ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49605

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 2, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.050 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.027, 0.051, 0.076, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.051 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.027, 0.080, 0.132, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.080 std_dev=0.053
C5 B 0, 0.225, 0.386, 0.547, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.386 std_dev=0.161
O4' A 0, 0.108, 0.287, 0.466, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.287 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.160, 0.342, 0.525, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.342 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.249, 0.445, 0.640, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.445 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.325, 0.524, 0.724, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.524 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.408, 0.645, 0.883, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.645 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.443, 0.715, 0.987, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.715 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.409, 0.691, 0.973, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.691 std_dev=0.282
N1 B 0, 0.357, 0.645, 0.934, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.645 std_dev=0.289
O2' A 0, 0.483, 0.774, 1.064, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.774 std_dev=0.291
C4' A 0, 0.183, 0.476, 0.769, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.476 std_dev=0.293
N9 B 0, 0.401, 0.721, 1.042, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.721 std_dev=0.321
N7 B 0, 0.318, 0.654, 0.991, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.654 std_dev=0.336
N6 B 0, 0.471, 0.824, 1.177, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.824 std_dev=0.353
C8 B 0, 0.410, 0.784, 1.159, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.784 std_dev=0.374
O5' A 0, 0.523, 0.975, 1.426, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.975 std_dev=0.452
O3' A 0, 1.099, 1.566, 2.032, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.566 std_dev=0.466
C1' B 0, 0.625, 1.093, 1.562, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.093 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.111, 0.581, 1.051, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.581 std_dev=0.470
O4' B 0, 0.797, 1.399, 2.001, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.399 std_dev=0.602
P B 0, 1.355, 2.049, 2.743, 2.987 max_d=2.987 avg_d=2.049 std_dev=0.694
OP1 A 0, 1.326, 2.075, 2.825, 3.449 max_d=3.449 avg_d=2.075 std_dev=0.749
P A 0, 0.478, 1.245, 2.011, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.245 std_dev=0.767
O5' B 0, 1.079, 1.898, 2.716, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.898 std_dev=0.818
C4' B 0, 1.067, 1.964, 2.862, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.964 std_dev=0.897
C3' B 0, 1.096, 2.039, 2.982, 3.369 max_d=3.369 avg_d=2.039 std_dev=0.943
C2' B 0, 0.850, 1.851, 2.853, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.851 std_dev=1.001
O3' B 0, 1.310, 2.317, 3.324, 3.666 max_d=3.666 avg_d=2.317 std_dev=1.007
OP2 A 0, 0.878, 1.936, 2.993, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.936 std_dev=1.057
OP1 B 0, 0.887, 1.945, 3.002, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.945 std_dev=1.057
C5' B 0, 1.239, 2.469, 3.700, 4.554 max_d=4.554 avg_d=2.469 std_dev=1.230
O2' B 0, 1.054, 2.359, 3.665, 5.121 max_d=5.121 avg_d=2.359 std_dev=1.305
