ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49562

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.013, 0.051, 0.089, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.051 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.060, 0.125, 0.190, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.125 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.054, 0.122, 0.190, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.122 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.096, 0.184, 0.272, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.184 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.072, 0.179, 0.286, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.179 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.058, 0.175, 0.292, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.175 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.131, 0.287, 0.443, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.287 std_dev=0.156
N3 B 0, 0.171, 0.334, 0.496, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.334 std_dev=0.163
O3' A 0, 0.089, 0.253, 0.416, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.253 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.138, 0.307, 0.477, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.307 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.194, 0.364, 0.534, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.364 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.169, 0.341, 0.512, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.341 std_dev=0.172
O4' B 0, 0.139, 0.320, 0.501, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.320 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.165, 0.348, 0.530, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.348 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.167, 0.351, 0.536, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.351 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.114, 0.311, 0.509, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.311 std_dev=0.198
O6 B 0, 0.218, 0.417, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.417 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.120, 0.329, 0.538, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.329 std_dev=0.209
N7 B 0, 0.175, 0.387, 0.599, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.387 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.167, 0.379, 0.592, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.379 std_dev=0.213
C8 B 0, 0.146, 0.363, 0.580, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.363 std_dev=0.217
C4' B 0, 0.126, 0.351, 0.577, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.351 std_dev=0.225
N2 B 0, 0.171, 0.398, 0.624, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.398 std_dev=0.226
C5' B 0, 0.083, 0.330, 0.577, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.330 std_dev=0.247
O5' B 0, 0.133, 0.407, 0.681, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.407 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.162, 0.447, 0.731, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.447 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.082, 0.394, 0.706, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.394 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.101, 0.433, 0.765, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.433 std_dev=0.332
P B 0, 0.076, 0.413, 0.749, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.413 std_dev=0.336
OP2 B 0, 0.091, 0.436, 0.781, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.436 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.080, 0.461, 0.843, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.461 std_dev=0.381
O3' B 0, 0.148, 0.556, 0.963, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.556 std_dev=0.408
P A 0, 0.112, 0.555, 0.999, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.555 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.432, 1.171, 1.910, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.171 std_dev=0.739
OP1 A 0, 0.586, 1.798, 3.009, 3.194 max_d=3.194 avg_d=1.798 std_dev=1.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.17 0.29 0.11
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.11 0.28 0.45 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.14 0.29 0.09
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.27 0.20 0.10
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.12 0.40 0.55 0.22
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.42 0.55 0.23
C5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.12 0.35 0.48 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.27 0.41 0.16
N3 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.12 0.35 0.51 0.19
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.12 0.44 0.57 0.23
O2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.09 0.22 0.40 0.14
