ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.011, 0.018, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.030, 0.051, 0.072, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.015, 0.047, 0.080, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C2' A 0, -0.026, 0.163, 0.351, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.163 std_dev=0.189
O4' A 0, -0.050, 0.153, 0.356, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.153 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.201, 0.433, 0.664, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.433 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.176, 0.421, 0.665, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.421 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.180, 0.454, 0.728, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.454 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.137, 0.415, 0.693, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.415 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.167, 0.450, 0.732, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.450 std_dev=0.282
C4' A 0, -0.030, 0.260, 0.550, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.260 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.144, 0.439, 0.735, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.439 std_dev=0.295
N6 B 0, 0.194, 0.577, 0.961, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.577 std_dev=0.383
O2' A 0, -0.055, 0.352, 0.759, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.352 std_dev=0.407
N7 B 0, 0.176, 0.639, 1.102, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.639 std_dev=0.463
N9 B 0, 0.143, 0.608, 1.073, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.608 std_dev=0.465
C3' A 0, -0.085, 0.408, 0.901, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.408 std_dev=0.493
C5' A 0, -0.015, 0.480, 0.976, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.480 std_dev=0.496
O5' A 0, 0.083, 0.620, 1.156, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.620 std_dev=0.536
C8 B 0, 0.152, 0.700, 1.249, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.700 std_dev=0.548
C1' B 0, 0.138, 0.748, 1.359, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.748 std_dev=0.611
C2' B 0, 0.148, 0.867, 1.585, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.867 std_dev=0.718
O4' B 0, 0.125, 0.883, 1.641, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.883 std_dev=0.758
O2' B 0, 0.141, 0.996, 1.851, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.996 std_dev=0.855
C3' B 0, 0.125, 1.031, 1.937, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.031 std_dev=0.906
C4' B 0, 0.103, 1.070, 2.037, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.070 std_dev=0.967
O3' A 0, -0.251, 0.762, 1.775, 3.351 max_d=3.351 avg_d=0.762 std_dev=1.013
P A 0, -0.237, 0.813, 1.862, 3.482 max_d=3.482 avg_d=0.813 std_dev=1.050
O3' B 0, 0.106, 1.196, 2.285, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.196 std_dev=1.090
C5' B 0, 0.105, 1.223, 2.340, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.223 std_dev=1.118
OP1 A 0, -0.091, 1.088, 2.267, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.088 std_dev=1.179
OP2 A 0, -0.171, 1.052, 2.275, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.052 std_dev=1.223
O5' B 0, 0.113, 1.390, 2.667, 3.623 max_d=3.623 avg_d=1.390 std_dev=1.277