OP2 B 0, 2.012, 3.464, 4.915, 5.677 max_d=5.677 avg_d=3.464 std_dev=1.451

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.25 0.01 0.26 0.25 0.46 0.28
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.24 0.05 0.32 0.38 0.56 0.35
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.15 0.05 0.08 0.08 0.18 0.01 0.06 0.03 0.56 0.37 0.79 0.52
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.21 0.01 0.23 0.02 0.21 0.12 0.18 0.23 0.15 0.04 0.01 0.01 0.39 0.34 0.61 0.35
C4 0.02 0.02 0.07 0.21 0.00 0.11 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.04 0.38 0.55 0.64 0.42
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.07 0.12 0.06 0.15 0.03 0.02 0.03 0.20 0.18 0.06
C5 0.03 0.03 0.12 0.23 0.02 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.28 0.15 0.07 0.40 0.58 0.66 0.44
C5' 0.05 0.08 0.16 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.16 0.09 0.12 0.20 0.06 0.05 0.15 0.03 0.01 0.19 0.08 0.05
C6 0.04 0.03 0.15 0.21 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.24 0.15 0.08 0.38 0.47 0.63 0.40
N1 0.01 0.02 0.05 0.12 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.16 0.02 0.33 0.36 0.55 0.35
N3 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.03 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.19 0.04 0.36 0.47 0.60 0.39
N4 0.03 0.02 0.08 0.23 0.01 0.12 0.03 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.30 0.14 0.05 0.39 0.61 0.65 0.44
O2 0.04 0.01 0.18 0.15 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.21 0.35 0.09 0.29 0.34 0.52 0.32
O2' 0.04 0.21 0.01 0.04 0.28 0.15 0.28 0.05 0.24 0.17 0.25 0.30 0.21 0.00 0.13 0.11 0.53 0.41 0.92 0.55
O3' 0.25 0.24 0.06 0.01 0.13 0.03 0.15 0.15 0.15 0.16 0.19 0.14 0.35 0.13 0.00 0.16 0.26 0.48 0.57 0.33
O4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.04 0.05 0.09 0.11 0.16 0.00 0.16 0.26 0.38 0.19
O5' 0.26 0.32 0.56 0.39 0.38 0.03 0.40 0.01 0.38 0.33 0.36 0.39 0.29 0.53 0.26 0.16 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.25 0.38 0.37 0.34 0.55 0.20 0.58 0.19 0.47 0.36 0.47 0.61 0.34 0.41 0.48 0.26 0.05 0.00 0.04 0.01
OP2 0.46 0.56 0.79 0.61 0.64 0.18 0.66 0.08 0.63 0.55 0.60 0.65 0.52 0.92 0.57 0.38 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.28 0.35 0.52 0.35 0.42 0.06 0.44 0.05 0.40 0.35 0.39 0.44 0.32 0.55 0.33 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.20 0.21 0.29 0.17 0.49 0.15 0.67 0.13 0.19 0.14 0.20 0.20 0.21 0.20 0.28 0.38 0.50 0.99 1.38 1.01 1.03
C2 0.33 0.15 0.31 0.39 0.18 0.60 0.10 0.77 0.12 0.20 0.14 0.20 0.17 0.15 0.24 0.37 0.54 0.60 1.04 1.35 1.03 1.04
C2' 0.26 0.23 0.21 0.32 0.17 0.57 0.16 0.81 0.15 0.21 0.18 0.21 0.20 0.24 0.20 0.27 0.45 0.55 1.07 1.47 1.06 1.10
C3' 0.23 0.20 0.18 0.25 0.16 0.47 0.18 0.67 0.16 0.21 0.14 0.19 0.22 0.25 0.18 0.28 0.36 0.47 0.97 1.46 1.06 1.06
C4 0.33 0.14 0.32 0.42 0.14 0.59 0.11 0.80 0.16 0.24 0.18 0.14 0.22 0.18 0.25 0.32 0.52 0.54 1.10 1.42 1.03 1.08
C4' 0.25 0.24 0.23 0.25 0.23 0.42 0.25 0.59 0.23 0.28 0.21 0.22 0.27 0.31 0.24 0.38 0.33 0.44 0.96 1.45 1.03 1.05
C5 0.28 0.15 0.28 0.35 0.15 0.50 0.12 0.73 0.17 0.23 0.18 0.14 0.25 0.18 0.22 0.28 0.42 0.46 1.08 1.47 0.99 1.09
C5' 0.29 0.27 0.29 0.26 0.27 0.43 0.29 0.59 0.28 0.33 0.27 0.24 0.33 0.36 0.29 0.47 0.32 0.45 0.98 1.55 1.07 1.12
C6 0.27 0.17 0.23 0.32 0.17 0.48 0.13 0.69 0.13 0.22 0.17 0.16 0.20 0.20 0.22 0.26 0.38 0.46 1.04 1.45 0.99 1.07
N1 0.28 0.18 0.23 0.32 0.17 0.52 0.12 0.71 0.10 0.20 0.14 0.19 0.16 0.17 0.22 0.27 0.42 0.52 1.03 1.40 1.01 1.05
N3 0.37 0.14 0.35 0.45 0.18 0.65 0.10 0.83 0.13 0.24 0.17 0.17 0.18 0.15 0.27 0.42 0.59 0.64 1.07 1.35 1.05 1.05
N4 0.35 0.16 0.40 0.50 0.13 0.63 0.17 0.87 0.20 0.29 0.20 0.13 0.25 0.24 0.25 0.38 0.58 0.54 1.15 1.43 1.05 1.10
