ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49606

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 2, 4, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.023, 0.133, 0.244, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.133 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.017, 0.161, 0.305, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.161 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.072, 0.259, 0.446, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.259 std_dev=0.187
C3' A 0, 0.096, 0.300, 0.504, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.300 std_dev=0.204
O2' A 0, 0.067, 0.272, 0.477, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.272 std_dev=0.205
N9 B 0, 0.362, 0.637, 0.912, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.637 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.362, 0.640, 0.917, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.640 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.303, 0.587, 0.871, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.587 std_dev=0.284
O3' A 0, 0.171, 0.463, 0.754, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.463 std_dev=0.291
N3 B 0, 0.225, 0.528, 0.830, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.528 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.326, 0.628, 0.931, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.628 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.370, 0.692, 1.014, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.692 std_dev=0.322
N1 B 0, 0.407, 0.738, 1.068, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.738 std_dev=0.331
C8 B 0, 0.420, 0.751, 1.082, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.751 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.409, 0.759, 1.109, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.759 std_dev=0.350
C5' A 0, 0.099, 0.463, 0.827, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.463 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.401, 0.773, 1.146, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.773 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.370, 0.760, 1.149, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.760 std_dev=0.389
N6 B 0, 0.459, 0.890, 1.322, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.890 std_dev=0.431
P A 0, 0.413, 0.888, 1.364, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.888 std_dev=0.476
O4' B 0, 0.346, 0.853, 1.360, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.853 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.455, 0.979, 1.503, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.979 std_dev=0.524
O5' A 0, 0.404, 0.938, 1.472, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.938 std_dev=0.534
C3' B 0, 0.422, 0.961, 1.500, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.961 std_dev=0.539
OP2 A 0, 0.534, 1.110, 1.685, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.110 std_dev=0.576
O2' B 0, 0.148, 0.774, 1.399, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.774 std_dev=0.626
OP1 A 0, 0.355, 1.115, 1.876, 3.010 max_d=3.010 avg_d=1.115 std_dev=0.761
O3' B 0, 0.280, 1.148, 2.015, 3.958 max_d=3.958 avg_d=1.148 std_dev=0.868
C5' B 0, 0.219, 1.361, 2.502, 5.169 max_d=5.169 avg_d=1.361 std_dev=1.141
O5' B 0, 0.160, 1.411, 2.661, 5.604 max_d=5.604 avg_d=1.411 std_dev=1.251
P B 0, -0.150, 1.754, 3.659, 8.324 max_d=8.324 avg_d=1.754 std_dev=1.905
OP1 B 0, -0.229, 1.922, 4.072, 9.366 max_d=9.366 avg_d=1.922 std_dev=2.151
OP2 B 0, -0.302, 2.019, 4.339, 10.112 max_d=10.112 avg_d=2.019 std_dev=2.321

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.32 0.29 0.42 0.18
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.48 0.34 0.50 0.30
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.13 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.54 0.17
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.08 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.56 0.22
C4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.59 0.43 0.54 0.40
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.26 0.40 0.07
C5 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03 0.60 0.43 0.52 0.41
C5' 0.05 0.14 0.01 0.01 0.22 0.00 0.24 0.00 0.21 0.14 0.18 0.24 0.09 0.04 0.06 0.02 0.01 0.40 0.32 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.57 0.37 0.46 0.33
N1 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.47 0.33 0.46 0.27
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.54 0.39 0.53 0.36
N4 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.60 0.48 0.56 0.44
O2 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.13 0.05 0.43 0.31 0.49 0.27
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.03 0.15 0.00 0.03 0.05 0.06 0.13 0.54 0.17
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.01 0.14 0.06 0.13 0.05 0.10 0.13 0.13 0.03 0.00 0.02 0.31 0.24 0.62 0.36
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.32 0.41 0.30 0.21
