ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49612

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.025, 0.064, 0.103, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.064 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4 B 0, 0.259, 0.455, 0.652, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.455 std_dev=0.196
N9 B 0, 0.328, 0.558, 0.789, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.558 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.276, 0.540, 0.803, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.540 std_dev=0.264
C1' B 0, 0.445, 0.737, 1.028, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.737 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.217, 0.520, 0.823, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.520 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.348, 0.678, 1.009, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.678 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.311, 0.653, 0.996, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.653 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.306, 0.674, 1.042, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.674 std_dev=0.368
N7 B 0, 0.299, 0.669, 1.040, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.669 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.345, 0.729, 1.113, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.729 std_dev=0.384
O3' A 0, 0.443, 0.847, 1.251, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.847 std_dev=0.404
C3' A 0, 0.202, 0.681, 1.161, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.681 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.609, 1.124, 1.639, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.124 std_dev=0.515
N6 B 0, 0.354, 0.891, 1.428, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.891 std_dev=0.537
C2' A 0, 0.118, 0.699, 1.280, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.699 std_dev=0.581
O4' A 0, -0.070, 0.535, 1.140, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.535 std_dev=0.605
C2' B 0, 0.530, 1.191, 1.852, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.191 std_dev=0.661
C4' A 0, -0.080, 0.584, 1.247, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.584 std_dev=0.663
O2' B 0, 0.592, 1.344, 2.096, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.344 std_dev=0.752
C4' B 0, 0.747, 1.568, 2.389, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.568 std_dev=0.821
P A 0, 0.762, 1.584, 2.407, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.584 std_dev=0.823
O5' A 0, 0.313, 1.209, 2.106, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.209 std_dev=0.896
C3' B 0, 0.612, 1.569, 2.526, 3.067 max_d=3.067 avg_d=1.569 std_dev=0.957
O2' A 0, 0.167, 1.241, 2.315, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.241 std_dev=1.074
O5' B 0, 1.016, 2.123, 3.231, 4.023 max_d=4.023 avg_d=2.123 std_dev=1.108
P B 0, 1.050, 2.175, 3.300, 3.461 max_d=3.461 avg_d=2.175 std_dev=1.125
C5' A 0, -0.170, 1.007, 2.184, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.007 std_dev=1.177
C5' B 0, 0.841, 2.065, 3.288, 3.694 max_d=3.694 avg_d=2.065 std_dev=1.223
OP1 A 0, 1.467, 2.771, 4.076, 4.635 max_d=4.635 avg_d=2.771 std_dev=1.305
O3' B 0, 0.587, 1.912, 3.237, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.912 std_dev=1.325
OP2 B 0, 0.973, 2.335, 3.697, 4.603 max_d=4.603 avg_d=2.335 std_dev=1.362
OP1 B 0, 1.213, 2.772, 4.331, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.772 std_dev=1.559
