ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49618

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.021, 0.044, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.024
O3' A 0, 0.186, 0.393, 0.600, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.393 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.210, 0.426, 0.641, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.426 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.151, 0.378, 0.605, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.378 std_dev=0.227
N9 B 0, 0.209, 0.446, 0.683, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.446 std_dev=0.237
N7 B 0, 0.087, 0.337, 0.588, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.337 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.189, 0.442, 0.696, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.442 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.295, 0.570, 0.845, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.570 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.192, 0.521, 0.851, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.521 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.077, 0.461, 0.846, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.461 std_dev=0.385
C3' A 0, 0.167, 0.577, 0.987, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.577 std_dev=0.410
N6 B 0, 0.069, 0.493, 0.917, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.493 std_dev=0.424
O4' A 0, 0.134, 0.559, 0.985, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.559 std_dev=0.426
C2' A 0, 0.157, 0.589, 1.021, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.589 std_dev=0.432
C2 B 0, 0.062, 0.572, 1.082, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.572 std_dev=0.510
C2' B 0, 0.297, 0.811, 1.324, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.811 std_dev=0.513
O4' B 0, 0.242, 0.761, 1.281, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.761 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.001, 0.553, 1.105, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.553 std_dev=0.552
O5' A 0, 0.347, 0.959, 1.570, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.959 std_dev=0.611
C4' B 0, 0.301, 0.937, 1.572, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.937 std_dev=0.635
C4' A 0, 0.187, 0.828, 1.469, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.828 std_dev=0.641
O2' A 0, 0.289, 1.045, 1.802, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.045 std_dev=0.757
OP2 A 0, 0.452, 1.249, 2.046, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.249 std_dev=0.797
C3' B 0, 0.310, 1.173, 2.035, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.173 std_dev=0.862
P A 0, 0.514, 1.403, 2.293, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.403 std_dev=0.889
O2' B 0, 0.616, 1.636, 2.657, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.636 std_dev=1.021
C5' B 0, 0.588, 1.632, 2.677, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.632 std_dev=1.045
O5' B 0, 0.412, 1.466, 2.520, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.466 std_dev=1.054
C5' A 0, 0.307, 1.413, 2.518, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.413 std_dev=1.106
P B 0, 0.515, 1.902, 3.289, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.902 std_dev=1.387
OP1 A 0, 0.625, 2.086, 3.547, 3.934 max_d=3.934 avg_d=2.086 std_dev=1.461
O3' B 0, 0.266, 1.814, 3.362, 3.730 max_d=3.730 avg_d=1.814 std_dev=1.548
OP2 B 0, 0.255, 1.880, 3.505, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.880 std_dev=1.625
OP1 B 0, 0.629, 2.313, 3.998, 4.182 max_d=4.182 avg_d=2.313 std_dev=1.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.20 0.54 0.36 0.29
