ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49615

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.117, 0.349, 0.582, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.349 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.149, 0.384, 0.618, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.384 std_dev=0.235
O4' A 0, 0.100, 0.339, 0.578, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.339 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.218, 0.555, 0.893, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.555 std_dev=0.337
C4 B 0, 0.220, 0.557, 0.894, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.557 std_dev=0.337
C8 B 0, 0.215, 0.556, 0.898, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.556 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.207, 0.553, 0.899, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.553 std_dev=0.346
N3 B 0, 0.221, 0.567, 0.914, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.567 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.227, 0.581, 0.935, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.581 std_dev=0.354
N7 B 0, 0.198, 0.553, 0.908, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.553 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.219, 0.578, 0.937, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.578 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.260, 0.626, 0.991, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.626 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.212, 0.586, 0.959, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.586 std_dev=0.373
C4' A 0, 0.167, 0.548, 0.929, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.548 std_dev=0.381
C3' A 0, 0.183, 0.566, 0.948, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.566 std_dev=0.383
P B 0, 0.210, 0.615, 1.020, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.615 std_dev=0.405
OP2 B 0, 0.231, 0.649, 1.066, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.649 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.204, 0.624, 1.044, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.624 std_dev=0.420
C1' B 0, 0.235, 0.660, 1.085, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.660 std_dev=0.425
OP2 A 0, 0.245, 0.672, 1.099, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.672 std_dev=0.427
N6 B 0, 0.223, 0.657, 1.091, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.657 std_dev=0.434
OP1 B 0, 0.270, 0.722, 1.175, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.722 std_dev=0.453
O2' B 0, 0.242, 0.724, 1.206, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.724 std_dev=0.482
O3' A 0, 0.266, 0.776, 1.287, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.776 std_dev=0.511
P A 0, 0.223, 0.741, 1.258, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.741 std_dev=0.517
O4' B 0, 0.205, 0.798, 1.391, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.798 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.102, 0.717, 1.333, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.717 std_dev=0.615
OP1 A 0, 0.339, 0.977, 1.614, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.977 std_dev=0.638
C5' A 0, 0.267, 0.946, 1.625, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.946 std_dev=0.679
O5' A 0, 0.197, 0.912, 1.626, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.912 std_dev=0.715
C4' B 0, 0.090, 0.827, 1.563, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.827 std_dev=0.737
O3' B 0, 0.157, 0.904, 1.652, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.904 std_dev=0.747
C5' B 0, 0.001, 0.974, 1.946, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.974 std_dev=0.973

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.35 0.10
C2 0.03 0.00 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.02 0.25 0.12 0.37 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01 0.19 0.21 0.21 0.08
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.09 0.06 0.16 0.13 0.21 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.14 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.06 0.34 0.23 0.39 0.23
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.06 0.12 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.32 0.07
C5 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.39 0.26 0.39 0.26
C5' 0.03 0.19 0.02 0.01 0.28 0.01 0.27 0.00 0.20 0.14 0.25 0.31 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.06 0.37 0.20 0.37 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.27 0.13 0.36 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.17 0.04 0.29 0.17 0.38 0.18
N4 0.02 0.01 0.03 0.13 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.36 0.27 0.39 0.27
O2 0.05 0.00 0.15 0.21 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.23 0.05 0.21 0.11 0.36 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.04 0.04 0.14 0.26 0.07
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.09 0.06 0.17 0.13 0.23 0.02 0.00 0.01 0.26 0.35 0.10 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.15 0.11 0.41 0.15
