ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49575

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' B 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C6 B 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O6 B 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C5 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
N1 B 0, 0.000, 0.078, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.078
N3 B 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C1' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N9 B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C2 B 0, 0.000, 0.099, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.099 std_dev=0.099
N7 B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C8 B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N2 B 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O3' B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C2' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C3' B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O4' A 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O2' B 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C4' A 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C4' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
P A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O3' A 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
P B 0, 0.000, 0.402, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O2' A 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.000, 0.438, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.438 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563
C5' B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
OP1 B 0, 0.000, 0.690, 1.380, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.690 std_dev=0.690

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.06 0.17 0.04 0.07
C2 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.00 0.14 0.12 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.07 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.00
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.22 0.13
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.01 0.01 0.11 0.20 0.02
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.14 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.21 0.04
C5' 0.06 0.12 0.05 0.03 0.15 0.00 0.16 0.00 0.16 0.12 0.13 0.14 0.10 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.18 0.02
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.02 0.00 0.13 0.16 0.00
N4 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 0.02 0.01 0.10 0.22 0.03
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.01 0.16 0.07 0.04
O2' 0.03 0.06 0.00 0.02 0.11 0.14 0.08 0.11 0.04 0.03 0.10 0.13 0.04 0.00 0.01 0.10 0.19 0.31 0.10 0.21
O3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.08 0.25 0.23 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.10 0.04 0.00 0.09 0.16 0.03 0.11
O5' 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.17 0.14 0.09 0.09 0.11 0.01 0.09 0.01 0.09 0.13 0.13 0.10 0.16 0.31 0.25 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.11 0.22 0.20 0.04 0.21 0.01 0.18 0.12 0.16 0.22 0.07 0.10 0.23 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.00 0.13 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.21 0.20 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.05 0.10 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.29 0.09 0.13
C2 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.09 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.34 0.03 0.14
C2' 0.05 0.13 0.07 0.06 0.04 0.06 0.01 0.13 0.04 0.07 0.10 0.18 0.10 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.01 0.36 0.17 0.18
C3' 0.09 0.10 0.13 0.16 0.04 0.18 0.01 0.31 0.01 0.04 0.06 0.14 0.09 0.06 0.03 0.11 0.10 0.12 0.09 0.02 0.18 0.05 0.01
C4 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.04 0.08 0.01 0.10 0.06 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.28 0.01 0.10
C4' 0.14 0.14 0.20 0.22 0.10 0.24 0.07 0.42 0.08 0.04 0.12 0.17 0.14 0.03 0.10 0.16 0.12 0.16 0.18 0.06 0.03 0.03 0.10
C5 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.06 0.11 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.00 0.06
C5' 0.27 0.29 0.32 0.35 0.24 0.40 0.21 0.56 0.22 0.17 0.26 0.32 0.28 0.17 0.23 0.28 0.26 0.29 0.30 0.19 0.11 0.10 0.21
C6 0.00 0.08 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.11 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.20 0.01 0.05
N1 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.10 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.28 0.03 0.10
N3 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.14 0.00 0.09 0.04 0.07 0.02 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.33 0.02 0.13
N4 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.16 0.04 0.12 0.02 0.05 0.03 0.12 0.09 0.07 0.01 0.02 0.06 0.03 0.29 0.01 0.11
O2 0.04 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.03 0.05 0.09 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.06 0.08 0.00 0.37 0.03 0.16
O2' 0.05 0.12 0.05 0.10 0.01 0.11 0.00 0.04 0.06 0.11 0.12 0.17 0.07 0.08 0.05 0.05 0.16 0.05 0.28 0.05 0.54 0.39 0.39
O3' 0.11 0.09 0.18 0.22 0.04 0.24 0.00 0.40 0.00 0.02 0.05 0.13 0.09 0.04 0.05 0.15 0.15 0.15 0.17 0.04 0.10 0.02 0.07
O4' 0.05 0.06 0.11 0.10 0.04 0.11 0.03 0.30 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.10 0.03 0.06 0.06 0.07
O5' 0.12 0.14 0.19 0.24 0.09 0.27 0.06 0.48 0.08 0.03 0.12 0.18 0.13 0.02 0.08 0.15 0.13 0.12 0.22 0.06 0.07 0.01 0.15
OP1 0.10 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05 0.14 0.18 0.11 0.21 0.05 0.05 0.03 0.21 0.14 0.08 0.13 0.12 0.15 0.14 0.26 0.36 0.21
OP2 0.17 0.33 0.18 0.19 0.21 0.23 0.17 0.40 0.22 0.07 0.29 0.39 0.29 0.09 0.15 0.15 0.11 0.16 0.07 0.19 0.08 0.18 0.03
P 0.04 0.14 0.08 0.10 0.05 0.13 0.02 0.34 0.05 0.06 0.11 0.20 0.12 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.20 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.08 0.15 0.13
C2 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.05 0.07 0.00 0.06 0.13 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.04 0.23 0.23 0.23
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.15 0.12 0.15
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.11 0.04
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.12 0.01 0.08 0.04 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.03
C5' 0.08 0.12 0.08 0.02 0.18 0.00 0.25 0.00 0.24 0.31 0.18 0.07 0.11 0.32 0.20 0.07 0.01 0.01 0.00 0.28 0.23 0.11 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.18 0.08 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.04 0.01 0.12 0.09 0.02
N1 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.03 0.00 0.12 0.11 0.00
N2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.07 0.10 0.01 0.03 0.14 0.08
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.00 0.02 0.13 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.19 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.12 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.20 0.01 0.31 0.24 0.26
O3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.13 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.03 0.13 0.02 0.09
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.09 0.07
O5' 0.12 0.07 0.20 0.14 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.09 0.06 0.05 0.20 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.23 0.06 0.08
OP1 0.08 0.06 0.23 0.15 0.06 0.07 0.15 0.23 0.18 0.12 0.12 0.03 0.02 0.19 0.03 0.31 0.13 0.01 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.13 0.23 0.12 0.11 0.01 0.09 0.11 0.08 0.09 0.11 0.14 0.13 0.07 0.12 0.24 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.05 0.23 0.15 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.26 0.09 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00