ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49603

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 3, 2, 5, 1, 5, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.016, 0.052, 0.089, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.052 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.190, 0.466, 0.741, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.466 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.247, 0.545, 0.843, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.545 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.185, 0.484, 0.783, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.484 std_dev=0.299
C4 B 0, 0.190, 0.490, 0.789, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.490 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.162, 0.462, 0.761, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.462 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.283, 0.589, 0.896, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.589 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.261, 0.567, 0.873, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.567 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.303, 0.622, 0.941, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.622 std_dev=0.319
N6 B 0, 0.316, 0.654, 0.991, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.654 std_dev=0.337
C2' A 0, 0.133, 0.484, 0.835, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.484 std_dev=0.351
C8 B 0, 0.359, 0.718, 1.076, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.718 std_dev=0.358
N7 B 0, 0.355, 0.719, 1.082, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.719 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.320, 0.689, 1.058, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.689 std_dev=0.369
O4' A 0, 0.111, 0.490, 0.870, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.490 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.214, 0.595, 0.976, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.595 std_dev=0.381
C4' A 0, 0.155, 0.582, 1.010, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.582 std_dev=0.428
O3' A 0, 0.317, 0.746, 1.175, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.746 std_dev=0.429
O2' B 0, 0.391, 0.842, 1.292, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.842 std_dev=0.450
O2' A 0, 0.291, 0.825, 1.358, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.825 std_dev=0.533
O4' B 0, 0.281, 0.826, 1.371, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.826 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.261, 0.863, 1.465, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.863 std_dev=0.602
C4' B 0, 0.268, 0.891, 1.513, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.891 std_dev=0.623
C5' A 0, 0.174, 0.846, 1.517, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.846 std_dev=0.672
C5' B 0, 0.181, 1.077, 1.972, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.077 std_dev=0.895
O3' B 0, 0.417, 1.333, 2.250, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.333 std_dev=0.917
P B 0, 0.434, 1.365, 2.295, 4.389 max_d=4.389 avg_d=1.365 std_dev=0.931
O5' B 0, 0.365, 1.386, 2.407, 4.659 max_d=4.659 avg_d=1.386 std_dev=1.021
OP1 B 0, 0.637, 1.822, 3.006, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.822 std_dev=1.185
O5' A 0, 0.704, 1.966, 3.228, 3.665 max_d=3.665 avg_d=1.966 std_dev=1.262
OP2 B 0, 0.606, 2.062, 3.517, 5.288 max_d=5.288 avg_d=2.062 std_dev=1.456
P A 0, 1.196, 2.877, 4.559, 4.653 max_d=4.653 avg_d=2.877 std_dev=1.681
OP1 A 0, 1.286, 3.047, 4.808, 5.064 max_d=5.064 avg_d=3.047 std_dev=1.761
