ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49610

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.018, 0.028, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.011, 0.041, 0.072, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.037, 0.081, 0.125, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.081 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.191, 0.325, 0.458, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.325 std_dev=0.133
C2' A 0, 0.242, 0.387, 0.533, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.387 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.207, 0.368, 0.529, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.368 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.102, 0.277, 0.452, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.277 std_dev=0.175
C4' A 0, 0.305, 0.511, 0.717, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.511 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.304, 0.541, 0.777, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.541 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.333, 0.595, 0.857, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.595 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.260, 0.523, 0.787, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.523 std_dev=0.264
N7 B 0, 0.318, 0.603, 0.887, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.603 std_dev=0.285
O5' A 0, 0.484, 0.811, 1.139, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.811 std_dev=0.327
C8 B 0, 0.355, 0.686, 1.018, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.686 std_dev=0.332
C3' A 0, 0.339, 0.678, 1.017, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.678 std_dev=0.339
P A 0, 0.418, 0.757, 1.097, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.757 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.454, 0.818, 1.181, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.818 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.260, 0.638, 1.015, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.638 std_dev=0.378
C5' A 0, 0.434, 0.848, 1.261, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.848 std_dev=0.413
N1 B 0, 0.419, 0.856, 1.292, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.856 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.388, 0.901, 1.413, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.901 std_dev=0.513
OP2 A 0, 0.182, 0.732, 1.283, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.732 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.649, 1.232, 1.815, 1.897 max_d=1.897 avg_d=1.232 std_dev=0.583
N6 B 0, 0.332, 0.922, 1.512, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.922 std_dev=0.590
C2' B 0, 0.411, 1.015, 1.619, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.015 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.777, 1.382, 1.987, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.382 std_dev=0.605
OP1 A 0, 0.477, 1.208, 1.938, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.208 std_dev=0.730
O3' A 0, 0.328, 1.062, 1.796, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.062 std_dev=0.734
O4' B 0, 0.278, 1.124, 1.971, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.124 std_dev=0.846
O2' B 0, 0.490, 1.493, 2.495, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.493 std_dev=1.003
C4' B 0, 0.554, 1.557, 2.561, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.557 std_dev=1.004
C5' B 0, 1.025, 2.321, 3.617, 3.977 max_d=3.977 avg_d=2.321 std_dev=1.296
O5' B 0, 1.102, 2.519, 3.937, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.519 std_dev=1.417
OP2 B 0, 2.380, 4.199, 6.017, 6.262 max_d=6.262 avg_d=4.199 std_dev=1.818
