ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49596

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 11, 9, 15, 8, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.026, 0.054, 0.081, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.054 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.024, 0.055, 0.086, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.055 std_dev=0.031
N1 B 0, 0.257, 0.437, 0.616, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.437 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.223, 0.402, 0.582, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.402 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.232, 0.414, 0.597, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.237, 0.420, 0.603, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.420 std_dev=0.183
C2 B 0, 0.254, 0.440, 0.626, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.440 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.213, 0.405, 0.597, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.405 std_dev=0.192
O5' A 0, 0.098, 0.298, 0.498, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.298 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.218, 0.423, 0.627, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.423 std_dev=0.204
N6 B 0, 0.238, 0.443, 0.649, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.443 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.236, 0.446, 0.656, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.446 std_dev=0.210
O3' A 0, -0.057, 0.159, 0.376, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.159 std_dev=0.216
N7 B 0, 0.207, 0.445, 0.684, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.445 std_dev=0.239
C8 B 0, 0.219, 0.459, 0.699, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.459 std_dev=0.240
C3' A 0, -0.060, 0.187, 0.434, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.187 std_dev=0.247
O4' A 0, -0.101, 0.153, 0.406, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.153 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.182, 0.462, 0.742, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.462 std_dev=0.280
C2' A 0, -0.079, 0.202, 0.484, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.202 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.223, 0.505, 0.787, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.505 std_dev=0.282
C4' A 0, -0.087, 0.208, 0.502, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.208 std_dev=0.294
P A 0, 0.130, 0.461, 0.793, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.461 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.174, 0.520, 0.866, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.520 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.191, 0.559, 0.927, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.559 std_dev=0.368
OP2 A 0, 0.159, 0.549, 0.938, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.549 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.172, 0.563, 0.953, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.563 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.175, 0.586, 0.997, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.586 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.146, 0.584, 1.022, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.584 std_dev=0.438
OP1 A 0, 0.077, 0.525, 0.972, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.525 std_dev=0.447
P B 0, 0.142, 0.602, 1.062, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.602 std_dev=0.460
O2' A 0, -0.170, 0.329, 0.828, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.329 std_dev=0.499
C5' A 0, -0.149, 0.358, 0.864, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.358 std_dev=0.506
OP1 B 0, 0.201, 0.720, 1.239, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.720 std_dev=0.519
O2' B 0, 0.045, 0.630, 1.216, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.630 std_dev=0.586
O3' B 0, 0.029, 0.674, 1.318, 3.513 max_d=3.513 avg_d=0.674 std_dev=0.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.06 0.15 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.12 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.10 0.09 0.09 0.10 0.19 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.08 0.03 0.10 0.05 0.19 0.00 0.02 0.02 0.28 0.39 0.31 0.33
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.20 0.35 0.21 0.26
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.12 0.14 0.31 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.03 0.04 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.12 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.07 0.09 0.14 0.18 0.33 0.23
C5' 0.03 0.09 0.08 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.06 0.09 0.09 0.14 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.11 0.13 0.15 0.28 0.19
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.10 0.19 0.11
N3 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.24 0.14
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02 0.13 0.16 0.35 0.22
O2 0.04 0.00 0.19 0.05 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.12 0.16 0.10 0.14 0.15 0.09
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.07 0.20 0.03 0.22 0.05 0.09 0.09 0.31 0.00 0.03 0.04 0.26 0.45 0.41 0.36
O3' 0.13 0.10 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.12 0.03 0.00 0.09 0.11 0.31 0.18 0.20
