ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49609

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 3, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.025
O2 A 0, -0.001, 0.029, 0.059, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.014, 0.117, 0.220, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.117 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.012, 0.117, 0.221, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.117 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.039, 0.197, 0.355, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.197 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.033, 0.198, 0.364, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.198 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.026, 0.203, 0.381, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.203 std_dev=0.177
P A 0, 0.125, 0.358, 0.591, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.358 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.301, 0.547, 0.792, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.547 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.293, 0.541, 0.789, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.541 std_dev=0.248
N7 B 0, 0.292, 0.540, 0.788, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.540 std_dev=0.248
N9 B 0, 0.299, 0.548, 0.797, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.548 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.285, 0.536, 0.788, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.536 std_dev=0.251
O3' A 0, 0.047, 0.301, 0.555, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.301 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.291, 0.547, 0.804, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.547 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.281, 0.543, 0.804, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.543 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.293, 0.555, 0.817, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.555 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.288, 0.555, 0.823, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.555 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.300, 0.567, 0.835, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.567 std_dev=0.267
N6 B 0, 0.271, 0.556, 0.841, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.556 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.308, 0.595, 0.881, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.595 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.314, 0.604, 0.895, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.604 std_dev=0.291
P B 0, 0.254, 0.546, 0.839, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.546 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.284, 0.587, 0.891, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.587 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.342, 0.647, 0.952, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.647 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.302, 0.617, 0.932, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.617 std_dev=0.315
C5' A 0, 0.015, 0.336, 0.657, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.336 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.240, 0.574, 0.908, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.574 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.367, 0.723, 1.080, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.723 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.431, 0.788, 1.145, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.788 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.366, 0.725, 1.085, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.725 std_dev=0.360
O5' A 0, 0.022, 0.416, 0.809, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.416 std_dev=0.393
O3' B 0, 0.318, 0.720, 1.123, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.720 std_dev=0.402
OP2 A 0, 0.094, 0.512, 0.931, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.512 std_dev=0.419
OP1 A 0, 0.085, 0.618, 1.150, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.618 std_dev=0.532

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.23 0.27 0.27 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.32 0.28 0.26 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.42 0.22 0.11
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.12 0.07 0.10 0.10 0.12 0.02 0.03 0.02 0.09 0.43 0.25 0.14
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.12 0.06 0.36 0.34 0.26 0.25
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.06 0.11 0.06 0.07 0.05 0.01 0.03 0.28 0.30 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.14 0.09 0.36 0.31 0.27 0.24
C5' 0.05 0.13 0.02 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.24 0.14 0.18 0.25 0.09 0.07 0.09 0.03 0.02 0.22 0.33 0.07
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.02 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.13 0.09 0.34 0.23 0.29 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.31 0.25 0.27 0.16
N3 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.35 0.31 0.25 0.22
N4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.02 0.25 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.07 0.37 0.40 0.25 0.27
