ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49565

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.027
O4' A 0, -0.095, 0.221, 0.538, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.221 std_dev=0.316
C2' A 0, -0.138, 0.259, 0.657, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.259 std_dev=0.397
C4' A 0, -0.064, 0.418, 0.900, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.418 std_dev=0.482
C5 B 0, 0.048, 0.532, 1.016, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.532 std_dev=0.484
C2 B 0, -0.118, 0.396, 0.910, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.396 std_dev=0.514
C6 B 0, -0.019, 0.499, 1.016, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.499 std_dev=0.517
N3 B 0, -0.034, 0.492, 1.018, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.492 std_dev=0.526
C4 B 0, 0.035, 0.564, 1.094, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.564 std_dev=0.529
N7 B 0, 0.097, 0.634, 1.170, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.634 std_dev=0.536
N1 B 0, -0.094, 0.455, 1.003, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.455 std_dev=0.548
N2 B 0, -0.137, 0.412, 0.961, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.412 std_dev=0.549
O6 B 0, 0.010, 0.598, 1.186, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.598 std_dev=0.588
C8 B 0, 0.100, 0.758, 1.417, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.758 std_dev=0.658
O2' A 0, -0.086, 0.580, 1.246, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.580 std_dev=0.666
N9 B 0, 0.093, 0.760, 1.427, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.760 std_dev=0.667
C3' A 0, -0.123, 0.680, 1.484, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.680 std_dev=0.803
C5' A 0, -0.146, 0.682, 1.509, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.682 std_dev=0.827
C1' B 0, 0.135, 1.004, 1.872, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.004 std_dev=0.868
C2' B 0, 0.206, 1.158, 2.110, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.158 std_dev=0.952
C3' B 0, 0.150, 1.166, 2.181, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.166 std_dev=1.015
C4' B 0, 0.178, 1.380, 2.582, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.380 std_dev=1.202
O4' B 0, 0.135, 1.496, 2.857, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.496 std_dev=1.361
O3' A 0, -0.270, 1.153, 2.576, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.153 std_dev=1.423
O5' A 0, 0.232, 1.708, 3.184, 3.747 max_d=3.747 avg_d=1.708 std_dev=1.476
O3' B 0, 0.236, 1.718, 3.201, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.718 std_dev=1.482
OP2 A 0, 0.301, 1.907, 3.513, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.907 std_dev=1.606
O2' B 0, 0.299, 1.932, 3.565, 3.651 max_d=3.651 avg_d=1.932 std_dev=1.633
P A 0, 0.306, 1.971, 3.636, 4.019 max_d=4.019 avg_d=1.971 std_dev=1.665
OP1 A 0, 0.388, 2.471, 4.553, 5.055 max_d=5.055 avg_d=2.471 std_dev=2.082
C5' B 0, -0.056, 2.462, 4.981, 5.529 max_d=5.529 avg_d=2.462 std_dev=2.519
O5' B 0, 0.024, 3.086, 6.148, 6.794 max_d=6.794 avg_d=3.086 std_dev=3.062
P B 0, 0.230, 4.393, 8.556, 9.402 max_d=9.402 avg_d=4.393 std_dev=4.163
OP1 B 0, 0.405, 4.592, 8.780, 9.364 max_d=9.364 avg_d=4.592 std_dev=4.188
OP2 B 0, 0.210, 5.219, 10.227, 11.306 max_d=11.306 avg_d=5.219 std_dev=5.009

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.35 0.01 0.27 0.29 0.13 0.26
C2 0.01 0.00 0.08 0.17 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.32 0.02 0.46 0.42 0.28 0.39
