ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49614

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.012, 0.054, 0.095, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.054 std_dev=0.041
C5 B 0, 0.093, 0.333, 0.572, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.333 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.098, 0.353, 0.609, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.353 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.150, 0.437, 0.724, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.437 std_dev=0.287
N1 B 0, 0.186, 0.525, 0.864, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.525 std_dev=0.339
N3 B 0, 0.127, 0.480, 0.833, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.480 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.174, 0.540, 0.907, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.540 std_dev=0.367
N9 B 0, -0.030, 0.404, 0.837, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.404 std_dev=0.433
N7 B 0, -0.053, 0.392, 0.838, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.392 std_dev=0.446
N6 B 0, 0.106, 0.583, 1.060, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.583 std_dev=0.477
C8 B 0, -0.104, 0.408, 0.920, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.408 std_dev=0.512
C1' B 0, -0.058, 0.580, 1.219, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.580 std_dev=0.639
C2' B 0, -0.027, 0.733, 1.493, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.733 std_dev=0.760
O4' B 0, -0.171, 0.661, 1.493, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.661 std_dev=0.832
O4' A 0, -0.349, 0.515, 1.379, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.515 std_dev=0.864
O2' B 0, 0.069, 0.948, 1.828, 2.915 max_d=2.915 avg_d=0.948 std_dev=0.879
C2' A 0, -0.424, 0.532, 1.488, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.532 std_dev=0.956
O2' A 0, -0.471, 0.628, 1.727, 3.304 max_d=3.304 avg_d=0.628 std_dev=1.099
OP1 B 0, -0.206, 0.901, 2.008, 3.491 max_d=3.491 avg_d=0.901 std_dev=1.107
C5' B 0, -0.249, 0.868, 1.985, 3.518 max_d=3.518 avg_d=0.868 std_dev=1.117
C4' B 0, -0.258, 0.869, 1.997, 3.553 max_d=3.553 avg_d=0.869 std_dev=1.127
O5' B 0, -0.348, 0.861, 2.071, 3.756 max_d=3.756 avg_d=0.861 std_dev=1.210
C4' A 0, -0.599, 0.734, 2.068, 3.980 max_d=3.980 avg_d=0.734 std_dev=1.333
C3' B 0, -0.373, 0.992, 2.358, 4.270 max_d=4.270 avg_d=0.992 std_dev=1.365
P B 0, -0.495, 0.944, 2.382, 4.399 max_d=4.399 avg_d=0.944 std_dev=1.439
C3' A 0, -0.690, 0.820, 2.330, 4.495 max_d=4.495 avg_d=0.820 std_dev=1.510
O3' B 0, -0.549, 1.307, 3.164, 5.777 max_d=5.777 avg_d=1.307 std_dev=1.856
O3' A 0, -0.957, 1.187, 3.331, 6.407 max_d=6.407 avg_d=1.187 std_dev=2.144
OP2 B 0, -0.948, 1.292, 3.531, 6.731 max_d=6.731 avg_d=1.292 std_dev=2.240
C5' A 0, -1.044, 1.252, 3.547, 6.840 max_d=6.840 avg_d=1.252 std_dev=2.295
O5' A 0, -1.385, 1.488, 4.361, 8.486 max_d=8.486 avg_d=1.488 std_dev=2.873
P A 0, -1.860, 1.974, 5.807, 11.316 max_d=11.316 avg_d=1.974 std_dev=3.833
OP1 A 0, -1.837, 2.156, 6.150, 11.896 max_d=11.896 avg_d=2.156 std_dev=3.994
OP2 A 0, -1.924, 2.187, 6.299, 12.207 max_d=12.207 avg_d=2.187 std_dev=4.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.31 0.25 0.13
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.24 0.02 0.29 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.11 0.27 0.81 0.99 0.19 0.78
