ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49594

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C4 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C6 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C1' A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2 A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
N4 A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O2 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
N4 B 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.000, 0.533, 1.067, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.533 std_dev=0.533
C2' B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
C3' B 0, 0.000, 0.794, 1.589, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.794 std_dev=0.794
C4' B 0, 0.000, 0.801, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.801 std_dev=0.801
O2' B 0, 0.000, 1.079, 2.159, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.079 std_dev=1.079
C5' B 0, 0.000, 1.137, 2.274, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.137 std_dev=1.137
O3' B 0, 0.000, 1.184, 2.368, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.184 std_dev=1.184
C2' A 0, 0.000, 1.253, 2.506, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.253 std_dev=1.253
O4' A 0, 0.000, 1.315, 2.631, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.315 std_dev=1.315
O5' B 0, 0.000, 1.426, 2.852, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.426 std_dev=1.426
P B 0, 0.000, 1.436, 2.872, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.436 std_dev=1.436
O2' A 0, 0.000, 1.639, 3.279, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.639 std_dev=1.639
C4' A 0, 0.000, 1.696, 3.391, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.696 std_dev=1.696
OP2 B 0, 0.000, 1.714, 3.429, 3.429 max_d=3.429 avg_d=1.714 std_dev=1.714
C3' A 0, 0.000, 1.831, 3.661, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.831 std_dev=1.831
OP1 B 0, 0.000, 2.055, 4.110, 4.110 max_d=4.110 avg_d=2.055 std_dev=2.055
O3' A 0, 0.000, 2.267, 4.534, 4.534 max_d=4.534 avg_d=2.267 std_dev=2.267
C5' A 0, 0.000, 3.162, 6.323, 6.323 max_d=6.323 avg_d=3.162 std_dev=3.162
O5' A 0, 0.000, 3.423, 6.846, 6.846 max_d=6.846 avg_d=3.423 std_dev=3.423
P A 0, 0.000, 4.872, 9.745, 9.745 max_d=9.745 avg_d=4.872 std_dev=4.872
OP2 A 0, 0.000, 5.207, 10.414, 10.414 max_d=10.414 avg_d=5.207 std_dev=5.207
OP1 A 0, 0.000, 5.641, 11.283, 11.283 max_d=11.283 avg_d=5.641 std_dev=5.641

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.13 0.04
C2 0.05 0.00 0.01 0.46 0.00 0.38 0.00 0.65 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.37 0.20 0.56 0.69 0.97 0.75
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.21 0.29 0.08 0.19
C3' 0.02 0.46 0.00 0.00 0.28 0.02 0.06 0.07 0.04 0.18 0.45 0.31 0.64 0.05 0.01 0.01 0.32 0.43 0.07 0.29
C4 0.02 0.00 0.08 0.28 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.30 0.06 0.04 0.16 0.31 0.18
C4' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.08 0.00 0.17 0.02 0.25 0.06 0.32 0.09 0.67 0.04 0.12 0.01 0.04 0.14 0.13 0.06
C5 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.25 0.44 0.43 0.41 0.42
C5' 0.01 0.65 0.04 0.07 0.18 0.02 0.25 0.00 0.36 0.12 0.58 0.20 1.12 0.00 0.16 0.02 0.03 0.15 0.21 0.08
C6 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.25 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.29 0.52 0.52 0.49 0.51
N1 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.03 0.03 0.06 0.22 0.11
N3 0.04 0.00 0.04 0.45 0.00 0.32 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.42 0.12 0.47 0.66 0.94 0.70
N4 0.02 0.00 0.09 0.31 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.34 0.07 0.05 0.19 0.33 0.20
O2 0.08 0.00 0.06 0.64 0.01 0.67 0.00 1.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.54 0.48 0.41 1.03 1.20 1.57 1.28
O2' 0.02 0.30 0.00 0.05 0.06 0.04 0.11 0.00 0.15 0.06 0.24 0.06 0.54 0.00 0.14 0.06 0.04 0.15 0.03 0.05
O3' 0.07 0.37 0.00 0.01 0.30 0.12 0.10 0.16 0.00 0.13 0.42 0.34 0.48 0.14 0.00 0.11 0.35 0.53 0.07 0.35
O4' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.06 0.01 0.25 0.02 0.29 0.03 0.12 0.07 0.41 0.06 0.11 0.00 0.12 0.05 0.19 0.10
O5' 0.00 0.56 0.21 0.32 0.04 0.04 0.44 0.03 0.52 0.03 0.47 0.05 1.03 0.04 0.35 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.03 0.69 0.29 0.43 0.16 0.14 0.43 0.15 0.52 0.06 0.66 0.19 1.20 0.15 0.53 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.13 0.97 0.08 0.07 0.31 0.13 0.41 0.21 0.49 0.22 0.94 0.33 1.57 0.03 0.07 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.04 0.75 0.19 0.29 0.18 0.06 0.42 0.08 0.51 0.11 0.70 0.20 1.28 0.05 0.35 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.09 0.23 0.19 0.07 0.15 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.31 0.15 0.29 0.09 0.09 0.65 0.56
