ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49616

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.048 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.040, 0.079, 0.119, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.079 std_dev=0.040
C4' A 0, 0.068, 0.201, 0.334, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.201 std_dev=0.133
C2' A 0, 0.090, 0.228, 0.366, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.228 std_dev=0.138
O4' A 0, 0.082, 0.224, 0.365, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.224 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.082, 0.263, 0.443, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.037, 0.221, 0.406, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.221 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.215, 0.428, 0.641, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.428 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.237, 0.456, 0.676, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.456 std_dev=0.220
O3' B 0, 0.176, 0.397, 0.618, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.397 std_dev=0.221
O2' A 0, 0.220, 0.456, 0.691, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.456 std_dev=0.235
P A 0, 0.268, 0.507, 0.745, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.507 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.198, 0.437, 0.676, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.437 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.261, 0.518, 0.774, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.518 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.139, 0.396, 0.653, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.396 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.308, 0.565, 0.822, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.565 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.313, 0.590, 0.868, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.590 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.257, 0.536, 0.815, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.536 std_dev=0.279
C4 B 0, 0.323, 0.617, 0.910, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.617 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.318, 0.615, 0.912, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.615 std_dev=0.297
C5' A 0, 0.173, 0.470, 0.768, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.470 std_dev=0.297
C5' B 0, 0.285, 0.589, 0.894, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.589 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.340, 0.649, 0.957, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.649 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.338, 0.675, 1.012, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.675 std_dev=0.337
N7 B 0, 0.351, 0.689, 1.026, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.689 std_dev=0.338
P B 0, 0.231, 0.573, 0.915, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.573 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.314, 0.672, 1.030, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.672 std_dev=0.358
OP1 B 0, 0.382, 0.767, 1.153, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.767 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.322, 0.715, 1.108, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.715 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.308, 0.715, 1.123, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.715 std_dev=0.407
OP2 B 0, 0.150, 0.576, 1.002, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.576 std_dev=0.426
N6 B 0, 0.324, 0.776, 1.227, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.776 std_dev=0.451
O5' B 0, 0.293, 0.774, 1.255, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.774 std_dev=0.481
OP1 A 0, 0.228, 0.751, 1.274, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.751 std_dev=0.523
OP2 A 0, 0.339, 0.872, 1.404, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.872 std_dev=0.532

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.07 0.11 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.16 0.12 0.21 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.12 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.01 0.02 0.10 0.18 0.19 0.05
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.07 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.31 0.18 0.41 0.15
C4' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.22 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.37 0.17 0.47 0.19
C5' 0.06 0.12 0.12 0.02 0.24 0.01 0.29 0.00 0.27 0.17 0.18 0.27 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.17 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.27 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.33 0.14 0.39 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.20 0.10 0.25 0.06
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.23 0.16 0.30 0.09
N4 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.35 0.20 0.47 0.19
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.08 0.04 0.07 0.11 0.10 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.06 0.18 0.17 0.03