OP2 A 0, 0.291, 1.852, 3.413, 4.891 max_d=4.891 avg_d=1.852 std_dev=1.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.02 0.26 0.01 0.30 0.38 0.78 0.28
C2 0.06 0.00 0.18 0.12 0.03 0.12 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.21 0.20 0.49 0.49 0.74 0.32
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.18 0.19 0.22 0.06 0.15 0.10 0.33 0.01 0.07 0.03 0.56 0.73 0.67 0.47
C3' 0.03 0.12 0.00 0.00 0.18 0.01 0.19 0.01 0.16 0.10 0.15 0.20 0.13 0.04 0.01 0.02 0.36 0.54 0.53 0.30
C4 0.04 0.03 0.09 0.18 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.06 0.58 0.64 0.71 0.39
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.16 0.04 0.10 0.07 0.27 0.21 0.04 0.01 0.02 0.22 0.63 0.15
C5 0.02 0.02 0.18 0.19 0.01 0.15 0.00 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 0.14 0.13 0.59 0.69 0.71 0.43
C5' 0.07 0.17 0.19 0.01 0.18 0.01 0.26 0.00 0.26 0.12 0.17 0.19 0.30 0.06 0.19 0.01 0.01 0.18 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.16 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.13 0.19 0.54 0.60 0.73 0.39
N1 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.16 0.03 0.46 0.49 0.75 0.31
N3 0.05 0.01 0.15 0.15 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.16 0.54 0.56 0.72 0.35
N4 0.05 0.03 0.10 0.20 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.15 0.07 0.60 0.68 0.69 0.41
O2 0.10 0.01 0.33 0.13 0.01 0.27 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.39 0.30 0.36 0.48 0.46 0.74 0.33
O2' 0.02 0.19 0.01 0.04 0.28 0.21 0.40 0.06 0.40 0.16 0.20 0.30 0.39 0.00 0.15 0.11 0.38 0.66 0.66 0.36
O3' 0.26 0.21 0.07 0.01 0.14 0.04 0.14 0.19 0.13 0.16 0.17 0.15 0.30 0.15 0.00 0.17 0.18 0.48 0.42 0.18
O4' 0.01 0.20 0.03 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.19 0.03 0.16 0.07 0.36 0.11 0.17 0.00 0.12 0.36 0.92 0.38
O5' 0.30 0.49 0.56 0.36 0.58 0.02 0.59 0.01 0.54 0.46 0.54 0.60 0.48 0.38 0.18 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.38 0.49 0.73 0.54 0.64 0.22 0.69 0.18 0.60 0.49 0.56 0.68 0.46 0.66 0.48 0.36 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.78 0.74 0.67 0.53 0.71 0.63 0.71 0.37 0.73 0.75 0.72 0.69 0.74 0.66 0.42 0.92 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.28 0.32 0.47 0.30 0.39 0.15 0.43 0.01 0.39 0.31 0.35 0.41 0.33 0.36 0.18 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.30 0.22 0.18 0.20 0.44 0.19 0.74 0.16 0.23 0.20 0.28 0.25 0.25 0.21 0.35 0.19 0.43 1.29 1.09 1.57 1.29
C2 0.22 0.30 0.20 0.19 0.16 0.52 0.09 0.85 0.13 0.10 0.18 0.30 0.22 0.13 0.15 0.37 0.26 0.52 1.26 0.96 1.34 1.14
C2' 0.23 0.36 0.15 0.28 0.18 0.55 0.15 0.91 0.17 0.15 0.21 0.35 0.36 0.24 0.14 0.33 0.32 0.50 1.44 1.25 1.69 1.45
C3' 0.24 0.26 0.15 0.26 0.16 0.54 0.17 0.85 0.17 0.23 0.18 0.25 0.34 0.27 0.19 0.28 0.29 0.51 1.39 1.27 1.75 1.47
C4 0.24 0.26 0.18 0.38 0.20 0.62 0.17 0.96 0.20 0.12 0.22 0.29 0.23 0.17 0.17 0.26 0.44 0.55 1.31 0.96 1.25 1.13
C4' 0.15 0.29 0.15 0.20 0.12 0.35 0.18 0.60 0.19 0.27 0.27 0.20 0.30 0.31 0.15 0.20 0.17 0.34 1.21 1.11 1.62 1.27
C5 0.22 0.28 0.17 0.38 0.19 0.55 0.14 0.87 0.21 0.09 0.25 0.28 0.24 0.12 0.16 0.22 0.43 0.45 1.37 1.13 1.51 1.32
C5' 0.23 0.47 0.27 0.34 0.28 0.30 0.33 0.50 0.42 0.37 0.52 0.34 0.51 0.41 0.27 0.23 0.33 0.25 1.12 1.17 1.58 1.23
C6 0.23 0.31 0.16 0.29 0.19 0.48 0.09 0.79 0.13 0.13 0.25 0.29 0.16 0.12 0.17 0.25 0.33 0.42 1.34 1.15 1.60 1.35
N1 0.21 0.31 0.17 0.21 0.18 0.48 0.10 0.80 0.09 0.14 0.21 0.29 0.18 0.16 0.17 0.31 0.24 0.46 1.31 1.07 1.52 1.27
N3 0.24 0.28 0.19 0.29 0.18 0.60 0.13 0.92 0.17 0.11 0.20 0.31 0.22 0.14 0.16 0.34 0.36 0.58 1.24 0.90 1.21 1.06