OP2 A 0, 1.495, 3.777, 6.059, 6.469 max_d=6.469 avg_d=3.777 std_dev=2.282

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.18 0.01 0.21 0.35 0.93 0.33
C2 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.03 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.07 0.32 0.52 0.99 0.40
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.15 0.22 0.17 0.05 0.11 0.09 0.27 0.01 0.07 0.03 0.48 0.46 1.03 0.51
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.04 0.12 0.05 0.09 0.09 0.15 0.05 0.01 0.01 0.39 0.21 0.78 0.29
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.09 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.14 0.08 0.46 0.72 1.06 0.57
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.05 0.10 0.05 0.13 0.06 0.01 0.02 0.36 0.50 0.15
C5 0.01 0.01 0.15 0.11 0.01 0.12 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.11 0.50 0.77 1.15 0.66
C5' 0.11 0.20 0.22 0.04 0.32 0.01 0.35 0.00 0.31 0.22 0.26 0.34 0.14 0.09 0.16 0.02 0.01 0.37 0.27 0.03
C6 0.01 0.01 0.17 0.12 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.12 0.12 0.45 0.68 1.16 0.61
N1 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.15 0.05 0.33 0.52 1.04 0.45
N3 0.02 0.01 0.11 0.09 0.00 0.05 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.19 0.08 0.39 0.62 1.00 0.47
N4 0.02 0.02 0.09 0.09 0.01 0.10 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.14 0.09 0.49 0.77 1.02 0.60
O2 0.03 0.01 0.27 0.15 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.28 0.11 0.24 0.43 0.92 0.32
O2' 0.04 0.17 0.01 0.05 0.24 0.13 0.28 0.09 0.25 0.15 0.20 0.26 0.28 0.00 0.14 0.06 0.45 0.49 1.06 0.50
O3' 0.18 0.21 0.07 0.01 0.14 0.06 0.12 0.16 0.12 0.15 0.19 0.14 0.28 0.14 0.00 0.14 0.35 0.36 0.61 0.21
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.08 0.09 0.11 0.06 0.14 0.00 0.15 0.34 0.80 0.30
O5' 0.21 0.32 0.48 0.39 0.46 0.02 0.50 0.01 0.45 0.33 0.39 0.49 0.24 0.45 0.35 0.15 0.00 0.04 0.04 0.00
OP1 0.35 0.52 0.46 0.21 0.72 0.36 0.77 0.37 0.68 0.52 0.62 0.77 0.43 0.49 0.36 0.34 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.93 0.99 1.03 0.78 1.06 0.50 1.15 0.27 1.16 1.04 1.00 1.02 0.92 1.06 0.61 0.80 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.33 0.40 0.51 0.29 0.57 0.15 0.66 0.03 0.61 0.45 0.47 0.60 0.32 0.50 0.21 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.27 0.26 0.20 0.36 0.21 0.66 0.20 0.25 0.17 0.22 0.27 0.26 0.22 0.32 0.25 0.34 0.57 1.12 0.95 0.64
C2 0.25 0.15 0.24 0.28 0.18 0.43 0.22 0.73 0.21 0.28 0.16 0.16 0.28 0.28 0.24 0.30 0.26 0.44 0.57 0.99 0.88 0.61
C2' 0.27 0.32 0.28 0.29 0.23 0.44 0.20 0.76 0.20 0.25 0.23 0.31 0.29 0.26 0.24 0.37 0.26 0.42 0.65 1.15 1.06 0.75
C3' 0.22 0.21 0.27 0.26 0.19 0.35 0.23 0.65 0.24 0.25 0.19 0.22 0.35 0.29 0.21 0.31 0.26 0.34 0.56 1.17 1.01 0.66
C4 0.20 0.24 0.23 0.31 0.17 0.44 0.24 0.78 0.26 0.27 0.24 0.20 0.31 0.31 0.18 0.30 0.31 0.35 0.59 1.02 0.88 0.63
C4' 0.22 0.22 0.33 0.32 0.23 0.29 0.28 0.56 0.31 0.30 0.26 0.21 0.41 0.33 0.24 0.35 0.36 0.26 0.57 1.26 0.96 0.66
C5 0.22 0.24 0.27 0.31 0.20 0.40 0.24 0.73 0.26 0.26 0.24 0.22 0.33 0.30 0.21 0.31 0.31 0.30 0.59 1.14 0.94 0.68
C5' 0.42 0.34 0.50 0.51 0.41 0.44 0.48 0.64 0.48 0.51 0.39 0.35 0.60 0.55 0.44 0.51 0.55 0.41 0.72 1.43 1.03 0.81
C6 0.22 0.22 0.28 0.30 0.19 0.38 0.22 0.71 0.23 0.26 0.21 0.21 0.31 0.28 0.21 0.31 0.29 0.31 0.59 1.16 0.98 0.68
N1 0.22 0.19 0.26 0.27 0.18 0.39 0.21 0.70 0.20 0.25 0.16 0.19 0.28 0.27 0.22 0.30 0.26 0.36 0.58 1.10 0.94 0.65
N3 0.23 0.20 0.22 0.30 0.16 0.46 0.23 0.76 0.24 0.30 0.22 0.14 0.29 0.30 0.23 0.31 0.30 0.45 0.58 0.94 0.86 0.60
