ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49582

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
N2 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
OP1 A 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
N1 B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
P A 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4 B 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5 B 0, 0.000, 0.421, 0.842, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.421 std_dev=0.421
N9 B 0, 0.000, 0.449, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.449 std_dev=0.449
O6 B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C2' B 0, 0.000, 0.476, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.476 std_dev=0.476
OP2 A 0, 0.000, 0.496, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
N7 B 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
C8 B 0, 0.000, 0.507, 1.014, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.507 std_dev=0.507
O4' B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
O5' B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
C5' B 0, 0.000, 0.620, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.620 std_dev=0.620
O3' B 0, 0.000, 0.657, 1.314, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.657 std_dev=0.657
P B 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
OP1 B 0, 0.000, 1.040, 2.080, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.040 std_dev=1.040
OP2 B 0, 0.000, 1.278, 2.556, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.278 std_dev=1.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.06 0.07 0.16 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.09 0.10 0.16 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.10 0.11 0.15 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.10 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.07 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.09 0.17 0.10
N4 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.01 0.10 0.11 0.17 0.13
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.03 0.06 0.06 0.17 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.06
O3' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.09 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.11 0.06
O5' 0.04 0.06 0.01 0.08 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.05 0.07 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.16 0.17 0.09 0.16 0.05 0.15 0.01 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.20 0.08 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.02 0.12 0.01 0.12 0.02 0.11 0.08 0.10 0.13 0.07 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.12 0.08 0.10 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.12 0.05 0.08 0.15 0.09 0.04 0.05 0.05 0.00 0.27 0.06
C2 0.04 0.10 0.08 0.06 0.06 0.00 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.11 0.09 0.03 0.03 0.09 0.08 0.01 0.04 0.07 0.02 0.17 0.03
C2' 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.06 0.09 0.00 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.10 0.17 0.10 0.07 0.03 0.06 0.01 0.37 0.11
C3' 0.20 0.12 0.19 0.16 0.14 0.14 0.10 0.06 0.07 0.13 0.09 0.12 0.15 0.09 0.15 0.25 0.17 0.16 0.01 0.02 0.03 0.43 0.16
C4 0.08 0.00 0.03 0.05 0.06 0.11 0.04 0.13 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.09 0.03 0.03 0.13 0.12 0.04 0.09 0.04 0.06
C4' 0.21 0.13 0.20 0.14 0.14 0.11 0.07 0.01 0.05 0.08 0.09 0.15 0.17 0.03 0.15 0.27 0.15 0.15 0.05 0.00 0.05 0.28 0.06
C5 0.11 0.00 0.05 0.09 0.08 0.14 0.06 0.17 0.01 0.11 0.01 0.04 0.05 0.08 0.11 0.04 0.07 0.17 0.17 0.01 0.16 0.02 0.09
C5' 0.18 0.15 0.19 0.09 0.11 0.04 0.04 0.09 0.05 0.00 0.10 0.19 0.17 0.02 0.09 0.29 0.11 0.08 0.15 0.00 0.20 0.13 0.05
C6 0.06 0.03 0.01 0.05 0.04 0.11 0.04 0.15 0.00 0.08 0.03 0.07 0.00 0.06 0.07 0.03 0.03 0.12 0.15 0.01 0.14 0.08 0.06
N1 0.02 0.08 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.09 0.06 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.16 0.00
N3 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.07 0.01 0.10 0.01
N4 0.11 0.02 0.06 0.07 0.08 0.13 0.05 0.14 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.06 0.10 0.07 0.05 0.15 0.12 0.05 0.10 0.00 0.08
O2 0.11 0.16 0.13 0.12 0.13 0.06 0.13 0.02 0.15 0.09 0.16 0.14 0.15 0.10 0.10 0.14 0.13 0.05 0.02 0.13 0.10 0.24 0.08
O2' 0.13 0.08 0.13 0.11 0.11 0.08 0.12 0.04 0.10 0.14 0.09 0.06 0.10 0.14 0.12 0.16 0.12 0.09 0.02 0.10 0.08 0.47 0.18
O3' 0.23 0.09 0.22 0.20 0.15 0.20 0.11 0.15 0.06 0.20 0.06 0.08 0.15 0.14 0.19 0.26 0.21 0.22 0.10 0.01 0.16 0.57 0.26
O4' 0.14 0.13 0.14 0.09 0.12 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.14 0.15 0.01 0.10 0.19 0.10 0.05 0.07 0.02 0.05 0.19 0.02
O5' 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.08 0.07 0.15 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.08 0.06 0.08 0.03 0.08 0.18 0.06 0.21 0.15 0.03
OP1 0.06 0.03 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.18 0.05 0.03 0.10 0.04 0.18 0.26 0.06
OP2 0.04 0.02 0.10 0.05 0.04 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.20 0.08 0.01 0.11 0.10 0.17 0.19 0.02
P 0.05 0.02 0.09 0.04 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.18 0.06 0.00 0.10 0.04 0.17 0.21 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.24 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.28 0.09
C4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.10 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02
C8 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01
N7 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.07 0.01
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.21 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.36 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.01 0.05
OP1 0.00 0.08 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.06 0.10 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.03 0.24 0.28 0.00 0.10 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.21 0.36 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00