ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49608

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 1, 2, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.005, 0.013, 0.032, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.013 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.027, 0.047, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.047 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.121, 0.279, 0.436, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.279 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.182, 0.391, 0.600, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.391 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.191, 0.406, 0.621, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.406 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.127, 0.344, 0.561, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.344 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.130, 0.355, 0.580, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.355 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.263, 0.489, 0.714, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.253, 0.483, 0.713, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.483 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.211, 0.451, 0.690, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.451 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.288, 0.530, 0.772, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.530 std_dev=0.242
C8 B 0, 0.280, 0.526, 0.772, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.526 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.268, 0.514, 0.761, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.514 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.309, 0.556, 0.802, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.556 std_dev=0.246
N6 B 0, 0.371, 0.657, 0.943, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.657 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.183, 0.480, 0.778, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.480 std_dev=0.298
C3' A 0, -0.008, 0.412, 0.832, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.412 std_dev=0.420
C4' A 0, -0.018, 0.424, 0.866, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.424 std_dev=0.442
C2' B 0, 0.078, 0.637, 1.195, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.637 std_dev=0.558
O3' A 0, 0.068, 0.646, 1.224, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.646 std_dev=0.578
O2' B 0, 0.208, 0.814, 1.419, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.814 std_dev=0.606
C5' A 0, -0.019, 0.716, 1.451, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.716 std_dev=0.735
O4' B 0, -0.193, 0.726, 1.645, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.726 std_dev=0.919
C3' B 0, -0.244, 0.813, 1.869, 4.360 max_d=4.360 avg_d=0.813 std_dev=1.057
C4' B 0, -0.257, 0.862, 1.981, 4.466 max_d=4.466 avg_d=0.862 std_dev=1.119
O3' B 0, -0.358, 0.932, 2.223, 5.305 max_d=5.305 avg_d=0.932 std_dev=1.290
O5' A 0, -0.413, 1.165, 2.742, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.165 std_dev=1.577
C5' B 0, -0.699, 1.234, 3.167, 7.417 max_d=7.417 avg_d=1.234 std_dev=1.933
OP2 A 0, -0.713, 1.466, 3.646, 7.017 max_d=7.017 avg_d=1.466 std_dev=2.179
P A 0, -0.788, 1.521, 3.831, 6.259 max_d=6.259 avg_d=1.521 std_dev=2.310
O5' B 0, -0.815, 1.664, 4.143, 8.098 max_d=8.098 avg_d=1.664 std_dev=2.479
OP1 A 0, -0.885, 1.862, 4.610, 7.136 max_d=7.136 avg_d=1.862 std_dev=2.747
P B 0, -1.173, 2.087, 5.347, 10.714 max_d=10.714 avg_d=2.087 std_dev=3.260
OP2 B 0, -1.306, 2.355, 6.015, 12.227 max_d=12.227 avg_d=2.355 std_dev=3.660
