ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49599

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 16, 6, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.008, 0.044, 0.079, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.044 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.013, 0.058, 0.104, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.058 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.029, 0.104, 0.178, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.104 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.016, 0.093, 0.170, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.093 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.042, 0.130, 0.218, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.130 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.030, 0.134, 0.238, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.134 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.076, 0.184, 0.293, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.184 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.017, 0.144, 0.271, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.144 std_dev=0.127
N6 B 0, 0.179, 0.318, 0.457, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.318 std_dev=0.139
C6 B 0, 0.135, 0.282, 0.428, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.282 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.059, 0.215, 0.371, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.215 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.123, 0.286, 0.449, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.286 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.112, 0.279, 0.446, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.279 std_dev=0.167
N7 B 0, 0.149, 0.326, 0.503, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.326 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.090, 0.285, 0.479, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.285 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.090, 0.291, 0.491, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.291 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.086, 0.298, 0.511, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.298 std_dev=0.213
P A 0, 0.056, 0.269, 0.482, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.269 std_dev=0.213
O5' A 0, 0.004, 0.217, 0.430, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.217 std_dev=0.213
C8 B 0, 0.134, 0.347, 0.560, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.347 std_dev=0.213
N9 B 0, 0.108, 0.335, 0.563, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.335 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.129, 0.395, 0.660, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.395 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.075, 0.469, 0.862, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.469 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.031, 0.489, 0.946, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.489 std_dev=0.457
OP1 A 0, -0.141, 0.342, 0.825, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.342 std_dev=0.483
O2' B 0, 0.051, 0.565, 1.080, 3.121 max_d=3.121 avg_d=0.565 std_dev=0.515
C4' B 0, 0.042, 0.560, 1.078, 2.970 max_d=2.970 avg_d=0.560 std_dev=0.518
OP2 A 0, -0.145, 0.383, 0.912, 3.392 max_d=3.392 avg_d=0.383 std_dev=0.529
C3' B 0, -0.045, 0.564, 1.172, 3.659 max_d=3.659 avg_d=0.564 std_dev=0.608
O3' B 0, -0.127, 0.654, 1.436, 4.818 max_d=4.818 avg_d=0.654 std_dev=0.782
C5' B 0, -0.188, 0.687, 1.561, 5.475 max_d=5.475 avg_d=0.687 std_dev=0.875
OP1 B 0, 0.206, 1.239, 2.271, 6.762 max_d=6.762 avg_d=1.239 std_dev=1.033
O5' B 0, -0.205, 0.839, 1.883, 6.582 max_d=6.582 avg_d=0.839 std_dev=1.044
P B 0, -0.404, 0.798, 2.000, 7.941 max_d=7.941 avg_d=0.798 std_dev=1.202
OP2 B 0, -0.245, 1.104, 2.454, 9.054 max_d=9.054 avg_d=1.104 std_dev=1.349

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.12 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.04 0.08 0.23 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.14 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.12 0.36 0.13 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.13 0.37 0.13 0.11
C5' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.11 0.31 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.22 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.10 0.30 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.13 0.40 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.06 0.06 0.17 0.11 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.07 0.13 0.19 0.08
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.03 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
O5' 0.04 0.08 0.06 0.05 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.13 0.06 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.23 0.11 0.05 0.36 0.06 0.37 0.11 0.31 0.22 0.30 0.40 0.17 0.13 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.14 0.06 0.13 0.11 0.13 0.16 0.11 0.09 0.12 0.14 0.11 0.19 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.06 0.10 0.04 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.11 0.05 0.08 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.26 0.09 0.42 0.10 0.11 0.13 0.12 0.10 0.10 0.11 0.19 0.10 0.29 0.49 0.42 0.74 0.44
