ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49578

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O5' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
OP2 A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O2' B 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
P A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N2 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O6 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
N9 B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
OP2 B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
N7 B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
P B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C3' B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O5' B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O3' B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03
C4 0.06 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03
C5 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.03 0.06 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02
C6 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.06 0.00
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00
N3 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.00
N4 0.06 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00
O2 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.06
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.14 0.10 0.11 0.10 0.16 0.12 0.14 0.06 0.16 0.13 0.16
C2 0.08 0.08 0.09 0.10 0.05 0.08 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.09 0.09 0.01 0.05 0.07 0.11 0.07 0.07 0.04 0.11 0.06 0.09
C2' 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.12 0.16 0.13 0.07 0.09 0.11 0.15 0.10 0.11 0.04 0.14 0.10 0.13
C3' 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.14 0.12 0.05 0.08 0.10 0.13 0.09 0.10 0.03 0.13 0.09 0.12
C4 0.06 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.08
C4' 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.14 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.11 0.12 0.06 0.15 0.11 0.14
C5 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.04 0.11 0.07 0.11
C5' 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.10 0.10 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.02 0.11 0.08 0.11
C6 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.00 0.12 0.09 0.12
N1 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.11 0.07 0.10 0.05 0.08 0.08 0.11 0.12 0.06 0.09 0.09 0.13 0.10 0.11 0.01 0.14 0.10 0.13
N3 0.07 0.03 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.05 0.09
N4 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.10 0.09 0.04 0.07
O2 0.06 0.06 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.00 0.03 0.06 0.10 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.07
O2' 0.13 0.17 0.15 0.16 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.15 0.19 0.15 0.09 0.11 0.12 0.18 0.11 0.13 0.07 0.15 0.11 0.14
O3' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.10 0.14 0.12 0.04 0.07 0.10 0.13 0.08 0.08 0.03 0.12 0.08 0.11
O4' 0.14 0.14 0.14 0.16 0.14 0.15 0.13 0.15 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13 0.11 0.17 0.14 0.16 0.09 0.19 0.16 0.19
O5' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.08 0.08 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.01 0.09 0.05 0.08
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05
OP2 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.13 0.06 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.03 0.14 0.10 0.13
P 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.04 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
N2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04
O5' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04
OP1 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00