P B 0, 0.239, 1.517, 2.794, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.517 std_dev=1.277
OP2 B 0, 0.197, 1.869, 3.540, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.869 std_dev=1.672
OP1 B 0, 0.077, 2.021, 3.965, 5.667 max_d=5.667 avg_d=2.021 std_dev=1.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.24 0.01 0.14 0.24 0.18 0.21
C2 0.01 0.00 0.10 0.21 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.17 0.04 0.19 0.42 0.30 0.31
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.18 0.08 0.03 0.09 0.05 0.17 0.01 0.02 0.02 0.32 0.40 0.39 0.44
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.31 0.01 0.33 0.02 0.29 0.20 0.26 0.32 0.18 0.02 0.01 0.03 0.08 0.11 0.17 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.05 0.20 0.48 0.43 0.28
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.05 0.08 0.04 0.24 0.04 0.01 0.01 0.12 0.17 0.02
C5 0.03 0.01 0.06 0.33 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.25 0.08 0.24 0.40 0.45 0.26
C5' 0.10 0.15 0.18 0.02 0.17 0.00 0.17 0.00 0.15 0.13 0.16 0.18 0.15 0.10 0.19 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.17 0.08 0.21 0.33 0.31 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.09 0.02 0.15 0.34 0.21 0.22
N3 0.01 0.00 0.09 0.26 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.19 0.03 0.19 0.48 0.37 0.32
N4 0.03 0.02 0.05 0.32 0.01 0.08 0.02 0.18 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.27 0.28 0.07 0.21 0.52 0.50 0.30
O2 0.03 0.01 0.17 0.18 0.01 0.04 0.02 0.15 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.28 0.07 0.23 0.42 0.34 0.37
O2' 0.01 0.27 0.01 0.02 0.25 0.24 0.18 0.10 0.12 0.14 0.29 0.27 0.34 0.00 0.08 0.15 0.26 0.30 0.39 0.42
O3' 0.24 0.17 0.02 0.01 0.23 0.04 0.25 0.19 0.17 0.09 0.19 0.28 0.28 0.08 0.00 0.20 0.19 0.27 0.37 0.20
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.07 0.07 0.15 0.20 0.00 0.19 0.17 0.15 0.15
O5' 0.14 0.19 0.32 0.08 0.20 0.01 0.24 0.01 0.21 0.15 0.19 0.21 0.23 0.26 0.19 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.42 0.40 0.11 0.48 0.12 0.40 0.14 0.33 0.34 0.48 0.52 0.42 0.30 0.27 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.30 0.39 0.17 0.43 0.17 0.45 0.15 0.31 0.21 0.37 0.50 0.34 0.39 0.37 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.31 0.44 0.07 0.28 0.02 0.26 0.01 0.20 0.22 0.32 0.30 0.37 0.42 0.20 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.22 0.47 0.46 0.24 0.45 0.18 0.40 0.19 0.40 0.24 0.22 0.23 0.27 0.38 0.49 0.45 0.46 0.52 0.63 0.93 0.48
C2 0.48 0.21 0.46 0.52 0.31 0.52 0.30 0.53 0.18 0.59 0.24 0.21 0.18 0.50 0.48 0.43 0.50 0.52 0.68 1.06 0.77 0.52
C2' 0.35 0.26 0.35 0.35 0.19 0.36 0.17 0.35 0.17 0.37 0.25 0.21 0.18 0.28 0.30 0.36 0.34 0.36 0.55 0.60 1.11 0.59
C3' 0.18 0.34 0.16 0.23 0.13 0.32 0.10 0.41 0.15 0.30 0.28 0.27 0.12 0.23 0.16 0.16 0.22 0.31 0.71 0.71 1.35 0.89
C4 0.36 0.16 0.35 0.39 0.29 0.37 0.37 0.39 0.23 0.51 0.14 0.16 0.28 0.53 0.39 0.33 0.38 0.38 0.55 1.10 0.52 0.42
C4' 0.13 0.33 0.11 0.16 0.22 0.26 0.25 0.34 0.28 0.27 0.32 0.28 0.29 0.28 0.18 0.17 0.15 0.27 0.52 0.58 0.99 0.70
C5 0.32 0.13 0.32 0.32 0.24 0.30 0.30 0.27 0.20 0.41 0.14 0.13 0.23 0.40 0.33 0.33 0.33 0.32 0.38 0.86 0.52 0.29
C5' 0.33 0.52 0.28 0.33 0.44 0.43 0.42 0.49 0.44 0.39 0.49 0.51 0.42 0.40 0.38 0.26 0.33 0.44 0.48 0.55 0.81 0.64
C6 0.34 0.17 0.35 0.34 0.22 0.32 0.21 0.28 0.11 0.38 0.18 0.15 0.10 0.32 0.33 0.36 0.35 0.34 0.36 0.72 0.62 0.31
