ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49566

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.007, 0.024, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.003, 0.035, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.033
O4' A 0, -0.008, 0.041, 0.090, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.041 std_dev=0.049
O2 A 0, -0.004, 0.049, 0.103, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.049 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.009, 0.066, 0.123, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.066 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.006, 0.086, 0.165, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.086 std_dev=0.080
C2' A 0, -0.008, 0.084, 0.176, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.084 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.017, 0.124, 0.232, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.124 std_dev=0.107
O5' A 0, 0.026, 0.133, 0.241, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.133 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.010, 0.123, 0.236, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.113
N3 B 0, 0.032, 0.149, 0.267, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.149 std_dev=0.117
O4' B 0, 0.017, 0.135, 0.254, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.135 std_dev=0.119
N9 B 0, 0.030, 0.156, 0.282, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.156 std_dev=0.126
C4 B 0, -0.016, 0.119, 0.254, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.119 std_dev=0.135
O2' A 0, -0.015, 0.126, 0.267, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.126 std_dev=0.141
P A 0, 0.024, 0.171, 0.317, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.171 std_dev=0.146
C8 B 0, 0.025, 0.178, 0.332, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.178 std_dev=0.154
C4' B 0, 0.051, 0.212, 0.372, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.212 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.005, 0.167, 0.330, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.167 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.036, 0.203, 0.370, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.203 std_dev=0.167
N7 B 0, -0.014, 0.161, 0.336, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.161 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.048, 0.224, 0.399, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.224 std_dev=0.176
C5' B 0, 0.057, 0.244, 0.430, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.244 std_dev=0.186
C6 B 0, 0.040, 0.251, 0.462, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.251 std_dev=0.211
N2 B 0, 0.051, 0.266, 0.481, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.266 std_dev=0.215
O5' B 0, 0.045, 0.269, 0.494, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.269 std_dev=0.224
N1 B 0, 0.048, 0.274, 0.500, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.274 std_dev=0.226
O6 B 0, 0.038, 0.315, 0.591, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.315 std_dev=0.276
OP1 B 0, 0.086, 0.364, 0.641, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.364 std_dev=0.278
P B 0, 0.049, 0.348, 0.647, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.348 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.305 std_dev=0.304
OP1 A 0, 0.082, 0.405, 0.728, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.405 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.078, 0.401, 0.724, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.401 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.004, 0.341, 0.679, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.341 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.067, 0.414, 0.760, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.414 std_dev=0.346
O2' B 0, -0.076, 0.369, 0.813, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.369 std_dev=0.445
O3' B 0, -0.072, 0.472, 1.015, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.472 std_dev=0.543

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.26 0.07 0.09
C2 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.29 0.05 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.06 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.20 0.03 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.07 0.04
C4 0.04 0.01 0.08 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.04 0.08 0.29 0.03 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.04
C5 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.03 0.08 0.29 0.03 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.07 0.30 0.05 0.09
N1 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.29 0.06 0.09
N3 0.04 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.07 0.30 0.04 0.08
N4 0.05 0.01 0.09 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.05 0.08 0.27 0.02 0.05
O2 0.07 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.03 0.28 0.03 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.19 0.03 0.05
