ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49564

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.022, 0.057, 0.093, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.057 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.029, 0.066, 0.104, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.066 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.024, 0.079, 0.135, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.079 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.022, 0.079, 0.136, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.079 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.017, 0.083, 0.148, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.083 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.043, 0.112, 0.181, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.112 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.052, 0.157, 0.263, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.157 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.087, 0.197, 0.308, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.197 std_dev=0.111
N1 B 0, 0.085, 0.211, 0.336, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.211 std_dev=0.126
C6 B 0, 0.054, 0.198, 0.342, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.198 std_dev=0.144
C5' B 0, 0.097, 0.247, 0.397, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.247 std_dev=0.150
O6 B 0, 0.087, 0.241, 0.394, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.241 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.084, 0.251, 0.419, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.251 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.113, 0.290, 0.466, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.290 std_dev=0.177
P A 0, 0.095, 0.276, 0.456, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.276 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.132, 0.320, 0.508, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.320 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.068, 0.265, 0.461, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.265 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.091, 0.307, 0.522, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.307 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.091, 0.308, 0.524, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.308 std_dev=0.217
N7 B 0, 0.119, 0.340, 0.561, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.340 std_dev=0.221
N2 B 0, 0.157, 0.384, 0.610, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.384 std_dev=0.226
P B 0, 0.076, 0.313, 0.550, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.237
C4' B 0, 0.069, 0.307, 0.545, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.307 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.076, 0.314, 0.553, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.314 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.105, 0.354, 0.604, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.354 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.054, 0.310, 0.567, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.310 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.087, 0.373, 0.659, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.373 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.066, 0.360, 0.654, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.360 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.091, 0.409, 0.727, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.409 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.071, 0.426, 0.782, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.426 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.061, 0.473, 0.885, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.473 std_dev=0.412
OP2 B 0, -0.078, 0.380, 0.838, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.380 std_dev=0.458
O5' B 0, 0.028, 0.486, 0.945, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.486 std_dev=0.459
OP1 B 0, 0.107, 0.664, 1.221, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.664 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.09 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.06 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.06 0.06 0.05 0.09 0.03 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.07 0.10 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.43 0.06 0.45 0.20 0.13
C2 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.40 0.11 0.45 0.19 0.14
C2' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.08 0.10 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.46 0.07 0.46 0.15 0.12
C3' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.45 0.06 0.45 0.18 0.12
C4 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.06 0.49 0.10 0.37 0.20 0.09
C4' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.45 0.04 0.41 0.24 0.12
C5 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.08 0.52 0.06 0.34 0.20 0.08
C5' 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.48 0.05 0.37 0.26 0.10
C6 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.50 0.05 0.38 0.20 0.09
N1 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.45 0.08 0.43 0.20 0.12
N3 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.41 0.11 0.43 0.20 0.13
N4 0.10 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.06 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.52 0.10 0.31 0.18 0.08
O2 0.12 0.15 0.12 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.34 0.12 0.48 0.18 0.16
O2' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.44 0.08 0.48 0.09 0.12
O3' 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.07 0.11 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.41 0.05 0.48 0.17 0.13
O4' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.43 0.05 0.41 0.25 0.12
O5' 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.11 0.06 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.47 0.05 0.38 0.27 0.10
OP1 0.04 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.11 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.47 0.06 0.41 0.24 0.10
OP2 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.45 0.07 0.39 0.29 0.12
P 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.46 0.06 0.39 0.28 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.01 0.11 0.55 0.13
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.35 0.01 0.28 0.45 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.05 0.53 0.11
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.48 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.34 0.01 0.23 0.50 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.46 0.09
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.38 0.01 0.27 0.47 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.02 0.09 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.15 0.31 0.03
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.40 0.00 0.31 0.44 0.14
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.34 0.01 0.18 0.49 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.38 0.00 0.31 0.43 0.14
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.33 0.01 0.29 0.42 0.13
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.32 0.01 0.24 0.48 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.38 0.01 0.24 0.46 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.31 0.01 0.17 0.53 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.10 0.49 0.13
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.18 0.02 0.18 0.42 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.24 0.02 0.11 0.54 0.13
O5' 0.22 0.35 0.09 0.03 0.34 0.02 0.38 0.01 0.40 0.34 0.38 0.33 0.32 0.38 0.31 0.05 0.18 0.24 0.00 0.42 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.42 0.00 0.33 0.41 0.15
OP1 0.11 0.28 0.05 0.09 0.23 0.05 0.27 0.15 0.31 0.18 0.31 0.29 0.24 0.24 0.17 0.10 0.18 0.11 0.03 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.45 0.53 0.48 0.50 0.46 0.47 0.31 0.44 0.49 0.43 0.42 0.48 0.46 0.53 0.49 0.42 0.54 0.02 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.13 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.03 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.05 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00