ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49611

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.016 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.034 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.272, 0.483, 0.694, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.483 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.280, 0.506, 0.731, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.506 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.329, 0.585, 0.840, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.585 std_dev=0.255
O5' A 0, 0.129, 0.385, 0.641, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.385 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.340, 0.597, 0.854, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.597 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.409, 0.674, 0.938, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.674 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.382, 0.653, 0.925, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.653 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.405, 0.693, 0.981, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.693 std_dev=0.288
P A 0, 0.481, 0.784, 1.086, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.784 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.396, 0.699, 1.002, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.699 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.425, 0.739, 1.053, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.739 std_dev=0.314
C8 B 0, 0.488, 0.808, 1.127, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.808 std_dev=0.320
C2 B 0, 0.437, 0.758, 1.079, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.758 std_dev=0.321
C1' B 0, 0.307, 0.631, 0.956, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.631 std_dev=0.325
C3' A 0, 0.509, 0.863, 1.217, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.863 std_dev=0.354
C4' A 0, 0.597, 0.958, 1.319, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.958 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.554, 0.926, 1.299, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.926 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.436, 0.815, 1.194, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.815 std_dev=0.379
N6 B 0, 0.557, 0.940, 1.323, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.940 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.650, 1.034, 1.418, 1.348 max_d=1.348 avg_d=1.034 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.642, 1.043, 1.444, 1.511 max_d=1.511 avg_d=1.043 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.648, 1.061, 1.474, 1.586 max_d=1.586 avg_d=1.061 std_dev=0.413
O3' A 0, 0.554, 0.983, 1.411, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.983 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.738, 1.185, 1.632, 1.542 max_d=1.542 avg_d=1.185 std_dev=0.447
O5' B 0, 0.734, 1.197, 1.661, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.197 std_dev=0.463
C5' B 0, 0.817, 1.309, 1.801, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.309 std_dev=0.492
OP2 A 0, 0.673, 1.177, 1.681, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.177 std_dev=0.504
P B 0, 0.760, 1.292, 1.824, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.292 std_dev=0.532
OP1 B 0, 0.763, 1.322, 1.881, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.322 std_dev=0.559
OP2 B 0, 0.747, 1.344, 1.940, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.344 std_dev=0.597
C5' A 0, 1.186, 1.888, 2.589, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.888 std_dev=0.702
O3' B 0, 1.145, 1.907, 2.668, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.907 std_dev=0.761
O2' B 0, 1.566, 2.460, 3.355, 3.001 max_d=3.001 avg_d=2.460 std_dev=0.894

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.08 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.12 0.14 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.07
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.14 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.05 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.12 0.15 0.10
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.12 0.13 0.10
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.09 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.11 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.11 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.12 0.15 0.11
N4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.12 0.16 0.11
O2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.02 0.04 0.12 0.14 0.11