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.08 0.13 0.06
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.24 0.11 0.10
O5' 0.04 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.29 0.20 0.13 0.29 0.13 0.29 0.06 0.30 0.29 0.30 0.27 0.28 0.19 0.08 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.09 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.17 0.11 0.11 0.07 0.10 0.06 0.11 0.12 0.14 0.16 0.13 0.09 0.11 0.21 0.16 0.09 0.06 0.10 0.10 0.06 0.07
C2 0.11 0.17 0.10 0.02 0.11 0.03 0.11 0.06 0.15 0.09 0.18 0.19 0.14 0.07 0.09 0.15 0.04 0.05 0.07 0.14 0.08 0.08 0.07
C2' 0.15 0.12 0.17 0.11 0.09 0.09 0.09 0.15 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10 0.09 0.11 0.24 0.16 0.10 0.14 0.10 0.21 0.16 0.18
C3' 0.19 0.08 0.26 0.19 0.06 0.11 0.04 0.08 0.06 0.12 0.09 0.10 0.05 0.07 0.11 0.36 0.29 0.10 0.05 0.07 0.13 0.07 0.10
C4 0.10 0.19 0.11 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.16 0.10 0.20 0.21 0.12 0.03 0.05 0.17 0.06 0.07 0.07 0.16 0.07 0.10 0.07
C4' 0.19 0.08 0.29 0.25 0.05 0.16 0.05 0.04 0.05 0.13 0.08 0.10 0.05 0.08 0.12 0.38 0.37 0.11 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01
C5 0.13 0.18 0.18 0.10 0.03 0.09 0.05 0.07 0.13 0.11 0.18 0.21 0.10 0.05 0.08 0.25 0.15 0.08 0.09 0.13 0.08 0.12 0.08
C5' 0.23 0.05 0.38 0.35 0.06 0.22 0.05 0.10 0.04 0.15 0.07 0.08 0.02 0.09 0.14 0.50 0.50 0.13 0.13 0.05 0.06 0.12 0.09
C6 0.15 0.16 0.20 0.13 0.05 0.09 0.04 0.05 0.11 0.10 0.16 0.19 0.11 0.03 0.08 0.28 0.20 0.07 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07
N1 0.15 0.15 0.17 0.09 0.09 0.06 0.08 0.04 0.11 0.11 0.15 0.17 0.12 0.06 0.09 0.22 0.14 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.06
N3 0.09 0.18 0.08 0.03 0.10 0.03 0.11 0.06 0.16 0.08 0.19 0.20 0.14 0.04 0.06 0.13 0.01 0.05 0.07 0.15 0.07 0.08 0.07
N4 0.09 0.19 0.09 0.03 0.05 0.06 0.08 0.07 0.18 0.09 0.22 0.22 0.10 0.06 0.05 0.15 0.03 0.07 0.07 0.20 0.07 0.10 0.07
O2 0.12 0.16 0.09 0.04 0.12 0.03 0.13 0.07 0.16 0.10 0.17 0.17 0.13 0.10 0.10 0.13 0.02 0.08 0.08 0.15 0.09 0.10 0.08
O2' 0.13 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.25 0.13 0.13 0.15 0.16 0.14 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.24 0.12 0.32 0.26 0.29
O3' 0.19 0.06 0.27 0.20 0.06 0.13 0.05 0.11 0.05 0.13 0.08 0.08 0.05 0.08 0.12 0.37 0.31 0.11 0.08 0.06 0.17 0.12 0.14
O4' 0.18 0.11 0.25 0.22 0.07 0.14 0.06 0.04 0.07 0.13 0.10 0.13 0.09 0.08 0.11 0.31 0.31 0.10 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05
O5' 0.17 0.14 0.32 0.27 0.07 0.15 0.09 0.06 0.14 0.10 0.17 0.16 0.08 0.08 0.09 0.47 0.42 0.07 0.10 0.16 0.06 0.10 0.07
OP1 0.24 0.23 0.39 0.38 0.21 0.25 0.22 0.21 0.24 0.22 0.25 0.23 0.21 0.21 0.22 0.53 0.52 0.21 0.19 0.25 0.16 0.19 0.19
OP2 0.19 0.12 0.37 0.33 0.07 0.18 0.03 0.10 0.09 0.10 0.12 0.15 0.09 0.03 0.12 0.50 0.48 0.11 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08
P 0.19 0.12 0.37 0.33 0.04 0.18 0.03 0.09 0.10 0.10 0.14 0.15 0.05 0.03 0.11 0.52 0.48 0.09 0.11 0.13 0.06 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.10 0.01 0.12 0.22 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.13 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.06 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.14 0.05 0.14 0.08 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03
C4 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.14 0.09
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.16 0.11
C5' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.05 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.21 0.15
C8 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.11 0.01 0.14 0.23 0.17
N2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.19 0.04 0.12 0.02 0.15 0.24 0.17
N3 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.07 0.01 0.08 0.17 0.11
N7 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.05 0.03 0.05 0.10 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04
O2' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.10 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.01 0.20 0.13 0.12
O3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.16 0.06 0.19 0.10 0.15 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.14 0.19 0.10
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02
O5' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.04 0.11 0.12 0.07 0.05 0.02 0.10 0.04 0.02 0.00 0.11 0.03 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.00 0.15 0.24 0.18
OP1 0.05 0.12 0.10 0.06 0.05 0.06 0.07 0.02 0.12 0.03 0.14 0.15 0.08 0.05 0.01 0.20 0.14 0.04 0.03 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.22 0.06 0.08 0.14 0.06 0.16 0.05 0.21 0.04 0.23 0.24 0.17 0.10 0.07 0.13 0.19 0.06 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.15 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.15 0.04 0.17 0.17 0.11 0.08 0.04 0.12 0.10 0.02 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00