ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49602

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 2, 10, 3, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.055, 0.105, 0.154, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.105 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.037, 0.090, 0.144, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.090 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.072, 0.142, 0.212, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.142 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.095, 0.168, 0.242, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.168 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.064, 0.137, 0.211, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.137 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.158, 0.254, 0.349, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.254 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.108, 0.248, 0.389, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.248 std_dev=0.141
N3 B 0, 0.305, 0.481, 0.657, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.481 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.146, 0.325, 0.504, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.325 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.331, 0.529, 0.728, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.529 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.207, 0.406, 0.606, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.406 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.219, 0.419, 0.619, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.419 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.234, 0.439, 0.643, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.439 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.249, 0.455, 0.661, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.455 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.229, 0.451, 0.673, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.451 std_dev=0.222
C8 B 0, 0.289, 0.518, 0.747, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.518 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.217, 0.464, 0.712, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.464 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.256, 0.504, 0.752, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.504 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.270, 0.519, 0.767, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.519 std_dev=0.248
P A 0, 0.246, 0.500, 0.754, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.500 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.289, 0.550, 0.812, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.550 std_dev=0.261
C5 B 0, 0.165, 0.427, 0.689, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.427 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.210, 0.474, 0.737, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.474 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.256, 0.520, 0.784, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.520 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.255, 0.532, 0.808, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.532 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.136, 0.438, 0.740, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.438 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.307, 0.612, 0.916, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.612 std_dev=0.304
OP1 A 0, 0.277, 0.584, 0.892, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.584 std_dev=0.308
P B 0, 0.250, 0.575, 0.901, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.575 std_dev=0.325
OP2 B 0, 0.243, 0.590, 0.937, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.590 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.344, 0.705, 1.065, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.705 std_dev=0.361
N6 B 0, 0.106, 0.477, 0.848, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.477 std_dev=0.371
O2' B 0, 0.262, 0.649, 1.036, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.649 std_dev=0.387

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.08 0.17 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.14 0.22 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.15 0.23 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.11 0.20 0.14
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.11 0.20 0.14
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.16 0.24 0.18