C2 0.03 0.00 0.17 0.06 0.01 0.13 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.10 0.20 0.20 0.79 0.53 0.38
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.05 0.17 0.02 0.13 0.04 0.31 0.00 0.02 0.03 0.54 0.69 0.52 0.58
C3' 0.03 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.05 0.11 0.01 0.01 0.01 0.39 0.68 0.43 0.53
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.18 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.10 1.07 0.75 0.60
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.19 0.02 0.10 0.06 0.24 0.01 0.03 0.00 0.02 0.23 0.19 0.11
C5 0.02 0.03 0.12 0.07 0.01 0.17 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.27 0.10 0.14 0.10 1.11 0.78 0.67
C5' 0.03 0.09 0.05 0.01 0.18 0.01 0.33 0.00 0.32 0.10 0.10 0.21 0.20 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.08 0.03 0.19 0.01 0.32 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.32 0.10 0.19 0.10 0.93 0.67 0.58
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.15 0.75 0.52 0.40
N3 0.03 0.01 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.20 0.10 0.16 0.17 0.93 0.64 0.47
N4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.02 0.21 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.04 0.09 1.16 0.81 0.65
O2 0.04 0.01 0.31 0.11 0.02 0.24 0.03 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.58 0.11 0.31 0.25 0.70 0.45 0.29
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.05 0.01 0.27 0.05 0.32 0.06 0.20 0.05 0.58 0.00 0.05 0.02 0.59 0.87 0.72 0.72
O3' 0.09 0.10 0.02 0.01 0.09 0.03 0.10 0.03 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.05 0.00 0.06 0.23 0.69 0.35 0.42
O4' 0.01 0.20 0.03 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.16 0.04 0.31 0.02 0.06 0.00 0.07 0.42 0.54 0.31
O5' 0.20 0.20 0.54 0.39 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.15 0.17 0.09 0.25 0.59 0.23 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.54 0.79 0.69 0.68 1.07 0.23 1.11 0.07 0.93 0.75 0.93 1.16 0.70 0.87 0.69 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.53 0.52 0.43 0.75 0.19 0.78 0.13 0.67 0.52 0.64 0.81 0.45 0.72 0.35 0.54 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.38 0.58 0.53 0.60 0.11 0.67 0.02 0.58 0.40 0.47 0.65 0.29 0.72 0.42 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.46 0.19 0.32 0.17 0.31 0.19 0.65 0.34 0.25 0.53 0.29 0.35 0.22 0.18 0.38 0.22 0.19 1.29 1.38 1.75 1.54
C2 0.21 0.47 0.25 0.31 0.21 0.38 0.21 0.76 0.32 0.26 0.49 0.31 0.29 0.23 0.22 0.35 0.33 0.29 1.33 1.31 1.54 1.45
C2' 0.14 0.45 0.14 0.46 0.19 0.39 0.24 0.76 0.45 0.12 0.56 0.27 0.54 0.14 0.10 0.26 0.26 0.20 1.43 1.61 1.95 1.74
C3' 0.08 0.55 0.07 0.36 0.22 0.30 0.25 0.60 0.48 0.10 0.65 0.35 0.54 0.10 0.07 0.32 0.21 0.14 1.28 1.43 1.79 1.57
C4 0.30 0.35 0.32 0.46 0.23 0.42 0.22 0.78 0.28 0.31 0.37 0.25 0.26 0.24 0.28 0.36 0.25 0.28 1.35 1.30 1.44 1.42
C4' 0.07 0.71 0.14 0.21 0.29 0.17 0.30 0.39 0.55 0.22 0.79 0.48 0.61 0.24 0.13 0.45 0.21 0.06 1.06 1.13 1.52 1.29
C5 0.26 0.35 0.25 0.51 0.16 0.37 0.20 0.67 0.34 0.30 0.42 0.22 0.35 0.22 0.23 0.26 0.26 0.19 1.30 1.38 1.67 1.52
C5' 0.17 0.91 0.26 0.19 0.44 0.11 0.48 0.20 0.80 0.28 1.04 0.64 0.91 0.34 0.23 0.52 0.23 0.14 0.87 0.93 1.27 1.05
C6 0.21 0.41 0.19 0.44 0.14 0.33 0.17 0.64 0.36 0.27 0.49 0.24 0.40 0.20 0.18 0.26 0.19 0.16 1.27 1.40 1.75 1.54
N1 0.19 0.46 0.20 0.35 0.18 0.33 0.19 0.68 0.36 0.26 0.53 0.28 0.36 0.22 0.19 0.33 0.21 0.20 1.31 1.37 1.70 1.52
N3 0.25 0.41 0.30 0.36 0.23 0.43 0.21 0.81 0.28 0.27 0.40 0.30 0.24 0.22 0.25 0.37 0.32 0.34 1.34 1.28 1.40 1.39
N4 0.38 0.25 0.42 0.54 0.25 0.50 0.22 0.86 0.22 0.33 0.26 0.22 0.21 0.25 0.34 0.50 0.30 0.35 1.36 1.25 1.18 1.31