C2' 0.03 0.08 0.00 0.03 0.19 0.02 0.24 0.15 0.21 0.14 0.13 0.20 0.06 0.00 0.11 0.03 0.51 0.54 0.45 0.47
C3' 0.11 0.17 0.03 0.00 0.41 0.01 0.51 0.03 0.47 0.28 0.28 0.44 0.04 0.02 0.05 0.04 0.34 0.42 0.27 0.25
C4 0.01 0.01 0.19 0.41 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.40 0.04 0.59 0.56 0.51 0.54
C4' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.17 0.00 0.23 0.00 0.21 0.11 0.10 0.19 0.04 0.22 0.09 0.01 0.02 0.21 0.27 0.10
C5 0.01 0.00 0.24 0.51 0.00 0.23 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.51 0.08 0.59 0.56 0.47 0.55
C5' 0.05 0.09 0.15 0.03 0.23 0.00 0.28 0.00 0.23 0.09 0.15 0.27 0.08 0.06 0.18 0.01 0.01 0.26 0.40 0.06
C6 0.02 0.01 0.21 0.47 0.01 0.21 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.46 0.09 0.50 0.45 0.25 0.43
N1 0.00 0.02 0.14 0.28 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.32 0.01 0.40 0.36 0.17 0.33
N3 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.31 0.01 0.54 0.49 0.42 0.47
N4 0.01 0.00 0.20 0.44 0.00 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.42 0.05 0.63 0.62 0.62 0.60
O2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.45 0.05 0.40 0.38 0.24 0.34
O2' 0.05 0.32 0.00 0.02 0.36 0.22 0.30 0.06 0.22 0.22 0.38 0.39 0.31 0.00 0.12 0.16 0.30 0.35 0.45 0.32
O3' 0.35 0.32 0.11 0.05 0.40 0.09 0.51 0.18 0.46 0.32 0.31 0.42 0.45 0.12 0.00 0.23 0.29 0.47 0.49 0.31
O4' 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.05 0.16 0.23 0.00 0.16 0.26 0.22 0.25
O5' 0.27 0.46 0.51 0.34 0.59 0.02 0.59 0.01 0.50 0.40 0.54 0.63 0.40 0.30 0.29 0.16 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.29 0.42 0.54 0.42 0.56 0.21 0.56 0.26 0.45 0.36 0.49 0.62 0.38 0.35 0.47 0.26 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.13 0.28 0.45 0.27 0.51 0.27 0.47 0.40 0.25 0.17 0.42 0.62 0.24 0.45 0.49 0.22 0.03 0.05 0.00 0.00
P 0.26 0.39 0.47 0.25 0.54 0.10 0.55 0.06 0.43 0.33 0.47 0.60 0.34 0.32 0.31 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.20 0.75 0.57 0.24 0.61 0.25 1.04 0.20 0.45 0.20 0.22 0.19 0.37 0.34 0.84 0.89 0.94 1.42 0.18 1.34 1.57 1.58
C2 0.27 0.31 0.47 0.53 0.29 0.35 0.30 0.53 0.26 0.35 0.29 0.34 0.29 0.35 0.30 0.40 0.73 0.53 0.83 0.21 0.82 0.97 0.94
C2' 0.30 0.16 0.82 0.65 0.20 0.64 0.27 1.17 0.22 0.50 0.18 0.22 0.12 0.46 0.32 0.96 1.06 0.98 1.57 0.24 1.62 1.77 1.86
C3' 0.25 0.27 1.11 0.89 0.06 0.36 0.07 0.89 0.05 0.37 0.21 0.39 0.20 0.31 0.19 1.29 1.45 0.84 1.14 0.08 1.23 1.41 1.46
C4 0.38 0.21 0.36 0.72 0.30 0.43 0.30 0.75 0.24 0.37 0.17 0.26 0.27 0.37 0.35 0.33 0.85 0.30 0.71 0.28 0.97 1.05 0.85
C4' 0.27 0.15 1.06 0.75 0.10 0.48 0.16 1.06 0.11 0.38 0.12 0.23 0.10 0.32 0.23 1.31 1.31 1.00 1.21 0.15 1.20 1.45 1.46
C5 0.52 0.12 0.50 0.90 0.36 0.47 0.34 0.79 0.24 0.47 0.15 0.13 0.26 0.41 0.48 0.43 1.07 0.40 0.82 0.25 1.11 1.12 0.95
C5' 0.36 0.31 1.35 1.25 0.20 0.17 0.13 0.44 0.11 0.30 0.23 0.40 0.29 0.22 0.25 1.54 1.92 0.71 0.39 0.06 0.39 0.58 0.55
C6 0.53 0.11 0.64 0.87 0.33 0.38 0.30 0.51 0.17 0.53 0.10 0.14 0.20 0.42 0.50 0.48 1.11 0.64 0.57 0.16 0.76 0.58 0.59
N1 0.36 0.21 0.62 0.65 0.28 0.39 0.28 0.59 0.19 0.48 0.19 0.23 0.22 0.41 0.39 0.55 0.91 0.70 0.85 0.15 0.82 0.89 0.92
N3 0.28 0.32 0.35 0.57 0.28 0.32 0.27 0.50 0.23 0.31 0.28 0.37 0.30 0.32 0.28 0.23 0.72 0.35 0.55 0.22 0.67 0.73 0.63
N4 0.33 0.17 0.28 0.72 0.25 0.56 0.30 1.04 0.31 0.33 0.20 0.26 0.24 0.36 0.30 0.46 0.81 0.30 1.02 0.40 1.32 1.57 1.26
O2 0.20 0.37 0.49 0.42 0.30 0.42 0.33 0.72 0.36 0.28 0.38 0.40 0.33 0.33 0.25 0.52 0.61 0.58 1.18 0.34 1.19 1.50 1.40
O2' 0.40 0.32 0.86 0.79 0.34 0.98 0.41 1.64 0.39 0.61 0.36 0.35 0.27 0.57 0.43 1.07 1.11 1.12 2.15 0.42 2.34 2.53 2.60
