ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49597

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 23, 8, 4, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.018, 0.028, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.033, 0.056, 0.080, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.056 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.059, 0.094, 0.130, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.094 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.275, 0.378, 0.480, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.378 std_dev=0.102
C4 B 0, 0.225, 0.331, 0.437, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.331 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.286, 0.397, 0.508, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.397 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.219, 0.347, 0.476, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.347 std_dev=0.129
N9 B 0, 0.277, 0.406, 0.535, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.406 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.476, 0.609, 0.743, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.609 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.414, 0.550, 0.686, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.550 std_dev=0.136
C1' B 0, 0.336, 0.477, 0.618, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.477 std_dev=0.141
C8 B 0, 0.324, 0.467, 0.610, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.467 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.266, 0.414, 0.563, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.414 std_dev=0.149
N7 B 0, 0.283, 0.443, 0.602, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.443 std_dev=0.160
N3 B 0, 0.203, 0.363, 0.523, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.363 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.244, 0.407, 0.571, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.407 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.316, 0.491, 0.666, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.491 std_dev=0.175
C3' A 0, 0.432, 0.608, 0.784, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.608 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.409, 0.590, 0.771, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.590 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.463, 0.646, 0.829, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.646 std_dev=0.183
C5' B 0, 0.403, 0.592, 0.781, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.592 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.177, 0.376, 0.575, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.376 std_dev=0.199
N6 B 0, 0.434, 0.635, 0.836, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.635 std_dev=0.201
P B 0, 0.549, 0.766, 0.983, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.766 std_dev=0.217
OP2 B 0, 0.405, 0.631, 0.858, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.631 std_dev=0.227
C5' A 0, 0.855, 1.082, 1.309, 1.399 max_d=1.399 avg_d=1.082 std_dev=0.227
O5' B 0, 0.494, 0.721, 0.948, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.721 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.096, 0.329, 0.561, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.329 std_dev=0.232
O5' A 0, 0.905, 1.139, 1.374, 1.501 max_d=1.501 avg_d=1.139 std_dev=0.234
P A 0, 0.841, 1.098, 1.355, 1.523 max_d=1.523 avg_d=1.098 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.293, 0.551, 0.809, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.551 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.330, 0.598, 0.865, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.598 std_dev=0.268
O3' A 0, 0.684, 0.970, 1.257, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.970 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.898, 1.195, 1.492, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.195 std_dev=0.297
OP1 B 0, 0.789, 1.112, 1.435, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.112 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.942, 1.328, 1.713, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.328 std_dev=0.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.13 0.26 0.19 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.07 0.11
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.02 0.01 0.01 0.18 0.20 0.16 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03 0.19 0.38 0.33 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03 0.20 0.36 0.35 0.25
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.10 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.17 0.25 0.26 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.21 0.18 0.14
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.16 0.34 0.27 0.22
N4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.03 0.20 0.44 0.38 0.28
