ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49607

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.062, 0.105, 0.149, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.105 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.046, 0.092, 0.137, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.092 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.062, 0.142, 0.221, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.142 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.068, 0.149, 0.230, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.149 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.069, 0.157, 0.246, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.157 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.131, 0.239, 0.347, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.239 std_dev=0.108
O5' A 0, 0.137, 0.265, 0.394, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.265 std_dev=0.129
P A 0, 0.134, 0.264, 0.395, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.264 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.081, 0.221, 0.362, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.221 std_dev=0.140
C1' B 0, 0.037, 0.235, 0.433, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.235 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.012, 0.210, 0.409, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.210 std_dev=0.198
N9 B 0, -0.002, 0.207, 0.416, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.207 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.003, 0.214, 0.424, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.214 std_dev=0.210
N7 B 0, 0.016, 0.241, 0.467, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.241 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.040, 0.266, 0.492, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.266 std_dev=0.226
C8 B 0, 0.001, 0.232, 0.463, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.232 std_dev=0.231
C6 B 0, -0.008, 0.241, 0.491, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.241 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.015, 0.290, 0.565, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.290 std_dev=0.275
N1 B 0, -0.014, 0.275, 0.563, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.275 std_dev=0.288
N6 B 0, -0.011, 0.281, 0.574, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.281 std_dev=0.293
O3' B 0, -0.011, 0.506, 1.023, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.506 std_dev=0.517
C3' B 0, -0.111, 0.542, 1.195, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.542 std_dev=0.653
O4' B 0, -0.289, 0.475, 1.239, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.475 std_dev=0.764
C2' B 0, -0.163, 0.607, 1.377, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.607 std_dev=0.770
C4' B 0, -0.246, 0.553, 1.352, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.553 std_dev=0.799
OP2 A 0, -0.206, 0.654, 1.514, 2.917 max_d=2.917 avg_d=0.654 std_dev=0.860
OP1 A 0, -0.266, 0.644, 1.553, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.644 std_dev=0.910
O2' B 0, -0.352, 0.890, 2.132, 3.942 max_d=3.942 avg_d=0.890 std_dev=1.242
C5' B 0, -0.671, 0.945, 2.561, 4.881 max_d=4.881 avg_d=0.945 std_dev=1.616
O5' B 0, -0.996, 1.123, 3.242, 6.182 max_d=6.182 avg_d=1.123 std_dev=2.119
P B 0, -1.337, 1.389, 4.115, 7.983 max_d=7.983 avg_d=1.389 std_dev=2.726
OP2 B 0, -1.600, 1.726, 5.052, 9.848 max_d=9.848 avg_d=1.726 std_dev=3.326
OP1 B 0, -1.681, 1.665, 5.012, 9.546 max_d=9.546 avg_d=1.665 std_dev=3.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.20 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.49 0.34 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.10 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.21 0.07 0.05
C4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.03 0.07 0.74 0.57 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.19 0.20 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03 0.07 0.76 0.55 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.29 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.58 0.37 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.43 0.26 0.08
N3 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.07 0.63 0.48 0.11
N4 0.02 0.03 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.11 0.03 0.08 0.83 0.68 0.12
O2 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.08 0.39 0.27 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.02 0.03 0.18 0.07 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.08 0.11 0.08 0.05 0.00 0.01 0.05 0.46 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.14 0.12 0.06
O5' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.49 0.07 0.21 0.74 0.19 0.76 0.29 0.58 0.43 0.63 0.83 0.39 0.18 0.46 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.34 0.10 0.07 0.57 0.20 0.55 0.35 0.37 0.26 0.48 0.68 0.27 0.07 0.11 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.04 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.04 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.13 0.12 0.22 0.16 0.61 0.11 1.00 0.09 0.14 0.10 0.18 0.12 0.11 0.18 0.42 0.17 0.64 1.49 2.09 1.33 1.60