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.14 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.21 0.04
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.37 0.02 0.39 0.10 0.06 0.20 0.39 0.01 0.01 0.02 0.05 0.22 0.18 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.19 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.18 0.05 0.17 0.30 0.86 0.19
C4' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.19 0.00 0.47 0.01 0.52 0.11 0.12 0.20 0.60 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.37 0.00 0.47 0.00 0.87 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.35 0.28 0.48 0.55 1.50 0.75
C5' 0.06 0.29 0.02 0.02 0.40 0.01 0.87 0.00 0.88 0.24 0.13 0.43 0.86 0.03 0.05 0.02 0.00 0.21 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.39 0.01 0.52 0.00 0.88 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.33 0.35 0.51 0.51 1.35 0.72
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.19 0.30 0.51 0.10
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.11 0.05 0.18 0.67 0.87 0.20 0.64
N4 0.02 0.02 0.05 0.20 0.00 0.20 0.01 0.43 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.21 0.05 0.18 0.32 0.95 0.23
O2 0.04 0.01 0.14 0.39 0.03 0.60 0.03 0.86 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.32 0.33 0.54 1.44 1.69 0.91 1.50
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.04 0.02 0.17 0.03 0.20 0.03 0.11 0.04 0.32 0.00 0.02 0.05 0.04 0.17 0.16 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.18 0.01 0.35 0.05 0.33 0.09 0.05 0.21 0.33 0.02 0.00 0.01 0.18 0.57 0.19 0.23
O4' 0.00 0.27 0.01 0.02 0.05 0.00 0.28 0.02 0.35 0.04 0.18 0.05 0.54 0.05 0.01 0.00 0.23 0.48 0.16 0.19
O5' 0.20 0.81 0.09 0.05 0.17 0.02 0.48 0.00 0.51 0.19 0.67 0.18 1.44 0.04 0.18 0.23 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.31 0.99 0.10 0.22 0.30 0.12 0.55 0.21 0.51 0.30 0.87 0.32 1.69 0.17 0.57 0.48 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.19 0.21 0.18 0.86 0.14 1.50 0.13 1.35 0.51 0.20 0.95 0.91 0.16 0.19 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.78 0.04 0.08 0.19 0.03 0.75 0.02 0.72 0.10 0.64 0.23 1.50 0.07 0.23 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.16 0.26 0.09 0.20 0.15 0.20 0.24 0.09 0.25 0.15 0.30 0.13 0.07 0.24 0.22 0.22 0.36 0.15 0.86 0.51
C2 0.20 0.26 0.20 0.34 0.11 0.22 0.08 0.23 0.19 0.24 0.27 0.18 0.20 0.15 0.16 0.14 0.25 0.20 0.40 0.11 1.10 0.55
C2' 0.90 0.28 0.94 1.09 0.50 1.03 0.36 1.11 0.19 0.72 0.18 0.44 0.09 0.47 0.73 0.99 1.05 0.98 1.29 0.73 1.63 1.41
C3' 0.55 0.13 0.66 0.83 0.37 0.67 0.44 0.94 0.29 0.78 0.15 0.20 0.31 0.68 0.56 0.62 0.74 0.56 1.39 1.08 2.07 1.78
C4 0.13 0.29 0.13 0.11 0.12 0.10 0.06 0.07 0.08 0.18 0.22 0.24 0.08 0.19 0.12 0.20 0.15 0.12 0.10 0.29 0.69 0.21
C4' 0.23 0.32 0.21 0.11 0.19 0.27 0.06 0.05 0.10 0.10 0.22 0.32 0.08 0.15 0.13 0.19 0.19 0.29 0.42 0.26 1.24 0.90
C5 0.19 0.23 0.19 0.19 0.17 0.26 0.13 0.24 0.12 0.19 0.18 0.23 0.11 0.17 0.18 0.23 0.34 0.25 0.13 0.44 0.40 0.07
C5' 0.84 0.66 0.81 0.74 0.55 0.96 0.22 0.59 0.19 0.18 0.42 0.76 0.11 0.07 0.55 0.87 0.89 0.97 0.06 0.20 1.19 0.73
C6 0.12 0.21 0.13 0.13 0.15 0.19 0.16 0.19 0.18 0.19 0.20 0.18 0.18 0.18 0.14 0.12 0.23 0.17 0.09 0.43 0.44 0.11
N1 0.14 0.23 0.12 0.19 0.10 0.10 0.12 0.09 0.20 0.12 0.24 0.17 0.23 0.11 0.07 0.13 0.10 0.12 0.24 0.24 0.80 0.38
N3 0.16 0.29 0.17 0.27 0.12 0.15 0.09 0.15 0.14 0.26 0.27 0.21 0.10 0.24 0.16 0.12 0.15 0.13 0.30 0.15 1.01 0.44
