ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 17, 8, 8, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.043, 0.104, 0.165, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.104 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.031, 0.101, 0.171, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.101 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.050, 0.121, 0.191, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.121 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.041, 0.113, 0.186, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.113 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.062, 0.144, 0.226, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.144 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.065, 0.173, 0.282, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.173 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.090, 0.230, 0.370, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.230 std_dev=0.140
N9 B 0, 0.083, 0.224, 0.366, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.224 std_dev=0.142
C8 B 0, 0.084, 0.226, 0.368, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.226 std_dev=0.142
C4 B 0, 0.085, 0.228, 0.371, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.228 std_dev=0.143
N7 B 0, 0.088, 0.232, 0.376, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.232 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.138, 0.283, 0.428, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.283 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.080, 0.226, 0.371, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.226 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.092, 0.242, 0.393, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.242 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.097, 0.252, 0.407, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.252 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.104, 0.262, 0.420, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.262 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.083, 0.248, 0.413, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.248 std_dev=0.165
C6 B 0, 0.087, 0.252, 0.417, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.252 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.108, 0.282, 0.456, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.282 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.100, 0.278, 0.456, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.278 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.096, 0.278, 0.459, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.278 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.102, 0.283, 0.464, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.283 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.105, 0.287, 0.469, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.287 std_dev=0.182
N6 B 0, 0.091, 0.278, 0.466, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.278 std_dev=0.188
P B 0, 0.071, 0.260, 0.450, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.260 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.121, 0.312, 0.502, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.312 std_dev=0.191
OP1 B 0, 0.104, 0.306, 0.508, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.306 std_dev=0.202
C3' B 0, 0.111, 0.317, 0.522, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.317 std_dev=0.205
O2' B 0, 0.138, 0.344, 0.549, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.344 std_dev=0.205
P A 0, 0.060, 0.275, 0.490, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.275 std_dev=0.215
OP2 A 0, 0.123, 0.355, 0.587, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.355 std_dev=0.232
O3' B 0, 0.137, 0.379, 0.621, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.379 std_dev=0.242
OP1 A 0, 0.066, 0.312, 0.558, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.312 std_dev=0.246

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.15 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.07 0.06 0.15 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.24 0.15
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.20 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.07 0.14 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.11 0.07 0.14 0.08
C5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.09 0.06 0.14 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.15 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.08 0.06 0.15 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.11 0.08 0.14 0.08
O2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.15 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.03 0.01 0.12 0.15 0.31 0.19
O3' 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.12 0.21 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.10 0.06 0.07
O5' 0.04 0.07 0.11 0.06 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.12 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.12 0.12 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.15 0.12 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.24 0.20 0.14 0.10 0.14 0.05 0.14 0.15 0.15 0.14 0.15 0.31 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.15 0.12 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.19 0.11 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09
C2 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09
C2' 0.11 0.11 0.11 0.12 0.07 0.15 0.08 0.16 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.07 0.14 0.13 0.14 0.14 0.11 0.11 0.10
C3' 0.11 0.11 0.12 0.14 0.08 0.16 0.07 0.18 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.14 0.15 0.14 0.17 0.13 0.12 0.12
C4 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09
C4' 0.11 0.10 0.12 0.14 0.09 0.15 0.08 0.17 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.11 0.11
C5 0.11 0.14 0.11 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09
C5' 0.16 0.13 0.17 0.17 0.12 0.18 0.10 0.17 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.09 0.12 0.20 0.18 0.16 0.15 0.13 0.10 0.10
C6 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09
N1 0.09 0.11 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.06 0.10 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09
N3 0.11 0.14 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09
N4 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.16 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09
O2 0.11 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10
O2' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.10 0.15 0.12 0.12 0.11 0.10 0.16 0.15 0.07 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.14 0.11
O3' 0.10 0.09 0.10 0.13 0.07 0.14 0.07 0.17 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.12 0.14 0.12 0.17 0.13 0.14 0.13
O4' 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.14 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.15 0.14 0.13 0.13
O5' 0.13 0.12 0.14 0.13 0.10 0.14 0.08 0.14 0.09 0.09 0.10 0.13 0.08 0.08 0.10 0.18 0.14 0.12 0.13 0.12 0.10 0.10
OP1 0.15 0.17 0.16 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.16 0.17 0.13 0.12 0.14 0.20 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.10
OP2 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.16 0.12 0.10 0.15 0.15 0.14 0.13
P 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.16 0.11 0.08 0.12 0.12 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.07 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.13 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.11 0.12 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.11 0.03 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.15 0.07 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.11 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.05 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.12 0.08 0.03 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.10 0.10 0.06 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00