ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49581

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C3' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
P B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C5' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O5' A 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
N2 B 0, 0.000, 0.420, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.420 std_dev=0.420
N3 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
C3' B 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
N1 B 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
C1' B 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
N9 B 0, 0.000, 0.765, 1.531, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.765 std_dev=0.765
OP2 B 0, 0.000, 0.783, 1.565, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.783 std_dev=0.783
C5 B 0, 0.000, 0.832, 1.663, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.832 std_dev=0.832
O4' B 0, 0.000, 0.832, 1.664, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.832 std_dev=0.832
C6 B 0, 0.000, 0.850, 1.699, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.850 std_dev=0.850
O5' B 0, 0.000, 0.859, 1.718, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.859 std_dev=0.859
O3' B 0, 0.000, 0.879, 1.759, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C4' B 0, 0.000, 0.882, 1.764, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.882 std_dev=0.882
OP1 B 0, 0.000, 0.883, 1.766, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.883 std_dev=0.883
C2' B 0, 0.000, 0.964, 1.927, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.964 std_dev=0.964
C8 B 0, 0.000, 0.991, 1.982, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.991 std_dev=0.991
N7 B 0, 0.000, 1.035, 2.070, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.035 std_dev=1.035
O6 B 0, 0.000, 1.040, 2.080, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.040 std_dev=1.040
P A 0, 0.000, 1.145, 2.290, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.145 std_dev=1.145
C5' B 0, 0.000, 1.161, 2.321, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.161 std_dev=1.161
OP2 A 0, 0.000, 1.315, 2.629, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.315 std_dev=1.315
O2' B 0, 0.000, 1.489, 2.978, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.489 std_dev=1.489
OP1 A 0, 0.000, 1.786, 3.572, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.786 std_dev=1.786

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.15
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.14 0.26
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.35 0.33 0.11
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.55 0.43 0.24
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.44 0.45 0.44
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.16 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.54 0.57 0.52
C5' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.41 0.44 0.47
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.18 0.30
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.27 0.27 0.34
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.52 0.51 0.47
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.46 0.42 0.18
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.59 0.45 0.22
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.26
O5' 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.13 0.35 0.55 0.44 0.23 0.54 0.11 0.41 0.17 0.27 0.52 0.03 0.46 0.59 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.14 0.33 0.43 0.45 0.16 0.57 0.07 0.44 0.18 0.27 0.51 0.01 0.42 0.45 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.26 0.11 0.24 0.44 0.00 0.52 0.01 0.47 0.30 0.34 0.47 0.16 0.18 0.22 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.14 0.02 0.21 0.20 0.32 0.32 0.31 0.34 0.26 0.26 0.05 0.09 0.34 0.17 0.18 0.53 0.17 0.05 0.39 0.07 0.03 0.00
C2 0.18 0.01 0.18 0.29 0.07 0.44 0.03 0.49 0.14 0.08 0.13 0.00 0.10 0.01 0.13 0.05 0.59 0.39 0.07 0.21 0.00 0.06 0.00
C2' 0.08 0.13 0.02 0.19 0.21 0.28 0.34 0.27 0.36 0.32 0.26 0.03 0.09 0.39 0.20 0.21 0.45 0.08 0.08 0.43 0.10 0.12 0.01
C3' 0.22 0.19 0.08 0.10 0.32 0.14 0.45 0.08 0.44 0.49 0.32 0.07 0.17 0.54 0.35 0.33 0.36 0.13 0.21 0.51 0.01 0.13 0.01
C4 0.14 0.17 0.09 0.25 0.16 0.35 0.13 0.39 0.11 0.14 0.13 0.17 0.17 0.13 0.15 0.07 0.60 0.32 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00