O3' 0.39 0.39 1.03 0.72 0.39 0.49 0.52 1.11 0.50 0.70 0.42 0.45 0.34 0.73 0.46 1.33 1.37 1.01 1.36 0.59 1.50 1.92 1.83
O4' 0.25 0.12 0.91 0.62 0.12 0.53 0.14 1.01 0.12 0.32 0.13 0.16 0.09 0.23 0.22 1.06 1.01 0.99 1.23 0.13 1.14 1.36 1.36
O5' 0.35 0.46 1.58 1.76 0.38 0.54 0.34 0.33 0.37 0.24 0.42 0.50 0.45 0.28 0.31 1.53 2.49 0.36 0.52 0.36 0.91 0.42 0.43
OP1 0.41 0.58 1.48 1.89 0.44 0.80 0.36 0.69 0.40 0.24 0.51 0.67 0.57 0.26 0.35 1.45 2.85 0.30 1.21 0.37 1.84 1.20 1.27
OP2 0.44 0.72 1.37 2.16 0.56 1.20 0.51 1.47 0.57 0.34 0.67 0.80 0.69 0.39 0.45 0.96 2.84 0.38 1.95 0.54 2.52 2.15 2.08
P 0.43 0.60 1.49 2.03 0.48 0.92 0.41 0.89 0.45 0.30 0.54 0.66 0.58 0.32 0.40 1.30 2.91 0.33 1.30 0.41 1.81 1.28 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.33 0.01 0.21 0.32 0.17
C2 0.02 0.00 0.31 0.32 0.00 0.70 0.00 1.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.61 0.22 0.72 1.16 0.00 1.23 1.54 1.37
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.17 0.00 0.09 0.01 0.15 0.13 0.25 0.37 0.31 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.11 0.14 0.30 0.06
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.03 0.07 0.34 0.19 0.46 0.32 0.29 0.11 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.22 0.29 0.10
C4 0.01 0.00 0.17 0.09 0.00 0.26 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.08 0.34 0.54 0.01 0.53 0.67 0.51
C4' 0.01 0.70 0.00 0.00 0.26 0.00 0.04 0.01 0.17 0.51 0.47 0.94 0.68 0.38 0.10 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.10 0.17 0.13
C5 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.11 0.77 0.01 0.81 1.05 0.81
C5' 0.02 1.22 0.01 0.03 0.40 0.01 0.07 0.00 0.29 0.84 0.83 1.67 1.12 0.66 0.16 0.05 0.04 0.01 0.02 0.11 0.37 0.23 0.03
C6 0.01 0.01 0.15 0.07 0.00 0.17 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.25 0.67 0.00 0.77 1.00 0.75
C8 0.01 0.01 0.13 0.34 0.00 0.51 0.00 0.84 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.25 0.43 1.48 0.01 1.40 1.77 1.53
N1 0.01 0.00 0.25 0.19 0.00 0.47 0.00 0.83 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.16 0.52 0.81 0.00 0.91 1.17 0.96
N2 0.02 0.00 0.37 0.46 0.00 0.94 0.00 1.67 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.79 0.33 0.88 1.67 0.02 1.83 2.31 2.04
N3 0.02 0.00 0.31 0.32 0.00 0.68 0.00 1.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.58 0.21 0.73 1.05 0.00 1.04 1.24 1.16
N7 0.01 0.00 0.06 0.29 0.00 0.38 0.00 0.66 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.24 0.26 1.39 0.02 1.42 1.81 1.52
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.69 0.01 0.61 0.80 0.61
O2' 0.03 0.61 0.00 0.01 0.25 0.05 0.07 0.05 0.20 0.36 0.44 0.79 0.58 0.24 0.05 0.00 0.03 0.04 0.14 0.12 0.26 0.14 0.27
O3' 0.02 0.22 0.02 0.00 0.08 0.02 0.13 0.04 0.12 0.25 0.16 0.33 0.21 0.24 0.08 0.03 0.00 0.02 0.39 0.15 0.29 0.30 0.29
O4' 0.01 0.72 0.00 0.01 0.34 0.01 0.11 0.01 0.25 0.43 0.52 0.88 0.73 0.26 0.04 0.04 0.02 0.00 0.31 0.16 0.24 0.14 0.11
O5' 0.33 1.16 0.15 0.16 0.54 0.05 0.77 0.02 0.67 1.48 0.81 1.67 1.05 1.39 0.69 0.14 0.39 0.31 0.00 0.81 0.03 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.15 0.16 0.81 0.00 0.96 1.23 0.94
OP1 0.21 1.23 0.14 0.22 0.53 0.10 0.81 0.37 0.77 1.40 0.91 1.83 1.04 1.42 0.61 0.26 0.29 0.24 0.03 0.96 0.00 0.06 0.00
OP2 0.32 1.54 0.30 0.29 0.67 0.17 1.05 0.23 1.00 1.77 1.17 2.31 1.24 1.81 0.80 0.14 0.30 0.14 0.01 1.23 0.06 0.00 0.00
P 0.17 1.37 0.06 0.10 0.51 0.13 0.81 0.03 0.75 1.53 0.96 2.04 1.16 1.52 0.61 0.27 0.29 0.11 0.01 0.94 0.00 0.00 0.00