ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49567

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N1 A 0, -0.002, 0.004, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.004 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O4' A 0, -0.001, 0.125, 0.252, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.125 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.132 std_dev=0.131
N2 B 0, 0.030, 0.215, 0.399, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.215 std_dev=0.184
C2 B 0, -0.013, 0.187, 0.386, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.187 std_dev=0.200
N3 B 0, -0.016, 0.205, 0.427, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.205 std_dev=0.222
N1 B 0, -0.052, 0.256, 0.565, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.256 std_dev=0.308
C4 B 0, -0.059, 0.274, 0.607, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.274 std_dev=0.333
C6 B 0, -0.028, 0.364, 0.756, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.364 std_dev=0.392
C5 B 0, -0.038, 0.359, 0.757, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.359 std_dev=0.397
C5' A 0, -0.015, 0.386, 0.788, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.386 std_dev=0.401
C4' A 0, -0.100, 0.311, 0.723, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.311 std_dev=0.412
O5' A 0, 0.039, 0.455, 0.871, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.455 std_dev=0.416
N9 B 0, -0.079, 0.350, 0.779, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.350 std_dev=0.429
C1' B 0, -0.087, 0.367, 0.821, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.367 std_dev=0.454
OP2 A 0, 0.127, 0.595, 1.063, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.595 std_dev=0.468
O6 B 0, -0.010, 0.480, 0.970, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.480 std_dev=0.490
O4' B 0, -0.110, 0.385, 0.880, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.385 std_dev=0.495
N7 B 0, -0.029, 0.479, 0.987, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.479 std_dev=0.508
C8 B 0, -0.065, 0.459, 0.983, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.459 std_dev=0.524
P A 0, 0.031, 0.607, 1.183, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.607 std_dev=0.576
O2' A 0, -0.144, 0.433, 1.010, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.433 std_dev=0.577
C3' A 0, -0.204, 0.459, 1.122, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.459 std_dev=0.663
C2' B 0, -0.126, 0.543, 1.213, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.543 std_dev=0.670
C4' B 0, -0.164, 0.520, 1.204, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.520 std_dev=0.684
O2' B 0, -0.124, 0.651, 1.427, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.651 std_dev=0.775
C3' B 0, -0.170, 0.629, 1.427, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.629 std_dev=0.799
C5' B 0, -0.311, 0.680, 1.670, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.680 std_dev=0.991
O3' B 0, -0.214, 0.850, 1.914, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.850 std_dev=1.064
OP1 A 0, -0.106, 0.964, 2.035, 2.757 max_d=2.757 avg_d=0.964 std_dev=1.070
O3' A 0, -0.472, 0.803, 2.079, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.803 std_dev=1.275
O5' B 0, -0.579, 0.918, 2.416, 3.511 max_d=3.511 avg_d=0.918 std_dev=1.497
P B 0, -0.883, 1.404, 3.692, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.404 std_dev=2.287
OP1 B 0, -0.860, 1.486, 3.832, 5.545 max_d=5.545 avg_d=1.486 std_dev=2.346
OP2 B 0, -0.973, 1.681, 4.336, 6.273 max_d=6.273 avg_d=1.681 std_dev=2.654