N4 0.26 0.23 0.23 0.53 0.23 0.75 0.24 1.09 0.24 0.23 0.22 0.26 0.26 0.26 0.22 0.23 0.59 0.64 1.29 0.89 1.06 1.01
O2 0.22 0.28 0.27 0.14 0.16 0.50 0.12 0.81 0.17 0.11 0.18 0.29 0.27 0.14 0.16 0.45 0.24 0.53 1.20 0.89 1.28 1.07
O2' 0.24 0.55 0.24 0.28 0.25 0.54 0.22 0.98 0.30 0.18 0.44 0.46 0.42 0.27 0.17 0.45 0.29 0.47 1.51 1.37 1.74 1.54
O3' 0.17 0.40 0.22 0.24 0.21 0.50 0.23 0.86 0.30 0.20 0.37 0.33 0.41 0.28 0.15 0.33 0.24 0.45 1.42 1.26 1.73 1.46
O4' 0.14 0.28 0.15 0.18 0.10 0.34 0.16 0.59 0.14 0.26 0.26 0.18 0.25 0.30 0.15 0.20 0.15 0.35 1.20 1.05 1.58 1.24
O5' 0.54 0.57 0.59 0.69 0.54 0.56 0.62 0.65 0.67 0.68 0.66 0.49 0.80 0.72 0.57 0.52 0.68 0.48 1.11 1.30 1.75 1.32
OP1 0.65 0.74 0.65 0.68 0.65 0.69 0.64 0.72 0.72 0.64 0.79 0.68 0.77 0.62 0.64 0.62 0.69 0.69 1.17 1.21 1.39 1.16
OP2 0.46 1.06 0.52 0.46 0.75 0.36 0.83 0.34 1.09 0.51 1.18 0.87 1.26 0.67 0.55 0.51 0.48 0.43 1.07 1.09 1.68 1.22
P 0.19 0.65 0.23 0.28 0.36 0.22 0.39 0.28 0.62 0.20 0.75 0.49 0.76 0.28 0.21 0.21 0.31 0.24 0.95 1.01 1.51 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.38 0.35 0.87 0.33
C2 0.03 0.00 0.35 0.26 0.02 0.16 0.03 0.38 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.38 0.28 0.30 0.94 0.74 1.15 0.80
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.08 0.04 0.16 0.20 0.27 0.34 0.11 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.39 0.45 0.66 0.29
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.18 0.01 0.17 0.03 0.20 0.21 0.25 0.24 0.19 0.19 0.12 0.04 0.02 0.01 0.36 0.54 0.49 0.30
C4 0.01 0.02 0.18 0.18 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.14 0.17 0.89 0.77 1.13 0.76
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.14 0.08 0.16 0.14 0.13 0.11 0.07 0.12 0.06 0.01 0.01 0.16 0.68 0.28
C5 0.01 0.03 0.08 0.17 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.16 0.10 1.06 1.03 1.44 1.04
C5' 0.05 0.38 0.04 0.03 0.27 0.01 0.28 0.00 0.34 0.15 0.39 0.33 0.33 0.22 0.16 0.10 0.03 0.02 0.01 0.26 0.37 0.03
C6 0.01 0.03 0.16 0.20 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.20 0.16 1.12 1.08 1.55 1.12
C8 0.01 0.02 0.20 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.24 0.13 0.92 1.03 1.30 0.93
N1 0.02 0.01 0.27 0.25 0.01 0.16 0.02 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.25 0.25 1.07 0.93 1.38 0.99
N3 0.03 0.00 0.34 0.24 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.24 0.29 0.82 0.63 1.00 0.65
N6 0.01 0.02 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.21 0.12 1.19 1.24 1.75 1.28
N7 0.01 0.03 0.11 0.19 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.23 0.05 1.07 1.21 1.57 1.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.04 0.76 0.70 1.03 0.63
O2' 0.01 0.38 0.00 0.04 0.18 0.12 0.11 0.10 0.18 0.18 0.29 0.36 0.15 0.12 0.05 0.00 0.10 0.10 0.09 0.40 0.77 0.47
O3' 0.07 0.28 0.03 0.02 0.14 0.06 0.16 0.03 0.20 0.24 0.25 0.24 0.21 0.23 0.09 0.10 0.00 0.08 0.29 0.64 0.47 0.46
O4' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.17 0.01 0.10 0.02 0.16 0.13 0.25 0.29 0.12 0.05 0.04 0.10 0.08 0.00 0.24 0.32 0.95 0.37
O5' 0.38 0.94 0.39 0.36 0.89 0.01 1.06 0.01 1.12 0.92 1.07 0.82 1.19 1.07 0.76 0.09 0.29 0.24 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.35 0.74 0.45 0.54 0.77 0.16 1.03 0.26 1.08 1.03 0.93 0.63 1.24 1.21 0.70 0.40 0.64 0.32 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.87 1.15 0.66 0.49 1.13 0.68 1.44 0.37 1.55 1.30 1.38 1.00 1.75 1.57 1.03 0.77 0.47 0.95 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.33 0.80 0.29 0.30 0.76 0.28 1.04 0.03 1.12 0.93 0.99 0.65 1.28 1.16 0.63 0.47 0.46 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00