O3' 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.08 0.06 0.00 0.10 0.06 0.34 0.05 0.02
O4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.04 0.08
O5' 0.08 0.16 0.10 0.01 0.31 0.02 0.37 0.01 0.33 0.20 0.23 0.35 0.07 0.06 0.06 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.07 0.12 0.18 0.28 0.18 0.22 0.17 0.17 0.14 0.10 0.16 0.20 0.11 0.18 0.34 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.21 0.19 0.07 0.41 0.04 0.47 0.04 0.39 0.25 0.30 0.47 0.10 0.17 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.05 0.03 0.15 0.02 0.19 0.02 0.14 0.06 0.09 0.19 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 0.16 0.12 0.15 0.21 0.08 0.06 0.22 0.23 0.09 0.04 0.02 0.03 0.16 0.07 0.23 0.06
C2 0.09 0.05 0.08 0.06 0.05 0.10 0.08 0.16 0.09 0.10 0.04 0.08 0.16 0.14 0.04 0.11 0.08 0.10 0.34 0.11 0.09 0.12
C2' 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.04 0.16 0.14 0.16 0.21 0.08 0.05 0.23 0.24 0.08 0.05 0.03 0.03 0.20 0.05 0.12 0.04
C3' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04 0.14 0.11 0.14 0.18 0.07 0.06 0.21 0.21 0.07 0.05 0.05 0.03 0.16 0.04 0.12 0.04
C4 0.08 0.16 0.09 0.06 0.12 0.07 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.16 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.08 0.30 0.12 0.09 0.11
C4' 0.05 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.15 0.13 0.13 0.20 0.06 0.07 0.20 0.21 0.09 0.06 0.05 0.07 0.14 0.08 0.19 0.08
C5 0.04 0.15 0.05 0.05 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.13 0.12 0.14 0.09 0.13 0.07 0.10 0.07 0.08 0.23 0.06 0.14 0.04
C5' 0.10 0.12 0.06 0.09 0.11 0.11 0.16 0.16 0.17 0.21 0.14 0.09 0.23 0.22 0.12 0.05 0.08 0.13 0.16 0.11 0.19 0.11
C6 0.04 0.10 0.03 0.06 0.07 0.07 0.10 0.13 0.08 0.16 0.06 0.10 0.12 0.16 0.07 0.06 0.05 0.09 0.19 0.02 0.19 0.03
N1 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.04 0.11 0.12 0.10 0.16 0.04 0.07 0.16 0.18 0.05 0.07 0.03 0.03 0.23 0.02 0.17 0.03
N3 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.16 0.05 0.09 0.04 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.10 0.12 0.36 0.16 0.07 0.16
N4 0.10 0.23 0.11 0.08 0.17 0.09 0.17 0.13 0.19 0.12 0.21 0.20 0.17 0.15 0.12 0.18 0.11 0.09 0.32 0.16 0.07 0.14
O2 0.12 0.06 0.10 0.11 0.05 0.15 0.11 0.22 0.14 0.08 0.10 0.07 0.22 0.15 0.06 0.12 0.11 0.16 0.41 0.15 0.07 0.18
O2' 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.09 0.16 0.19 0.16 0.19 0.09 0.05 0.25 0.23 0.06 0.04 0.08 0.04 0.30 0.07 0.05 0.12
O3' 0.07 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.12 0.07 0.13 0.14 0.07 0.07 0.21 0.18 0.05 0.07 0.05 0.06 0.14 0.05 0.09 0.04
O4' 0.12 0.04 0.11 0.15 0.10 0.15 0.16 0.18 0.15 0.24 0.07 0.05 0.22 0.24 0.13 0.08 0.13 0.16 0.07 0.20 0.37 0.22
O5' 0.16 0.16 0.10 0.12 0.17 0.15 0.22 0.18 0.23 0.25 0.20 0.14 0.28 0.26 0.18 0.08 0.10 0.21 0.18 0.15 0.20 0.14
OP1 0.38 0.37 0.41 0.32 0.37 0.30 0.36 0.24 0.35 0.37 0.35 0.38 0.36 0.36 0.37 0.49 0.28 0.36 0.26 0.21 0.37 0.26
OP2 0.16 0.21 0.15 0.22 0.15 0.24 0.20 0.28 0.22 0.24 0.22 0.16 0.26 0.24 0.16 0.13 0.24 0.22 0.29 0.27 0.25 0.26
P 0.18 0.05 0.16 0.17 0.15 0.20 0.19 0.19 0.17 0.26 0.09 0.07 0.21 0.25 0.18 0.15 0.12 0.24 0.20 0.17 0.24 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.07 0.23 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.03 0.17 0.08 0.16 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.21 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.04 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.19 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.17 0.07 0.17 0.05
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.03 0.01 0.10 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.20 0.09 0.16 0.09
C5' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.11 0.07 0.19 0.17 0.09 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.07 0.02 0.19 0.11 0.17 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.21 0.09 0.18 0.06
N1 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.05 0.02 0.18 0.10 0.16 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.04 0.04 0.15 0.07 0.17 0.05
N6 0.04 0.01 0.06 0.10 0.03 0.10 0.03 0.19 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.11 0.05 0.20 0.14 0.20 0.15
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.01 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.22 0.09 0.16 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.16 0.07 0.20 0.04
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.07 0.03 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.22 0.05
O3' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.11 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.19 0.14 0.22 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.15 0.12 0.25 0.10
O5' 0.11 0.17 0.04 0.08 0.17 0.02 0.20 0.01 0.19 0.21 0.18 0.15 0.20 0.22 0.16 0.05 0.19 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.05 0.09 0.05 0.11 0.09 0.10 0.07 0.14 0.09 0.07 0.07 0.14 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.16 0.21 0.19 0.17 0.20 0.16 0.14 0.17 0.18 0.16 0.17 0.20 0.16 0.20 0.22 0.22 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.03 0.09 0.02 0.10 0.06 0.08 0.05 0.15 0.09 0.04 0.05 0.15 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00