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.00 0.10 0.16 0.22 0.20
C2 0.00 0.00 0.04 0.22 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.10 0.01 0.10 0.31 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.34 0.24 0.30 0.21
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.39 0.00 0.42 0.01 0.36 0.23 0.31 0.42 0.09 0.01 0.00 0.00 0.06 0.73 0.31 0.33
C4 0.00 0.00 0.00 0.39 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.17 0.00 0.30 0.28 0.12 0.08
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.11 0.14 0.20 0.03 0.26 0.00 0.00 0.01 0.29 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.42 0.00 0.22 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.25 0.02 0.36 0.18 0.07 0.04
C5' 0.04 0.10 0.17 0.01 0.24 0.00 0.28 0.00 0.22 0.10 0.16 0.27 0.03 0.07 0.18 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.36 0.00 0.19 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.17 0.02 0.26 0.13 0.11 0.10
N1 0.01 0.00 0.00 0.23 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.04 0.00 0.08 0.21 0.14 0.12
N3 0.00 0.00 0.03 0.31 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.02 0.01 0.20 0.34 0.10 0.07
N4 0.00 0.00 0.00 0.42 0.00 0.20 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.38 0.22 0.00 0.35 0.30 0.19 0.13
O2 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.39 0.28 0.02 0.03 0.35 0.12 0.09
O2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.35 0.26 0.25 0.07 0.17 0.21 0.40 0.38 0.39 0.00 0.01 0.22 0.24 0.38 0.36 0.15
O3' 0.28 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.25 0.18 0.17 0.04 0.02 0.22 0.28 0.01 0.00 0.20 0.22 1.18 0.53 0.60
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.22 0.20 0.00 0.04 0.05 0.22 0.24
O5' 0.10 0.10 0.34 0.06 0.30 0.01 0.36 0.01 0.26 0.08 0.20 0.35 0.03 0.24 0.22 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.16 0.31 0.24 0.73 0.28 0.29 0.18 0.07 0.13 0.21 0.34 0.30 0.35 0.38 1.18 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.10 0.30 0.31 0.12 0.03 0.07 0.01 0.11 0.14 0.10 0.19 0.12 0.36 0.53 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.08 0.21 0.33 0.08 0.04 0.04 0.01 0.10 0.12 0.07 0.13 0.09 0.15 0.60 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.22 0.03 0.24 0.23 0.46 0.33 0.65 0.36 0.22 0.30 0.17 0.17 0.32 0.14 0.04 0.26 0.41 0.80 0.38 1.06 1.57 1.40
C2 0.12 0.16 0.03 0.19 0.03 0.43 0.07 0.62 0.15 0.05 0.20 0.19 0.07 0.03 0.05 0.08 0.16 0.44 0.63 0.17 0.98 1.56 1.28
C2' 0.03 0.23 0.05 0.33 0.25 0.54 0.38 0.78 0.42 0.30 0.34 0.18 0.17 0.42 0.18 0.04 0.39 0.39 1.08 0.48 1.48 1.94 1.78
C3' 0.25 0.22 0.35 0.75 0.08 0.96 0.16 1.32 0.26 0.09 0.28 0.24 0.11 0.11 0.09 0.25 0.83 0.70 1.82 0.30 2.24 2.53 2.53
C4 0.05 0.06 0.18 0.03 0.01 0.30 0.03 0.48 0.04 0.03 0.02 0.12 0.05 0.05 0.02 0.25 0.05 0.35 0.59 0.08 1.03 1.37 1.21
C4' 0.11 0.15 0.21 0.52 0.14 0.73 0.22 0.95 0.25 0.15 0.22 0.13 0.10 0.23 0.07 0.16 0.60 0.52 1.44 0.29 1.62 1.80 1.88
C5 0.07 0.09 0.26 0.06 0.09 0.24 0.08 0.42 0.06 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.09 0.32 0.10 0.29 0.63 0.05 1.08 1.27 1.21
C5' 0.13 0.28 0.07 0.27 0.28 0.50 0.31 0.75 0.32 0.27 0.30 0.26 0.26 0.31 0.24 0.13 0.36 0.28 1.39 0.33 1.78 1.62 1.82
C6 0.08 0.15 0.22 0.04 0.17 0.28 0.18 0.46 0.17 0.15 0.16 0.13 0.15 0.17 0.14 0.26 0.05 0.29 0.69 0.16 1.09 1.31 1.26
N1 0.05 0.19 0.09 0.14 0.14 0.40 0.20 0.58 0.24 0.10 0.24 0.17 0.14 0.16 0.07 0.13 0.14 0.39 0.71 0.24 1.06 1.49 1.32
N3 0.11 0.09 0.08 0.12 0.02 0.38 0.04 0.57 0.03 0.09 0.08 0.17 0.04 0.09 0.07 0.14 0.07 0.42 0.59 0.05 0.98 1.49 1.23
