ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49601

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 8, 8, 1, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.041, 0.103, 0.165, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.103 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.038, 0.100, 0.161, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.100 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.022, 0.106, 0.190, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.106 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.089, 0.181, 0.272, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.181 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.092, 0.185, 0.279, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.185 std_dev=0.093
O5' A 0, 0.130, 0.270, 0.411, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.270 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.149, 0.290, 0.431, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.290 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.136, 0.287, 0.437, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.287 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.181, 0.344, 0.507, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.344 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.197, 0.373, 0.549, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.373 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.148, 0.329, 0.511, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.329 std_dev=0.181
P A 0, 0.161, 0.350, 0.539, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.350 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.193, 0.385, 0.576, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.385 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.111, 0.310, 0.509, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.310 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.142, 0.345, 0.547, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.345 std_dev=0.202
O3' B 0, 0.175, 0.378, 0.581, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.378 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.160, 0.365, 0.571, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.365 std_dev=0.206
O2' B 0, 0.137, 0.344, 0.552, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.344 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.133, 0.341, 0.549, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.341 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.138, 0.348, 0.558, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.348 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.124, 0.336, 0.548, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.336 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.129, 0.348, 0.567, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.348 std_dev=0.219
C4' B 0, 0.177, 0.410, 0.642, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.410 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.161, 0.398, 0.634, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.398 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.162, 0.401, 0.640, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.401 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.214, 0.456, 0.698, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.456 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.110, 0.363, 0.617, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.363 std_dev=0.253
C8 B 0, 0.104, 0.362, 0.620, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.362 std_dev=0.258
C5' B 0, 0.201, 0.462, 0.722, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.462 std_dev=0.261
O5' B 0, 0.218, 0.501, 0.783, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.501 std_dev=0.282
OP1 B 0, 0.415, 0.705, 0.994, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.705 std_dev=0.290
P B 0, 0.361, 0.658, 0.954, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.658 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.495, 0.852, 1.208, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.852 std_dev=0.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.15 0.20 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.13 0.15 0.19 0.16
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.11 0.14 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.11 0.17 0.12
N4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.14 0.17 0.22 0.17
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.06 0.05 0.12 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.06 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.14 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.06 0.07 0.15 0.05 0.15 0.05 0.11 0.07 0.11 0.17 0.05 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.04 0.05 0.20 0.02 0.19 0.01 0.14 0.11 0.17 0.22 0.12 0.03 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.04 0.15 0.01 0.16 0.01 0.12 0.08 0.12 0.17 0.07 0.02 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.19 0.10 0.11 0.17 0.11 0.21 0.11 0.21 0.22 0.20 0.17 0.23 0.24 0.16 0.09 0.09 0.12 0.14 0.27 0.18 0.17
C2 0.09 0.20 0.10 0.10 0.14 0.09 0.18 0.10 0.22 0.12 0.22 0.17 0.25 0.19 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.25 0.13 0.14
C2' 0.10 0.15 0.08 0.08 0.13 0.08 0.17 0.08 0.17 0.20 0.15 0.14 0.19 0.21 0.13 0.08 0.06 0.10 0.11 0.24 0.15 0.14
C3' 0.08 0.13 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.06 0.10 0.16 0.11 0.11 0.12 0.16 0.10 0.07 0.05 0.07 0.08 0.19 0.11 0.10
C4 0.12 0.18 0.14 0.12 0.09 0.11 0.07 0.11 0.14 0.11 0.19 0.14 0.17 0.09 0.09 0.16 0.14 0.09 0.13 0.23 0.13 0.12
C4' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.18 0.12 0.13 0.14 0.17 0.13 0.08 0.07 0.09 0.10 0.20 0.15 0.12
C5 0.12 0.17 0.14 0.12 0.08 0.10 0.07 0.10 0.12 0.12 0.16 0.14 0.14 0.11 0.09 0.16 0.14 0.09 0.12 0.22 0.12 0.12
C5' 0.08 0.14 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.12 0.11 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.15 0.11 0.08
C6 0.08 0.17 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.15 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.07 0.14 0.11 0.07 0.11 0.23 0.11 0.12
N1 0.07 0.19 0.08 0.08 0.14 0.08 0.17 0.09 0.20 0.15 0.20 0.16 0.21 0.19 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.25 0.13 0.14
N3 0.11 0.19 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.20 0.08 0.21 0.15 0.23 0.11 0.08 0.14 0.12 0.09 0.14 0.24 0.13 0.13
N4 0.15 0.17 0.16 0.14 0.11 0.13 0.09 0.13 0.11 0.16 0.18 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.16 0.12 0.15 0.22 0.16 0.13
O2 0.12 0.20 0.11 0.10 0.17 0.11 0.22 0.12 0.24 0.17 0.23 0.18 0.28 0.23 0.13 0.12 0.10 0.12 0.15 0.27 0.16 0.16
O2' 0.15 0.17 0.13 0.11 0.17 0.12 0.21 0.12 0.21 0.25 0.18 0.16 0.24 0.27 0.18 0.12 0.08 0.14 0.14 0.28 0.21 0.19
O3' 0.09 0.13 0.07 0.05 0.07 0.06 0.10 0.05 0.08 0.17 0.09 0.11 0.10 0.16 0.10 0.08 0.05 0.07 0.07 0.18 0.10 0.09
O4' 0.12 0.18 0.12 0.12 0.17 0.11 0.18 0.12 0.18 0.20 0.18 0.17 0.19 0.21 0.16 0.08 0.10 0.12 0.13 0.24 0.18 0.16
O5' 0.08 0.15 0.08 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.08 0.10 0.12 0.13 0.08 0.09 0.07 0.10 0.01 0.06 0.03 0.15 0.06 0.07
OP1 0.04 0.22 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.06 0.15 0.06 0.21 0.18 0.15 0.07 0.05 0.10 0.01 0.02 0.05 0.12 0.08 0.06
OP2 0.05 0.27 0.04 0.04 0.16 0.05 0.18 0.09 0.22 0.11 0.25 0.22 0.22 0.14 0.10 0.05 0.01 0.06 0.10 0.10 0.11 0.08
P 0.03 0.20 0.04 0.01 0.11 0.01 0.10 0.04 0.14 0.06 0.19 0.17 0.14 0.07 0.05 0.07 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.27 0.13 0.13
C2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.15 0.05 0.15 0.17 0.20 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.22 0.12 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.10 0.11 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.11 0.22 0.09 0.10
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.08
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.22 0.12 0.09
C5' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.10 0.13 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.14 0.19 0.17 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.11 0.28 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.03 0.14 0.16 0.21 0.12
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.06 0.13 0.19 0.14 0.13
N6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.15 0.19 0.19 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.13 0.25 0.10 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.26 0.08 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.22 0.17 0.13
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.14 0.13 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.23 0.12 0.12
O5' 0.04 0.15 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.13 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.17 0.22 0.14 0.22 0.13 0.22 0.03 0.19 0.28 0.16 0.19 0.19 0.25 0.26 0.22 0.11 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.12 0.06 0.09 0.09 0.12 0.05 0.17 0.10 0.21 0.14 0.19 0.10 0.08 0.17 0.07 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.14 0.11 0.06 0.10 0.08 0.09 0.01 0.10 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.06 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00