ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
OP1 A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C5' A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O3' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C4 B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
N9 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.000, 0.451, 0.901, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.451 std_dev=0.451
N2 B 0, 0.000, 0.459, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C5' B 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.000, 0.515, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.515 std_dev=0.515
O5' B 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
OP1 B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C5 B 0, 0.000, 0.548, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.548 std_dev=0.548
P B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
N1 B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
C8 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
OP2 B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C6 B 0, 0.000, 0.631, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.631 std_dev=0.631
N7 B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
O6 B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.05
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03
N4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05
O3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05
O5' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.07 0.16 0.13 0.17 0.16 0.23 0.10 0.23 0.23 0.14 0.05 0.10 0.25 0.18 0.20 0.13 0.16 0.04 0.25 0.18 0.13 0.12
C2 0.09 0.00 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.04 0.05 0.09 0.02 0.04 0.03 0.09 0.08 0.16 0.09 0.08 0.03 0.04 0.12 0.06 0.05
C2' 0.16 0.09 0.16 0.13 0.16 0.15 0.20 0.09 0.19 0.20 0.14 0.02 0.11 0.21 0.17 0.22 0.14 0.15 0.02 0.21 0.15 0.11 0.10
C3' 0.16 0.08 0.16 0.12 0.16 0.15 0.21 0.09 0.22 0.22 0.14 0.01 0.10 0.24 0.17 0.21 0.13 0.16 0.02 0.26 0.15 0.12 0.10
C4 0.04 0.16 0.04 0.02 0.10 0.07 0.14 0.00 0.19 0.03 0.19 0.16 0.10 0.10 0.03 0.11 0.04 0.06 0.08 0.21 0.07 0.03 0.00
C4' 0.14 0.00 0.13 0.09 0.13 0.13 0.20 0.08 0.19 0.23 0.07 0.13 0.04 0.25 0.16 0.18 0.09 0.16 0.02 0.26 0.15 0.12 0.10
C5 0.10 0.17 0.08 0.05 0.04 0.11 0.08 0.04 0.18 0.07 0.21 0.19 0.08 0.00 0.05 0.14 0.06 0.13 0.04 0.22 0.11 0.08 0.04
C5' 0.09 0.11 0.07 0.02 0.04 0.07 0.09 0.01 0.05 0.16 0.08 0.21 0.05 0.17 0.09 0.11 0.02 0.11 0.06 0.09 0.08 0.05 0.03
C6 0.14 0.11 0.12 0.09 0.06 0.14 0.07 0.08 0.04 0.17 0.12 0.17 0.02 0.14 0.13 0.17 0.09 0.16 0.00 0.06 0.15 0.11 0.09
N1 0.14 0.01 0.13 0.10 0.12 0.14 0.14 0.08 0.10 0.18 0.02 0.09 0.04 0.18 0.15 0.18 0.11 0.14 0.01 0.09 0.16 0.11 0.09
N3 0.04 0.08 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.05 0.03 0.00 0.12 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.02 0.01
N4 0.04 0.19 0.03 0.04 0.19 0.01 0.24 0.05 0.27 0.18 0.24 0.17 0.15 0.23 0.14 0.05 0.01 0.01 0.15 0.30 0.00 0.02 0.06
O2 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.04 0.12 0.09 0.12 0.06 0.08 0.11 0.08 0.16 0.10 0.06 0.02 0.12 0.12 0.05 0.05
O2' 0.18 0.18 0.20 0.17 0.20 0.18 0.22 0.12 0.23 0.20 0.21 0.14 0.18 0.22 0.19 0.26 0.19 0.16 0.05 0.24 0.17 0.13 0.12
O3' 0.19 0.17 0.20 0.17 0.22 0.18 0.28 0.13 0.31 0.26 0.26 0.09 0.16 0.30 0.22 0.25 0.18 0.19 0.07 0.37 0.19 0.15 0.14
O4' 0.15 0.03 0.13 0.10 0.14 0.15 0.23 0.10 0.22 0.25 0.05 0.18 0.03 0.29 0.18 0.17 0.09 0.18 0.04 0.28 0.19 0.14 0.13
O5' 0.08 0.12 0.06 0.02 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.13 0.11 0.21 0.06 0.12 0.07 0.11 0.02 0.10 0.07 0.00 0.07 0.05 0.02
OP1 0.06 0.16 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.12 0.07 0.18 0.21 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.08 0.16 0.04 0.05 0.00
OP2 0.13 0.14 0.10 0.06 0.03 0.11 0.05 0.04 0.07 0.17 0.16 0.21 0.04 0.15 0.12 0.14 0.04 0.16 0.02 0.11 0.09 0.09 0.05
P 0.09 0.14 0.07 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.13 0.15 0.21 0.06 0.10 0.08 0.11 0.03 0.12 0.06 0.09 0.07 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.01 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.15 0.02 0.05 0.11 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.15 0.02 0.01 0.09 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.10 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03
C5 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.22 0.02 0.10 0.15 0.16
C5' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.17 0.16 0.12 0.04 0.04 0.19 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.21 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.24 0.01 0.15 0.20 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.20 0.04 0.02 0.10 0.10
N1 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03 0.01 0.20 0.01 0.11 0.16 0.16
N2 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.04 0.02 0.13 0.03 0.03 0.10 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.24 0.04 0.13 0.17 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.12 0.03 0.05 0.05 0.03
O2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.11 0.18 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.10 0.03 0.04 0.02 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.08 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.05 0.09
O5' 0.04 0.15 0.03 0.02 0.15 0.00 0.22 0.00 0.24 0.20 0.20 0.13 0.11 0.24 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.02 0.21 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.11 0.05 0.29 0.00 0.23 0.26 0.26
OP1 0.13 0.05 0.11 0.07 0.01 0.11 0.10 0.04 0.15 0.02 0.11 0.03 0.01 0.13 0.05 0.10 0.06 0.18 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.11 0.02 0.04 0.09 0.01 0.15 0.03 0.20 0.10 0.16 0.10 0.07 0.17 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.03 0.00 0.08 0.03 0.16 0.00 0.20 0.10 0.16 0.09 0.06 0.18 0.03 0.01 0.02 0.09 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00