36 0.21 0.33 1.25 0.72
N3 0.23 0.09 0.43 0.36 0.07 0.40 0.17 0.42 0.25 0.19 0.19 0.16 0.09 0.22 0.15 0.38 0.33 0.48 0.37 0.35 0.39 0.72 0.34
N4 0.41 0.25 0.38 0.38 0.26 0.50 0.29 0.51 0.36 0.32 0.38 0.26 0.21 0.30 0.32 0.23 0.54 0.58 0.58 0.41 0.71 0.44 0.46
O2 0.18 0.19 0.49 0.35 0.14 0.29 0.14 0.42 0.14 0.19 0.15 0.24 0.19 0.22 0.16 0.63 0.28 0.36 0.21 0.20 0.17 0.98 0.40
O2' 0.21 0.15 0.66 0.32 0.19 0.43 0.23 0.97 0.19 0.31 0.16 0.15 0.15 0.32 0.22 1.25 0.50 0.53 0.86 0.21 1.14 2.11 1.47
O3' 0.29 0.24 0.75 0.49 0.21 0.46 0.19 1.11 0.19 0.20 0.18 0.29 0.27 0.25 0.22 1.47 0.84 0.59 1.14 0.28 1.57 2.41 1.75
O4' 0.43 0.22 0.81 0.59 0.19 0.16 0.17 0.54 0.31 0.18 0.27 0.24 0.24 0.14 0.27 1.31 0.78 0.15 0.41 0.47 0.50 1.26 0.73
O5' 0.48 0.27 0.73 0.59 0.24 0.21 0.40 0.80 0.49 0.27 0.37 0.27 0.28 0.53 0.23 1.54 1.13 0.15 0.75 0.68 0.93 1.48 1.06
OP1 0.95 0.60 0.95 0.83 0.56 0.46 0.36 0.56 0.36 0.38 0.45 0.69 0.70 0.31 0.63 1.73 1.57 0.38 0.60 0.43 0.94 1.22 0.90
OP2 0.70 0.78 0.64 0.69 0.82 1.11 0.88 1.92 0.88 0.91 0.83 0.74 0.77 0.93 0.82 0.63 0.22 1.16 1.90 0.92 2.09 2.33 2.11
P 0.39 0.37 0.47 0.36 0.35 0.20 0.53 0.98 0.61 0.44 0.49 0.35 0.34 0.66 0.29 1.28 1.06 0.30 0.97 0.79 1.20 1.53 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.17 0.08 0.25 0.30 0.08
C2 0.06 0.00 0.19 0.39 0.01 0.47 0.02 0.84 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.38 0.42 1.28 0.05 1.66 0.88 1.19
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.03 0.05 0.16 0.07 0.13 0.13 0.25 0.18 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.18 0.07 0.24 0.20 0.19
C3' 0.04 0.39 0.01 0.00 0.21 0.01 0.15 0.03 0.22 0.13 0.32 0.48 0.37 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.25 0.20 0.39 0.07 0.22
C4 0.04 0.01 0.08 0.21 0.00 0.22 0.02 0.33 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.24 0.21 0.69 0.05 0.93 0.41 0.53
C4' 0.02 0.47 0.03 0.01 0.22 0.00 0.12 0.01 0.21 0.21 0.36 0.60 0.44 0.14 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.17 0.18 0.19 0.12
C5 0.04 0.02 0.05 0.15 0.02 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.22 0.21 0.09 0.54 0.04 0.87 0.41 0.41
C5' 0.07 0.84 0.16 0.03 0.33 0.01 0.21 0.00 0.34 0.51 0.64 1.13 0.75 0.39 0.16 0.10 0.10 0.03 0.01 0.29 0.13 0.16 0.02
C6 0.06 0.04 0.07 0.22 0.03 0.21 0.01 0.34 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.29 0.28 0.17 0.78 0.01 1.20 0.46 0.67
C8 0.02 0.02 0.13 0.13 0.02 0.21 0.01 0.51 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.20 0.11 0.21 0.17 0.06 0.32 0.72 0.36
N1 0.06 0.01 0.13 0.32 0.00 0.36 0.01 0.64 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.36 0.34 0.31 1.11 0.03 1.56 0.70 1.02
N2 0.08 0.01 0.25 0.48 0.02 0.60 0.02 1.13 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.45 0.43 0.51 1.58 0.06 2.03 1.22 1.55
N3 0.07 0.01 0.18 0.37 0.01 0.44 0.03 0.75 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.35 0.35 0.42 1.12 0.05 1.36 0.74 0.98
N7 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.14 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.19 0.12 0.11 0.19 0.05 0.50 0.65 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.16 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.10 0.14 0.02 0.27 0.06 0.46 0.39 0.16
O2' 0.01 0.39 0.01 0.02 0.23 0.09 0.22 0.10 0.29 0.20 0.36 0.45 0.35 0.19 0.10 0.00 0.09 0.07 0.19 0.29 0.34 0.12 0.18
O3' 0.16 0.38 0.03 0.01 0.24 0.02 0.21 0.10 0.28 0.11 0.34 0.43 0.35 0.12 0.14 0.09 0.00 0.11 0.25 0.27 0.48 0.24 0.22
O4' 0.00 0.42 0.03 0.01 0.21 0.00 0.09 0.03 0.17 0.21 0.31 0.51 0.42 0.11 0.02 0.07 0.11 0.00 0.30 0.13 0.35 0.35 0.14
O5' 0.17 1.28 0.18 0.25 0.69 0.02 0.54 0.01 0.78 0.17 1.11 1.58 1.12 0.19 0.27 0.19 0.25 0.30 0.00 0.71 0.02 0.02 0.01
O6 0.08 0.05 0.07 0.20 0.05 0.17 0.04 0.29 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.06 0.29 0.27 0.13 0.71 0.00 1.18 0.45 0.61
OP1 0.25 1.66 0.24 0.39 0.93 0.18 0.87 0.13 1.20 0.32 1.56 2.03 1.36 0.50 0.46 0.34 0.48 0.35 0.02 1.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.88 0.20 0.07 0.41 0.19 0.41 0.16 0.46 0.72 0.70 1.22 0.74 0.65 0.39 0.12 0.24 0.35 0.02 0.45 0.02 0.00 0.01
P 0.08 1.19 0.19 0.22 0.53 0.12 0.41 0.02 0.67 0.36 1.02 1.55 0.98 0.27 0.16 0.18 0.22 0.14 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00