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.09 0.07 0.16 0.02 0.00 0.01 0.11 0.13 0.09 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.09 0.09
O5' 0.02 0.03 0.06 0.10 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.11 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.08 0.13 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.14 0.04 0.05 0.15 0.07 0.13 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.14 0.05 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.07 0.08 0.10 0.04 0.10 0.00 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.06 0.09 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.28 0.18 0.14 0.18 0.15 0.19 0.14 0.23 0.21 0.29 0.22 0.24 0.21 0.17 0.22 0.14 0.17 0.11 0.27 0.10 0.13
C2 0.12 0.21 0.16 0.12 0.09 0.13 0.11 0.15 0.11 0.19 0.20 0.15 0.15 0.19 0.13 0.17 0.13 0.13 0.18 0.41 0.15 0.24
C2' 0.14 0.23 0.17 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.19 0.20 0.24 0.18 0.22 0.21 0.15 0.21 0.13 0.14 0.12 0.30 0.09 0.15
C3' 0.16 0.23 0.19 0.15 0.16 0.14 0.18 0.14 0.21 0.22 0.25 0.18 0.23 0.22 0.17 0.23 0.14 0.15 0.12 0.29 0.11 0.13
C4 0.14 0.21 0.20 0.15 0.10 0.14 0.12 0.16 0.14 0.21 0.19 0.15 0.15 0.19 0.14 0.20 0.14 0.13 0.22 0.45 0.17 0.28
C4' 0.20 0.28 0.21 0.17 0.23 0.18 0.25 0.17 0.29 0.25 0.31 0.24 0.32 0.26 0.22 0.27 0.18 0.20 0.14 0.22 0.16 0.12
C5 0.16 0.21 0.22 0.16 0.11 0.15 0.10 0.15 0.12 0.22 0.19 0.17 0.12 0.18 0.16 0.26 0.16 0.16 0.15 0.36 0.14 0.17
C5' 0.24 0.29 0.26 0.21 0.25 0.21 0.28 0.21 0.31 0.29 0.31 0.25 0.34 0.30 0.26 0.33 0.21 0.22 0.18 0.23 0.23 0.17
C6 0.16 0.23 0.20 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.17 0.23 0.23 0.19 0.16 0.21 0.17 0.25 0.15 0.16 0.12 0.28 0.15 0.12
N1 0.15 0.24 0.18 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.16 0.20 0.24 0.19 0.15 0.20 0.15 0.21 0.14 0.15 0.13 0.33 0.10 0.16
N3 0.12 0.21 0.16 0.13 0.09 0.13 0.14 0.16 0.16 0.20 0.21 0.13 0.19 0.21 0.13 0.16 0.12 0.12 0.22 0.46 0.21 0.30
N4 0.17 0.25 0.22 0.18 0.17 0.15 0.18 0.19 0.18 0.21 0.22 0.21 0.18 0.20 0.18 0.22 0.15 0.14 0.30 0.48 0.27 0.36
O2 0.12 0.21 0.14 0.12 0.11 0.13 0.13 0.15 0.14 0.19 0.20 0.15 0.19 0.20 0.13 0.15 0.13 0.13 0.18 0.42 0.18 0.26
O2' 0.15 0.25 0.17 0.13 0.17 0.13 0.18 0.13 0.21 0.21 0.26 0.20 0.24 0.22 0.17 0.22 0.14 0.15 0.11 0.28 0.09 0.14
O3' 0.16 0.21 0.19 0.15 0.15 0.14 0.17 0.13 0.20 0.22 0.24 0.17 0.23 0.22 0.17 0.23 0.14 0.15 0.12 0.29 0.11 0.14
O4' 0.20 0.31 0.20 0.16 0.24 0.18 0.26 0.16 0.31 0.24 0.34 0.27 0.33 0.25 0.22 0.25 0.17 0.21 0.12 0.20 0.15 0.10
O5' 0.30 0.35 0.31 0.26 0.33 0.26 0.36 0.24 0.39 0.37 0.38 0.32 0.42 0.39 0.32 0.38 0.27 0.29 0.22 0.18 0.27 0.18
OP1 0.17 0.27 0.21 0.13 0.22 0.14 0.27 0.17 0.32 0.23 0.31 0.22 0.37 0.27 0.19 0.34 0.13 0.16 0.16 0.18 0.31 0.18
OP2 0.20 0.28 0.23 0.15 0.24 0.17 0.29 0.19 0.32 0.28 0.32 0.24 0.37 0.30 0.23 0.33 0.15 0.18 0.17 0.15 0.32 0.18
P 0.21 0.28 0.25 0.17 0.25 0.18 0.29 0.19 0.32 0.28 0.32 0.24 0.37 0.31 0.24 0.35 0.18 0.19 0.17 0.14 0.30 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.09 0.04 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05 0.15 0.23 0.18 0.18
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.09 0.12
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.10 0.17 0.10 0.12
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.10 0.18 0.12 0.12
C5' 0.02 0.12 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06 0.10 0.11 0.08 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.12 0.21 0.15 0.15
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.02 0.09 0.15 0.11 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.14 0.24 0.17 0.17
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.06 0.13 0.20 0.15 0.15
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.11 0.21 0.16 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.02 0.09 0.17 0.13 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.13 0.07 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.11 0.02 0.05 0.06 0.10 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.17 0.06 0.12
O3' 0.08 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
O5' 0.05 0.15 0.11 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.14 0.13 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.23 0.14 0.05 0.17 0.01 0.18 0.01 0.21 0.15 0.24 0.20 0.21 0.17 0.13 0.17 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.18 0.09 0.03 0.10 0.03 0.12 0.03 0.15 0.11 0.17 0.15 0.16 0.13 0.07 0.06 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.12 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.15 0.12 0.17 0.15 0.15 0.12 0.08 0.12 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00