O2 0.04 0.01 0.12 0.12 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.14 0.04 0.30 0.30 0.25 0.17
O2' 0.03 0.11 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.11 0.08 0.17 0.00 0.08 0.05 0.07 0.40 0.25 0.08
O3' 0.05 0.11 0.05 0.03 0.12 0.05 0.14 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.08 0.00 0.06 0.24 0.49 0.27 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05 0.06 0.00 0.23 0.23 0.33 0.15
O5' 0.23 0.32 0.10 0.09 0.36 0.03 0.36 0.02 0.34 0.31 0.35 0.37 0.30 0.07 0.24 0.23 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.27 0.28 0.42 0.43 0.34 0.28 0.31 0.22 0.23 0.25 0.31 0.40 0.30 0.40 0.49 0.23 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.26 0.22 0.25 0.26 0.30 0.27 0.33 0.29 0.27 0.25 0.25 0.25 0.25 0.27 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.11 0.14 0.25 0.05 0.24 0.07 0.19 0.16 0.22 0.27 0.17 0.08 0.20 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.17 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.16 0.13 0.19 0.17 0.17 0.10 0.13 0.19 0.25 0.16 0.18 0.28 0.15 0.15
C2 0.14 0.15 0.15 0.14 0.11 0.14 0.09 0.15 0.10 0.17 0.16 0.13 0.11 0.15 0.14 0.16 0.20 0.14 0.19 0.31 0.17 0.18
C2' 0.14 0.18 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.17 0.12 0.20 0.15 0.19 0.11 0.11 0.17 0.23 0.14 0.17 0.26 0.14 0.13
C3' 0.17 0.19 0.16 0.17 0.12 0.16 0.13 0.14 0.17 0.15 0.21 0.15 0.20 0.12 0.13 0.20 0.24 0.17 0.25 0.17 0.14 0.13
C4 0.16 0.12 0.16 0.15 0.11 0.16 0.12 0.16 0.09 0.19 0.11 0.09 0.11 0.18 0.16 0.18 0.17 0.16 0.19 0.29 0.16 0.18
C4' 0.21 0.19 0.19 0.19 0.16 0.18 0.16 0.16 0.17 0.21 0.19 0.17 0.17 0.17 0.18 0.23 0.24 0.20 0.29 0.16 0.17 0.17
C5 0.13 0.15 0.14 0.13 0.05 0.14 0.08 0.15 0.09 0.17 0.14 0.09 0.11 0.15 0.12 0.18 0.18 0.14 0.18 0.27 0.15 0.16
C5' 0.38 0.32 0.36 0.33 0.33 0.32 0.31 0.28 0.30 0.36 0.31 0.33 0.28 0.32 0.36 0.40 0.33 0.36 0.41 0.19 0.30 0.28
C6 0.13 0.19 0.13 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.13 0.14 0.18 0.15 0.13 0.12 0.10 0.18 0.22 0.11 0.17 0.26 0.13 0.14
N1 0.14 0.18 0.14 0.13 0.11 0.13 0.08 0.14 0.13 0.14 0.18 0.15 0.13 0.11 0.12 0.18 0.23 0.13 0.18 0.28 0.14 0.15
N3 0.15 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.12 0.16 0.09 0.19 0.14 0.11 0.11 0.18 0.15 0.17 0.18 0.15 0.19 0.31 0.17 0.19
N4 0.18 0.10 0.19 0.18 0.15 0.18 0.15 0.18 0.12 0.20 0.09 0.12 0.14 0.19 0.18 0.21 0.16 0.18 0.20 0.30 0.17 0.19
O2 0.15 0.16 0.16 0.15 0.12 0.15 0.11 0.17 0.12 0.17 0.16 0.14 0.13 0.15 0.15 0.17 0.21 0.15 0.20 0.33 0.19 0.21
O2' 0.15 0.20 0.16 0.12 0.17 0.11 0.17 0.14 0.19 0.15 0.21 0.19 0.20 0.16 0.14 0.19 0.22 0.13 0.15 0.28 0.18 0.16
O3' 0.17 0.20 0.16 0.18 0.11 0.19 0.12 0.17 0.18 0.14 0.22 0.15 0.21 0.11 0.12 0.20 0.24 0.19 0.26 0.15 0.14 0.15
O4' 0.16 0.18 0.16 0.14 0.13 0.15 0.14 0.13 0.16 0.17 0.17 0.16 0.18 0.16 0.13 0.18 0.25 0.17 0.22 0.21 0.14 0.13
O5' 0.45 0.48 0.44 0.41 0.41 0.38 0.36 0.32 0.39 0.32 0.45 0.46 0.36 0.28 0.39 0.50 0.49 0.39 0.43 0.22 0.35 0.30
OP1 0.18 0.47 0.16 0.14 0.30 0.08 0.26 0.10 0.34 0.15 0.43 0.42 0.31 0.18 0.19 0.20 0.28 0.11 0.18 0.20 0.19 0.17
OP2 0.40 0.48 0.38 0.37 0.46 0.40 0.46 0.44 0.46 0.45 0.47 0.48 0.45 0.45 0.44 0.32 0.35 0.47 0.38 0.56 0.37 0.44
P 0.16 0.40 0.14 0.12 0.27 0.09 0.25 0.10 0.31 0.12 0.38 0.35 0.29 0.16 0.18 0.19 0.25 0.11 0.10 0.23 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.11 0.12 0.02
C2 0.04 0.00 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.06 0.07 0.08 0.18 0.14 0.05
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.09 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.12 0.14 0.08
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.16 0.05
C4 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.06 0.07 0.18 0.10 0.04
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.12 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.06 0.07 0.21 0.08 0.06
C5' 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.06 0.08 0.22 0.08 0.06
C8 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.06 0.07 0.21 0.07 0.08
N1 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.12 0.06 0.06 0.08 0.20 0.11 0.05
N3 0.04 0.00 0.09 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.15 0.07 0.07 0.07 0.16 0.14 0.04
N6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.07 0.09 0.23 0.08 0.08
N7 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.09 0.06 0.08 0.23 0.08 0.09
N9 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.05 0.06 0.17 0.09 0.04
O2' 0.05 0.15 0.00 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.08 0.09 0.12 0.15 0.07 0.08 0.06 0.00 0.04 0.04 0.10 0.15 0.15 0.11
O3' 0.10 0.06 0.03 0.01 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.04 0.00 0.10 0.04 0.04 0.19 0.06
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.10 0.00 0.12 0.07 0.14 0.07
O5' 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.04 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.18 0.12 0.05 0.18 0.07 0.21 0.07 0.22 0.21 0.20 0.16 0.23 0.23 0.17 0.15 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.14 0.14 0.16 0.10 0.12 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.14 0.08 0.08 0.09 0.15 0.19 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.11 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00