ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49617

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.022, 0.044, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.034, 0.065, 0.096, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.065 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.018, 0.079, 0.141, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.079 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.076, 0.169, 0.262, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.169 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.105, 0.198, 0.292, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.198 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.152, 0.350, 0.548, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.350 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.156, 0.542, 0.928, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.542 std_dev=0.386
O2' A 0, 0.088, 0.483, 0.879, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.483 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.347, 0.782, 1.217, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.782 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.292, 0.753, 1.214, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.753 std_dev=0.461
O4' B 0, 0.315, 0.782, 1.249, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.782 std_dev=0.467
C8 B 0, 0.287, 0.765, 1.243, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.765 std_dev=0.478
C2' B 0, 0.431, 0.914, 1.397, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.914 std_dev=0.483
N7 B 0, 0.283, 0.780, 1.277, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.780 std_dev=0.497
C4 B 0, 0.262, 0.775, 1.287, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.775 std_dev=0.513
C5 B 0, 0.267, 0.785, 1.303, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.785 std_dev=0.518
N3 B 0, 0.347, 0.880, 1.412, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.880 std_dev=0.533
C6 B 0, 0.357, 0.909, 1.460, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.909 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.476, 1.040, 1.604, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.040 std_dev=0.564
C2 B 0, 0.405, 0.973, 1.540, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.973 std_dev=0.567
N1 B 0, 0.418, 0.998, 1.578, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.998 std_dev=0.580
N6 B 0, 0.429, 1.014, 1.598, 1.506 max_d=1.506 avg_d=1.014 std_dev=0.584
O3' A 0, 0.167, 0.773, 1.379, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.773 std_dev=0.606
C3' B 0, 0.335, 1.024, 1.714, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.024 std_dev=0.690
C4' B 0, 0.300, 0.994, 1.688, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.994 std_dev=0.694
O3' B 0, 0.273, 1.322, 2.371, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.322 std_dev=1.049
C5' B 0, 0.273, 1.426, 2.578, 3.008 max_d=3.008 avg_d=1.426 std_dev=1.153
OP1 B 0, 1.008, 2.238, 3.468, 3.602 max_d=3.602 avg_d=2.238 std_dev=1.230
O5' A 0, -0.196, 1.353, 2.901, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.353 std_dev=1.549
O5' B 0, 0.281, 1.872, 3.463, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.872 std_dev=1.591
P B 0, 0.553, 2.183, 3.813, 4.382 max_d=4.382 avg_d=2.183 std_dev=1.630
OP2 B 0, 0.689, 2.383, 4.077, 4.646 max_d=4.646 avg_d=2.383 std_dev=1.694
OP1 A 0, -0.126, 1.972, 4.070, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.972 std_dev=2.098
