ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49592

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5' A 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C4 B 0, 0.000, 0.517, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C5 B 0, 0.000, 0.525, 1.051, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.525 std_dev=0.525
N3 B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C2 B 0, 0.000, 0.544, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O2 B 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
N4 B 0, 0.000, 0.589, 1.178, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.000, 0.616, 1.232, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.616 std_dev=0.616
N1 B 0, 0.000, 0.630, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O4' B 0, 0.000, 0.777, 1.555, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.777 std_dev=0.777
C1' B 0, 0.000, 0.797, 1.594, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.797 std_dev=0.797
P A 0, 0.000, 1.000, 2.001, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.000 std_dev=1.000
C4' B 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051
C2' B 0, 0.000, 1.055, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.055 std_dev=1.055
O5' B 0, 0.000, 1.063, 2.126, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.063 std_dev=1.063
C5' B 0, 0.000, 1.099, 2.199, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.099 std_dev=1.099
O2' B 0, 0.000, 1.108, 2.216, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.108 std_dev=1.108
C3' B 0, 0.000, 1.226, 2.452, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.226 std_dev=1.226
O3' B 0, 0.000, 1.334, 2.669, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.334 std_dev=1.334
P B 0, 0.000, 1.381, 2.761, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.381 std_dev=1.381
OP1 B 0, 0.000, 1.580, 3.160, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.580 std_dev=1.580
OP1 A 0, 0.000, 1.783, 3.566, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.783 std_dev=1.783
OP2 A 0, 0.000, 1.851, 3.702, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.851 std_dev=1.851
OP2 B 0, 0.000, 2.264, 4.529, 4.529 max_d=4.529 avg_d=2.264 std_dev=2.264

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.45 0.30 0.09
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.72 0.27 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.55 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.52 0.13
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.94 0.06 0.28
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.20 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.98 0.05 0.33
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.86 0.02 0.29
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.69 0.20 0.18
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.84 0.20 0.21
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.99 0.02 0.30
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.61 0.39 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.70 0.12
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.09 0.09 0.54 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.43 0.08 0.15
O5' 0.00 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.45 0.72 0.20 0.05 0.94 0.06 0.98 0.11 0.86 0.69 0.84 0.99 0.61 0.16 0.09 0.43 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.27 0.55 0.52 0.06 0.20 0.05 0.03 0.02 0.20 0.20 0.02 0.39 0.70 0.54 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.07 0.13 0.28 0.02 0.33 0.02 0.29 0.18 0.21 0.30 0.09 0.12 0.14 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.04 0.08 0.13 0.10 0.12 0.16 0.10 0.16 0.11 0.03 0.08 0.04 0.05 0.19 0.11 0.06 0.05 0.01 0.02
C2 0.14 0.05 0.13 0.16 0.12 0.16 0.22 0.13 0.23 0.16 0.03 0.08 0.05 0.11 0.21 0.15 0.12 0.11 0.09 0.04
C2' 0.13 0.04 0.11 0.17 0.08 0.16 0.16 0.14 0.17 0.12 0.02 0.05 0.02 0.08 0.24 0.14 0.09 0.09 0.02 0.04
C3' 0.11 0.05 0.09 0.15 0.10 0.14 0.15 0.12 0.16 0.11 0.04 0.08 0.00 0.07 0.22 0.12 0.07 0.06 0.08 0.05
C4 0.00 0.14 0.02 0.02 0.08 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.18 0.11 0.19 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.49 0.16
C4' 0.08 0.05 0.06 0.11 0.10 0.11 0.14 0.08 0.14 0.10 0.05 0.09 0.00 0.03 0.17 0.09 0.04 0.00 0.08 0.01
C5 0.04 0.17 0.08 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.23 0.18 0.22 0.11 0.05 0.00 0.06 0.08 0.50 0.21
C5' 0.06 0.02 0.03 0.08 0.07 0.08 0.11 0.05 0.11 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.07 0.00 0.04 0.02 0.05
C6 0.00 0.12 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.08 0.18 0.07 0.08 0.03 0.03 0.05 0.33 0.14
N1 0.07 0.02 0.05 0.10 0.06 0.10 0.15 0.08 0.15 0.08 0.04 0.03 0.10 0.02 0.16 0.09 0.05 0.03 0.14 0.03
N3 0.10 0.03 0.09 0.12 0.06 0.12 0.19 0.10 0.20 0.10 0.05 0.02 0.11 0.06 0.16 0.11 0.09 0.09 0.28 0.02
N4 0.03 0.17 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.21 0.18 0.21 0.07 0.05 0.01 0.02 0.02 0.69 0.23
O2 0.26 0.18 0.25 0.27 0.21 0.24 0.28 0.22 0.31 0.27 0.15 0.16 0.08 0.23 0.32 0.23 0.21 0.21 0.11 0.18
O2' 0.18 0.07 0.17 0.24 0.10 0.22 0.18 0.19 0.20 0.16 0.04 0.06 0.01 0.14 0.32 0.18 0.15 0.16 0.03 0.10
O3' 0.10 0.06 0.09 0.15 0.09 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.05 0.08 0.01 0.07 0.22 0.10 0.06 0.06 0.19 0.07
O4' 0.06 0.02 0.03 0.07 0.09 0.08 0.14 0.06 0.13 0.08 0.03 0.09 0.05 0.00 0.13 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.08 0.03 0.14 0.04 0.04 0.08 0.21 0.13
OP1 0.84 0.79 0.79 0.81 1.00 0.88 1.09 0.91 1.03 0.90 0.84 1.03 0.63 0.69 0.80 0.89 0.91 0.88 0.71 0.83
OP2 0.05 0.01 0.04 0.06 0.22 0.09 0.24 0.08 0.15 0.04 0.09 0.31 0.12 0.04 0.06 0.08 0.03 0.05 0.19 0.08
P 0.28 0.25 0.26 0.28 0.38 0.30 0.44 0.29 0.41 0.32 0.27 0.40 0.15 0.22 0.32 0.30 0.28 0.26 0.07 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.25 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.10 0.13 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.62 0.13
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.61 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.17 0.23 0.19
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.20 0.07
C5 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.12 0.19 0.39 0.25
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.12 0.17 0.27 0.20
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.04 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.13 0.01 0.10
N4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.18 0.31 0.22
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.31 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.83 0.19
O3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.62 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.10 0.02 0.12 0.00 0.12 0.08 0.08 0.11 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.07 0.06 0.17 0.00 0.19 0.04 0.17 0.11 0.13 0.18 0.07 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.13 0.62 0.61 0.23 0.20 0.39 0.01 0.27 0.04 0.01 0.31 0.31 0.83 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.13 0.14 0.19 0.07 0.25 0.03 0.20 0.07 0.10 0.22 0.03 0.19 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00