O2 0.37 0.19 0.39 0.44 0.21 0.65 0.12 0.79 0.13 0.21 0.15 0.25 0.19 0.14 0.27 0.49 0.61 0.65 1.01 1.30 1.04 1.01
O2' 0.40 0.28 0.35 0.47 0.25 0.74 0.20 0.98 0.20 0.28 0.25 0.30 0.26 0.25 0.31 0.39 0.60 0.72 1.18 1.48 1.09 1.15
O3' 0.36 0.45 0.37 0.40 0.36 0.57 0.34 0.74 0.35 0.31 0.40 0.43 0.33 0.35 0.34 0.39 0.54 0.57 1.02 1.44 1.06 1.06
O4' 0.27 0.27 0.24 0.27 0.24 0.41 0.24 0.58 0.21 0.27 0.22 0.25 0.22 0.30 0.25 0.38 0.33 0.45 0.95 1.38 1.00 1.01
O5' 0.50 0.44 0.55 0.46 0.49 0.48 0.56 0.56 0.55 0.58 0.48 0.44 0.65 0.62 0.52 0.72 0.49 0.51 0.85 1.43 1.09 1.03
OP1 0.78 0.52 0.80 0.83 0.68 0.94 0.69 1.12 0.59 0.84 0.50 0.59 0.59 0.82 0.77 0.87 0.81 0.90 1.11 1.61 0.83 1.08
OP2 0.68 0.52 0.85 0.85 0.68 0.78 0.82 0.95 0.80 0.88 0.63 0.55 0.99 0.96 0.74 0.92 0.85 0.68 0.74 1.18 0.98 0.79
P 0.50 0.27 0.56 0.54 0.42 0.57 0.47 0.69 0.41 0.59 0.30 0.32 0.49 0.61 0.50 0.71 0.52 0.55 0.78 1.38 1.06 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.37 0.57 0.66 0.41
C2 0.04 0.00 0.35 0.22 0.05 0.14 0.02 0.25 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.32 0.27 0.28 0.61 0.94 0.93 0.69
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.26 0.13 0.26 0.25 0.35 0.11 0.17 0.06 0.01 0.04 0.03 0.64 0.69 0.64 0.62
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.22 0.01 0.31 0.05 0.31 0.32 0.27 0.18 0.34 0.36 0.21 0.04 0.01 0.02 0.40 0.36 0.54 0.39
C4 0.02 0.05 0.15 0.22 0.00 0.06 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.19 0.16 0.62 0.91 0.90 0.68
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.10 0.26 0.09 0.14 0.13 0.24 0.10 0.30 0.05 0.01 0.03 0.31 0.36 0.12
C5 0.01 0.02 0.07 0.31 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.35 0.16 0.09 0.75 1.08 1.05 0.86
C5' 0.12 0.25 0.26 0.05 0.19 0.01 0.21 0.00 0.22 0.28 0.23 0.24 0.25 0.29 0.15 0.10 0.25 0.05 0.02 0.39 0.37 0.02
C6 0.02 0.03 0.13 0.31 0.02 0.10 0.01 0.22 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.32 0.16 0.13 0.76 1.13 1.10 0.89
C8 0.02 0.06 0.26 0.32 0.01 0.26 0.04 0.28 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.54 0.23 0.21 0.75 1.00 1.00 0.83
N1 0.02 0.01 0.25 0.27 0.03 0.09 0.01 0.23 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.26 0.19 0.22 0.69 1.05 1.02 0.80
N3 0.04 0.00 0.35 0.18 0.01 0.14 0.04 0.24 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.03 0.33 0.29 0.28 0.55 0.84 0.86 0.61
N6 0.04 0.03 0.11 0.34 0.02 0.13 0.02 0.25 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.45 0.21 0.11 0.81 1.22 1.19 0.98
N7 0.02 0.02 0.17 0.36 0.01 0.24 0.01 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.54 0.24 0.15 0.82 1.15 1.14 0.96
N9 0.01 0.05 0.06 0.21 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.26 0.16 0.05 0.59 0.83 0.83 0.63
O2' 0.03 0.32 0.01 0.04 0.21 0.30 0.35 0.10 0.32 0.54 0.26 0.33 0.45 0.54 0.26 0.00 0.12 0.21 0.36 0.56 0.47 0.40
O3' 0.32 0.27 0.04 0.01 0.19 0.05 0.16 0.25 0.16 0.23 0.19 0.29 0.21 0.24 0.16 0.12 0.00 0.21 0.32 0.67 0.58 0.42
O4' 0.01 0.28 0.03 0.02 0.16 0.01 0.09 0.05 0.13 0.21 0.22 0.28 0.11 0.15 0.05 0.21 0.21 0.00 0.27 0.54 0.65 0.38
O5' 0.37 0.61 0.64 0.40 0.62 0.03 0.75 0.02 0.76 0.75 0.69 0.55 0.81 0.82 0.59 0.36 0.32 0.27 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.57 0.94 0.69 0.36 0.91 0.31 1.08 0.39 1.13 1.00 1.05 0.84 1.22 1.15 0.83 0.56 0.67 0.54 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.66 0.93 0.64 0.54 0.90 0.36 1.05 0.37 1.10 1.00 1.02 0.86 1.19 1.14 0.83 0.47 0.58 0.65 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.41 0.69 0.62 0.39 0.68 0.12 0.86 0.02 0.89 0.83 0.80 0.61 0.98 0.96 0.63 0.40 0.42 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00