P A 0, -0.289, 1.842, 3.973, 4.870 max_d=4.870 avg_d=1.842 std_dev=2.131
OP2 A 0, -0.272, 2.094, 4.461, 5.446 max_d=5.446 avg_d=2.094 std_dev=2.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.00 0.29 0.28 0.34 0.21
C2 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.19 0.02 0.49 0.39 0.35 0.36
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.20 0.07 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.69 0.74 0.60 0.67
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.10 0.19 0.03 0.01 0.00 0.02 0.34 0.45 0.18 0.32
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.09 0.03 0.68 0.46 0.40 0.53
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.07 0.03 0.20 0.01 0.00 0.02 0.10 0.34 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.03 0.72 0.44 0.36 0.54
C5' 0.07 0.14 0.20 0.01 0.24 0.01 0.27 0.00 0.24 0.15 0.19 0.26 0.08 0.03 0.18 0.02 0.00 0.06 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.03 0.65 0.39 0.33 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.01 0.49 0.36 0.33 0.34
N3 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.13 0.03 0.59 0.44 0.40 0.46
N4 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.07 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.09 0.03 0.71 0.49 0.44 0.58
O2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.30 0.03 0.37 0.36 0.34 0.29
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.24 0.20 0.21 0.03 0.16 0.14 0.23 0.25 0.19 0.00 0.05 0.12 0.45 0.63 0.61 0.53
O3' 0.23 0.19 0.03 0.00 0.09 0.01 0.13 0.18 0.11 0.13 0.13 0.09 0.30 0.05 0.00 0.18 0.08 0.18 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.12 0.18 0.00 0.08 0.15 0.62 0.26
O5' 0.29 0.49 0.69 0.34 0.68 0.02 0.72 0.00 0.65 0.49 0.59 0.71 0.37 0.45 0.08 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.28 0.39 0.74 0.45 0.46 0.10 0.44 0.06 0.39 0.36 0.44 0.49 0.36 0.63 0.18 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.35 0.60 0.18 0.40 0.34 0.36 0.28 0.33 0.33 0.40 0.44 0.34 0.61 0.10 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.36 0.67 0.32 0.53 0.07 0.54 0.01 0.45 0.34 0.46 0.58 0.29 0.53 0.07 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.26 0.07 0.23 0.06 0.46 0.09 0.80 0.07 0.14 0.14 0.21 0.20 0.20 0.05 0.19 0.17 0.46 1.13 0.79 0.99 1.12
C2 0.08 0.28 0.05 0.21 0.07 0.43 0.19 0.75 0.18 0.23 0.15 0.22 0.28 0.30 0.07 0.16 0.16 0.45 1.05 0.74 0.73 0.97
C2' 0.11 0.27 0.04 0.27 0.04 0.49 0.11 0.86 0.08 0.18 0.14 0.22 0.22 0.25 0.03 0.15 0.22 0.47 1.20 0.88 0.99 1.19
C3' 0.23 0.27 0.07 0.38 0.16 0.62 0.06 1.04 0.07 0.04 0.19 0.25 0.05 0.04 0.14 0.10 0.31 0.59 1.42 1.12 1.37 1.48
C4 0.18 0.33 0.13 0.39 0.10 0.57 0.16 0.87 0.12 0.23 0.17 0.32 0.24 0.34 0.03 0.06 0.38 0.51 1.18 0.81 0.74 1.05
C4' 0.13 0.26 0.07 0.21 0.09 0.44 0.06 0.80 0.06 0.10 0.18 0.21 0.15 0.15 0.05 0.19 0.15 0.43 1.15 0.77 1.14 1.18
C5 0.23 0.36 0.18 0.44 0.17 0.61 0.07 0.93 0.04 0.15 0.23 0.34 0.18 0.25 0.12 0.11 0.44 0.52 1.29 0.88 1.03 1.21
C5' 0.06 0.29 0.09 0.16 0.08 0.33 0.04 0.68 0.07 0.14 0.25 0.21 0.05 0.17 0.04 0.19 0.11 0.28 1.05 0.66 1.09 1.08
C6 0.21 0.36 0.12 0.37 0.15 0.56 0.08 0.89 0.07 0.13 0.25 0.31 0.19 0.21 0.11 0.08 0.34 0.50 1.25 0.86 1.08 1.21
N1 0.13 0.30 0.04 0.27 0.06 0.48 0.11 0.81 0.08 0.16 0.16 0.24 0.22 0.24 0.03 0.13 0.22 0.47 1.15 0.80 0.94 1.10
N3 0.09 0.32 0.02 0.26 0.12 0.46 0.24 0.76 0.21 0.28 0.18 0.28 0.29 0.35 0.10 0.08 0.23 0.46 1.04 0.74 0.61 0.92
N4 0.20 0.30 0.22 0.48 0.13 0.63 0.18 0.91 0.14 0.29 0.16 0.32 0.22 0.38 0.06 0.18 0.50 0.53 1.19 0.81 0.57 0.99