P B 0, 1.807, 3.723, 5.640, 5.845 max_d=5.845 avg_d=3.723 std_dev=1.916
OP1 B 0, 2.363, 4.557, 6.751, 6.970 max_d=6.970 avg_d=4.557 std_dev=2.194

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.20 0.00 0.09 0.23 0.37 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.11 0.03 0.11 0.33 0.52 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.16 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.38 0.11
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.28 0.00 0.32 0.01 0.29 0.17 0.20 0.30 0.07 0.02 0.01 0.01 0.26 0.12 0.13 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.28 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.19 0.04 0.15 0.40 0.58 0.20
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.22 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.32 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.26 0.05 0.16 0.40 0.55 0.20
C5' 0.07 0.10 0.16 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.16 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.29 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.20 0.04 0.14 0.36 0.49 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.03 0.10 0.31 0.47 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.20 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.10 0.03 0.13 0.37 0.57 0.18
N4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.24 0.05 0.16 0.42 0.61 0.22
O2 0.04 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.29 0.25 0.05 0.10 0.30 0.49 0.14
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.20 0.22 0.12 0.08 0.08 0.12 0.25 0.22 0.29 0.00 0.04 0.15 0.11 0.15 0.28 0.05
O3' 0.20 0.11 0.01 0.01 0.19 0.02 0.26 0.16 0.20 0.06 0.10 0.24 0.25 0.04 0.00 0.16 0.38 0.26 0.42 0.37
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.15 0.16 0.00 0.15 0.26 0.28 0.12
O5' 0.09 0.11 0.03 0.26 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.16 0.10 0.11 0.38 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.33 0.10 0.12 0.40 0.08 0.40 0.06 0.36 0.31 0.37 0.42 0.30 0.15 0.26 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.52 0.38 0.13 0.58 0.09 0.55 0.13 0.49 0.47 0.57 0.61 0.49 0.28 0.42 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.11 0.20 0.20 0.02 0.20 0.01 0.17 0.14 0.18 0.22 0.14 0.05 0.37 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.24 0.16 0.18 0.15 0.45 0.16 0.87 0.16 0.22 0.13 0.27 0.30 0.30 0.15 0.35 0.17 0.36 1.12 1.17 1.29 1.25
C2 0.23 0.37 0.15 0.13 0.19 0.24 0.17 0.54 0.10 0.32 0.24 0.34 0.28 0.39 0.20 0.23 0.11 0.22 0.69 1.04 0.72 0.69
C2' 0.23 0.27 0.15 0.27 0.15 0.58 0.16 1.08 0.18 0.22 0.17 0.29 0.32 0.31 0.13 0.40 0.25 0.43 1.39 1.56 1.77 1.70
C3' 0.25 0.41 0.15 0.48 0.15 0.89 0.20 1.45 0.29 0.29 0.35 0.36 0.40 0.35 0.11 0.39 0.47 0.70 1.81 2.20 2.29 2.27
C4 0.24 0.47 0.24 0.17 0.19 0.17 0.20 0.39 0.19 0.26 0.23 0.42 0.54 0.40 0.15 0.33 0.13 0.22 0.56 1.25 0.46 0.65
C4' 0.33 0.35 0.24 0.37 0.16 0.81 0.18 1.26 0.26 0.20 0.31 0.33 0.35 0.25 0.15 0.52 0.34 0.74 1.61 1.96 1.85 1.92
C5 0.29 0.36 0.31 0.18 0.15 0.26 0.25 0.47 0.36 0.21 0.16 0.39 0.67 0.38 0.14 0.43 0.15 0.34 0.65 1.22 0.60 0.75
C5' 0.57 0.50 0.60 0.40 0.28 0.75 0.20 1.07 0.35 0.17 0.45 0.48 0.43 0.15 0.29 0.93 0.35 0.80 1.34 1.94 1.63 1.70
C6 0.28 0.29 0.28 0.13 0.13 0.34 0.25 0.60 0.36 0.20 0.21 0.33 0.57 0.36 0.13 0.42 0.10 0.39 0.80 1.20 0.83 0.89
N1 0.24 0.30 0.19 0.11 0.17 0.32 0.20 0.65 0.20 0.25 0.14 0.32 0.39 0.36 0.16 0.32 0.08 0.30 0.84 1.09 0.92 0.90
N3 0.21 0.46 0.16 0.14 0.20 0.18 0.17 0.43 0.10 0.32 0.32 0.39 0.32 0.41 0.18 0.23 0.10 0.19 0.57 1.18 0.50 0.59
N4 0.24 0.53 0.27 0.23 0.21 0.13 0.18 0.33 0.16 0.26 0.30 0.46 0.52 0.39 0.15 0.36 0.18 0.20 0.51 1.35 0.34 0.66