OP1 B 0, -1.270, 2.420, 6.109, 10.371 max_d=10.371 avg_d=2.420 std_dev=3.690

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.18 0.01 0.17 0.47 0.20 0.29
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.14 0.09 0.24 0.82 0.49 0.47
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.03 0.08 0.18 0.08 0.05 0.12 0.10 0.18 0.01 0.06 0.02 0.52 0.57 0.40 0.57
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.27 0.01 0.29 0.03 0.24 0.16 0.22 0.30 0.10 0.02 0.01 0.01 0.42 0.17 0.30 0.30
C4 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.23 0.05 0.48 1.40 0.87 0.88
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.21 0.08 0.07 0.16 0.10 0.17 0.04 0.01 0.02 0.23 0.10 0.09
C5 0.03 0.02 0.08 0.29 0.01 0.22 0.00 0.33 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.21 0.27 0.13 0.61 1.60 0.95 1.06
C5' 0.09 0.13 0.18 0.03 0.26 0.01 0.33 0.00 0.29 0.16 0.18 0.29 0.12 0.10 0.13 0.02 0.01 0.08 0.18 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.21 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.23 0.16 0.57 1.36 0.74 0.91
N1 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.08 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.02 0.32 0.88 0.47 0.55
N3 0.02 0.01 0.12 0.22 0.01 0.07 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.16 0.06 0.33 1.07 0.68 0.64
N4 0.03 0.02 0.10 0.30 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.19 0.26 0.06 0.52 1.55 0.99 0.98
O2 0.03 0.01 0.18 0.10 0.02 0.10 0.03 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.18 0.17 0.11 0.54 0.33 0.25
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.18 0.17 0.21 0.10 0.19 0.12 0.13 0.19 0.12 0.00 0.09 0.11 0.54 0.52 0.44 0.59
O3' 0.18 0.14 0.06 0.01 0.23 0.04 0.27 0.13 0.23 0.15 0.16 0.26 0.18 0.09 0.00 0.14 0.34 0.33 0.28 0.19
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.06 0.06 0.17 0.11 0.14 0.00 0.12 0.25 0.11 0.04
O5' 0.17 0.24 0.52 0.42 0.48 0.02 0.61 0.01 0.57 0.32 0.33 0.52 0.11 0.54 0.34 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.47 0.82 0.57 0.17 1.40 0.23 1.60 0.08 1.36 0.88 1.07 1.55 0.54 0.52 0.33 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.49 0.40 0.30 0.87 0.10 0.95 0.18 0.74 0.47 0.68 0.99 0.33 0.44 0.28 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.47 0.57 0.30 0.88 0.09 1.06 0.02 0.91 0.55 0.64 0.98 0.25 0.59 0.19 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.17 0.58 0.31 0.12 0.31 0.15 0.53 0.22 0.12 0.22 0.14 0.27 0.13 0.16 0.79 0.54 0.59 0.81 1.05 1.06 1.13
C2 0.33 0.14 0.50 0.30 0.14 0.34 0.07 0.48 0.18 0.22 0.21 0.13 0.27 0.09 0.25 0.65 0.42 0.49 0.87 0.75 1.37 1.07
C2' 0.30 0.17 0.52 0.22 0.11 0.45 0.13 0.77 0.20 0.13 0.20 0.17 0.28 0.15 0.15 0.81 0.47 0.70 1.10 1.57 1.47 1.57
C3' 0.48 0.14 0.31 0.08 0.19 0.72 0.15 1.03 0.18 0.23 0.18 0.20 0.25 0.16 0.29 0.59 0.28 0.96 1.47 2.07 1.78 1.98
C4 0.32 0.08 0.57 0.50 0.22 0.22 0.19 0.15 0.10 0.29 0.07 0.17 0.14 0.24 0.29 0.59 0.62 0.27 0.47 0.52 1.00 0.66
C4' 0.63 0.23 0.41 0.20 0.33 0.64 0.26 0.79 0.22 0.39 0.22 0.31 0.21 0.29 0.45 0.66 0.45 0.96 1.23 1.68 1.27 1.56
C5 0.29 0.11 0.65 0.63 0.21 0.19 0.17 0.14 0.11 0.24 0.09 0.19 0.13 0.19 0.26 0.64 0.78 0.20 0.23 0.77 0.57 0.57
C5' 0.69 0.24 0.56 0.37 0.35 0.49 0.25 0.54 0.19 0.40 0.20 0.35 0.18 0.28 0.48 0.81 0.64 0.83 1.11 1.86 1.14 1.49
C6 0.29 0.10 0.67 0.61 0.16 0.13 0.10 0.13 0.09 0.18 0.11 0.16 0.15 0.12 0.22 0.70 0.79 0.27 0.38 0.96 0.61 0.76
N1 0.32 0.12 0.61 0.41 0.13 0.21 0.06 0.31 0.15 0.17 0.18 0.14 0.22 0.07 0.22 0.73 0.59 0.44 0.61 0.82 0.94 0.90
N3 0.34 0.10 0.50 0.37 0.19 0.30 0.13 0.37 0.10 0.28 0.16 0.14 0.21 0.20 0.29 0.59 0.47 0.39 0.80 0.66 1.40 0.98
