ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49563

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.003, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N3 A 0, -0.001, 0.005, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.006
N1 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C6 A 0, -0.002, 0.011, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.002, 0.012, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.017
O2 A 0, -0.005, 0.031, 0.067, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.036
N4 A 0, -0.007, 0.037, 0.081, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.037 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.200, 0.460, 0.720, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.460 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.125, 0.441, 0.756, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.441 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.079, 0.406, 0.733, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.406 std_dev=0.327
C1' B 0, 0.157, 0.494, 0.832, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.494 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.061, 0.452, 0.842, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.452 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.290, 0.689, 1.088, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.689 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.136, 0.566, 0.996, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.566 std_dev=0.430
O3' A 0, -0.080, 0.354, 0.789, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.354 std_dev=0.434
C8 B 0, 0.173, 0.617, 1.061, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.617 std_dev=0.444
O4' B 0, 0.199, 0.690, 1.180, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.690 std_dev=0.491
N7 B 0, 0.205, 0.699, 1.193, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.699 std_dev=0.494
C2 B 0, 0.112, 0.613, 1.114, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.613 std_dev=0.501
C3' A 0, -0.098, 0.418, 0.934, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.418 std_dev=0.516
C6 B 0, 0.183, 0.712, 1.242, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.712 std_dev=0.530
C5' B 0, 0.197, 0.733, 1.269, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.733 std_dev=0.536
O4' A 0, -0.130, 0.419, 0.967, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.419 std_dev=0.548
N1 B 0, 0.149, 0.702, 1.255, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.702 std_dev=0.553
C4' B 0, 0.179, 0.735, 1.291, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.735 std_dev=0.556
C2' A 0, -0.138, 0.450, 1.038, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.450 std_dev=0.588
C4' A 0, -0.123, 0.467, 1.058, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.467 std_dev=0.591
N2 B 0, 0.208, 0.831, 1.454, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.831 std_dev=0.623
O6 B 0, 0.259, 0.919, 1.579, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.919 std_dev=0.660
C3' B 0, 0.063, 0.941, 1.820, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.941 std_dev=0.878
O2' A 0, -0.246, 0.756, 1.758, 2.772 max_d=2.772 avg_d=0.756 std_dev=1.002
C5' A 0, -0.268, 0.957, 2.181, 3.393 max_d=3.393 avg_d=0.957 std_dev=1.225
O5' B 0, -0.042, 1.226, 2.494, 3.710 max_d=3.710 avg_d=1.226 std_dev=1.268
O3' B 0, -0.012, 1.493, 2.997, 3.617 max_d=3.617 avg_d=1.493 std_dev=1.504
P B 0, -0.242, 1.843, 3.929, 5.557 max_d=5.557 avg_d=1.843 std_dev=2.086
O5' A 0, -0.441, 1.842, 4.125, 5.844 max_d=5.844 avg_d=1.842 std_dev=2.283
OP2 B 0, -0.448, 2.152, 4.752, 6.949 max_d=6.949 avg_d=2.152 std_dev=2.600
OP1 B 0, -0.291, 2.406, 5.103, 7.287 max_d=7.287 avg_d=2.406 std_dev=2.697