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.05 0.15 0.22 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.02 0.09 0.45 0.14 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.26 0.18 0.11
O5' 0.08 0.11 0.06 0.06 0.12 0.02 0.12 0.01 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.05 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.28 0.14 0.27 0.40 0.04 0.42 0.02 0.35 0.27 0.35 0.44 0.22 0.15 0.45 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.45 0.29 0.20 0.55 0.08 0.55 0.11 0.48 0.41 0.51 0.57 0.40 0.22 0.14 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.16 0.09 0.10 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.16 0.19 0.23 0.14 0.07 0.13 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.05 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09 0.15 0.19 0.11 0.07 0.04 0.21 0.11 0.06 0.16 0.07 0.09 0.18 0.21 0.09 0.09
C2 0.11 0.08 0.11 0.15 0.06 0.17 0.12 0.14 0.14 0.15 0.10 0.10 0.07 0.18 0.08 0.10 0.18 0.15 0.12 0.18 0.20 0.06 0.07
C2' 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.10 0.15 0.09 0.15 0.19 0.11 0.08 0.04 0.21 0.10 0.06 0.15 0.06 0.08 0.19 0.17 0.08 0.07
C3' 0.07 0.08 0.05 0.08 0.10 0.07 0.15 0.08 0.16 0.19 0.12 0.08 0.05 0.20 0.12 0.06 0.14 0.06 0.06 0.19 0.18 0.09 0.08
C4 0.07 0.06 0.08 0.11 0.08 0.12 0.15 0.09 0.15 0.15 0.11 0.09 0.03 0.18 0.09 0.09 0.18 0.08 0.11 0.18 0.21 0.07 0.07
C4' 0.08 0.07 0.05 0.09 0.10 0.07 0.15 0.07 0.14 0.18 0.10 0.06 0.05 0.19 0.12 0.06 0.14 0.07 0.06 0.17 0.18 0.10 0.09
C5 0.13 0.10 0.12 0.13 0.15 0.11 0.19 0.09 0.18 0.21 0.14 0.08 0.10 0.22 0.17 0.14 0.20 0.10 0.13 0.20 0.25 0.13 0.13
C5' 0.10 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07 0.15 0.07 0.14 0.19 0.10 0.07 0.06 0.19 0.13 0.08 0.12 0.10 0.08 0.16 0.17 0.12 0.10
C6 0.14 0.10 0.12 0.13 0.15 0.12 0.19 0.10 0.18 0.23 0.13 0.08 0.09 0.23 0.18 0.13 0.20 0.11 0.13 0.20 0.26 0.14 0.15
N1 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.11 0.16 0.09 0.16 0.20 0.11 0.08 0.04 0.21 0.11 0.07 0.16 0.07 0.09 0.19 0.23 0.09 0.09
N3 0.12 0.09 0.11 0.15 0.06 0.16 0.12 0.13 0.13 0.13 0.10 0.12 0.09 0.17 0.08 0.11 0.19 0.15 0.12 0.17 0.19 0.05 0.06
N4 0.08 0.05 0.09 0.12 0.06 0.12 0.13 0.09 0.14 0.12 0.10 0.11 0.04 0.15 0.08 0.11 0.18 0.09 0.11 0.17 0.19 0.05 0.06
O2 0.15 0.11 0.16 0.19 0.09 0.21 0.11 0.20 0.13 0.14 0.11 0.13 0.11 0.16 0.11 0.15 0.20 0.20 0.17 0.17 0.19 0.10 0.11
O2' 0.07 0.08 0.06 0.10 0.08 0.11 0.14 0.11 0.15 0.17 0.12 0.09 0.05 0.20 0.09 0.06 0.15 0.08 0.09 0.19 0.14 0.07 0.05
O3' 0.07 0.06 0.06 0.10 0.08 0.09 0.14 0.10 0.14 0.17 0.10 0.07 0.04 0.19 0.10 0.06 0.15 0.06 0.08 0.18 0.13 0.08 0.07
O4' 0.07 0.06 0.05 0.09 0.10 0.08 0.15 0.08 0.14 0.19 0.10 0.05 0.05 0.20 0.12 0.06 0.15 0.07 0.07 0.17 0.20 0.10 0.10
O5' 0.16 0.19 0.16 0.16 0.18 0.17 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.20 0.18 0.21 0.18 0.15 0.12 0.18 0.18 0.20 0.26 0.18 0.18
OP1 0.70 0.64 0.79 0.84 0.61 0.70 0.54 0.58 0.53 0.53 0.58 0.68 0.67 0.50 0.62 0.86 0.98 0.61 0.60 0.49 0.53 0.40 0.51
OP2 0.29 0.52 0.22 0.19 0.43 0.19 0.46 0.18 0.51 0.35 0.53 0.55 0.47 0.41 0.36 0.22 0.19 0.28 0.17 0.53 0.33 0.15 0.21
P 0.21 0.28 0.23 0.25 0.23 0.19 0.22 0.17 0.24 0.18 0.26 0.32 0.26 0.20 0.20 0.25 0.34 0.17 0.16 0.24 0.31 0.11 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.22 0.04 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.06 0.12 0.00 0.16 0.06 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.16 0.03 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.15 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.13 0.00 0.17 0.06 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.19 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.17 0.00 0.13 0.07 0.06
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.12 0.07 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.17 0.00 0.12 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.17 0.00 0.15 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.05 0.15 0.00 0.14 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.08 0.07 0.10 0.00 0.17 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.05 0.10 0.00 0.18 0.05 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.00 0.11 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.13 0.00 0.19 0.05 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.06 0.15 0.03 0.04
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.18 0.08 0.04
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.25 0.05 0.08
O5' 0.06 0.12 0.02 0.04 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.17 0.15 0.10 0.10 0.19 0.13 0.02 0.04 0.05 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01
O6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.19 0.00 0.10 0.08 0.08
OP1 0.22 0.16 0.16 0.15 0.17 0.19 0.13 0.12 0.12 0.15 0.14 0.17 0.18 0.11 0.19 0.15 0.18 0.25 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00