Doublet Group distance statistics: 49572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1'	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N4	A	0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O4'	A	0, -0.010, 0.121, 0.252, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.121 std_dev=0.131
C5'	A	0, 0.063, 0.222, 0.381, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.222 std_dev=0.159
C2'	A	0, 0.050, 0.216, 0.383, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.216 std_dev=0.167
C4'	A	0, 0.081, 0.364, 0.646, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.364 std_dev=0.283
N2	B	0, 0.121, 0.412, 0.704, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.412 std_dev=0.291
O5'	A	0, 0.135, 0.481, 0.827, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.481 std_dev=0.346
C2	B	0, 0.150, 0.523, 0.896, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.523 std_dev=0.373
P	A	0, 0.177, 0.603, 1.030, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.603 std_dev=0.427
N3	B	0, 0.181, 0.621, 1.061, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.621 std_dev=0.440
N1	B	0, 0.161, 0.634, 1.107, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.634 std_dev=0.473
C4	B	0, 0.224, 0.768, 1.311, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.768 std_dev=0.543
C3'	A	0, 0.219, 0.766, 1.313, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.766 std_dev=0.547
OP2	A	0, 0.049, 0.613, 1.178, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.613 std_dev=0.564
C6	B	0, 0.222, 0.818, 1.413, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.818 std_dev=0.595
C5	B	0, 0.245, 0.859, 1.473, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.859 std_dev=0.614
O2'	A	0, 0.266, 0.910, 1.555, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.910 std_dev=0.645
N9	B	0, 0.271, 0.928, 1.585, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.928 std_dev=0.657
O6	B	0, 0.264, 0.964, 1.663, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.964 std_dev=0.700
C1'	B	0, 0.300, 1.026, 1.751, 1.555 max_d=1.555 avg_d=1.026 std_dev=0.725
N7	B	0, 0.301, 1.048, 1.795, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.048 std_dev=0.747
C8	B	0, 0.308, 1.062, 1.816, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.062 std_dev=0.754
OP1	A	0, 0.350, 1.245, 2.140, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.245 std_dev=0.895
O2'	B	0, 0.399, 1.364, 2.328, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.364 std_dev=0.964
C2'	B	0, 0.415, 1.471, 2.528, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.471 std_dev=1.057
O3'	A	0, 0.471, 1.620, 2.769, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.620 std_dev=1.149
O4'	B	0, 0.654, 2.278, 3.901, 3.668 max_d=3.668 avg_d=2.278 std_dev=1.624
C3'	B	0, 0.745, 2.675, 4.605, 4.482 max_d=4.482 avg_d=2.675 std_dev=1.930
C4'	B	0, 0.815, 2.907, 4.999, 4.838 max_d=4.838 avg_d=2.907 std_dev=2.092
O3'	B	0, 1.005, 3.555, 6.105, 5.856 max_d=5.856 avg_d=3.555 std_dev=2.550
O5'	B	0, 1.286, 4.496, 7.706, 7.286 max_d=7.286 avg_d=4.496 std_dev=3.210
C5'	B	0, 1.307, 4.555, 7.804, 7.349 max_d=7.349 avg_d=4.555 std_dev=3.249
OP1	B	0, 1.492, 5.141, 8.789, 8.091 max_d=8.091 avg_d=5.141 std_dev=3.648
P	B	0, 1.629, 5.609, 9.589, 8.817 max_d=8.817 avg_d=5.609 std_dev=3.980
OP2	B	0, 1.960, 6.710, 11.460, 10.341 max_d=10.341 avg_d=6.710 std_dev=4.750

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.17	0.00	0.12	0.39	0.13	0.19
C2	0.00	0.00	0.05	0.08	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.17	0.12	0.03	0.07	0.52	0.18	0.24
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.13	0.04	0.01	0.04	0.04	0.08	0.00	0.00	0.01	0.28	0.38	0.22	0.30
