ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O3' A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
OP1 A 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
OP2 A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
P A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O5' A 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C2' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O3' B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
O2 B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C4 B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C5 B 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
N4 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C5' B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
O5' B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
P B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
OP1 B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
OP2 B 0, 0.000, 0.564, 1.127, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.564 std_dev=0.564

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01
O2' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.06 0.00 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.06 0.10 0.11 0.18 0.13 0.24 0.13 0.22 0.14 0.08 0.19 0.03 0.08 0.11 0.13 0.13 0.11 0.02 0.02
C2 0.10 0.00 0.08 0.08 0.10 0.11 0.19 0.11 0.18 0.11 0.01 0.09 0.11 0.07 0.09 0.12 0.10 0.16 0.03 0.06
C2' 0.08 0.04 0.07 0.08 0.19 0.10 0.25 0.11 0.21 0.12 0.08 0.22 0.06 0.04 0.08 0.10 0.13 0.10 0.03 0.03
C3' 0.13 0.11 0.12 0.14 0.25 0.15 0.29 0.16 0.25 0.17 0.15 0.28 0.02 0.10 0.14 0.14 0.18 0.05 0.01 0.02
C4 0.02 0.13 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.07 0.12 0.00 0.13 0.03 0.21 0.00 0.03 0.06 0.05 0.20 0.08 0.11
C4' 0.19 0.17 0.19 0.20 0.29 0.21 0.32 0.22 0.29 0.22 0.20 0.32 0.10 0.16 0.20 0.20 0.24 0.00 0.06 0.07
C5 0.03 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.13 0.07 0.13 0.02 0.11 0.01 0.18 0.01 0.03 0.06 0.06 0.17 0.10 0.10
C5' 0.22 0.20 0.22 0.24 0.32 0.25 0.36 0.27 0.32 0.25 0.23 0.36 0.13 0.19 0.24 0.24 0.29 0.07 0.10 0.13
C6 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.09 0.19 0.10 0.17 0.07 0.04 0.07 0.12 0.04 0.06 0.09 0.09 0.14 0.08 0.07
N1 0.10 0.01 0.07 0.08 0.13 0.11 0.21 0.11 0.20 0.11 0.02 0.12 0.09 0.06 0.09 0.11 0.11 0.14 0.04 0.05
N3 0.07 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.14 0.09 0.15 0.06 0.06 0.03 0.18 0.04 0.07 0.10 0.07 0.18 0.04 0.08
N4 0.05 0.20 0.07 0.04 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.19 0.09 0.25 0.04 0.02 0.01 0.00 0.24 0.11 0.14
O2 0.12 0.05 0.10 0.10 0.13 0.12 0.19 0.12 0.19 0.13 0.05 0.12 0.06 0.09 0.12 0.13 0.11 0.15 0.00 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.03 0.21 0.05 0.16 0.06 0.02 0.18 0.14 0.03 0.01 0.04 0.06 0.16 0.08 0.08
O3' 0.12 0.10 0.11 0.13 0.23 0.13 0.27 0.14 0.23 0.16 0.14 0.26 0.02 0.09 0.13 0.13 0.16 0.08 0.00 0.00
O4' 0.19 0.15 0.18 0.19 0.25 0.20 0.29 0.21 0.27 0.21 0.17 0.25 0.08 0.16 0.19 0.20 0.21 0.04 0.04 0.04
O5' 0.19 0.14 0.18 0.20 0.28 0.22 0.34 0.23 0.30 0.21 0.17 0.31 0.07 0.15 0.20 0.21 0.25 0.04 0.05 0.09
OP1 0.05 0.01 0.04 0.06 0.09 0.08 0.18 0.10 0.15 0.06 0.01 0.10 0.08 0.03 0.06 0.07 0.11 0.07 0.10 0.05
OP2 0.09 0.02 0.08 0.11 0.12 0.14 0.21 0.17 0.18 0.10 0.02 0.13 0.03 0.06 0.10 0.13 0.19 0.05 0.00 0.06
P 0.10 0.05 0.10 0.12 0.16 0.14 0.24 0.16 0.21 0.12 0.06 0.18 0.01 0.08 0.11 0.13 0.18 0.00 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.07 0.13
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.24 0.09 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.21 0.03 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.24 0.20 0.19
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.05
C5 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.28 0.26 0.25
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.31 0.22 0.24
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.12 0.17
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.13 0.15
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.22 0.22 0.19
O2 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.22 0.03 0.09
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.20 0.00 0.09
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.06 0.11
O5' 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.24 0.24 0.21 0.16 0.24 0.14 0.28 0.05 0.31 0.27 0.23 0.22 0.22 0.20 0.14 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.09 0.03 0.01 0.20 0.01 0.26 0.04 0.22 0.12 0.13 0.22 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.13 0.10 0.07 0.19 0.05 0.25 0.00 0.24 0.17 0.15 0.19 0.09 0.09 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00