O2 0.02 0.01 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.02 0.11 0.23 0.14 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.07 0.04 0.07 0.10 0.09 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.07 0.09 0.10 0.07 0.00 0.01 0.18 0.21 0.23 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.15 0.10 0.09
O5' 0.05 0.13 0.11 0.18 0.19 0.01 0.20 0.01 0.17 0.12 0.16 0.20 0.11 0.07 0.18 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.26 0.16 0.20 0.38 0.11 0.36 0.14 0.25 0.21 0.34 0.44 0.23 0.10 0.21 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.19 0.07 0.16 0.33 0.08 0.35 0.14 0.26 0.18 0.27 0.38 0.14 0.09 0.23 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.11 0.17 0.25 0.02 0.25 0.02 0.19 0.14 0.22 0.28 0.14 0.06 0.20 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.23 0.11 0.11 0.17 0.10 0.18 0.14 0.22 0.16 0.24 0.20 0.24 0.18 0.14 0.12 0.09 0.10 0.14 0.16 0.16 0.11
C2 0.12 0.24 0.13 0.11 0.14 0.08 0.11 0.12 0.13 0.12 0.20 0.21 0.10 0.12 0.11 0.18 0.14 0.08 0.15 0.18 0.15 0.15
C2' 0.12 0.27 0.10 0.10 0.18 0.10 0.20 0.16 0.26 0.17 0.29 0.22 0.29 0.19 0.14 0.13 0.11 0.09 0.16 0.17 0.19 0.12
C3' 0.10 0.20 0.11 0.14 0.12 0.18 0.16 0.26 0.22 0.16 0.23 0.15 0.27 0.18 0.10 0.11 0.19 0.14 0.26 0.19 0.29 0.18
C4 0.11 0.14 0.15 0.11 0.06 0.13 0.07 0.17 0.08 0.12 0.11 0.13 0.08 0.11 0.09 0.22 0.20 0.14 0.19 0.18 0.17 0.18
C4' 0.11 0.21 0.12 0.13 0.15 0.15 0.19 0.24 0.24 0.17 0.24 0.16 0.29 0.21 0.12 0.12 0.14 0.11 0.26 0.20 0.30 0.19
C5 0.12 0.13 0.14 0.11 0.07 0.14 0.06 0.19 0.06 0.14 0.10 0.12 0.06 0.12 0.10 0.21 0.17 0.15 0.21 0.15 0.19 0.18
C5' 0.13 0.15 0.19 0.22 0.12 0.24 0.17 0.35 0.19 0.20 0.18 0.12 0.25 0.22 0.13 0.17 0.22 0.17 0.39 0.26 0.43 0.31
C6 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.18 0.10 0.15 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.17 0.13 0.11 0.19 0.14 0.18 0.15
N1 0.12 0.21 0.11 0.10 0.14 0.09 0.13 0.14 0.15 0.15 0.19 0.18 0.14 0.14 0.12 0.15 0.11 0.09 0.16 0.15 0.16 0.13
N3 0.11 0.19 0.15 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.08 0.11 0.14 0.18 0.09 0.11 0.09 0.21 0.18 0.11 0.16 0.19 0.16 0.17
N4 0.12 0.17 0.17 0.14 0.10 0.17 0.11 0.19 0.13 0.13 0.16 0.13 0.14 0.12 0.10 0.25 0.25 0.18 0.21 0.20 0.19 0.21
O2 0.14 0.29 0.15 0.13 0.18 0.09 0.15 0.10 0.20 0.13 0.28 0.25 0.15 0.13 0.13 0.19 0.14 0.09 0.13 0.20 0.15 0.15
O2' 0.15 0.32 0.13 0.14 0.22 0.12 0.25 0.17 0.32 0.19 0.35 0.26 0.37 0.23 0.17 0.15 0.09 0.12 0.12 0.19 0.17 0.11
O3' 0.10 0.24 0.11 0.15 0.15 0.19 0.20 0.27 0.28 0.16 0.29 0.17 0.35 0.20 0.11 0.11 0.19 0.13 0.24 0.22 0.29 0.17
O4' 0.11 0.20 0.11 0.11 0.16 0.11 0.19 0.18 0.23 0.17 0.23 0.17 0.26 0.21 0.12 0.11 0.11 0.10 0.21 0.18 0.23 0.16
O5' 0.19 0.13 0.22 0.24 0.11 0.26 0.10 0.31 0.12 0.16 0.13 0.13 0.16 0.14 0.14 0.22 0.25 0.22 0.24 0.22 0.24 0.14
OP1 0.18 0.24 0.18 0.25 0.19 0.27 0.18 0.32 0.19 0.17 0.21 0.24 0.21 0.19 0.16 0.21 0.33 0.21 0.38 0.47 0.36 0.37
OP2 0.43 0.27 0.46 0.48 0.29 0.48 0.23 0.47 0.21 0.29 0.22 0.31 0.22 0.24 0.34 0.53 0.49 0.44 0.33 0.36 0.38 0.27
P 0.20 0.18 0.21 0.22 0.15 0.22 0.14 0.24 0.15 0.14 0.16 0.19 0.18 0.15 0.16 0.27 0.25 0.20 0.19 0.29 0.15 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.09 0.18 0.09 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.04 0.10 0.28 0.12 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.34 0.20 0.29
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.16 0.10 0.14
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.11 0.27 0.13 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.08 0.02 0.13 0.31 0.17 0.20
C5' 0.03 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.12 0.32 0.17 0.20
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.14 0.27 0.18 0.20
N1 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.11 0.31 0.14 0.19
N3 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.05 0.09 0.26 0.11 0.17
N6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.08 0.04 0.14 0.35 0.20 0.22
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.06 0.03 0.14 0.32 0.20 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.11 0.24 0.12 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.06 0.10 0.05 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.12 0.06 0.00 0.04 0.04 0.17 0.44 0.22 0.34
O3' 0.13 0.14 0.03 0.01 0.11 0.02 0.08 0.07 0.09 0.06 0.12 0.14 0.08 0.06 0.09 0.04 0.00 0.09 0.12 0.16 0.15 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.10 0.04 0.07
O5' 0.09 0.10 0.16 0.08 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.14 0.11 0.09 0.14 0.14 0.11 0.17 0.12 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.28 0.34 0.16 0.27 0.06 0.31 0.11 0.32 0.27 0.31 0.26 0.35 0.32 0.24 0.44 0.16 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.12 0.20 0.10 0.13 0.05 0.17 0.04 0.17 0.18 0.14 0.11 0.20 0.20 0.12 0.22 0.15 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.18 0.29 0.14 0.18 0.05 0.20 0.02 0.20 0.20 0.19 0.17 0.22 0.22 0.17 0.34 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00