C2 0.09 0.04 0.09 0.18 0.00 0.20 0.04 0.26 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.13 0.28 0.25 0.46 0.64 0.21
C2' 0.51 0.39 0.46 0.61 0.35 0.70 0.42 0.84 0.48 0.46 0.35 0.31 0.37 0.24 0.61 0.51 0.95 0.90 1.23 1.33
C3' 0.39 0.33 0.17 0.38 0.55 0.57 0.73 0.90 0.73 0.50 0.39 0.56 0.15 0.26 0.21 0.55 1.14 1.54 1.73 1.84
C4 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.08 0.19 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.24 0.07 0.16 0.19 0.64 0.77 0.16
C4' 0.38 0.30 0.72 0.56 0.01 0.32 0.17 0.03 0.09 0.18 0.19 0.07 0.50 1.12 0.73 0.26 0.39 0.95 1.09 1.15
C5 0.05 0.04 0.13 0.09 0.05 0.08 0.09 0.00 0.10 0.07 0.04 0.03 0.02 0.30 0.21 0.07 0.04 0.37 0.90 0.37
C5' 0.58 0.49 1.07 0.89 0.04 0.52 0.27 0.10 0.14 0.29 0.29 0.14 0.83 1.60 1.17 0.35 0.33 1.10 1.25 1.22
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.09 0.07 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.16 0.09 0.15 0.15 0.91 0.52
N1 0.09 0.04 0.10 0.10 0.01 0.08 0.03 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.10 0.04 0.22 0.01 0.16 0.78 0.45
N3 0.06 0.02 0.02 0.14 0.02 0.18 0.05 0.31 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.08 0.24 0.33 0.70 0.64 0.07
N4 0.00 0.01 0.12 0.02 0.04 0.08 0.06 0.26 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.33 0.08 0.14 0.27 0.82 0.72 0.02
O2 0.12 0.04 0.15 0.26 0.01 0.31 0.04 0.36 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.17 0.25 0.32 0.40 0.48 0.44 0.12
O2' 0.42 0.34 0.49 0.62 0.14 0.62 0.11 0.72 0.18 0.31 0.24 0.08 0.44 0.38 0.73 0.31 0.77 0.62 0.60 0.93
O3' 0.53 0.48 0.33 0.58 0.68 0.76 0.85 1.22 0.85 0.63 0.53 0.69 0.30 0.16 0.38 0.74 1.49 2.14 1.86 2.26
O4' 0.72 0.56 0.96 0.85 0.31 0.66 0.21 0.40 0.30 0.51 0.45 0.24 0.69 1.19 0.89 0.68 0.07 0.23 0.67 0.58
O5' 0.74 0.71 1.19 0.97 0.17 0.60 0.09 0.22 0.04 0.48 0.51 0.06 1.08 1.64 1.17 0.51 0.21 0.81 1.13 1.03
OP1 0.85 0.81 1.45 1.24 0.10 0.77 0.21 0.35 0.01 0.52 0.55 0.07 1.28 1.99 1.57 0.56 0.15 1.00 1.15 1.06
OP2 0.57 0.63 1.09 0.83 0.16 0.39 0.54 0.01 0.35 0.26 0.37 0.31 1.18 1.56 1.08 0.23 0.42 1.05 1.62 1.32
P 0.84 0.82 1.41 1.18 0.12 0.73 0.19 0.34 0.00 0.53 0.57 0.04 1.30 1.90 1.45 0.55 0.13 0.81 1.20 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.28 0.97 0.31
C2 0.03 0.00 0.17 0.04 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.14 0.01 0.11 0.61 0.91 0.12
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.17 0.13 0.22 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.84 0.22
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.00 0.18 0.03 0.19 0.08 0.00 0.10 0.16 0.04 0.01 0.03 0.01 0.22 0.65 0.10
C4 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.14 0.00 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.03 0.08 0.41 1.02 0.70 0.21
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.04 0.15 0.14 0.07 0.00 0.00 0.03 0.13 0.62 0.19
C5 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.22 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.15 0.10 0.51 1.08 0.65 0.28
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.38 0.01 0.48 0.00 0.42 0.22 0.24 0.42 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.12 0.38 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.16 0.09 0.43 0.88 0.77 0.13
N1 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.19 0.02 0.05 0.19 0.61 0.90 0.09
N3 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.10 0.03 0.24 0.82 0.82 0.03
N4 0.00 0.01 0.13 0.10 0.00 0.15 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.03 0.08 0.47 1.13 0.63 0.29
O2 0.05 0.01 0.22 0.16 0.00 0.14 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.52 0.29 0.05 0.07 0.41 0.98 0.27
O2' 0.03 0.39 0.01 0.04 0.32 0.07 0.20 0.07 0.12 0.19 0.41 0.35 0.52 0.00 0.03 0.08 0.02 0.24 0.68 0.18
O3' 0.03 0.14 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.10 0.03 0.29 0.03 0.00 0.02 0.05 0.13 0.44 0.05
O4' 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.03 0.08 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.21 0.94 0.32
O5' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.41 0.03 0.51 0.00 0.43 0.19 0.24 0.47 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.28 0.61 0.24 0.22 1.02 0.13 1.08 0.12 0.88 0.61 0.82 1.13 0.41 0.24 0.13 0.21 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.97 0.91 0.84 0.65 0.70 0.62 0.65 0.38 0.77 0.90 0.82 0.63 0.98 0.68 0.44 0.94 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.31 0.12 0.22 0.10 0.21 0.19 0.28 0.00 0.13 0.09 0.03 0.29 0.27 0.18 0.05 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00