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.18	0.00	0.20	0.01	0.18	0.11	0.12	0.19	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.06	0.19	0.10
C4	0.01	0.01	0.04	0.18	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.21	0.05	0.02	0.06	0.57	0.26	0.28
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.07	0.03	0.03	0.06	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.15	0.01	0.05
C5	0.02	0.01	0.04	0.20	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.19	0.11	0.04	0.07	0.56	0.27	0.28
C5'	0.06	0.05	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.01	0.06	0.06	0.11	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.18	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.15	0.09	0.05	0.04	0.52	0.22	0.25
N1	0.00	0.01	0.01	0.11	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.05	0.01	0.07	0.48	0.17	0.22
N3	0.00	0.00	0.04	0.12	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.21	0.06	0.01	0.05	0.55	0.22	0.26
N4	0.01	0.00	0.04	0.19	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.23	0.07	0.02	0.08	0.57	0.31	0.30
O2	0.00	0.01	0.08	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.22	0.04	0.10	0.49	0.16	0.23
O2'	0.01	0.17	0.00	0.01	0.21	0.16	0.19	0.06	0.15	0.12	0.21	0.23	0.15	0.00	0.01	0.11	0.23	0.31	0.23	0.28
O3'	0.17	0.12	0.00	0.00	0.05	0.01	0.11	0.11	0.09	0.05	0.06	0.07	0.22	0.01	0.00	0.12	0.15	0.13	0.39	0.22
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.04	0.11	0.12	0.00	0.06	0.37	0.19	0.21
O5'	0.12	0.07	0.28	0.08	0.06	0.01	0.07	0.01	0.04	0.07	0.05	0.08	0.10	0.23	0.15	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.39	0.52	0.38	0.06	0.57	0.15	0.56	0.04	0.52	0.48	0.55	0.57	0.49	0.31	0.13	0.37	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.18	0.22	0.19	0.26	0.01	0.27	0.03	0.22	0.17	0.22	0.31	0.16	0.23	0.39	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.24	0.30	0.10	0.28	0.05	0.28	0.01	0.25	0.22	0.26	0.30	0.23	0.28	0.22	0.21	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.39	0.28	0.04	0.08	0.18	0.45	0.11	0.53	0.28	0.24	0.31	0.32	0.25	0.06	0.27	0.08	0.03	0.64	0.75	0.36	0.38	1.02	0.63
C2	0.38	0.21	0.18	0.26	0.21	0.14	0.13	0.06	0.08	0.35	0.19	0.30	0.21	0.26	0.33	0.23	0.34	0.36	0.25	0.19	0.14	0.45	0.14
C2'	0.41	0.25	0.02	0.12	0.18	0.56	0.10	0.71	0.25	0.21	0.27	0.29	0.24	0.02	0.27	0.05	0.07	0.75	0.91	0.36	0.55	1.17	0.80
C3'	0.39	0.31	0.15	0.24	0.26	0.71	0.23	0.99	0.30	0.25	0.33	0.34	0.29	0.16	0.29	0.15	0.20	0.86	1.18	0.32	0.91	1.48	1.15
C4	0.32	0.06	0.34	0.62	0.19	0.33	0.18	0.49	0.12	0.30	0.09	0.20	0.13	0.26	0.28	0.30	0.76	0.22	0.20	0.16	0.46	0.39	0.45
C4'	0.44	0.35	0.19	0.37	0.30	0.83	0.28	1.10	0.35	0.21	0.36	0.36	0.34	0.21	0.31	0.15	0.29	0.94	1.22	0.38	0.92	1.46	1.17
C5	0.30	0.12	0.36	0.59	0.10	0.24	0.14	0.32	0.17	0.25	0.16	0.22	0.08	0.22	0.23	0.26	0.75	0.27	0.08	0.22	0.28	0.32	0.29
C5'	0.35	0.36	0.28	0.32	0.30	0.78	0.32	1.04	0.38	0.19	0.38	0.38	0.34	0.29	0.25	0.29	0.29	0.89	1.07	0.41	0.85	1.25	1.04
C6	0.33	0.19	0.26	0.37	0.05	0.16	0.11	0.08	0.21	0.23	0.22	0.27	0.14	0.19	0.21	0.18	0.49	0.43	0.26	0.28	0.06	0.45	0.19
N1	0.38	0.22	0.15	0.20	0.14	0.23	0.03	0.18	0.19	0.28	0.23	0.30	0.21	0.17	0.28	0.16	0.29	0.48	0.42	0.28	0.10	0.62	0.28
N3	0.35	0.12	0.26	0.45	0.23	0.23	0.19	0.36	0.08	0.34	0.07	0.25	0.18	0.28	0.32	0.28	0.56	0.24	0.06	0.13	0.39	0.29	0.33
N4	0.31	0.04	0.41	0.77	0.21	0.51	0.20	0.75	0.13	0.30	0.06	0.12	0.15	0.27	0.28	0.36	0.95	0.20	0.44	0.13	0.67	0.64	0.71
O2	0.39	0.24	0.17	0.14	0.26	0.18	0.19	0.07	0.08	0.39	0.22	0.31	0.25	0.31	0.36	0.24	0.20	0.38	0.37	0.15	0.09	0.60	0.19
O2'	0.31	0.20	0.05	0.08	0.12	0.46	0.05	0.61	0.18	0.17	0.18	0.27	0.21	0.14	0.19	0.04	0.02	0.60	0.81	0.32	0.41	1.18	0.72