N4 0.16 0.31 0.16 0.11 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.19 0.18 0.28 0.22 0.24 0.13 0.30 0.23 0.17 0.06 0.30 0.65 0.16
O2 0.28 0.25 0.29 0.50 0.14 0.37 0.11 0.40 0.21 0.31 0.28 0.17 0.24 0.21 0.23 0.20 0.44 0.32 0.60 0.15 1.40 0.77
O2' 1.02 0.35 1.07 1.23 0.52 1.23 0.29 1.26 0.14 0.60 0.19 0.53 0.16 0.31 0.74 1.23 1.26 1.14 1.27 0.72 1.44 1.33
O3' 0.87 0.28 1.06 1.29 0.60 1.12 0.64 1.51 0.45 1.05 0.30 0.41 0.45 0.90 0.84 1.04 1.24 0.89 1.97 1.87 2.60 2.50
O4' 0.44 0.41 0.48 0.40 0.39 0.53 0.31 0.45 0.29 0.32 0.35 0.44 0.21 0.26 0.40 0.42 0.45 0.49 0.15 0.47 0.60 0.19
O5' 0.35 0.10 0.31 0.33 0.12 0.61 0.53 0.24 0.59 0.54 0.31 0.19 0.90 0.84 0.08 0.44 0.57 0.55 0.54 0.55 1.73 1.17
OP1 0.58 0.18 0.57 0.64 0.10 0.88 0.62 0.42 0.76 0.55 0.38 0.35 1.23 0.97 0.08 0.81 1.02 0.78 0.41 0.56 1.69 1.10
OP2 1.38 1.10 1.26 1.17 0.85 1.40 0.27 0.75 0.21 0.20 0.63 1.28 0.31 0.22 0.84 1.55 1.47 1.49 0.21 0.66 1.63 0.98
P 0.75 0.30 0.71 0.75 0.14 1.02 0.45 0.53 0.56 0.41 0.20 0.50 1.01 0.81 0.20 0.94 1.08 0.96 0.33 0.54 1.67 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.19 0.26 0.10 0.18
C2 0.01 0.00 0.13 0.14 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.07 0.18 0.42 0.19 0.20
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.14 0.07 0.03 0.11 0.13 0.06 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.34 0.28 0.43 0.39
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.16 0.00 0.22 0.02 0.22 0.23 0.18 0.11 0.25 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.25 0.09
C4 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.07 0.04 0.17 0.41 0.20 0.19
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04 0.18 0.04 0.00 0.02 0.04 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.03 0.14 0.48 0.35 0.18
C5' 0.09 0.11 0.14 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.05 0.15 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.16 0.04 0.14 0.50 0.39 0.19
C8 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.22 0.04 0.14 0.45 0.30 0.17
N1 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.10 0.06 0.16 0.47 0.31 0.20
N3 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.07 0.18 0.37 0.13 0.20
N6 0.01 0.01 0.06 0.25 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.21 0.04 0.13 0.54 0.49 0.18
N7 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.24 0.02 0.13 0.51 0.44 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.17 0.37 0.13 0.18
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.16 0.18 0.17 0.05 0.19 0.12 0.20 0.17 0.20 0.15 0.11 0.00 0.05 0.10 0.24 0.13 0.44 0.31
O3' 0.08 0.09 0.04 0.01 0.07 0.04 0.16 0.15 0.16 0.22 0.10 0.09 0.21 0.24 0.08 0.05 0.00 0.06 0.13 0.36 0.18 0.10
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.10 0.06 0.00 0.05 0.12 0.09 0.06
O5' 0.19 0.18 0.34 0.05 0.17 0.02 0.14 0.01 0.14 0.14 0.16 0.18 0.13 0.13 0.17 0.24 0.13 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.42 0.28 0.07 0.41 0.04 0.48 0.05 0.50 0.45 0.47 0.37 0.54 0.51 0.37 0.13 0.36 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.19 0.43 0.25 0.20 0.16 0.35 0.20 0.39 0.30 0.31 0.13 0.49 0.44 0.13 0.44 0.18 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.20 0.39 0.09 0.19 0.02 0.18 0.01 0.19 0.17 0.20 0.20 0.18 0.17 0.18 0.31 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00