ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49579

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
OP1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.000, 0.092, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
P A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.000, 0.244, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N2 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N1 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C2 B 0, 0.000, 0.463, 0.926, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.463 std_dev=0.463
OP1 B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497
O6 B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C6 B 0, 0.000, 0.506, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.506 std_dev=0.506
P B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N3 B 0, 0.000, 0.538, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O5' B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP2 B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C5 B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C3' B 0, 0.000, 0.605, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.605 std_dev=0.605
C5' B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O3' B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
N7 B 0, 0.000, 0.651, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C2' B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
N9 B 0, 0.000, 0.665, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.665 std_dev=0.665
C4' B 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C8 B 0, 0.000, 0.695, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O2' B 0, 0.000, 0.697, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.000, 0.712, 1.423, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.712 std_dev=0.712
O4' B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.06
N4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.08
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.00 0.07 0.04 0.07 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.11 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.08 0.10 0.10 0.06 0.12 0.05 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.11 0.00 0.06 0.10 0.03 0.13 0.09 0.14 0.10 0.14 0.09 0.08 0.12 0.08 0.14 0.04 0.03 0.18 0.15 0.21 0.28 0.21
C2 0.06 0.03 0.10 0.03 0.05 0.05 0.11 0.03 0.15 0.07 0.12 0.03 0.00 0.12 0.02 0.25 0.06 0.04 0.14 0.18 0.18 0.28 0.19
C2' 0.07 0.14 0.05 0.09 0.13 0.05 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.11 0.09 0.06 0.07 0.19 0.13 0.21 0.29 0.22
C3' 0.01 0.07 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.04 0.12 0.03 0.01 0.14 0.04 0.17 0.23 0.17
C4 0.21 0.15 0.21 0.11 0.14 0.15 0.06 0.05 0.00 0.09 0.06 0.17 0.18 0.03 0.15 0.34 0.12 0.19 0.07 0.08 0.14 0.23 0.14
C4' 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.11 0.06 0.02 0.15 0.06 0.19 0.24 0.18
C5 0.19 0.15 0.19 0.10 0.14 0.13 0.09 0.05 0.05 0.11 0.09 0.17 0.17 0.07 0.15 0.31 0.10 0.18 0.06 0.01 0.13 0.20 0.12
C5' 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.02 0.04 0.11 0.02 0.15 0.20 0.14
C6 0.12 0.08 0.13 0.05 0.07 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.11 0.10 0.01 0.08 0.26 0.06 0.11 0.09 0.04 0.15 0.22 0.14
N1 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.10 0.04 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.22 0.03 0.04 0.13 0.13 0.18 0.26 0.18
N3 0.15 0.06 0.17 0.08 0.04 0.11 0.06 0.01 0.11 0.01 0.06 0.11 0.10 0.07 0.06 0.31 0.11 0.12 0.11 0.17 0.16 0.27 0.17
N4 0.29 0.20 0.27 0.17 0.21 0.20 0.14 0.10 0.07 0.17 0.12 0.20 0.24 0.11 0.23 0.38 0.17 0.26 0.03 0.03 0.12 0.21 0.11
O2 0.02 0.11 0.05 0.00 0.13 0.01 0.18 0.06 0.20 0.14 0.17 0.05 0.08 0.18 0.10 0.22 0.05 0.03 0.17 0.21 0.19 0.29 0.21
O2' 0.19 0.24 0.16 0.19 0.23 0.15 0.23 0.19 0.22 0.22 0.23 0.24 0.24 0.22 0.22 0.03 0.16 0.18 0.27 0.20 0.29 0.35 0.30
O3' 0.05 0.10 0.04 0.08 0.08 0.03 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.12 0.10 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.16 0.04 0.18 0.24 0.18
O4' 0.01 0.07 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.04 0.14 0.04 0.01 0.16 0.10 0.20 0.26 0.20
O5' 0.12 0.09 0.13 0.07 0.10 0.10 0.11 0.04 0.11 0.11 0.11 0.08 0.09 0.11 0.11 0.23 0.07 0.12 0.03 0.13 0.08 0.13 0.07
OP1 0.11 0.06 0.10 0.03 0.08 0.08 0.09 0.02 0.08 0.10 0.07 0.05 0.07 0.10 0.10 0.21 0.02 0.12 0.06 0.09 0.13 0.17 0.11
OP2 0.12 0.10 0.12 0.05 0.11 0.08 0.12 0.02 0.13 0.12 0.11 0.08 0.10 0.12 0.11 0.21 0.05 0.12 0.06 0.14 0.12 0.16 0.10
P 0.08 0.05 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.18 0.00 0.08 0.09 0.08 0.15 0.19 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.09 0.00 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.09 0.07 0.01 0.02 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.10 0.01 0.12 0.11 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.04 0.01 0.00 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.16 0.00 0.19 0.18 0.17
C5' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.02 0.03 0.16 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.17 0.00 0.22 0.21 0.19
C8 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.16 0.12 0.14
N1 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.13 0.00 0.17 0.18 0.15
N2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.21 0.00 0.23 0.21 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.06 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.12 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.06 0.12 0.09 0.09 0.01 0.02 0.12 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.15 0.05 0.05 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03
O5' 0.01 0.09 0.03 0.05 0.10 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.13 0.06 0.06 0.21 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.20 0.00 0.27 0.26 0.23
OP1 0.01 0.11 0.01 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.22 0.16 0.17 0.09 0.08 0.23 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.12 0.03 0.04 0.11 0.02 0.18 0.01 0.21 0.12 0.18 0.11 0.08 0.21 0.06 0.02 0.05 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.10 0.03 0.04 0.10 0.02 0.17 0.01 0.19 0.14 0.15 0.08 0.06 0.21 0.07 0.01 0.07 0.03 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00