OP1 A 0, -0.488, 2.670, 5.827, 7.770 max_d=7.770 avg_d=2.670 std_dev=3.158
P A 0, -0.608, 2.804, 6.215, 8.430 max_d=8.430 avg_d=2.804 std_dev=3.411
OP2 A 0, -0.769, 3.371, 7.512, 10.141 max_d=10.141 avg_d=3.371 std_dev=4.141

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.26 0.13 0.74 0.24
C2 0.02 0.00 0.16 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.09 0.08 0.36 0.21 1.15 0.47
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.22 0.03 0.09 0.06 0.34 0.00 0.04 0.01 0.57 0.39 1.23 0.71
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.02 0.16 0.02 0.05 0.06 0.21 0.01 0.01 0.00 0.34 0.19 0.72 0.38
C4 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.29 0.14 0.99 0.45
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.11 0.15
C5 0.00 0.01 0.19 0.15 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.05 0.07 0.28 0.18 0.76 0.41
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.17 0.07 0.06 0.13 0.10 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.16 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.05 0.10 0.28 0.15 0.70 0.37
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.30 0.06 0.88 0.36
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.07 0.06 0.35 0.20 1.17 0.50
N4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.28 0.17 1.00 0.47
O2 0.03 0.00 0.34 0.21 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.50 0.13 0.15 0.43 0.34 1.29 0.54
O2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.02 0.20 0.01 0.16 0.02 0.50 0.00 0.07 0.01 0.59 0.44 1.45 0.79
O3' 0.04 0.09 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.13 0.07 0.00 0.02 0.13 0.33 0.46 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.04 0.39 0.19 0.16
O5' 0.26 0.36 0.57 0.34 0.29 0.02 0.28 0.01 0.28 0.30 0.35 0.28 0.43 0.59 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.21 0.39 0.19 0.14 0.35 0.18 0.03 0.15 0.06 0.20 0.17 0.34 0.44 0.33 0.39 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.74 1.15 1.23 0.72 0.99 0.11 0.76 0.15 0.70 0.88 1.17 1.00 1.29 1.45 0.46 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.47 0.71 0.38 0.45 0.15 0.41 0.01 0.37 0.36 0.50 0.47 0.54 0.79 0.08 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.16 0.25 0.05 0.14 0.19 0.23 0.36 0.26 0.28 0.22 0.20 0.13 0.29 0.23 0.61 0.33 0.13 0.26 0.33 0.95 0.71 0.76
C2 0.46 0.24 0.38 0.30 0.22 0.11 0.22 0.25 0.17 0.46 0.19 0.38 0.25 0.41 0.39 0.55 0.10 0.30 0.50 0.29 0.15 0.57 0.18
C2' 0.24 0.17 0.13 0.25 0.15 0.35 0.33 0.60 0.38 0.30 0.28 0.21 0.14 0.41 0.15 0.59 0.44 0.06 0.71 0.49 1.49 1.55 1.38
C3' 0.29 0.24 0.13 0.31 0.20 0.36 0.28 0.58 0.32 0.25 0.26 0.29 0.25 0.34 0.18 0.73 0.49 0.14 0.98 0.41 2.04 2.00 1.89
C4 0.33 0.26 0.35 0.20 0.22 0.15 0.31 0.33 0.27 0.41 0.07 0.51 0.27 0.45 0.31 0.48 0.27 0.13 0.44 0.41 0.33 0.55 0.11
C4' 0.64 0.43 0.56 0.19 0.45 0.24 0.37 0.38 0.35 0.39 0.37 0.45 0.51 0.35 0.49 1.13 0.40 0.34 0.67 0.34 1.90 1.47 1.54
C5 0.26 0.10 0.31 0.12 0.18 0.25 0.32 0.40 0.35 0.34 0.20 0.33 0.15 0.40 0.24 0.51 0.48 0.15 0.22 0.45 0.75 0.33 0.37
C5' 0.84 0.78 0.82 0.29 0.72 0.27 0.59 0.37 0.58 0.55 0.66 0.84 0.85 0.51 0.70 1.47 0.45 0.41 0.72 0.53 2.20 1.67 1.70
C6 0.26 0.13 0.29 0.12 0.19 0.28 0.30 0.41 0.33 0.32 0.23 0.23 0.12 0.37 0.24 0.57 0.51 0.14 0.17 0.40 0.94 0.43 0.58
N1 0.37 0.14 0.32 0.10 0.17 0.16 0.25 0.34 0.25 0.36 0.18 0.26 0.15 0.36 0.30 0.58 0.29 0.13 0.24 0.33 0.68 0.43 0.43
N3 0.42 0.33 0.38 0.32 0.26 0.12 0.27 0.27 0.15 0.47 0.20 0.51 0.31 0.47 0.38 0.50 0.12 0.24 0.58 0.30 0.09 0.73 0.28
N4 0.30 0.33 0.35 0.23 0.23 0.16 0.31 0.33 0.27 0.40 0.09 0.61 0.30 0.46 0.29 0.44 0.27 0.14 0.51 0.44 0.23 0.69 0.17
O2 0.55 0.26 0.42 0.46 0.24 0.24 0.16 0.19 0.18 0.51 0.26 0.36 0.25 0.39 0.45 0.56 0.25 0.49 0.69 0.29 0.24 0.76 0.43