O3'	0.56	0.44	0.21	0.47	0.47	0.95	0.45	1.30	0.40	0.53	0.42	0.44	0.46	0.47	0.52	0.13	0.35	1.04	1.55	0.34	1.32	2.00	1.60
O4'	0.41	0.35	0.08	0.21	0.27	0.61	0.27	0.75	0.36	0.12	0.37	0.36	0.33	0.17	0.27	0.06	0.13	0.77	0.92	0.40	0.56	1.14	0.81
O5'	0.15	0.24	0.38	0.18	0.16	0.42	0.23	0.63	0.30	0.12	0.29	0.26	0.19	0.23	0.06	0.39	0.34	0.64	0.70	0.33	0.53	0.88	0.68
OP1	0.48	0.34	0.64	0.51	0.39	0.43	0.38	0.46	0.33	0.47	0.30	0.35	0.38	0.44	0.45	0.68	0.61	0.58	0.46	0.34	0.34	0.72	0.53
OP2	0.43	0.12	0.35	0.30	0.16	0.80	0.11	1.02	0.12	0.16	0.05	0.16	0.21	0.16	0.24	0.44	0.28	0.91	0.97	0.21	0.90	1.14	1.03
P	0.32	0.06	0.47	0.30	0.14	0.46	0.16	0.60	0.15	0.23	0.08	0.09	0.13	0.23	0.21	0.53	0.44	0.66	0.61	0.21	0.51	0.82	0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.03	0.18	0.22	0.01
C2	0.00	0.00	0.13	0.43	0.01	0.53	0.01	0.84	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.23	0.42	0.36	0.55	0.03	0.89	0.57	0.87
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.01	0.05	0.01	0.08	0.05	0.11	0.16	0.13	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.21	0.08	0.28	0.24	0.15
C3'	0.01	0.43	0.00	0.00	0.17	0.00	0.04	0.01	0.13	0.26	0.30	0.57	0.43	0.19	0.04	0.01	0.01	0.00	0.27	0.08	0.44	0.20	0.23
C4	0.00	0.01	0.07	0.17	0.00	0.22	0.00	0.32	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.15	0.18	0.12	0.01	0.41	0.11	0.26
C4'	0.00	0.53	0.01	0.00	0.22	0.00	0.07	0.01	0.17	0.31	0.38	0.68	0.51	0.21	0.05	0.03	0.00	0.00	0.01	0.10	0.18	0.09	0.01
C5	0.01	0.01	0.05	0.04	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.05	0.08	0.26	0.02	0.23	0.48	0.08
C5'	0.03	0.84	0.01	0.01	0.32	0.01	0.14	0.00	0.29	0.50	0.62	1.11	0.76	0.38	0.11	0.04	0.02	0.00	0.01	0.18	0.19	0.17	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.13	0.00	0.17	0.01	0.29	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.10	0.13	0.15	0.13	0.00	0.40	0.27	0.21
C8	0.00	0.01	0.05	0.26	0.01	0.31	0.01	0.50	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.25	0.20	0.74	0.05	0.34	1.01	0.60
N1	0.01	0.00	0.11	0.30	0.00	0.38	0.01	0.62	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.17	0.30	0.27	0.32	0.03	0.73	0.24	0.62
N2	0.01	0.00	0.16	0.57	0.01	0.68	0.01	1.11	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.30	0.58	0.43	0.82	0.05	1.14	1.01	1.19
N3	0.00	0.00	0.13	0.43	0.00	0.51	0.00	0.76	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.39	0.35	0.49	0.01	0.76	0.46	0.74
N7	0.00	0.01	0.03	0.19	0.00	0.21	0.01	0.38	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.19	0.11	0.66	0.06	0.25	1.03	0.53
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.28	0.03	0.16	0.44	0.11
O2'	0.01	0.23	0.00	0.01	0.10	0.03	0.05	0.04	0.10	0.10	0.17	0.30	0.22	0.06	0.01	0.00	0.01	0.04	0.11	0.08	0.26	0.13	0.09
O3'	0.01	0.42	0.00	0.01	0.15	0.00	0.05	0.02	0.13	0.25	0.30	0.58	0.39	0.19	0.04	0.01	0.00	0.01	0.26	0.10	0.64	0.16	0.29
O4'	0.01	0.36	0.01	0.00	0.18	0.00	0.08	0.00	0.15	0.20	0.27	0.43	0.35	0.11	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.10	0.27	0.21	0.17
O5'	0.10	0.55	0.21	0.27	0.12	0.01	0.26	0.01	0.13	0.74	0.32	0.82	0.49	0.66	0.28	0.11	0.26	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01
O6	0.03	0.03	0.08	0.08	0.01	0.10	0.02	0.18	0.00	0.05	0.03	0.05	0.01	0.06	0.03	0.08	0.10	0.10	0.20	0.00	0.29	0.48	0.07
OP1	0.18	0.89	0.28	0.44	0.41	0.18	0.23	0.19	0.40	0.34	0.73	1.14	0.76	0.25	0.16	0.26	0.64	0.27	0.01	0.29	0.00	0.00	0.00
OP2	0.22	0.57	0.24	0.20	0.11	0.09	0.48	0.17	0.27	1.01	0.24	1.01	0.46	1.03	0.44	0.13	0.16	0.21	0.01	0.48	0.00	0.00	0.00
P	0.01	0.87	0.15	0.23	0.26	0.01	0.08	0.01	0.21	0.60	0.62	1.19	0.74	0.53	0.11	0.09	0.29	0.17	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00