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.16 0.04 0.09 0.00 0.13 0.06 0.21 0.13
O5' 0.06 0.09 0.28 0.20 0.12 0.01 0.14 0.01 0.13 0.08 0.10 0.13 0.10 0.26 0.11 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.10 0.39 0.35 0.14 0.12 0.18 0.05 0.15 0.10 0.10 0.16 0.14 0.45 0.31 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.19 0.31 0.21 0.31 0.05 0.33 0.09 0.28 0.19 0.24 0.35 0.15 0.41 0.18 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.33 0.26 0.19 0.04 0.23 0.01 0.19 0.11 0.14 0.22 0.09 0.36 0.20 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.19 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.16 0.16 0.17 0.13 0.11 0.15 0.19 0.11 0.16 0.14 0.17 0.13
C2 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.15 0.14 0.14 0.16 0.19 0.16 0.13 0.25 0.26 0.13 0.24 0.22 0.25 0.22
C2' 0.16 0.19 0.11 0.16 0.14 0.10 0.13 0.10 0.14 0.14 0.17 0.17 0.15 0.14 0.14 0.15 0.12 0.12 0.12 0.11 0.17 0.10
C3' 0.14 0.21 0.11 0.14 0.13 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.18 0.18 0.11 0.12 0.12 0.13 0.16 0.12 0.17 0.16 0.19 0.15
C4 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.16 0.16 0.17 0.15 0.14 0.10 0.19 0.19 0.10 0.22 0.20 0.10 0.25 0.24 0.28 0.24
C4' 0.14 0.23 0.12 0.15 0.13 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.19 0.19 0.14 0.14 0.12 0.13 0.16 0.12 0.17 0.17 0.20 0.17
C5 0.11 0.14 0.08 0.11 0.08 0.10 0.15 0.11 0.17 0.13 0.14 0.12 0.21 0.18 0.07 0.11 0.10 0.11 0.17 0.16 0.22 0.16
C5' 0.18 0.31 0.16 0.21 0.19 0.15 0.15 0.16 0.18 0.16 0.28 0.25 0.16 0.17 0.16 0.14 0.15 0.15 0.17 0.20 0.23 0.20
C6 0.12 0.15 0.08 0.13 0.09 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11 0.14 0.13 0.21 0.15 0.08 0.11 0.11 0.11 0.15 0.13 0.18 0.13
N1 0.13 0.16 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.14 0.18 0.14 0.10 0.16 0.19 0.11 0.19 0.16 0.20 0.16
N3 0.15 0.13 0.15 0.13 0.13 0.15 0.16 0.20 0.16 0.16 0.14 0.14 0.19 0.17 0.13 0.29 0.28 0.14 0.27 0.26 0.28 0.26
N4 0.11 0.15 0.10 0.10 0.13 0.13 0.18 0.20 0.18 0.19 0.16 0.12 0.19 0.21 0.13 0.26 0.22 0.11 0.31 0.30 0.33 0.30
O2 0.18 0.19 0.19 0.15 0.16 0.16 0.16 0.19 0.17 0.15 0.17 0.19 0.19 0.16 0.15 0.31 0.31 0.15 0.25 0.23 0.25 0.23
O2' 0.20 0.18 0.15 0.21 0.14 0.16 0.15 0.20 0.13 0.21 0.16 0.15 0.16 0.21 0.18 0.20 0.09 0.17 0.20 0.26 0.32 0.25
O3' 0.18 0.22 0.13 0.17 0.14 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.17 0.19 0.10 0.11 0.14 0.17 0.11 0.13 0.12 0.12 0.17 0.11
O4' 0.14 0.21 0.12 0.14 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.15 0.16 0.18 0.23 0.18 0.12 0.14 0.18 0.12 0.19 0.19 0.23 0.19
O5' 0.12 0.16 0.13 0.15 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.15 0.15 0.13 0.12 0.16 0.12 0.22 0.15 0.12 0.11 0.13 0.14 0.10
OP1 0.15 0.14 0.25 0.12 0.13 0.14 0.17 0.16 0.13 0.26 0.13 0.11 0.16 0.27 0.18 0.40 0.21 0.15 0.19 0.23 0.22 0.20
OP2 0.31 0.20 0.43 0.21 0.28 0.25 0.30 0.24 0.25 0.38 0.20 0.23 0.25 0.38 0.32 0.63 0.31 0.27 0.27 0.27 0.24 0.24
P 0.18 0.13 0.27 0.12 0.16 0.15 0.20 0.15 0.15 0.26 0.13 0.13 0.18 0.27 0.20 0.44 0.23 0.17 0.18 0.20 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.07 0.16 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.10 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.28 0.09 0.12 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.13 0.03 0.11 0.06 0.11 0.03 0.09 0.03 0.00 0.05 0.01 0.19 0.34 0.29 0.27
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.08 0.04 0.16 0.19 0.11 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.05 0.10 0.11 0.14 0.10
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.12 0.05 0.06 0.07 0.11 0.05 0.17 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.02 0.11 0.13 0.16 0.12
C5' 0.03 0.10 0.13 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.12 0.05 0.04 0.16 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.04 0.12 0.14 0.18 0.13
C8 0.01 0.00 0.11 0.19 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.09 0.06 0.13 0.12 0.14 0.12
N1 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.07 0.12 0.12 0.17 0.12
N3 0.03 0.00 0.11 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.28 0.09 0.12 0.12 0.14 0.11
N6 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.03 0.14 0.17 0.21 0.16
N7 0.00 0.00 0.09 0.19 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.08 0.04 0.14 0.15 0.18 0.15
N9 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.01 0.07 0.11 0.12 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.17 0.18 0.04 0.15 0.29 0.07 0.10 0.20 0.29 0.13 0.00 0.06 0.14 0.13 0.36 0.34 0.26
O3' 0.21 0.28 0.05 0.01 0.17 0.01 0.09 0.16 0.12 0.09 0.21 0.28 0.08 0.08 0.10 0.06 0.00 0.14 0.21 0.34 0.22 0.25
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.14 0.14 0.00 0.04 0.07 0.11 0.05
O5' 0.07 0.12 0.19 0.09 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.14 0.07 0.13 0.21 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.12 0.34 0.14 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.12 0.12 0.12 0.17 0.15 0.11 0.36 0.34 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.15 0.29 0.09 0.14 0.05 0.16 0.03 0.18 0.14 0.17 0.14 0.21 0.18 0.12 0.34 0.22 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.27 0.07 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.11 0.16 0.15 0.08 0.26 0.25 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00