O2' 0.19 0.36 0.36 0.48 0.42 0.51 0.64 0.79 0.69 0.59 0.54 0.30 0.28 0.74 0.38 0.37 0.54 0.12 0.86 0.81 1.22 1.61 1.26
O3' 0.09 0.27 0.24 0.55 0.29 0.50 0.42 0.64 0.45 0.39 0.37 0.24 0.21 0.48 0.25 0.42 0.63 0.13 1.15 0.52 1.85 1.95 1.92
O4' 0.73 0.38 0.66 0.26 0.53 0.19 0.46 0.24 0.39 0.56 0.35 0.31 0.49 0.49 0.62 1.07 0.32 0.37 0.28 0.38 1.24 0.75 0.91
O5' 1.33 1.01 1.48 0.75 1.02 0.42 0.78 0.16 0.69 0.83 0.78 1.06 1.19 0.70 1.06 2.27 0.51 0.68 0.41 0.58 1.88 1.60 1.50
OP1 1.84 1.14 2.13 1.45 1.29 1.17 1.05 0.74 0.89 1.25 0.92 1.13 1.37 1.05 1.46 3.07 1.37 1.29 0.25 0.76 1.66 1.66 1.30
OP2 1.28 0.81 1.63 0.91 0.76 0.48 0.45 0.29 0.41 0.53 0.50 0.97 1.02 0.38 0.85 2.67 0.93 0.63 0.75 0.47 2.16 2.37 1.97
P 1.72 1.13 2.05 1.29 1.21 0.88 0.93 0.40 0.77 1.08 0.86 1.17 1.37 0.88 1.34 3.01 1.18 1.03 0.29 0.63 1.76 1.72 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.00 0.33 0.01 0.17 0.43 0.09
C2 0.01 0.00 0.20 0.10 0.00 0.24 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.25 0.27 0.33 0.00 0.31 0.58 0.19
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.28 0.09 0.13 0.16 0.25 0.19 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.06 0.20 0.27 0.13
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.22 0.28 0.16 0.06 0.07 0.29 0.17 0.01 0.00 0.03 0.15 0.26 0.21 0.26 0.12
C4 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.17 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.15 0.47 0.01 0.09 0.77 0.28
C4' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.17 0.00 0.17 0.00 0.21 0.14 0.23 0.26 0.22 0.16 0.10 0.27 0.01 0.00 0.00 0.21 0.36 0.18 0.30
C5 0.00 0.00 0.04 0.23 0.00 0.17 0.00 0.55 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.07 0.63 0.01 0.37 1.09 0.55
C5' 0.21 0.54 0.28 0.01 0.50 0.00 0.55 0.00 0.59 0.44 0.58 0.53 0.49 0.51 0.41 0.06 0.22 0.01 0.00 0.60 0.23 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.21 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.12 0.60 0.00 0.32 1.08 0.51
C8 0.00 0.00 0.13 0.28 0.00 0.14 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.20 0.14 0.79 0.01 0.66 1.25 0.79
N1 0.01 0.00 0.16 0.16 0.00 0.23 0.00 0.58 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.21 0.46 0.00 0.12 0.82 0.29
N2 0.01 0.00 0.25 0.06 0.01 0.26 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.35 0.32 0.23 0.01 0.54 0.43 0.27
N3 0.01 0.00 0.19 0.07 0.00 0.22 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.27 0.27 0.30 0.00 0.33 0.50 0.16
N7 0.00 0.00 0.07 0.29 0.00 0.16 0.00 0.51 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.21 0.07 0.79 0.01 0.73 1.40 0.85
N9 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.10 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.53 0.01 0.19 0.80 0.37
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.07 0.27 0.16 0.06 0.12 0.31 0.11 0.29 0.19 0.29 0.13 0.00 0.03 0.17 0.19 0.17 0.19 0.29 0.10
O3' 0.24 0.25 0.02 0.00 0.11 0.01 0.05 0.22 0.04 0.20 0.13 0.35 0.27 0.21 0.04 0.03 0.00 0.28 0.16 0.10 0.28 0.23 0.14
O4' 0.00 0.27 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.14 0.21 0.32 0.27 0.07 0.01 0.17 0.28 0.00 0.36 0.09 0.27 0.25 0.09
O5' 0.33 0.33 0.13 0.15 0.47 0.00 0.63 0.00 0.60 0.79 0.46 0.23 0.30 0.79 0.53 0.19 0.16 0.36 0.00 0.68 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.26 0.01 0.21 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.09 0.68 0.00 0.50 1.26 0.65
OP1 0.17 0.31 0.20 0.21 0.09 0.36 0.37 0.23 0.32 0.66 0.12 0.54 0.33 0.73 0.19 0.19 0.28 0.27 0.02 0.50 0.00 0.00 0.00
OP2 0.43 0.58 0.27 0.26 0.77 0.18 1.09 0.15 1.08 1.25 0.82 0.43 0.50 1.40 0.80 0.29 0.23 0.25 0.00 1.26 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.13 0.12 0.28 0.30 0.55 0.01 0.51 0.79 0.29 0.27 0.16 0.85 0.37 0.10 0.14 0.09 0.00 0.65 0.00 0.00 0.00