O5' 0.32 0.48 0.13 0.09 0.59 0.01 0.60 0.01 0.57 0.47 0.54 0.60 0.43 0.06 0.31 0.32 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.29 0.34 0.14 0.14 0.43 0.26 0.43 0.40 0.37 0.33 0.39 0.48 0.31 0.13 0.24 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.50 0.54 0.56 0.54 0.40 0.52 0.32 0.46 0.46 0.53 0.56 0.49 0.54 0.62 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.30 0.17 0.22 0.40 0.07 0.41 0.01 0.33 0.27 0.36 0.44 0.27 0.17 0.36 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.17 0.36 0.35 0.15 0.26 0.17 0.27 0.18 0.27 0.17 0.18 0.25 0.25 0.24 0.32 0.50 0.46 0.47 1.04 0.47 0.58
C2 0.26 0.20 0.27 0.32 0.17 0.21 0.19 0.19 0.19 0.24 0.11 0.23 0.34 0.28 0.21 0.24 0.43 0.33 0.37 0.92 0.40 0.49
C2' 0.31 0.17 0.40 0.33 0.17 0.38 0.19 0.50 0.17 0.32 0.15 0.18 0.22 0.29 0.26 0.41 0.49 0.59 0.70 1.35 0.76 0.86
C3' 0.30 0.17 0.40 0.38 0.12 0.35 0.17 0.45 0.17 0.30 0.18 0.13 0.23 0.27 0.23 0.40 0.61 0.61 0.61 1.25 0.63 0.74
C4 0.28 0.18 0.25 0.41 0.20 0.22 0.25 0.28 0.30 0.25 0.20 0.23 0.44 0.30 0.23 0.23 0.56 0.29 0.20 0.73 0.36 0.35
C4' 0.31 0.23 0.39 0.42 0.15 0.28 0.20 0.31 0.23 0.27 0.25 0.17 0.27 0.24 0.22 0.34 0.67 0.54 0.42 0.99 0.40 0.51
C5 0.32 0.14 0.27 0.47 0.20 0.23 0.26 0.31 0.31 0.26 0.25 0.21 0.43 0.29 0.25 0.26 0.65 0.31 0.17 0.70 0.38 0.32
C5' 0.31 0.37 0.36 0.53 0.24 0.21 0.26 0.24 0.33 0.26 0.38 0.30 0.36 0.25 0.23 0.27 0.84 0.45 0.22 0.77 0.21 0.28
C6 0.33 0.10 0.30 0.47 0.18 0.22 0.23 0.25 0.28 0.26 0.22 0.17 0.38 0.28 0.25 0.27 0.65 0.36 0.21 0.76 0.30 0.32
N1 0.30 0.12 0.30 0.38 0.16 0.22 0.20 0.20 0.22 0.26 0.15 0.19 0.33 0.27 0.23 0.26 0.53 0.37 0.33 0.90 0.34 0.44
N3 0.26 0.20 0.24 0.34 0.19 0.20 0.22 0.21 0.24 0.24 0.13 0.24 0.41 0.29 0.21 0.22 0.46 0.29 0.28 0.82 0.35 0.41
N4 0.28 0.20 0.23 0.42 0.21 0.23 0.26 0.33 0.31 0.25 0.22 0.24 0.46 0.30 0.23 0.23 0.56 0.27 0.18 0.68 0.43 0.35
O2 0.23 0.26 0.27 0.25 0.17 0.22 0.15 0.24 0.13 0.23 0.18 0.25 0.27 0.26 0.19 0.27 0.33 0.33 0.50 1.05 0.56 0.65
O2' 0.31 0.22 0.45 0.32 0.24 0.49 0.27 0.71 0.24 0.39 0.22 0.23 0.26 0.36 0.30 0.53 0.41 0.65 0.91 1.59 1.05 1.12
O3' 0.29 0.17 0.41 0.32 0.14 0.44 0.18 0.64 0.16 0.33 0.17 0.13 0.21 0.29 0.24 0.47 0.57 0.69 0.77 1.48 0.88 0.97
O4' 0.31 0.21 0.32 0.41 0.16 0.20 0.22 0.19 0.26 0.26 0.26 0.15 0.30 0.25 0.23 0.25 0.59 0.44 0.32 0.86 0.30 0.41
O5' 0.28 0.45 0.33 0.56 0.22 0.15 0.23 0.18 0.34 0.22 0.44 0.34 0.36 0.21 0.20 0.16 0.87 0.42 0.18 0.77 0.32 0.29
OP1 0.34 0.54 0.73 1.09 0.37 0.67 0.35 0.79 0.41 0.30 0.51 0.47 0.41 0.30 0.31 0.55 1.48 0.40 0.60 0.55 0.86 0.61
OP2 0.45 0.36 0.34 0.60 0.39 0.23 0.43 0.30 0.41 0.51 0.37 0.35 0.46 0.51 0.44 0.25 0.95 0.48 0.30 0.83 0.51 0.43
P 0.22 0.33 0.40 0.74 0.12 0.29 0.16 0.41 0.25 0.20 0.34 0.22 0.30 0.19 0.13 0.22 1.09 0.28 0.20 0.56 0.52 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.43 0.13 0.17
C2 0.04 0.00 0.18 0.50 0.01 0.44 0.00 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.53 0.24 0.39 0.54 0.69 0.57
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.10 0.13 0.18 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.35 0.16 0.15
C3' 0.02 0.50 0.00 0.00 0.22 0.00 0.13 0.01 0.20 0.31 0.37 0.50 0.16 0.23 0.09 0.01 0.00 0.01 0.22 0.29 0.22 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.22 0.13 0.13 0.48 0.25 0.25
C4' 0.00 0.44 0.02 0.00 0.20 0.00 0.09 0.00 0.17 0.26 0.33 0.42 0.11 0.18 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.20 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.05 0.26 0.58 0.27 0.32
C5' 0.02 0.67 0.01 0.01 0.28 0.00 0.14 0.00 0.28 0.38 0.52 0.62 0.19 0.28 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.17 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.22 0.10 0.18 0.52 0.28 0.28
C8 0.01 0.01 0.10 0.31 0.00 0.26 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.31 0.14 0.63 0.86 0.66 0.68
N1 0.03 0.00 0.13 0.37 0.01 0.33 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.40 0.18 0.25 0.50 0.52 0.43
N3 0.04 0.00 0.18 0.50 0.00 0.42 0.00 0.62 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.50 0.24 0.36 0.50 0.59 0.50
N6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.19 0.07 0.26 0.57 0.29 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.26 0.08 0.57 0.84 0.61 0.64
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.25 0.56 0.25 0.29
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.14 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.28 0.15 0.08
O3' 0.01 0.53 0.01 0.00 0.22 0.01 0.14 0.02 0.22 0.31 0.40 0.50 0.19 0.26 0.08 0.04 0.00 0.01 0.20 0.23 0.34 0.19
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.14 0.18 0.24 0.07 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.36 0.14 0.16
O5' 0.10 0.39 0.17 0.22 0.13 0.01 0.26 0.01 0.18 0.63 0.25 0.36 0.26 0.57 0.25 0.07 0.20 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.43 0.54 0.35 0.29 0.48 0.20 0.58 0.17 0.52 0.86 0.50 0.50 0.57 0.84 0.56 0.28 0.23 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.69 0.16 0.22 0.25 0.07 0.27 0.05 0.28 0.66 0.52 0.59 0.29 0.61 0.25 0.15 0.34 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.57 0.15 0.16 0.25 0.04 0.32 0.01 0.28 0.68 0.43 0.50 0.33 0.64 0.29 0.08 0.19 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00