C2 0.15 0.15 0.23 0.11 0.14 0.39 0.08 0.55 0.09 0.07 0.12 0.18 0.09 0.06 0.12 0.62 0.17 0.52 0.92 1.38 0.51 0.93
C2' 0.16 0.16 0.11 0.15 0.17 0.60 0.14 1.01 0.13 0.13 0.15 0.18 0.12 0.12 0.16 0.56 0.24 0.65 1.47 2.07 1.33 1.58
C3' 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.65 0.08 1.15 0.09 0.08 0.11 0.14 0.11 0.09 0.10 0.67 0.34 0.69 1.55 2.05 1.53 1.66
C4 0.10 0.17 0.46 0.23 0.09 0.31 0.10 0.36 0.14 0.10 0.15 0.16 0.15 0.12 0.05 0.95 0.24 0.51 0.52 0.74 0.11 0.47
C4' 0.11 0.09 0.10 0.23 0.10 0.72 0.07 1.30 0.08 0.07 0.08 0.12 0.14 0.09 0.11 0.48 0.27 0.69 1.75 2.31 1.86 1.91
C5 0.10 0.13 0.36 0.14 0.08 0.47 0.11 0.64 0.12 0.14 0.11 0.14 0.15 0.16 0.06 0.91 0.29 0.66 0.81 0.97 0.51 0.78
C5' 0.08 0.07 0.08 0.23 0.06 0.77 0.08 1.41 0.09 0.08 0.06 0.09 0.16 0.14 0.06 0.52 0.33 0.71 1.78 2.20 2.01 1.94
C6 0.12 0.10 0.18 0.10 0.08 0.58 0.07 0.88 0.08 0.09 0.07 0.13 0.13 0.13 0.07 0.69 0.26 0.71 1.17 1.45 0.94 1.18
N1 0.16 0.12 0.15 0.12 0.12 0.52 0.06 0.81 0.06 0.08 0.08 0.16 0.10 0.08 0.13 0.58 0.20 0.62 1.20 1.64 0.92 1.24
N3 0.12 0.18 0.38 0.19 0.10 0.29 0.08 0.35 0.13 0.04 0.16 0.18 0.14 0.07 0.06 0.78 0.19 0.46 0.60 0.95 0.12 0.57
N4 0.10 0.23 0.63 0.37 0.12 0.19 0.14 0.16 0.18 0.13 0.21 0.18 0.19 0.14 0.09 1.12 0.26 0.40 0.21 0.30 0.40 0.14
O2 0.17 0.17 0.19 0.11 0.16 0.37 0.13 0.53 0.12 0.11 0.14 0.19 0.09 0.11 0.14 0.52 0.15 0.47 0.94 1.52 0.52 0.98
O2' 0.21 0.20 0.14 0.24 0.22 0.63 0.20 1.07 0.19 0.21 0.19 0.23 0.17 0.20 0.22 0.40 0.17 0.65 1.60 2.36 1.52 1.78
O3' 0.09 0.13 0.13 0.11 0.11 0.66 0.10 1.19 0.11 0.08 0.13 0.14 0.12 0.09 0.10 0.70 0.38 0.69 1.59 2.14 1.64 1.73
O4' 0.17 0.08 0.17 0.29 0.11 0.70 0.07 1.21 0.09 0.09 0.08 0.13 0.17 0.09 0.14 0.35 0.17 0.68 1.71 2.28 1.71 1.85
O5' 0.06 0.06 0.11 0.14 0.03 0.72 0.08 1.30 0.07 0.14 0.04 0.08 0.13 0.17 0.05 0.68 0.42 0.72 1.55 1.78 1.70 1.63
OP1 0.86 0.79 0.77 1.02 0.74 1.66 0.53 2.17 0.50 0.50 0.64 0.87 0.33 0.37 0.74 0.20 0.52 1.60 2.19 2.13 2.42 2.23
OP2 0.40 0.39 0.51 0.31 0.36 0.48 0.33 1.20 0.34 0.31 0.37 0.39 0.32 0.30 0.35 1.20 0.94 0.44 1.29 1.40 1.70 1.43
P 0.08 0.10 0.10 0.14 0.07 0.79 0.08 1.39 0.07 0.15 0.07 0.12 0.12 0.17 0.08 0.69 0.44 0.76 1.50 1.58 1.78 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.34 0.55 0.15 0.41
C2 0.02 0.00 0.30 0.23 0.04 0.25 0.02 0.51 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.17 0.09 0.16 0.31 0.35 0.86 0.26
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.12 0.01 0.03 0.04 0.07 0.20 0.20 0.32 0.03 0.16 0.03 0.00 0.01 0.02 0.29 0.52 0.11 0.44
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.14 0.16 0.23 0.03 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.10 0.16
C4 0.02 0.04 0.12 0.09 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.07 0.35 0.82 0.15 0.37
C4' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.10 0.00 0.03 0.01 0.08 0.16 0.18 0.24 0.05 0.12 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.17 0.16 0.05
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.61 1.28 0.21 0.70
C5' 0.02 0.51 0.04 0.01 0.17 0.01 0.07 0.00 0.13 0.43 0.36 0.47 0.07 0.35 0.10 0.03 0.02 0.02 0.02 0.21 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.08 0.47 1.16 0.09 0.52
C8 0.02 0.04 0.20 0.14 0.01 0.16 0.02 0.43 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.07 1.07 1.67 0.87 1.22
N1 0.02 0.01 0.20 0.16 0.02 0.18 0.02 0.36 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.12 0.06 0.13 0.25 0.71 0.56 0.17
N3 0.03 0.01 0.32 0.23 0.01 0.24 0.02 0.47 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.17 0.08 0.14 0.30 0.31 0.75 0.22
N6 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.61 1.43 0.17 0.72
N7 0.01 0.02 0.16 0.11 0.02 0.12 0.00 0.35 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.10 0.04 1.01 1.78 0.79 1.19
N9 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.59 1.01 0.28 0.67
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.12 0.17 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.25 0.55 0.12 0.46
O3' 0.05 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.13 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.03 0.00 0.04 0.10 0.27 0.11 0.09
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.07 0.13 0.14 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.25 0.31 0.14 0.22
O5' 0.34 0.31 0.29 0.07 0.35 0.02 0.61 0.02 0.47 1.07 0.25 0.30 0.61 1.01 0.59 0.25 0.10 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.55 0.35 0.52 0.21 0.82 0.17 1.28 0.21 1.16 1.67 0.71 0.31 1.43 1.78 1.01 0.55 0.27 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.86 0.11 0.10 0.15 0.16 0.21 0.23 0.09 0.87 0.56 0.75 0.17 0.79 0.28 0.12 0.11 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.26 0.44 0.16 0.37 0.05 0.70 0.02 0.52 1.22 0.17 0.22 0.72 1.19 0.67 0.46 0.09 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00