O2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06 0.06 0.15 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.05
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.14 0.06 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.04 0.02 0.14 0.04 0.15 0.01 0.11 0.07 0.11 0.16 0.06 0.08 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.17 0.09 0.09 0.22 0.05 0.23 0.04 0.20 0.16 0.20 0.24 0.15 0.05 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.05 0.03 0.16 0.03 0.17 0.01 0.14 0.11 0.14 0.18 0.09 0.05 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.20 0.12 0.10 0.16 0.10 0.24 0.10 0.30 0.18 0.26 0.16 0.41 0.26 0.14 0.17 0.11 0.12 0.08 0.26 0.12 0.13
C2 0.10 0.19 0.12 0.11 0.16 0.10 0.22 0.12 0.26 0.19 0.23 0.15 0.31 0.25 0.14 0.13 0.10 0.10 0.15 0.40 0.18 0.25
C2' 0.11 0.20 0.12 0.10 0.17 0.09 0.24 0.09 0.30 0.18 0.27 0.16 0.40 0.25 0.14 0.16 0.10 0.11 0.09 0.31 0.12 0.17
C3' 0.11 0.20 0.13 0.10 0.17 0.10 0.26 0.09 0.31 0.21 0.26 0.16 0.41 0.29 0.15 0.19 0.10 0.12 0.08 0.28 0.12 0.14
C4 0.13 0.17 0.18 0.14 0.16 0.11 0.24 0.13 0.21 0.29 0.17 0.15 0.25 0.32 0.19 0.19 0.11 0.11 0.20 0.47 0.18 0.30
C4' 0.10 0.19 0.13 0.10 0.17 0.11 0.25 0.12 0.31 0.19 0.26 0.15 0.41 0.28 0.14 0.20 0.11 0.13 0.09 0.20 0.17 0.11
C5 0.12 0.16 0.17 0.11 0.17 0.10 0.27 0.10 0.25 0.32 0.18 0.15 0.30 0.38 0.19 0.22 0.11 0.13 0.10 0.38 0.12 0.17
C5' 0.10 0.19 0.14 0.10 0.18 0.12 0.27 0.13 0.32 0.23 0.26 0.15 0.42 0.33 0.15 0.23 0.10 0.13 0.11 0.16 0.21 0.11
C6 0.11 0.16 0.14 0.10 0.17 0.11 0.28 0.11 0.28 0.27 0.21 0.14 0.36 0.37 0.16 0.20 0.11 0.13 0.08 0.29 0.14 0.13
N1 0.10 0.18 0.12 0.10 0.16 0.10 0.26 0.10 0.29 0.21 0.23 0.15 0.37 0.30 0.14 0.16 0.10 0.11 0.09 0.32 0.12 0.16
N3 0.12 0.18 0.15 0.13 0.15 0.12 0.21 0.16 0.22 0.22 0.19 0.15 0.24 0.26 0.16 0.15 0.12 0.11 0.21 0.47 0.23 0.31
N4 0.18 0.19 0.23 0.19 0.16 0.16 0.22 0.20 0.18 0.31 0.16 0.17 0.20 0.31 0.22 0.22 0.16 0.14 0.30 0.51 0.28 0.39
O2 0.11 0.21 0.12 0.11 0.15 0.11 0.20 0.14 0.25 0.15 0.25 0.16 0.30 0.19 0.13 0.11 0.11 0.11 0.16 0.40 0.21 0.26
O2' 0.11 0.20 0.12 0.10 0.15 0.10 0.21 0.09 0.27 0.15 0.26 0.16 0.36 0.21 0.13 0.15 0.11 0.11 0.08 0.28 0.12 0.16
O3' 0.11 0.20 0.14 0.10 0.17 0.10 0.25 0.09 0.30 0.20 0.27 0.16 0.40 0.28 0.15 0.19 0.10 0.11 0.08 0.28 0.11 0.14
O4' 0.10 0.19 0.12 0.11 0.16 0.13 0.25 0.13 0.31 0.18 0.26 0.15 0.42 0.28 0.13 0.19 0.11 0.14 0.10 0.19 0.18 0.11
O5' 0.15 0.23 0.18 0.14 0.22 0.13 0.31 0.14 0.36 0.26 0.30 0.19 0.46 0.36 0.19 0.28 0.15 0.13 0.13 0.13 0.24 0.13
OP1 0.11 0.21 0.14 0.13 0.19 0.14 0.28 0.17 0.32 0.23 0.28 0.16 0.41 0.32 0.16 0.27 0.13 0.13 0.18 0.22 0.31 0.21
OP2 0.20 0.24 0.22 0.18 0.26 0.19 0.36 0.21 0.38 0.36 0.31 0.21 0.46 0.44 0.26 0.33 0.18 0.20 0.21 0.23 0.31 0.23
P 0.14 0.22 0.16 0.13 0.21 0.14 0.32 0.16 0.35 0.28 0.29 0.18 0.44 0.38 0.19 0.28 0.13 0.14 0.16 0.18 0.29 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.11 0.08 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.09 0.14 0.27 0.20 0.19
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.13 0.12 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.05 0.12 0.26 0.16 0.17
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.16 0.35 0.21 0.25
C5' 0.03 0.15 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.16 0.38 0.23 0.26
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.19 0.33 0.22 0.26
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.07 0.15 0.34 0.22 0.23
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.10 0.13 0.22 0.17 0.15
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.19 0.43 0.26 0.30
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.20 0.40 0.25 0.30
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.22 0.14 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.14 0.17
O3' 0.07 0.12 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.09 0.05 0.11 0.11 0.09 0.06 0.07 0.02 0.00 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.08 0.07 0.05
O5' 0.07 0.14 0.13 0.04 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.15 0.13 0.19 0.20 0.12 0.14 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.11 0.27 0.13 0.07 0.26 0.02 0.35 0.01 0.38 0.33 0.34 0.22 0.43 0.40 0.22 0.20 0.08 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.20 0.12 0.05 0.16 0.04 0.21 0.04 0.23 0.22 0.22 0.17 0.26 0.25 0.14 0.14 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.13 0.06 0.17 0.01 0.25 0.01 0.26 0.26 0.23 0.15 0.30 0.30 0.16 0.17 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00