N4 0.31 0.10 0.55 0.52 0.25 0.25 0.25 0.20 0.17 0.32 0.08 0.17 0.18 0.30 0.30 0.55 0.62 0.24 0.47 0.42 1.06 0.60
O2 0.32 0.19 0.39 0.24 0.14 0.53 0.15 0.80 0.27 0.18 0.27 0.15 0.35 0.10 0.22 0.62 0.27 0.63 1.23 1.04 1.79 1.44
O2' 0.31 0.16 0.67 0.33 0.12 0.41 0.17 0.80 0.24 0.21 0.23 0.12 0.32 0.21 0.19 1.06 0.60 0.62 1.07 1.35 1.53 1.50
O3' 0.64 0.33 0.10 0.43 0.44 1.09 0.44 1.51 0.42 0.54 0.37 0.37 0.45 0.50 0.54 0.30 0.21 1.25 1.90 2.19 2.27 2.39
O4' 0.50 0.24 0.52 0.36 0.28 0.37 0.24 0.47 0.24 0.32 0.25 0.26 0.24 0.25 0.37 0.70 0.62 0.73 0.79 1.10 0.83 1.06
O5' 1.27 0.47 1.28 0.90 0.74 0.84 0.51 0.53 0.31 0.77 0.28 0.76 0.19 0.55 0.93 1.65 1.04 1.08 0.93 1.82 1.08 1.41
OP1 1.24 0.60 1.49 1.31 0.41 1.24 0.38 0.82 0.59 0.68 0.77 0.36 0.72 0.42 0.75 2.07 1.65 1.18 0.71 1.19 0.56 0.91
OP2 1.03 0.40 1.19 0.81 0.56 0.63 0.41 0.29 0.40 0.59 0.40 0.59 0.47 0.43 0.72 1.64 0.99 0.80 0.91 2.03 1.12 1.45
P 1.29 0.20 1.53 1.18 0.59 0.96 0.35 0.46 0.15 0.75 0.17 0.54 0.20 0.47 0.88 2.05 1.43 1.03 0.66 1.60 0.82 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.20 0.28 0.09
C2 0.03 0.00 0.32 0.58 0.01 0.44 0.03 0.66 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.59 0.25 0.40 0.58 0.35 0.34
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.02 0.16 0.14 0.25 0.32 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.32 0.22 0.18
C3' 0.01 0.58 0.00 0.00 0.25 0.00 0.12 0.03 0.24 0.34 0.44 0.56 0.17 0.23 0.08 0.02 0.01 0.01 0.34 0.49 0.13 0.25
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.24 0.12 0.29 0.11 0.58 0.17
C4' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.18 0.00 0.08 0.01 0.17 0.27 0.33 0.42 0.12 0.18 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.25 0.20 0.09
C5 0.02 0.03 0.09 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.06 0.54 0.33 1.03 0.52
C5' 0.01 0.66 0.02 0.03 0.25 0.01 0.13 0.00 0.26 0.42 0.51 0.60 0.19 0.31 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.26 0.35 0.01
C6 0.03 0.02 0.16 0.24 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.24 0.12 0.44 0.17 0.92 0.37
C8 0.02 0.02 0.14 0.34 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.30 0.14 0.99 0.84 1.41 0.99
N1 0.03 0.01 0.25 0.44 0.01 0.33 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.14 0.45 0.20 0.32 0.30 0.54 0.13
N3 0.03 0.00 0.32 0.56 0.01 0.42 0.02 0.60 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.15 0.55 0.24 0.35 0.55 0.28 0.32
N6 0.03 0.02 0.12 0.17 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.18 0.09 0.58 0.39 1.20 0.59
N7 0.01 0.03 0.08 0.23 0.02 0.18 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.10 0.22 0.08 0.93 0.83 1.54 1.00
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.48 0.26 0.74 0.41
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.11 0.14 0.15 0.11 0.10 0.05 0.00 0.04 0.08 0.11 0.29 0.07 0.05
O3' 0.02 0.59 0.01 0.01 0.24 0.02 0.13 0.03 0.24 0.30 0.45 0.55 0.18 0.22 0.06 0.04 0.00 0.02 0.24 0.56 0.20 0.21
O4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.12 0.14 0.20 0.24 0.09 0.08 0.02 0.08 0.02 0.00 0.04 0.24 0.07 0.08
O5' 0.18 0.40 0.27 0.34 0.29 0.01 0.54 0.01 0.44 0.99 0.32 0.35 0.58 0.93 0.48 0.11 0.24 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.58 0.32 0.49 0.11 0.25 0.33 0.26 0.17 0.84 0.30 0.55 0.39 0.83 0.26 0.29 0.56 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.35 0.22 0.13 0.58 0.20 1.03 0.35 0.92 1.41 0.54 0.28 1.20 1.54 0.74 0.07 0.20 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.34 0.18 0.25 0.17 0.09 0.52 0.01 0.37 0.99 0.13 0.32 0.59 1.00 0.41 0.05 0.21 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00