ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49580

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
N7 B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C3' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.000, 0.197, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C8 B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O6 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
OP2 A 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C5' A 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
N9 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
P A 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C2 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O4' B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.000, 0.423, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C4' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N2 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C3' B 0, 0.000, 0.486, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.000, 0.594, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.594 std_dev=0.594
O2' B 0, 0.000, 0.666, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O5' B 0, 0.000, 1.434, 2.868, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.434 std_dev=1.434
OP2 B 0, 0.000, 1.444, 2.888, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.444 std_dev=1.444
P B 0, 0.000, 1.555, 3.109, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.555 std_dev=1.555
OP1 B 0, 0.000, 1.832, 3.664, 3.664 max_d=3.664 avg_d=1.832 std_dev=1.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04
O2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.14 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.25 0.12 0.06 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.05 0.02 0.21 0.09
C2 0.01 0.17 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.10 0.25 0.13 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.05 0.03 0.19 0.05
C2' 0.00 0.13 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.09 0.05 0.24 0.11 0.11 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.09 0.03 0.24 0.13
C3' 0.00 0.14 0.06 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.09 0.06 0.25 0.11 0.10 0.02 0.06 0.06 0.04 0.03 0.08 0.02 0.22 0.11
C4 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.02 0.13 0.05 0.10 0.03 0.02 0.01 0.03 0.22 0.12 0.09 0.09 0.03
C4' 0.03 0.15 0.09 0.08 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.26 0.12 0.05 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.04 0.02 0.20 0.09
C5 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.00 0.13 0.04 0.10 0.04 0.02 0.01 0.03 0.21 0.13 0.10 0.09 0.03
C5' 0.03 0.15 0.09 0.09 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.25 0.12 0.04 0.02 0.07 0.11 0.00 0.08 0.03 0.05 0.17 0.05
C6 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.02 0.17 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.07 0.13 0.01
N1 0.01 0.13 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.06 0.23 0.10 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.07 0.04 0.17 0.05
N3 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.08 0.19 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.07 0.06 0.14 0.00
N4 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.09 0.00 0.09 0.02 0.12 0.05 0.04 0.04 0.04 0.27 0.15 0.12 0.03 0.08
O2 0.03 0.22 0.08 0.07 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.13 0.29 0.19 0.04 0.03 0.07 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.24 0.09
O2' 0.01 0.13 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.09 0.05 0.24 0.11 0.11 0.03 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.27 0.16
O3' 0.01 0.13 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.11 0.06 0.25 0.11 0.12 0.03 0.07 0.06 0.05 0.00 0.10 0.05 0.24 0.14
O4' 0.04 0.15 0.09 0.09 0.06 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.26 0.13 0.03 0.03 0.07 0.11 0.01 0.07 0.02 0.05 0.19 0.06
O5' 0.02 0.15 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.24 0.11 0.05 0.01 0.05 0.09 0.01 0.12 0.04 0.06 0.14 0.03
OP1 0.02 0.11 0.06 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.20 0.09 0.08 0.00 0.05 0.08 0.00 0.13 0.08 0.08 0.11 0.02
OP2 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.10 0.03 0.10 0.12 0.03 0.11 0.01 0.14 0.07 0.04 0.02 0.07 0.25 0.15 0.16 0.01 0.08
P 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.08 0.02 0.15 0.05 0.10 0.04 0.00 0.03 0.04 0.20 0.09 0.13 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.21 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.32 0.00 0.30 0.04 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.01 0.29 0.04 0.15
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.03 0.40 0.04 0.27
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.29 0.00 0.22 0.04 0.13
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.24 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.34 0.00 0.22 0.00 0.16
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.10 0.06 0.01 0.02 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.30 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.38 0.00 0.26 0.07 0.21
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.26 0.00 0.09 0.16 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.37 0.00 0.30 0.07 0.21
N2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.32 0.00 0.34 0.06 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.28 0.00 0.26 0.02 0.14
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.32 0.00 0.14 0.05 0.13
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.01 0.15 0.14 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.19 0.13 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.03 0.52 0.13 0.34
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.34 0.14
O5' 0.08 0.32 0.21 0.33 0.29 0.01 0.34 0.00 0.38 0.26 0.37 0.32 0.28 0.32 0.22 0.04 0.31 0.07 0.00 0.40 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.40 0.00 0.26 0.10 0.23
OP1 0.10 0.30 0.29 0.40 0.22 0.11 0.22 0.10 0.26 0.09 0.30 0.34 0.26 0.14 0.15 0.19 0.52 0.03 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.04 0.04 0.04 0.04 0.24 0.00 0.30 0.07 0.16 0.07 0.06 0.02 0.05 0.14 0.13 0.13 0.34 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.19 0.15 0.27 0.13 0.02 0.16 0.00 0.21 0.06 0.21 0.20 0.14 0.13 0.06 0.03 0.34 0.14 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00