O5' 0.17 0.25 0.19 0.26 0.34 0.01 0.39 0.01 0.37 0.27 0.29 0.36 0.21 0.04 0.26 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.12 0.21 0.29 0.23 0.14 0.26 0.19 0.20 0.13 0.17 0.27 0.11 0.14 0.35 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.37 0.21 0.14 0.39 0.32 0.39 0.33 0.37 0.36 0.38 0.39 0.36 0.26 0.10 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.08 0.15 0.23 0.07 0.26 0.01 0.19 0.12 0.18 0.27 0.11 0.07 0.19 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.07 0.14 0.18 0.15 0.27 0.19 0.45 0.15 0.24 0.08 0.09 0.17 0.26 0.18 0.18 0.17 0.23 0.25 0.12 0.41 0.10
C2 0.15 0.12 0.16 0.04 0.19 0.16 0.26 0.31 0.26 0.25 0.17 0.13 0.28 0.29 0.20 0.17 0.06 0.21 0.27 0.06 0.45 0.12
C2' 0.17 0.08 0.20 0.21 0.15 0.30 0.17 0.50 0.15 0.22 0.10 0.10 0.16 0.22 0.18 0.26 0.19 0.25 0.30 0.17 0.38 0.12
C3' 0.28 0.07 0.34 0.27 0.19 0.34 0.21 0.57 0.15 0.32 0.09 0.12 0.16 0.28 0.26 0.43 0.26 0.29 0.30 0.17 0.37 0.11
C4 0.15 0.22 0.19 0.18 0.22 0.11 0.26 0.23 0.28 0.22 0.26 0.19 0.27 0.25 0.19 0.17 0.27 0.24 0.24 0.14 0.47 0.19
C4' 0.29 0.07 0.34 0.25 0.21 0.30 0.25 0.54 0.17 0.39 0.08 0.12 0.19 0.36 0.30 0.43 0.26 0.23 0.17 0.09 0.44 0.08
C5 0.15 0.22 0.19 0.17 0.23 0.15 0.25 0.32 0.25 0.21 0.23 0.22 0.23 0.24 0.20 0.17 0.28 0.29 0.26 0.08 0.44 0.14
C5' 0.39 0.05 0.51 0.29 0.23 0.30 0.25 0.57 0.14 0.45 0.04 0.11 0.16 0.39 0.36 0.64 0.29 0.25 0.13 0.10 0.51 0.14
C6 0.17 0.17 0.16 0.04 0.23 0.23 0.25 0.42 0.22 0.24 0.18 0.19 0.20 0.25 0.22 0.17 0.12 0.31 0.28 0.08 0.40 0.09
N1 0.16 0.10 0.15 0.08 0.19 0.23 0.25 0.40 0.21 0.25 0.13 0.13 0.21 0.28 0.20 0.18 0.05 0.25 0.28 0.09 0.42 0.10
N3 0.15 0.18 0.18 0.11 0.21 0.11 0.27 0.24 0.29 0.23 0.24 0.17 0.31 0.27 0.19 0.17 0.17 0.21 0.25 0.11 0.47 0.17
N4 0.16 0.24 0.21 0.25 0.21 0.12 0.24 0.19 0.27 0.20 0.28 0.21 0.27 0.23 0.19 0.18 0.36 0.23 0.21 0.24 0.49 0.26
O2 0.16 0.11 0.16 0.08 0.18 0.17 0.25 0.31 0.24 0.25 0.16 0.12 0.29 0.29 0.19 0.18 0.08 0.19 0.28 0.06 0.45 0.12
O2' 0.12 0.09 0.11 0.25 0.12 0.30 0.15 0.49 0.13 0.17 0.10 0.09 0.16 0.19 0.13 0.17 0.27 0.21 0.24 0.14 0.40 0.10
O3' 0.28 0.07 0.34 0.28 0.18 0.35 0.19 0.60 0.14 0.31 0.09 0.11 0.15 0.27 0.25 0.46 0.29 0.28 0.30 0.19 0.35 0.11
O4' 0.23 0.10 0.23 0.22 0.21 0.29 0.25 0.48 0.18 0.35 0.11 0.13 0.19 0.33 0.27 0.28 0.23 0.23 0.21 0.14 0.41 0.09
O5' 0.43 0.44 0.51 0.18 0.44 0.13 0.40 0.31 0.38 0.37 0.41 0.46 0.34 0.36 0.43 0.55 0.02 0.24 0.44 0.32 0.46 0.36
OP1 0.24 0.23 0.37 0.04 0.21 0.18 0.19 0.49 0.17 0.23 0.19 0.24 0.15 0.21 0.23 0.52 0.01 0.05 0.31 0.18 0.46 0.24
OP2 0.27 0.31 0.08 0.23 0.30 0.56 0.30 0.88 0.31 0.28 0.32 0.30 0.31 0.29 0.29 0.04 0.01 0.51 0.03 0.22 0.34 0.02
P 0.09 0.19 0.24 0.02 0.12 0.22 0.08 0.47 0.10 0.04 0.16 0.18 0.07 0.04 0.08 0.31 0.01 0.11 0.29 0.16 0.42 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.26 0.17 0.14
C2 0.04 0.00 0.16 0.25 0.02 0.16 0.02 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.27 0.04 0.27 0.06 0.23 0.04
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.19 0.33 0.17
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.07 0.15 0.17 0.24 0.02 0.11 0.03 0.01 0.01 0.01 0.37 0.25 0.48 0.33
C4 0.01 0.02 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.27 0.17 0.21 0.07
C4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.11 0.16 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.20 0.05
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.28 0.17 0.23 0.06
C5' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.08 0.16 0.21 0.06 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.31 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.29 0.11 0.25 0.04
C8 0.01 0.02 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.17 0.01 0.24 0.24 0.20 0.11
N1 0.03 0.00 0.12 0.17 0.02 0.11 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.19 0.04 0.28 0.07 0.26 0.05
N3 0.03 0.01 0.16 0.24 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.26 0.04 0.27 0.12 0.20 0.04
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.29 0.11 0.28 0.04
N7 0.02 0.02 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.27 0.21 0.22 0.08
N9 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.24 0.23 0.19 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.17 0.24 0.09
O3' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.07 0.17 0.19 0.26 0.03 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.60 0.43 0.62 0.52
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.33 0.40 0.25 0.28
O5' 0.18 0.27 0.17 0.37 0.27 0.01 0.28 0.00 0.29 0.24 0.28 0.27 0.29 0.27 0.24 0.12 0.60 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.26 0.06 0.19 0.25 0.17 0.25 0.17 0.31 0.11 0.24 0.07 0.12 0.11 0.21 0.23 0.17 0.43 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.23 0.33 0.48 0.21 0.20 0.23 0.26 0.25 0.20 0.26 0.20 0.28 0.22 0.19 0.24 0.62 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.04 0.17 0.33 0.07 0.05 0.06 0.01 0.04 0.11 0.05 0.04 0.04 0.08 0.11 0.09 0.52 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00