N1 0.44 0.20 0.43 0.44 0.27 0.42 0.22 0.40 0.14 0.47 0.22 0.20 0.14 0.36 0.41 0.42 0.43 0.44 0.51 0.80 0.75 0.40
N3 0.44 0.19 0.42 0.49 0.32 0.48 0.37 0.52 0.19 0.60 0.21 0.19 0.17 0.58 0.46 0.37 0.47 0.48 0.69 1.20 0.64 0.54
N4 0.33 0.17 0.33 0.38 0.29 0.36 0.40 0.39 0.31 0.51 0.12 0.18 0.44 0.56 0.38 0.31 0.37 0.36 0.58 1.22 0.45 0.47
O2 0.55 0.22 0.53 0.60 0.32 0.62 0.29 0.66 0.22 0.63 0.28 0.23 0.27 0.49 0.51 0.50 0.59 0.62 0.82 1.14 0.94 0.63
O2' 0.50 0.26 0.51 0.51 0.23 0.57 0.26 0.55 0.32 0.41 0.32 0.23 0.42 0.35 0.36 0.60 0.54 0.56 0.61 0.58 1.17 0.60
O3' 0.50 0.26 0.44 0.64 0.38 0.75 0.46 0.92 0.34 0.76 0.25 0.26 0.38 0.69 0.54 0.30 0.60 0.73 1.31 1.31 2.01 1.56
O4' 0.29 0.23 0.33 0.26 0.13 0.25 0.19 0.21 0.25 0.19 0.25 0.20 0.30 0.22 0.16 0.42 0.28 0.25 0.31 0.42 0.78 0.44
O5' 0.35 0.62 0.40 0.37 0.41 0.39 0.31 0.39 0.38 0.21 0.52 0.59 0.31 0.19 0.31 0.46 0.41 0.38 0.29 0.29 0.75 0.44
OP1 0.89 0.67 1.01 1.00 0.71 0.95 0.58 0.92 0.49 0.66 0.52 0.80 0.41 0.58 0.75 1.11 1.07 0.87 0.80 0.62 0.81 0.76
OP2 0.64 0.75 0.73 0.75 0.49 0.79 0.37 0.77 0.48 0.33 0.67 0.69 0.45 0.24 0.46 0.88 0.85 0.72 0.61 0.50 0.93 0.69
P 0.59 0.74 0.70 0.67 0.53 0.64 0.38 0.61 0.43 0.33 0.60 0.73 0.35 0.26 0.47 0.81 0.75 0.59 0.43 0.29 0.72 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.32 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.21 0.02 0.28 0.68 0.46 0.15
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.09 0.12 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.28 0.21 0.06
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.25 0.26 0.27 0.12
C4 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.25 0.59 0.42 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.35 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.30 0.72 0.52 0.18
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.09 0.00 0.15 0.00 0.14 0.18 0.12 0.07 0.18 0.20 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.47 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.02 0.33 0.81 0.58 0.21
C8 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.24 0.53 0.47 0.20
N1 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.02 0.32 0.78 0.54 0.19
N3 0.02 0.00 0.12 0.15 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.19 0.02 0.24 0.58 0.39 0.12
N6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.17 0.03 0.35 0.90 0.65 0.25
N7 0.02 0.02 0.05 0.12 0.02 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.14 0.03 0.30 0.71 0.56 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.19 0.46 0.35 0.11
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.11 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.28 0.11 0.04
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.05 0.17 0.13 0.19 0.19 0.17 0.14 0.07 0.03 0.00 0.02 0.26 0.31 0.42 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.33 0.32 0.21
O5' 0.06 0.28 0.18 0.25 0.25 0.01 0.30 0.01 0.33 0.24 0.32 0.24 0.35 0.30 0.19 0.07 0.26 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.32 0.68 0.28 0.26 0.59 0.35 0.72 0.47 0.81 0.53 0.78 0.58 0.90 0.71 0.46 0.28 0.31 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.46 0.21 0.27 0.42 0.17 0.52 0.38 0.58 0.47 0.54 0.39 0.65 0.56 0.35 0.11 0.42 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.15 0.06 0.12 0.12 0.06 0.18 0.02 0.21 0.20 0.19 0.12 0.25 0.23 0.11 0.04 0.20 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00