N4 0.05 0.02 0.21 0.03 0.04 0.27 0.09 0.45 0.13 0.07 0.08 0.08 0.03 0.10 0.04 0.29 0.11 0.34 0.55 0.18 1.02 1.33 1.17
O2 0.18 0.17 0.07 0.29 0.01 0.50 0.07 0.70 0.21 0.11 0.25 0.21 0.06 0.05 0.10 0.03 0.27 0.49 0.61 0.26 0.90 1.67 1.27
O2' 0.29 0.19 0.25 0.04 0.35 0.09 0.42 0.30 0.35 0.54 0.24 0.12 0.23 0.55 0.40 0.26 0.02 0.05 0.51 0.37 0.88 1.60 1.28
O3' 0.71 0.26 0.89 1.30 0.47 1.39 0.44 1.79 0.31 0.68 0.24 0.18 0.37 0.56 0.63 0.69 1.36 1.07 2.23 0.27 2.39 3.13 3.01
O4' 0.03 0.15 0.02 0.21 0.23 0.42 0.30 0.56 0.29 0.29 0.22 0.09 0.14 0.33 0.20 0.03 0.25 0.35 0.82 0.31 1.00 1.32 1.29
O5' 0.21 0.40 0.25 0.11 0.36 0.40 0.35 0.69 0.36 0.28 0.39 0.41 0.39 0.31 0.29 0.34 0.15 0.25 1.30 0.34 1.88 1.68 1.85
OP1 0.09 0.05 0.18 0.41 0.11 0.58 0.26 0.71 0.27 0.27 0.15 0.13 0.05 0.34 0.11 0.23 0.56 0.36 1.35 0.35 1.74 1.51 1.72
OP2 0.06 0.08 0.05 0.23 0.04 0.51 0.06 0.74 0.07 0.05 0.07 0.11 0.07 0.06 0.02 0.13 0.24 0.43 1.30 0.07 1.89 1.72 1.86
P 0.14 0.10 0.10 0.36 0.04 0.58 0.02 0.77 0.03 0.05 0.05 0.16 0.11 0.07 0.04 0.05 0.41 0.47 1.37 0.05 1.84 1.65 1.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.16 0.22 0.09
C2 0.01 0.00 0.24 0.21 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.28 0.14 0.22 0.00 0.05 0.37 0.17
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.09 0.20 0.28 0.23 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.27 0.09 0.16
C3' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.14 0.07 0.19 0.25 0.19 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.37 0.13 0.36 0.24 0.30
C4 0.01 0.00 0.13 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.07 0.35 0.00 0.27 0.33 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.06
C5 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.50 0.01 0.48 0.36 0.13
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.22 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.14 0.14 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.18 0.07 0.47 0.00 0.41 0.40 0.10
C8 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.09 0.65 0.01 0.73 0.28 0.30
N1 0.01 0.00 0.20 0.19 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.25 0.12 0.34 0.00 0.20 0.40 0.09
N2 0.02 0.00 0.28 0.25 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.33 0.17 0.14 0.01 0.10 0.37 0.24
N3 0.01 0.00 0.23 0.19 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.24 0.13 0.20 0.00 0.05 0.34 0.16
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.66 0.01 0.76 0.34 0.31
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.40 0.01 0.38 0.28 0.08
O2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.06 0.15 0.23 0.17 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.07 0.09 0.01
O3' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.12 0.01 0.18 0.07 0.25 0.33 0.24 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.27 0.17 0.31 0.47 0.37
O4' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.09 0.12 0.17 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.33 0.26
O5' 0.18 0.22 0.29 0.37 0.35 0.01 0.50 0.00 0.47 0.65 0.34 0.14 0.20 0.66 0.40 0.08 0.27 0.03 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.12 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.05 0.53 0.00 0.52 0.41 0.16
OP1 0.16 0.05 0.27 0.36 0.27 0.10 0.48 0.22 0.41 0.73 0.20 0.10 0.05 0.76 0.38 0.07 0.31 0.04 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.37 0.09 0.24 0.33 0.04 0.36 0.06 0.40 0.28 0.40 0.37 0.34 0.34 0.28 0.09 0.47 0.33 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.16 0.30 0.06 0.06 0.13 0.00 0.10 0.30 0.09 0.24 0.16 0.31 0.08 0.01 0.37 0.26 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00