N4 0.21 0.28 0.23 0.35 0.22 0.47 0.28 0.82 0.29 0.31 0.28 0.26 0.32 0.35 0.21 0.32 0.38 0.34 0.61 0.96 0.85 0.63
O2 0.30 0.16 0.26 0.29 0.24 0.45 0.25 0.71 0.23 0.30 0.18 0.22 0.29 0.29 0.29 0.31 0.28 0.50 0.57 0.94 0.86 0.58
O2' 0.38 0.52 0.39 0.38 0.36 0.55 0.31 0.86 0.34 0.32 0.46 0.46 0.34 0.30 0.35 0.45 0.37 0.55 0.75 1.15 1.09 0.84
O3' 0.33 0.38 0.37 0.37 0.33 0.45 0.33 0.75 0.33 0.33 0.35 0.38 0.38 0.34 0.33 0.31 0.37 0.45 0.66 1.16 1.04 0.72
O4' 0.24 0.32 0.36 0.33 0.27 0.29 0.29 0.55 0.33 0.28 0.35 0.28 0.39 0.31 0.26 0.40 0.37 0.26 0.55 1.20 0.94 0.62
O5' 0.68 0.62 0.78 0.83 0.72 0.68 0.83 0.77 0.86 0.84 0.73 0.62 1.06 0.91 0.74 0.74 0.88 0.65 0.86 1.51 1.15 0.94
OP1 0.60 0.64 0.65 0.73 0.63 0.77 0.69 1.08 0.76 0.67 0.73 0.60 0.90 0.71 0.62 0.61 0.77 0.68 0.84 1.16 1.52 0.95
OP2 0.51 0.63 0.60 0.56 0.56 0.51 0.65 0.72 0.77 0.57 0.73 0.57 1.00 0.65 0.53 0.57 0.60 0.57 0.57 1.02 1.34 0.69
P 0.35 0.44 0.43 0.45 0.37 0.42 0.46 0.67 0.58 0.45 0.56 0.35 0.78 0.50 0.37 0.42 0.53 0.44 0.51 1.12 1.31 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.24 0.64 0.60 0.34
C2 0.05 0.00 0.20 0.21 0.01 0.09 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.15 0.40 0.99 0.67 0.44
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.13 0.03 0.16 0.09 0.16 0.24 0.17 0.20 0.17 0.22 0.12 0.01 0.04 0.02 0.38 0.40 0.54 0.35
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.17 0.01 0.22 0.03 0.22 0.27 0.21 0.19 0.25 0.27 0.15 0.08 0.01 0.03 0.38 0.29 0.40 0.27
C4 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.16 0.07 0.48 1.00 0.63 0.47
C4' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.18 0.11 0.08 0.14 0.18 0.10 0.14 0.06 0.01 0.02 0.21 0.47 0.17
C5 0.01 0.01 0.16 0.22 0.00 0.13 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.22 0.05 0.65 1.20 0.74 0.62
C5' 0.09 0.28 0.09 0.03 0.28 0.01 0.37 0.00 0.38 0.37 0.34 0.24 0.41 0.41 0.26 0.12 0.15 0.03 0.01 0.35 0.37 0.05
C6 0.02 0.01 0.16 0.22 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.08 0.64 1.24 0.77 0.63
C8 0.02 0.01 0.24 0.27 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.28 0.09 0.76 1.14 0.72 0.68
N1 0.04 0.01 0.17 0.21 0.01 0.11 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.25 0.12 0.52 1.14 0.72 0.53
N3 0.04 0.01 0.20 0.19 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.13 0.34 0.90 0.64 0.39
N6 0.01 0.01 0.17 0.25 0.01 0.14 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.28 0.07 0.74 1.36 0.88 0.72
N7 0.01 0.01 0.22 0.27 0.01 0.18 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.30 0.06 0.81 1.30 0.85 0.76
N9 0.01 0.02 0.12 0.15 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.13 0.01 0.49 0.91 0.58 0.46
O2' 0.04 0.30 0.01 0.08 0.20 0.14 0.21 0.12 0.24 0.21 0.27 0.29 0.25 0.23 0.13 0.00 0.19 0.14 0.21 0.23 0.57 0.24
O3' 0.08 0.26 0.04 0.01 0.16 0.06 0.22 0.15 0.24 0.28 0.25 0.23 0.28 0.30 0.13 0.19 0.00 0.05 0.29 0.40 0.40 0.25
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.03 0.08 0.09 0.12 0.13 0.07 0.06 0.01 0.14 0.05 0.00 0.26 0.62 0.66 0.39
O5' 0.24 0.40 0.38 0.38 0.48 0.02 0.65 0.01 0.64 0.76 0.52 0.34 0.74 0.81 0.49 0.21 0.29 0.26 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.64 0.99 0.40 0.29 1.00 0.21 1.20 0.35 1.24 1.14 1.14 0.90 1.36 1.30 0.91 0.23 0.40 0.62 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.67 0.54 0.40 0.63 0.47 0.74 0.37 0.77 0.72 0.72 0.64 0.88 0.85 0.58 0.57 0.40 0.66 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.44 0.35 0.27 0.47 0.17 0.62 0.05 0.63 0.68 0.53 0.39 0.72 0.76 0.46 0.24 0.25 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00