O2 0.29 0.35 0.18 0.20 0.21 0.28 0.17 0.58 0.15 0.37 0.29 0.31 0.22 0.37 0.25 0.24 0.19 0.27 0.72 0.92 0.79 0.66
O2' 0.39 0.25 0.26 0.27 0.19 0.51 0.13 1.02 0.16 0.20 0.12 0.32 0.36 0.28 0.22 0.56 0.23 0.45 1.26 1.29 1.75 1.61
O3' 0.44 0.27 0.48 0.97 0.29 1.32 0.46 1.98 0.41 0.72 0.30 0.21 0.55 0.72 0.46 0.24 0.93 1.00 2.34 2.58 2.99 2.88
O4' 0.29 0.28 0.24 0.20 0.16 0.54 0.17 0.93 0.23 0.15 0.23 0.30 0.32 0.24 0.14 0.46 0.16 0.53 1.20 1.31 1.30 1.32
O5' 0.55 0.25 0.46 0.44 0.13 0.87 0.22 1.14 0.35 0.29 0.35 0.23 0.50 0.30 0.29 0.74 0.43 0.93 1.36 1.86 1.52 1.60
OP1 1.08 0.92 1.29 0.99 0.75 0.95 0.61 0.91 0.67 0.65 0.83 0.91 0.65 0.53 0.81 1.65 0.95 1.02 0.87 1.61 1.04 1.13
OP2 0.71 0.21 0.79 0.63 0.19 0.88 0.29 1.05 0.46 0.35 0.40 0.27 0.68 0.39 0.38 1.17 0.66 0.96 1.21 1.84 1.42 1.52
P 0.77 0.39 0.85 0.64 0.29 0.85 0.15 0.96 0.32 0.31 0.41 0.43 0.46 0.18 0.44 1.18 0.63 0.95 1.07 1.70 1.24 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.10 0.51 0.08 0.14
C2 0.06 0.00 0.33 0.42 0.01 0.17 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.39 0.17 0.39 0.97 0.27 0.51
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.16 0.01 0.05 0.07 0.11 0.21 0.23 0.34 0.07 0.14 0.03 0.01 0.05 0.01 0.15 0.36 0.20 0.18
C3' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.23 0.01 0.15 0.03 0.23 0.21 0.35 0.39 0.18 0.15 0.08 0.03 0.01 0.01 0.34 0.31 0.26 0.29
C4 0.03 0.01 0.16 0.23 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.16 0.09 0.24 0.84 0.21 0.34
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.14 0.14 0.16 0.07 0.10 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.24 0.27 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.15 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.08 0.05 0.22 0.94 0.33 0.33
C5' 0.06 0.23 0.07 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.15 0.24 0.20 0.21 0.16 0.20 0.10 0.05 0.14 0.01 0.01 0.25 0.39 0.03
C6 0.04 0.02 0.11 0.23 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.17 0.09 0.27 1.02 0.35 0.41
C8 0.02 0.02 0.21 0.21 0.01 0.14 0.02 0.24 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.19 0.22 0.11 0.28 0.75 0.39 0.28
N1 0.05 0.01 0.23 0.35 0.02 0.14 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.31 0.14 0.36 1.03 0.30 0.50
N3 0.06 0.01 0.34 0.39 0.01 0.16 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.18 0.35 0.17 0.35 0.87 0.22 0.44
N6 0.05 0.02 0.07 0.18 0.03 0.07 0.02 0.16 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.13 0.14 0.08 0.27 1.08 0.43 0.41
N7 0.02 0.02 0.14 0.15 0.02 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.18 0.16 0.06 0.25 0.90 0.48 0.31
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.02 0.02 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.04 0.02 0.15 0.69 0.18 0.21
O2' 0.04 0.19 0.01 0.03 0.08 0.10 0.10 0.05 0.11 0.19 0.14 0.18 0.13 0.18 0.08 0.00 0.13 0.05 0.17 0.31 0.21 0.17
O3' 0.13 0.39 0.05 0.01 0.16 0.03 0.08 0.14 0.17 0.22 0.31 0.35 0.14 0.16 0.04 0.13 0.00 0.13 0.41 0.39 0.39 0.36
O4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.11 0.14 0.17 0.08 0.06 0.02 0.05 0.13 0.00 0.18 0.48 0.23 0.18
O5' 0.10 0.39 0.15 0.34 0.24 0.03 0.22 0.01 0.27 0.28 0.36 0.35 0.27 0.25 0.15 0.17 0.41 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.97 0.36 0.31 0.84 0.24 0.94 0.25 1.02 0.75 1.03 0.87 1.08 0.90 0.69 0.31 0.39 0.48 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.27 0.20 0.26 0.21 0.27 0.33 0.39 0.35 0.39 0.30 0.22 0.43 0.48 0.18 0.21 0.39 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.51 0.18 0.29 0.34 0.03 0.33 0.03 0.41 0.28 0.50 0.44 0.41 0.31 0.21 0.17 0.36 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00