ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O5' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
N7 B 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C5 B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C8 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
N9 B 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C6 B 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C4 B 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C1' B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C3' B 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O3' B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O6 B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
OP2 A 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2' B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
P A 0, 0.000, 0.132, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C2' B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O5' B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP1 A 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
P B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
N2 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.000, 0.310, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.310 std_dev=0.310
OP1 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N1 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.05
O5' 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.04 0.04
C2 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
C2' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.06 0.05 0.04
C3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.03
C4 0.05 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.09 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04
C5 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00
C5' 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02
C6 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04 0.03
N1 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02
N3 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02
N4 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05
O2 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
O2' 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.09 0.08 0.06 0.06
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.05 0.09 0.06 0.06
O5' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.07 0.04
OP1 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.05 0.01
OP2 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03
P 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.01
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.01
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.00
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.02
N2 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.10 0.03 0.04 0.01 0.06
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.04 0.04 0.02
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.00
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00
O5' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.10 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01
OP1 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.11 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02
P 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00