C2 0.13 0.14 0.12 0.09 0.12 0.17 0.13 0.26 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.16 0.11 0.23 0.30 0.35 0.53 0.19
C2' 0.11 0.11 0.19 0.10 0.07 0.26 0.07 0.46 0.08 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.29 0.12 0.29 0.52 0.46 0.78 0.52
C3' 0.11 0.10 0.18 0.13 0.07 0.30 0.07 0.56 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.31 0.12 0.30 0.63 0.56 0.92 0.67
C4 0.14 0.14 0.18 0.19 0.13 0.11 0.12 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.18 0.24 0.19 0.19 0.42 0.28 0.12
C4' 0.10 0.10 0.13 0.17 0.07 0.32 0.08 0.54 0.10 0.11 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.23 0.15 0.31 0.62 0.52 0.85 0.61
C5 0.14 0.15 0.22 0.22 0.13 0.13 0.12 0.18 0.11 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12 0.14 0.21 0.27 0.21 0.21 0.42 0.28 0.12
C5' 0.13 0.12 0.22 0.10 0.13 0.26 0.16 0.47 0.15 0.19 0.13 0.11 0.16 0.19 0.15 0.32 0.12 0.27 0.51 0.46 0.65 0.48
C6 0.14 0.16 0.20 0.16 0.13 0.16 0.12 0.24 0.11 0.14 0.15 0.14 0.10 0.12 0.14 0.22 0.20 0.24 0.27 0.39 0.40 0.16
N1 0.12 0.14 0.14 0.09 0.11 0.19 0.10 0.30 0.10 0.12 0.13 0.12 0.10 0.12 0.12 0.18 0.11 0.25 0.34 0.37 0.55 0.25
N3 0.14 0.15 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.18 0.15 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.14 0.15 0.16 0.21 0.22 0.38 0.39 0.10
N4 0.15 0.15 0.19 0.23 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.14 0.17 0.29 0.18 0.20 0.47 0.23 0.22
O2 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.21 0.14 0.32 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.16 0.14 0.15 0.10 0.24 0.38 0.33 0.65 0.29
O2' 0.11 0.13 0.19 0.11 0.08 0.27 0.08 0.49 0.11 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.09 0.30 0.12 0.30 0.55 0.49 0.86 0.57
O3' 0.10 0.11 0.13 0.21 0.08 0.35 0.08 0.63 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.26 0.18 0.31 0.75 0.65 1.11 0.82
O4' 0.13 0.13 0.10 0.16 0.10 0.29 0.07 0.44 0.09 0.10 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.15 0.14 0.31 0.51 0.43 0.71 0.44
O5' 0.22 0.19 0.39 0.20 0.22 0.16 0.21 0.35 0.20 0.24 0.19 0.20 0.19 0.22 0.23 0.47 0.24 0.22 0.36 0.39 0.49 0.32
OP1 0.22 0.33 0.45 0.25 0.27 0.25 0.24 0.45 0.28 0.20 0.32 0.31 0.26 0.20 0.23 0.53 0.30 0.30 0.38 0.47 0.49 0.40
OP2 0.53 0.19 0.76 0.58 0.34 0.32 0.31 0.14 0.22 0.47 0.17 0.27 0.20 0.38 0.46 0.90 0.66 0.28 0.18 0.42 0.20 0.10
P 0.23 0.15 0.45 0.25 0.19 0.14 0.19 0.31 0.17 0.24 0.15 0.17 0.16 0.21 0.23 0.56 0.32 0.21 0.29 0.39 0.41 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.45 0.12 0.11
C2 0.03 0.00 0.15 0.28 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.31 0.07 0.38 0.65 0.30 0.47
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.16 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.36 0.22 0.09
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.18 0.21 0.28 0.07 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.29 0.26 0.10
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.23 0.54 0.13 0.23
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.13 0.17 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.29 0.17 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.24 0.52 0.23 0.15
C5' 0.03 0.26 0.02 0.02 0.13 0.01 0.11 0.00 0.14 0.20 0.21 0.24 0.13 0.17 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.16 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.26 0.57 0.17 0.25
C8 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.17 0.05 0.37 0.45 0.48 0.24
N1 0.02 0.00 0.11 0.21 0.00 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.23 0.05 0.32 0.64 0.21 0.40
N3 0.02 0.00 0.16 0.28 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.29 0.07 0.35 0.61 0.27 0.42
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.25 0.53 0.25 0.19
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.34 0.45 0.47 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.20 0.48 0.21 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.35 0.23 0.09
O3' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.12 0.02 0.06 0.04 0.12 0.17 0.23 0.29 0.08 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.14 0.32 0.37 0.14
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.48 0.09 0.16
O5' 0.12 0.38 0.05 0.07 0.23 0.01 0.24 0.01 0.26 0.37 0.32 0.35 0.25 0.34 0.20 0.04 0.14 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.45 0.65 0.36 0.29 0.54 0.29 0.52 0.16 0.57 0.45 0.64 0.61 0.53 0.45 0.48 0.35 0.32 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.30 0.22 0.26 0.13 0.17 0.23 0.20 0.17 0.48 0.21 0.27 0.25 0.47 0.21 0.23 0.37 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.47 0.09 0.10 0.23 0.07 0.15 0.01 0.25 0.24 0.40 0.42 0.19 0.18 0.11 0.09 0.14 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00