C4' 0.33 0.19 0.24 0.03 0.35 0.01 0.44 0.09 0.41 0.51 0.30 0.06 0.20 0.52 0.41 0.51 0.38 0.26 0.33 0.46 0.25 0.02 0.00
C5 0.03 0.11 0.02 0.20 0.06 0.26 0.02 0.27 0.02 0.01 0.06 0.17 0.10 0.00 0.04 0.24 0.58 0.21 0.11 0.01 0.07 0.02 0.00
C5' 0.38 0.15 0.34 0.05 0.33 0.15 0.41 0.26 0.36 0.50 0.24 0.01 0.18 0.50 0.41 0.67 0.31 0.33 0.48 0.40 0.24 0.09 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.18 0.04 0.24 0.10 0.24 0.11 0.09 0.06 0.10 0.03 0.12 0.05 0.28 0.56 0.16 0.13 0.15 0.08 0.03 0.01
N1 0.04 0.05 0.05 0.23 0.06 0.34 0.15 0.35 0.20 0.09 0.15 0.01 0.01 0.16 0.03 0.14 0.57 0.25 0.04 0.25 0.05 0.02 0.00
N3 0.21 0.12 0.18 0.29 0.18 0.43 0.13 0.48 0.06 0.19 0.05 0.09 0.18 0.15 0.20 0.06 0.61 0.40 0.06 0.00 0.01 0.05 0.00
N4 0.16 0.23 0.10 0.25 0.22 0.35 0.23 0.40 0.23 0.21 0.24 0.22 0.21 0.22 0.20 0.04 0.61 0.33 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00
O2 0.26 0.08 0.29 0.33 0.07 0.52 0.09 0.59 0.26 0.12 0.24 0.07 0.08 0.03 0.18 0.20 0.58 0.47 0.18 0.36 0.04 0.10 0.00
O2' 0.04 0.12 0.18 0.26 0.14 0.41 0.30 0.46 0.36 0.22 0.26 0.04 0.04 0.34 0.10 0.02 0.47 0.22 0.09 0.46 0.23 0.14 0.00
O3' 0.17 0.23 0.03 0.15 0.35 0.25 0.51 0.23 0.51 0.54 0.38 0.12 0.19 0.62 0.36 0.16 0.34 0.08 0.00 0.59 0.00 0.01 0.00
O4' 0.21 0.16 0.16 0.12 0.28 0.14 0.36 0.09 0.34 0.37 0.26 0.05 0.16 0.40 0.30 0.40 0.50 0.04 0.20 0.38 0.22 0.04 0.01
O5' 0.30 0.07 0.28 0.00 0.25 0.07 0.33 0.17 0.28 0.42 0.16 0.07 0.11 0.42 0.33 0.61 0.35 0.23 0.45 0.33 0.05 0.13 0.06
OP1 0.38 0.49 0.35 0.10 0.42 0.10 0.41 0.22 0.44 0.33 0.48 0.52 0.47 0.36 0.38 0.86 0.34 0.14 0.16 0.44 0.96 1.10 0.77
OP2 0.24 0.38 0.19 0.16 0.31 0.22 0.32 0.33 0.36 0.23 0.39 0.40 0.34 0.27 0.25 0.62 0.44 0.01 0.11 0.37 0.51 0.88 0.53
P 0.53 0.55 0.50 0.11 0.56 0.09 0.57 0.02 0.57 0.53 0.56 0.51 0.54 0.55 0.54 0.93 0.20 0.31 0.18 0.58 0.47 0.62 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.15 0.00 0.06 0.51 0.21
C2 0.00 0.00 0.12 0.03 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.31 0.14 0.17 0.00 0.04 0.51 0.24
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.15 0.02 0.11 0.08 0.15 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.29 0.33 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.22 0.09 0.02 0.01 0.22 0.12 0.00 0.00 0.02 0.13 0.17 0.45 0.32 0.10
C4 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.07 0.22 0.00 0.18 0.68 0.37
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.13 0.10 0.08 0.02 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.19 0.11
C5 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.06 0.03 0.28 0.00 0.41 0.88 0.55
C5' 0.06 0.14 0.15 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.11 0.17 0.14 0.01 0.05 0.06 0.19 0.00 0.00 0.05 0.07 0.22 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.11 0.05 0.28 0.00 0.43 0.86 0.54
C8 0.00 0.00 0.11 0.22 0.00 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.10 0.07 0.30 0.00 0.45 1.00 0.61
N1 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.22 0.10 0.23 0.00 0.25 0.68 0.40
N2 0.00 0.00 0.15 0.02 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.40 0.17 0.12 0.00 0.10 0.36 0.13
N3 0.00 0.00 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.32 0.14 0.15 0.00 0.02 0.47 0.20
N7 0.00 0.00 0.08 0.22 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.08 0.04 0.32 0.00 0.56 1.07 0.68
N9 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.09 0.01 0.23 0.00 0.19 0.73 0.40
O2' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.08 0.22 0.20 0.06 0.17 0.30 0.06 0.15 0.08 0.31 0.14 0.00 0.00 0.15 0.15 0.22 0.13 0.44 0.16
O3' 0.21 0.31 0.01 0.00 0.17 0.01 0.06 0.19 0.11 0.10 0.22 0.40 0.32 0.08 0.09 0.00 0.00 0.14 0.07 0.05 0.65 0.24 0.21
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.17 0.14 0.04 0.01 0.15 0.14 0.00 0.25 0.03 0.01 0.44 0.21
O5' 0.15 0.17 0.08 0.13 0.22 0.00 0.28 0.00 0.28 0.30 0.23 0.12 0.15 0.32 0.23 0.15 0.07 0.25 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.05 0.03 0.32 0.00 0.57 0.96 0.64
OP1 0.06 0.04 0.29 0.45 0.18 0.35 0.41 0.07 0.43 0.45 0.25 0.10 0.02 0.56 0.19 0.13 0.65 0.01 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.51 0.33 0.32 0.68 0.19 0.88 0.22 0.86 1.00 0.68 0.36 0.47 1.07 0.73 0.44 0.24 0.44 0.00 0.96 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.24 0.01 0.10 0.37 0.11 0.55 0.00 0.54 0.61 0.40 0.13 0.20 0.68 0.40 0.16 0.21 0.21 0.00 0.64 0.00 0.00 0.00