O2 0.04 0.25 0.14 0.12 0.13 0.36 0.23 0.66 0.23 0.25 0.18 0.19 0.30 0.31 0.12 0.25 0.07 0.40 0.95 0.69 0.64 0.89
O2' 0.14 0.19 0.23 0.19 0.12 0.35 0.22 0.65 0.14 0.34 0.10 0.11 0.22 0.37 0.20 0.35 0.20 0.33 0.97 0.69 0.71 0.94
O3' 0.08 0.16 0.28 0.09 0.17 0.36 0.23 0.82 0.25 0.21 0.21 0.14 0.30 0.26 0.16 0.48 0.07 0.35 1.21 0.96 1.24 1.33
O4' 0.13 0.25 0.10 0.20 0.09 0.42 0.08 0.76 0.07 0.12 0.17 0.20 0.18 0.17 0.07 0.21 0.14 0.42 1.10 0.72 1.08 1.11
O5' 0.11 0.44 0.15 0.04 0.08 0.09 0.04 0.30 0.23 0.25 0.48 0.25 0.23 0.22 0.12 0.23 0.05 0.09 0.69 0.32 0.66 0.66
OP1 0.39 0.72 0.39 0.53 0.51 0.53 0.53 0.75 0.69 0.38 0.79 0.59 0.77 0.42 0.42 0.32 0.53 0.44 1.15 0.76 1.15 1.13
OP2 0.65 1.23 0.70 0.79 0.91 0.70 0.97 0.86 1.27 0.61 1.38 1.03 1.45 0.74 0.71 0.62 0.79 0.61 1.29 0.87 1.16 1.19
P 0.32 0.81 0.31 0.41 0.49 0.39 0.49 0.56 0.73 0.25 0.90 0.63 0.80 0.29 0.33 0.27 0.40 0.33 0.94 0.51 0.88 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.17 0.17 0.14 0.11
C2 0.01 0.00 0.32 0.14 0.01 0.11 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.30 0.27 0.60 0.36 0.64 0.60
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.10 0.01 0.17 0.13 0.27 0.30 0.14 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.18 0.07 0.06
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.22 0.08 0.14 0.05 0.18 0.08 0.01 0.01 0.02 0.13 0.22 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.17 0.03 0.00 0.09 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.11 0.15 0.54 0.32 0.49 0.49
C4' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.15 0.10 0.14 0.08 0.18 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.27 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.04 0.10 0.65 0.38 0.70 0.62
C5' 0.04 0.34 0.01 0.01 0.28 0.00 0.35 0.00 0.41 0.23 0.40 0.27 0.45 0.32 0.19 0.02 0.03 0.01 0.01 0.35 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.02 0.00 0.15 0.00 0.41 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.09 0.17 0.72 0.42 0.85 0.73
C8 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.13 0.48 0.31 0.36 0.39
N1 0.01 0.00 0.27 0.08 0.01 0.14 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.22 0.24 0.69 0.40 0.80 0.71
N3 0.01 0.00 0.30 0.14 0.00 0.08 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.28 0.25 0.51 0.31 0.47 0.48
N6 0.01 0.01 0.14 0.05 0.00 0.18 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.03 0.15 0.78 0.46 1.00 0.82
N7 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.04 0.61 0.38 0.66 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.42 0.27 0.27 0.33
O2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.24 0.01 0.18 0.02 0.28 0.08 0.40 0.42 0.24 0.02 0.05 0.00 0.10 0.07 0.03 0.20 0.11 0.05
O3' 0.04 0.30 0.05 0.01 0.11 0.01 0.04 0.03 0.09 0.23 0.22 0.28 0.03 0.18 0.05 0.10 0.00 0.02 0.22 0.36 0.13 0.13
O4' 0.00 0.27 0.00 0.02 0.15 0.00 0.10 0.01 0.17 0.13 0.24 0.25 0.15 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.09 0.36 0.08
O5' 0.17 0.60 0.02 0.13 0.54 0.01 0.65 0.01 0.72 0.48 0.69 0.51 0.78 0.61 0.42 0.03 0.22 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.36 0.18 0.22 0.32 0.26 0.38 0.35 0.42 0.31 0.40 0.31 0.46 0.38 0.27 0.20 0.36 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.64 0.07 0.09 0.49 0.27 0.70 0.29 0.85 0.36 0.80 0.47 1.00 0.66 0.27 0.11 0.13 0.36 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.60 0.06 0.06 0.49 0.02 0.62 0.01 0.73 0.39 0.71 0.48 0.82 0.58 0.33 0.05 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00