O2 0.19 0.48 0.26 0.25 0.23 0.39 0.23 0.78 0.31 0.25 0.48 0.33 0.28 0.24 0.22 0.39 0.44 0.33 1.33 1.29 1.50 1.42
O2' 0.23 0.27 0.27 0.58 0.14 0.54 0.19 1.02 0.28 0.23 0.35 0.17 0.38 0.23 0.19 0.34 0.33 0.32 1.66 1.91 2.22 2.02
O3' 0.08 0.46 0.10 0.35 0.17 0.38 0.17 0.75 0.34 0.14 0.51 0.30 0.36 0.13 0.09 0.35 0.24 0.24 1.39 1.53 1.90 1.69
O4' 0.08 0.68 0.14 0.22 0.25 0.21 0.26 0.45 0.49 0.27 0.75 0.45 0.54 0.29 0.14 0.44 0.24 0.11 1.08 1.14 1.53 1.30
O5' 0.20 0.86 0.32 0.20 0.46 0.12 0.50 0.28 0.81 0.25 0.99 0.62 0.95 0.32 0.26 0.68 0.22 0.11 0.90 1.13 1.53 1.22
OP1 1.08 0.17 0.97 0.93 0.60 1.16 0.55 1.17 0.35 1.08 0.33 0.38 0.56 0.88 0.94 1.19 0.88 1.26 0.34 0.81 0.80 0.59
OP2 1.02 0.51 0.97 0.70 0.79 0.92 0.78 0.88 0.60 1.06 0.49 0.66 0.61 0.98 0.97 1.27 0.69 1.09 0.22 0.57 0.85 0.50
P 0.70 0.44 0.67 0.50 0.44 0.72 0.49 0.75 0.54 0.77 0.59 0.34 0.73 0.68 0.63 0.99 0.49 0.81 0.20 0.74 0.96 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.37 0.53 0.35 0.33
C2 0.03 0.00 0.33 0.22 0.03 0.16 0.03 0.37 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.47 0.47 0.28 0.92 1.00 1.28 1.06
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.19 0.15 0.17 0.26 0.32 0.10 0.09 0.01 0.00 0.03 0.02 0.20 0.58 0.33 0.29
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.21 0.00 0.30 0.02 0.29 0.41 0.25 0.19 0.33 0.41 0.23 0.02 0.01 0.01 0.32 0.61 0.52 0.40
C4 0.01 0.03 0.17 0.21 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.33 0.22 0.15 0.82 0.94 1.09 0.94
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.16 0.15 0.17 0.14 0.17 0.16 0.10 0.29 0.02 0.00 0.02 0.31 0.36 0.03
C5 0.02 0.03 0.08 0.30 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.04 0.06 0.90 1.12 1.39 1.14
C5' 0.05 0.37 0.19 0.02 0.24 0.01 0.25 0.00 0.32 0.16 0.37 0.31 0.32 0.20 0.12 0.11 0.18 0.01 0.01 0.26 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.02 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.42 0.13 0.12 0.98 1.20 1.57 1.26
C8 0.02 0.03 0.17 0.41 0.01 0.15 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.32 0.16 0.67 0.99 0.97 0.88
N1 0.02 0.01 0.26 0.25 0.02 0.17 0.02 0.37 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.46 0.32 0.21 0.99 1.13 1.50 1.21
N3 0.02 0.01 0.32 0.19 0.01 0.14 0.01 0.31 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.42 0.49 0.28 0.81 0.87 1.04 0.88
N6 0.03 0.02 0.10 0.33 0.02 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.43 0.07 0.08 1.01 1.30 1.74 1.37
N7 0.02 0.03 0.09 0.41 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.33 0.27 0.08 0.82 1.17 1.36 1.13
N9 0.01 0.03 0.01 0.23 0.00 0.10 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.20 0.08 0.01 0.64 0.81 0.79 0.72
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.33 0.29 0.36 0.11 0.42 0.28 0.46 0.42 0.43 0.33 0.20 0.00 0.03 0.24 0.28 0.52 0.51 0.35
O3' 0.30 0.47 0.03 0.01 0.22 0.02 0.04 0.18 0.13 0.32 0.32 0.49 0.07 0.27 0.08 0.03 0.00 0.21 0.51 0.70 0.69 0.54
O4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.16 0.21 0.28 0.08 0.08 0.01 0.24 0.21 0.00 0.35 0.37 0.20 0.20
O5' 0.37 0.92 0.20 0.32 0.82 0.02 0.90 0.01 0.98 0.67 0.99 0.81 1.01 0.82 0.64 0.28 0.51 0.35 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.53 1.00 0.58 0.61 0.94 0.31 1.12 0.26 1.20 0.99 1.13 0.87 1.30 1.17 0.81 0.52 0.70 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 1.28 0.33 0.52 1.09 0.36 1.39 0.33 1.57 0.97 1.50 1.04 1.74 1.36 0.79 0.51 0.69 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 1.06 0.29 0.40 0.94 0.03 1.14 0.02 1.26 0.88 1.21 0.88 1.37 1.13 0.72 0.35 0.54 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00